بکارگیری متدولوژی های علمی در استخراج سیاست های توسعه علم و فناوری از ملزومات استقرار در مسیر توسعه است. با توجه به ابعاد چندگانه فرهنگی، سیاسی، اقتصادی و اجتماعی توسعه فناورانه، تدوین سیاست در این بستر نیازمند دیدگاهی کل نگر و سیستماتیک می باشد. در این رساله سعی شده تا با تجمیع دو تئوری مجزا: یکی در حل مساله با دیدگاه سیستمی (شامل فرآیند تفکر تئوری محدودیت ها) و دیگری در تصمیم گیری و تدوین استراتژی (qfd)، دریچه جدیدی به سوی بکارگیری تئوری هایی با بنیاد و شالوده کاربری در محیط های ساخت و تولید (حوزه های سخت ) به سمت محیط های سیاستی و اجتماعی (حوزه های نرم ) در ایران باز شود. بستر این تحقیق نظام ملی نوآوری کشور است. بدین ترتیب با بکارگیری ابزارهای فرآیند تفکر (ec، crt و frt) و نظرات خبرگان و صاحبنظران حوزه علم و فناوری کشور، گلوگاه های نظام نوآوری ایران شناسایی و در استخراج سیاست های ارتقاء nis با مبنای نقشه جامع علمی کشور از ترجمان خانه به خانه کیفیت (qfd) استفاده شده است. اثرات منفی سیاست های پیشنهادی و اقدامات عملی در رفع موانع اجرای سیاست ها نیز با استفاده از دیگر ابزارهای فرآیند تفکر (nbr، prt و trt) پیش بینی و رفع (یا تخفیف) داده شده اند. بر اساس نتایج این تحقیق، گلوگاه اصلی نظام نوآوری ایران "سهم اندک موسسات خصوصی در پژوهش نظام ملی نوآوری ایران" معرفی شده است. براین اساس سیاست های دارای اولویت در رفع یا تخفیف گلوگاه فوق بصورت "هماهنگی و انسجام بخشی بین نهادهای ذیربط در علم و فناوری"، "پشتیبانی از تعامل بخش های تحقیقاتی و صنعتی"، "کاهش تصدی گری دولت همزمان با تقویت ابعاد نظارتی آن"، "سامان دهی فن بازارهای عمومی و تخصصی در حوزه های اولویت دار کشور" و "حمایت از توسع? مراکز رشد و پارک های علم و فناوری با تأکید بر مشارکت بخش خصوصی" شناسایی شده است.