ناحیه کروموزومی 19p 13.2 دارای پیوستگی پیشنهادی با اختلال اسکیزوافکتیو می باشد. این ناحیه حاوی ژن کلرتیکولین بوده که یک چاپرون پروتئین اندوپلاسمی متصل شونده به کلسیم را کد می کند. بیان وابسته به تکامل و مختص بافت این ژن در ماده خاکستری مغز همزمان با ظهور فنوتیپ پسیکوزها می باشد. ما در سال های اخیر موتاسیون هایی را در ناحیه پروکسیمال پروموتر و توالی کد کننده این ژن در اختلال اسکیزوافکتیو گزارش کرده ایم. بر پایه شواهد همپوشانی ژنتیکی در طیف اختلالات روانی، ما به بررسی این ژن با استفاده از تکنیک pcr/sscp در 300 بیمار مبتلا به پسیکوز و 710 کنترل پرداختیم. ما یک موتاسیون بی نظیر در نوکلئوتید 220- از جایگاه آغاز رونویسی، واقع در یک بلوک ژنومی حفاظت شده در ناحیه پروموتر این ژن پیدا کردیم که در چهار مورد پسیکوز شامل اسکیزوفرنی، اختلال اسکیزوافکتیو و اختلال دوقطبی i رخ داده است. این موتاسیون منحصر به فرد، توالی پروموتر انسانی را به انواع نیاکانی موجود در شامپانزه، رزوس ماکاک، موش و غیره بر می گرداند و اشاره به نقش بلوک ژنومی حاوی این نوکلئوتید در تکامل عملکردهای پیچیده تر مغزی مختص انسان ( مانند شناخت) دارد، که همواره در پسیکوزها مختل است. یافته های ما پیشنهاد می کند که کلرتیکولین نه تنها یک نامزد محتمل در طیف پسیکوزهاست، بلکه همچنین، ممکن است ژنی مهم در فرایندهای پیچیده تر مغزی منحصر به انسان باشد.

رتینوبلاستوما شایع ترین تومور جامد درون چشمی در کودکان زیر سن شش سال است که از تکثیر و رشد بی رویه سلول های نابالغ شبکیه چشم منشا می گیرد. جهش در هر دو نسخه ژن rb1 مسئول شکل گیری این بیماری می باشد. اندازه ژن rb1 بسیار بزرگ و حدود kb 180 بوده و شامل 27 اگزون می باشد. تا کنون طیف وسیعی از جهش ها در سرتاسر این ژن گزارش شده است. اندازه بزرگ این ژن انجام بررسی های مولکولی را بر روی آن دشوار می سازد ولی از طرفی پیدا کردن جهش ها تأثیر بسزایی در کنترل بیماری در خانواده های بیمار دارد. در مطالعه حاضر برای اولین بار در ایران طیف جهش های ژن rb1 در بیماران مبتلا به رتینوبلاستوما مورد مطالعه قرار گرفته است. به منظور شناسایی جهش ها در صورت موجود بودن نمونه توموری بیماران تمامی اگزون های ژن rb1 با استفاده از روش تعیین توالی مستقیم بررسی شده و در بیمارانی که نمونه توموری آنها در دسترس نبوده است این بررسی ها بر روی نمونه خون آنها انجام شده است. در ادامه برای بررسی حذف و اضافه های ژنی از دو روش mlpa و کاریوتایپ استفاده شده است. روش mlpa بر روی تمامی نمونه ها و روش کاریوتایپ برای 27 بیمار مورد استفاده قرار گرفته است. همچنین وضعیت پلی مورفیسم سه مارکر میکروساتلایتی پیوسته به ژن rb1 در جمعیت عادی ایرانی مورد بررسی قرار گرفته و از این مارکرها در مراحل بعدی برای بررسی وضعیت loh در نمونه های توموری استفاده شده است. علاوه بر این وضعیت متیلاسیون پروموتر ژن rb1 در نمونه های توموری با استفاده از روش تیمار با بی سولفیت مورد بررسی قرار گرفته است. در انتها برای 11 مورد از جهش های تکرار شونده روش های سریع غربالگری بر پایه arms-pcr طراحی شده است . در این مطالعه در مجموع از 121 بیمار نمونه گیری شده که در 43 مورد از آنها علاوه بر نمونه خون، نمونه تومور بیمار نیز در دسترس بوده است. در مجموع تعداد 91 جهش در بیماران شناسایی شده است که 18 مورد از این جهش ها جدید بوده و برای اولین بار گزارش می شوند. وضعیت پراکندگی جهش ها و نوع آنها در جمعیت ایرانی با سایر جمعیت هایی که تا کنون مورد بررسی قرار گرفته اند کاملاً یکسان است. همچنین بررسی جهش ها در بیماران رتینوبلاستوما تأثیر بسزائی در کاهش تعداد دفعات مراجعه خانواده به کلینیک داشته و در مواردی از آن می توان برای انجام تشخیص پیش از تولد و یا تشخیص های آینده نگر در سایر اعضای خانواده فرد بیمار استفاده نمود.

اثرات متقابل پلی مورفیسم های ژنتیکی از عوامل مهم ابتلا به بیماری های پیچیده نظیر آلزایمر است. در مطالعات وابستگی ژنتیکی تعیین ترکیبی از پلی مورفیسم ها و اندازه گیری میزان اهمیت آن ها در افزایش خطر بروز چنین بیماری هایی مدنظر است. هدف این تحقیق استفاده از رویکرد خصیصه گزینی رگرسیون منطقی در شناسایی اثرات متقابل پلی مورفیسم های ژنتیکی موثر در ابتلا به آلزایمر بوده است. در یک بررسی مقطعی، 101 سالمند مبتلا به آلزایمر و 109 سالمند بالای 65 سال غیرمبتلا به آلزایمر وارد مطالعه شدند. سنجش ژن های موثر در ابتلا به آلزایمر، در دو گروه به کمک روش های تشخیصی مولکولی انجام شد و از تکنیک pcr-rflp برای ارزیابی پلی مورفیسم های موردنظر در ژن های apoe، abca1، calhm1، ccr2، gsk3?، tau، tnf-?،saitohin و vdr استفاده و سپس از رویکرد خصیصه گزینی رگرسیون منطقی برای یافتن اثرات متقابل بین این پلی مورفیسم ها و اندازه گیری میزان اهمیت هر یک از آن ها استفاده شد. از الگوریتم جستجوی تبرید تدریجی برای یافتن ترکیبات منطقی مهم در کل فضای جستجو استفاده شد. تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزار r نسخه 2.13.2 انجام شد. از میان همه اثرات تکی و متقابل مشخص شده توسط رویکرد خصیصه گزینی رگرسیون منطقی، اثر انفرادی پلیمورفیسم تک نوکلئوتیدی واقع در ژن saitohin، اثر متقابل دو تایی بین پلی مورفیسم های ژن های saitohin و apoe و اثر متقابل سه تایی بین پلی مورفیسم های ژن های saitohin، vdr و apoe بر خطر بروز آلزایمر موثر به دست آمد. رویکرد خصیصه گزینی رگرسیون منطقی برای کشف اثرات متقابل مطالعات وابستگی ژنتیکی با تعداد متغیر زیاد رویکرد مناسبی بوده و پیشنهاد می شود.

مقدمه : بیماری آلزایمر به عنوان شایعترین عامل دمانس یا زوال عقل در دوران میانسالی و پیری، با نقص در فعالیت های شناختی از جمله عدم توانایی در سخن گفتن، عدم تشخیص افراد و اشیاء با وجود سالم بودن حواس، از دست دادن حافظه، از دست دادن توانایی انجام حرکات هدفدار و تغییرات شخصیتی همراه است. محققان با انجام آزمایشهای متعدد دریافتند که سیتوکین های پیش التهابی و کموکین ها در پاتوژنز چندین نوع از نواقص نورولوژیکی و نورودژنریتیو نقش دارندکه در این مطالعه دو ژن il4 و bat1 که در مسیر التهابی نقش دارند مورد مطالعه قرار گرفتند.پلی مورفیسم درژنهای عامل التهابی در طی زمان باعث ایجاد اختلالات مغزی شده و در طولانی مدت بیماری آلزایمر را به وجود آورد که التهاب مغز یکی از اشکال پاتولوژیکی درمغز مبتلایان به آلزایمر می باشد . همچنین در برخی جمعیتها آلل t حاصل از پلی مورفیسم c>t در موقعیت -590 ژن il4 و آلل c حاصل از پلی مورفیسم g>c در موقعیت -22 واقع درپروموتر ژن bat1 به عنوان عامل محافظت کننده گزارش شده اندکه در این پژوهش سعی بر این داریم که ارتباط پلی مورفیسم های مذکور را با بیماری آلزایمر دیررس در جمعیت ایرانی مورد بررسی قرار دهیم. روش کار : در این مطالعه مورد – شاهدی، واریاسیون c>t در موقعیت -590 ژن il4 در 153 فرد سالم و 153 فرد بیمار و واریاسیون g>c در موقعیت -22 واقع درپروموتر ژن bat1 در 152 فرد سالم و 157 فرد مبتلا به آلزایمرمورد بررسی قرار گرفت و افراد برای پلی مورفیسم های مذکور بررسی شدند . dna ژنومی با روش salting out از نمونه ها استخراج شده و ژنوتایپینگ نمونه ها با استفاده از روش pcr-rflp و الکتروفورزپلی آکریل آمید انجام شد و نتایج به دست آمده با استفاده از chi-square و spss مورد تجزیه و تحلیل آماری قرار گرفتند.همچنین با استفاده ازlogistic regression ، intraction دو واریاسیون مورد بررسی قرار گرفت . یافته ها : نتایج به دست آمده نشان دهنده تفاوت معنادار الل t از واریاسیون il4-590 در جمعیت مورد مطالعه بیمار و کنترل بوده است ( p=0.009 ) .همچنین در گروه جنسیتی زنان تفاوت معناداری بین افراد بیمار و سالم برای ژنوتیپ هتروزیگوت il4-590 c/t مشاهده می شود(p=0.037). گرچه تفاوت معنی داری در فراوانی ژنوتیپ bat1 -22 g/c وجود ندارد ( p>0.05) . نتایج : در بین بیماران و افراد کنترل تفاوت مهمی در فراوانی آللی و توزیع ژنوتیپها برای پلی مورفیسم bat1 -22 یافت نشد ( p>0.05) ، اما برای پلی مورفیسم il4 -590 درتوزیع ژنوتیپی هتروزیگوت در بین افراد بیمار و کنترل در جمعیت زنان تفاوت معنی داری مشاهده شد( p=0.037 ). همچنین در توزیع آللی در ژن il4 بین افراد بیمار و سالم تفاوت معنی دار مشاهده شد(p=0.009).در intraction دوپلی مورفیسم با الل های ژن apoe، تفاوت معنی داری بین گروه بیمار و کنترل مشاهده نشد . این مطالعه ارتباط و همراهی برخی پلی مورفیسم های ژنهای عامل التهابی با بیماری آلزایمر را در برخی جمعیتهای ایرانی تقویت می کند . مطالعات دیگر پلی مورفیسم های ژنهای عامل التهابی در کنار عوامل محیطی نیاز است تا بتوان ارتباط ژنهای عامل التهابی و بیماری آلزایمر تک گیر را هر چه بهتر بررسی کرد و شناخت .

تکامل متمایز strهای (short tandem repeat) پروموترمرکزی در گونه های پریمات نسبت به غیر پریمات ها، نقش گونه زایی این تکرارها را حمایت می کند. در واقع، str ها می توانند کدهای تکاملی موثرتری در گونه زایی، نسبت به بلوک های نوکلئوتیدی dna در توالی های غیر تکراری باشند. اخیرا ژن های انسانی گزارش گردیده اندکه، در توالی پروموتر مرکزیشان دارای strهای به طور استثنایی طولانی بودند، که این تکرارها احتمالا مزیت تکاملی (evolutionary advantage)به گونه های دارای آنها می دهند. یکی از این ژن ها سایتوهزین4 (cyth4) است که دارای طولانی ترین تکرار 4 نوکلئوتیدی، 7(gttt)، شناسایی شده در پروموتر مرکزی ژن های انسانی است. در این مطالعه، پروموتر این ژن در تمامی گونه های گزارش شده در سایت ensemble genome browser (شامل 9 پریمات، 25 پستاندار غیرپریمات، 4 پرنده، 1 خزنده، 2 دوزیست و 8 ماهی)، غربالگری گردید. این مطالعه نشان داد که موتیف gttt به طور استثنایی در پریمات ها از 4 تا 7 تکرار گسترش یافته است ( p˂0.00001, df=1، fisher exact test). در میان پریمات ها ماکاک ( macaque) دورترین تکرار را به ناحیه شروع رونویسی (tss) دارد. دورترین تکرار در میان میمون های بزرگ (hominidae) نسبت به tss در اورانگوتان دیده شد، در حالیکه در گوریل و شامپانزه موقعیت تکرار یکسان است. طولانی ترین و نزدیکترین تکرار نسبت به tss در انسان دیده شد. در مطالعه حاضر، پایینترین تکرار دیده شده در جمعیت مطالعه شده ( شامل 495 نمونه dnaی انسانی) 6، و بالاترین تکرار 9 موتیف بود. با استفاده از سیستم dual-glo ی لوسی فراز در سلول های hek293 به نقش مهار بیان ژنی این موتیف ها پی برده شد ( p˂0.0006 ، t-test). تفاوت معنی داری از نظر میزان بیان ژن در بالاترین و پایین ترین تکرار ( 6 و 9 تکرار) ( p˂0.003) مشاهده گردید، cyth4 در ذخیره پروتئین و انتقالات غشایی درگیر است. پیشنهاد می شود که در طول تکامل کاهش بیان cyth4 به واسطه وارد شدن تکرارهای gttt در توالی پروموتری این ژن، بتواند در تکامل پریمات ها نقش داشته باشد.

مقدمه: تحقیقات نشان داده است که سیتوکین ها پروتئین هایی هستند که در مسیر های التهابی ایفای نقش می کنند و میزان انها در بیماری های التهابی تغییر می کند و بر مبنای این واقعیت که بیماری آلزایمر یک بیماری التهابی است می توان نتیجه گرفت که سیتوکین ها می توانند بر بروز این بیماری تأثیر بگذارند.il16 سیتوکینی است که نقش آن در پاره ای از بیماری های التهابی به اثبات رسیده است و هدف ما در این مطالعه بررسی اثر دو پلی مورفیسم rs1131445 وrs4072111 از ژن il16بر ریسک ابتلا به بیماری آلزایمر دیررس در جمعیت ایرانی بود. روش کار: در این مطالعه، که یک مطالعه موردی-شاهدی بود از 144 فرد مبتلا به بیماری آلزایمر به عنوان گروه بیمار و 173 فرد سالم به عنوان گروه کنترل برای بررسی دو پلی مورفیسم rs1131445 و rs4072111 استفاده شد. dna افراد بر اساس روش salting out استخراج شد و سپس ژنوتیپ افراد بر اساس روش pcr-rflp و الکتروفورز پلی اکریل آمید مشخص شد. در انتها نتایج بدست آمده با استفاده از chi-square و spss مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج رابطه ی معناداری میانa/g rs4072111و بیماری آلزایمر دیررس نشان داد (p value: 0.008 , or: 0.51(0.31-0.85)) . اما رابطه معناداری میان rs1131445 c/t مشاهده نشد (p value: 0.565, or: 0.9(0.6-1.3)) که با توجه به کوچک بودن حجم نمونه (power: 8.23%) اثبات عدم ارتباط میان پلی مورفیسم rs1131445 و بیماری آلزایمر دیررس نیاز به حجم نمونه بزرگتری دارد.