در این پژوهش، مطالعه ای نظری بر روی پیوندهای هیدروژنی در ساختارهای بلوری سه آمینو اسید متیونین هیدروکلراید، آسپارتیک اسید هیدروکلراید، و هیستیدین هیدروکلراید مونوهیدراته با استفاده از نظریه تابعیت چگالی انجام پذیرفته است. روند اثرات محیطی و همچنین هم افزایی بر روی پیوندهای هیدروژنی با استفاده از پارامترهای حاصل از محاسبات nmr و nqr بررسی شده اند. پیوندهای هیدروژنی اصلی در شبکه بلوری آمینو اسیدهای متیونین هیدروکلراید و آسپارتیک اسید هیدروکلراید از نوع n-h…cl است، حال آنکه پیوندهای هیدروژنی در شبکه بلوری هیستیدین هیدروکلراید تک آبه، n-h…cl، n-h…o و o-h…cl هستند. نتایج بدست آمده به خوبی اثرات محیطی و هم افزایی را نشان می دهند. همچنین پارامترهای ثابت جفت شدگی چهار قطبی هسته و پوشیدگی شیمیایی با استفاده از تابعیتهای b3lyp، cam-b3lyp، m06-2x و m06l محاسبه شده اند. مقایسه نتایج بدست آمده با نتایج تجربی نشان می دهد که تابعیت m06l نسبت به سه تابعیت دیگر، نتایجی با صحت بالاتر و قابل اعتمادتری را حاصل می کند. بعلاوه به منظور مطالعه عمیق تر پدیده انتقال بار و اثرات هم افزایی روش اوربیتالهای پیوند طبیعی به کار بسته شده است.

پیوندهای هیدروژنی، به عنوان عامل کنترل کننده بسیاری از فرایندهای شیمیایی و بیوشیمیایی، پدیده شناخته شده ای محسوب می شوند. تعیین خواص دقیق این پیوندها به علت گسترده بودن برهمکنش-هایی که جزء پیوندهای هیدروژنی محسوب می شوند بسیار مشکل است. در این تحقیق با استفاده از روش های dft خواص پیوندهای هیدروژنی از نوع n-h...cl، n-h…o و o-h…cl در سه نمک آلانین هیدروکلرید، تریونین هیدروکلرید و سیستئین هیدروکلرید مونوهیدرات مورد بررسی قرار گرفته اند. برای رسیدن به این هدف مکان پروتن ها در این سیستم ها با روش m062x / 6-31++g(d,p) بهینه سازی شدند و مکان اتم های سنگین در این بهینه سازی ثابت نگه داشته شدند. همچنین پارامترهای nmr وnqr برای هسته های نیتروژن، اکسیژن، هیدروژن و کلر با چهار تابعیت b3lyp، m062x، m06l و cam-b3lyp و با استفاده از مجموعه پایه 6-311++g(d,p) اندازه گیری شدند. آنالیز nbo نیز با روش m062x/6-311++g(d,p) انجام گرفت. در تمام نمک های هیدروکلرید مورد بررسی روند اثرات محیطی بر روی پیوندهای هیدروژنی و به علاوه هم افزایی با استفاده از نتایج بدست آمده از nmr و nqr بررسی شده اند. همچنین محاسبات نشان می دهد که برای سیستم های اشاره شده تغییر در ساختار این مولکول ها از مونومر به پنتامر منجر به تغییر در پارامترهای محاسبه شده nmr و nqr می شود. که این امر نشان دهنده اثر افزودن گروه های همسایه به مولکول هدف در این سیستم هاست. هدف دیگر در این تحقیق مشخص نمودن مناسب ترین تابعیت برای بررسی سیستم های مذکور و سیستم های بیولوژیکی مشابه است. به همین منظور پارامترهای ثابت جفت شدگی چهارقطبی و پوشیدگی شیمیایی با استفاده از تابعیت های b3lyp، m062x، m06l و cam-b3lyp محاسبه شدند. این محاسبات نشان می دهند که روش m06l / 6-311++g(d,p) مناسب ترین روش برای محاسبات پارامترهای nmr و nqr در این سیستم ها است؛ زیرا نتایج دارای بالاترین صحت را حاصل می کند.