تاکنون 6 گونه لیشمانیا شناخته شده است که باعث بیماری لیشمانیوز در انسان می شوند. از بین آن لیشمانیا اینفانتوم باعث بیماری کشنده کالا آزار و لیشمانیا ماژور باعث عوارض پوستی با ایجاد اسکار میشود. یکی از دلایل اهمیت کار روی لیشمانیا، شیوع بالای این بیماری است. در بررسی های تحقیقاتی که بر روی مدلهای حیوانی صورت گرفته است چندین روش استاندارد و در عین حال دشوار و وقتگیر (نظیر مشاهده فرم آماستیگوت انگل با رنگ آمیزی گیمسا) برای تعیین میزان عفونت لیشمانیا در بافت حیوانات یا در ماکروفاژهای آلوده بصورت in vitro تهیه شده است. در این پایان نامه پلاسمید بیانی خطی شده gfp-neo2-plexsy را از طریق نوترکیبی همولوگ در لوکوس rrna 18s کروموزومی انگل لیشمانیا ماژور الحاق نمودیم (تراریخت نمودن پایدار). همچنین طی مسیر دیگر همسانه سازی با بهره گیری از ناقلpsp72-l. major rdna promoter-?ir-?ir-neo، تراریختی ژن egfp به صورت گذرا نیز انجام شد. این انگل می تواند بعنوان یک روش روتین، آسان، سریع و با حساسیت بالا، برای ردیابی عفونتهای لیشمانیایی در ماکروفاژها یا در مدلهای حیوانی، علاوه بر تعیین کمی انگلها بکار برده شوند. همچنین انگل حاویgfp بصورت پایدار از اهمیت خاصی در بررسی های مقاومت دارویی در انسان دارد و می تواند کمک بارزی انجام دهد.

اشریشیاکلی سویه o157:h7 یکی از مهمترین پاتوژن های غذایی تولید کننده بیماری کولیت خونریزی دهنده و ادرار خونی در انسان می باشد. دام های اهلی اصلی ترین مخزن این باکتری بوده و بکارگیری واکسن بر علیه آن یکی از مهمترین را ههای پیشگیری این باکتری می باشد. پروتئین های intimin، tir و espa مهمترین فاکتورهای بیماریزایی این باکتری به حساب می آیند که توسط ژن های حاضر در جزیره پاتوژنسیته lee تولید می شوند. پروتئین espa بخش اصلی از پروتئین هایی است که در ساخت کانال ارتباطی در سیستم ترشحی نوع iii نقش داشته و مانند یک رابط سبب انتقال پروتئین tir به سلول میزبان می شود ( در اینجا انسان) و در نهایت پروتئین intimin با اتصال به tir اتصال باکتری به سلول میزبان را سبب می شود. این اتصال باعث ایجاد ضایعه تخریب دیواره سلول یا ae میزبان می گردد. فرضیه انجام تحقیق بر این اصل است که تولید این 3 عامل بیماریزا به صورت کایمریک و به عنوان یک واکسن خوراکی و همچنین تزریقی در مدل موشی می تواند مانع کلونیزاسیون باکتری e. coli o157:h7 در حیوان شود. برای این منظور یک سازه ژنی حاوی قسمتهای ایمونوژن espa (e) ، eae (i) وtir (t) را با استفاده از یک رابط پپتیدی با ساختار ?- هلیکس به یکدیگر متصل و ژن آن به طور مصنوعی ساخته شد. این ژن مصنوعی براساس کدون های میزبان e. coli و گیاه بهینه سازی و سپس با استفاده از پروموتر t7 درون وکتور بیانیe. coli و دو پروموتر camv35s و fae جهت بیان درون گیاه کامل تنباکو و بذر کلزا درون ناقلین بیانی گیاه کلون شد. با استفاده از پروتئین نوترکیب خالص شده از باکتری، الایزای کمی انجام گرفت و بر اساس آن آنالیز های بعدی در مورد گیاهان تراریخت نشان داد که پروتئین کایمریک درون برگ گیاه تنباکو و دانه کلزا به طور متوسط 3/0 درصد از پروتئین محلول گیاه (tsp) را تشکیل می دهد. گروه های مختلف موشی به صورت زیر پوستی با استفاده از پروتئین کایمر تولید شده در e. coli یا به صورت خوراکی با استفاده از دانه نوترکیب کلزا یا ترکیبی از دو روش (تزریقی- خوراکی) ایمن سازی شدند. بررسی ایمونولوژیک بر روی موشهای ایمن شده به صورت خوراکی و خوراکی/تزریقی نشان داد که ایمنی هومورال به ویژه مخاطی در این حیوانات به خوبی تحریک شده است. موشهای ایمن شده با استفاده از باکتری بیماریزایe. coli o157:h7 مورد چالش قرار گرفتند. نتایج میکروب شناسی کاهش باکتری در مدفوع موشهای ایمن شده را نشان داد. کاربرد گیاهان ترانسژن حاوی این ایمونوژن سه گانه می تواند ابزار مناسبی برای محافظت در برابر حضور و بیماریزایی باکتری e. coli o157:h7 در مدل موشی باشد.

پس از سال ها تلاش برای پیشگیری، تشخیص و درمان عفونت hbv، هنوز این عفونت به صورت یک تحدید سلامتی در سراسر دنیا مطرح می باشد. این میزان تحدید با وجود حدود 400 میلیون ناقل مزمن برای عفونت و مرگ ومیر سالانه یک میلیون نفر از این عفونت رنگ بیشتری را به خود می گیرد. به سبب این میزان از اهمیت یافتن راه های موثرتر تشخیص این عفونت از اهمیت زیادی برای شناسایی افراد مبتلا برخوردار خواهد بود. برای نیل به این هدف ساخت آنتی ژن های چند اپی توپی به عنوان یک رویکرد جدید در تشخیص از اهمیت به سزایی برخوردار خواهد بود. برای طراحی چنین آنتی ژنی استفاده از ابزار بیوانفورماتیکی منجر به طراحی بهتری خواهد شد. هدف ما در مورد عفونت hbv، طراحی آنتی ژنی با توان شناسایی چندین آنتی بادی از ویروس به طور هم زمان است. برای رسیدن این هدف، با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی هشت اپی توپ از ویروس در کنار هم قرار گرفتند تا آنتی ژن نهایی با بهترین ویژگی ها حاصل شود. در بررسی های آزمایشگاهی ژن مورد نظر پس از سنتز در چندین وکتور بیانی از جمله وکتور های pet-28a و pet32-a کلون گشت و در شرایط متعدد از لحاظ دما، غلطت iptg و زمان بیان گذاری شد نتایج حاصل برای بررسی با حساسیت بالاتر، در طی آزمایشاتی بر اساس فرآیند کمی لومینسانس، با دقت بیشتری مورد بررسی قرار گرفت. بررسی های گسترده ی آزمایشگاهی حاکی از بیان آنتی ژن چند اپی توپی در مقادیر پایین می باشد که بررسی عملکرد آن توسط روش لومینسانس برای مهار واکنش بین آنتی بادی از نمونه و آنتی ژن پوشش دهی شده، نشان دهنده تمایل آنتی ژن چند اپی توپی به آنتی بادی استاندارد بود.

فناوری ریزآرایه یک ابزار تحلیلی کوچک است که به کمک آن می توان بیان از دهها هزار ژن را، به طور همزمان مورد کاوش قرار داد.سوال عمده مورد بحث در ریزآرایه ها، چگونگی انتخاب مارکرهای ژنی می باشد، تشخیص مارکرهای ژنی می تواند تشخیص زودتر، درمان و پیش بینی دقیق تر نتیجه بیماری ومتعاقب آناستفاده از درمان های مناسب وکاهش هزینه ها را در پی داشته باشد. با استفاده از نظریه های آماری برای پردازش داده های ریزآرایه،تنهاقادر به شناسائی تعداد معدودی از ژن های با نظم متفاوت در نمونه های تحت بررسی خواهیم بود.از طرف دیگر، مشکل مهم در اینکه کدام نظریه آماری برای پردازش داده های ریزآرایه استفاده شود، اینست که اغلب روش های استفاده شده، رابطه مستقیمی با یک تفسیر بیولوژیکی صحیح ندارند. به منظور تقویت سیگنالهای حاوی اطلاعات مفید بیولوژیکی، اخیرا محققان نظریه بازی توانسته اند روشی را ابداع نمایند که با به کارگیری آن روی داده های بیان ژنی آزمایش ریزآرایه، قادر خواهیم بود گروهی از ژنهای با تاثیرگذاری مضاعف در بروز یک اختلال را شناسائی کنیم، در این پژوهش، با استفاده از نظریه بازی های همکارانه، به مدل سازی سهم مشارکت هر یک از ژن های دخیل در بروز یک اختلال که بیان شان دچارتغییر شده است، پرداخته شد؛ این روش با ترکیب مفهوم ارزش شیپلی از بازی های همکارانه با مفهوم بوت استرپ آماری، گزینشی از ژن های با تاثیرگذاری مضاعف در بروز یک اختلال را نتیجه می دهد. نتایج بدست آمده از این مدل سازی همخوانی بالایی با نتایج تحقیقات بیولوژیک از خود نشان داد.