بادام و گونه های وحشی آن که در مرکز و غرب آسیا گسترش یافته اند، دارای تنوع ژنتیکی بسیاری می باشند و به این دلیل منبع مهمی برای استفاده در اصلاح نباتات محسوب می شوند. در این مطالعه تنوع ژنتیکی 19 رقم بادام (prunus dulcis)، شامل 10 رقم بادام ایرانی و 9 رقم بادام خارجی مورد بررسی و تجزیه و تحلیل قرار گرفت و سعی شد تا رابطه و تنوع ژنتیکی میان این ارقام با استفاده از 12 جفت آغازگر rna-seq ssr شناسایی شود. از میان 12 جفت آغازگر، یکی از آغازگرها به علت داشتن الگوی نواری نسبتا پیچیده و غیر قابل امتیازدهی کنار گذاشته شد و 11 آغازگر دیگر در مجموع، 64 آلل آشکار کردند. میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار به دست آمده در این تحقیق به ترتیب 3/0 و 4/0 می باشد. همچنین میانگین محتوای اطلاعات چندشکلی و میانگین تعداد آلل به دست آمده در هر لوکوس محاسبه شد. آنالیز تنوع مولکولی به دست آمده در این بررسی نشان داد که 12% از تنوع ژنتیکی مشاهده شده، بین جمعیت های ایرانی و خارجی و 88% آن درون جمعیت ها بوده است. در دندروگرام حاصل از تجزیه داده ها، ارقام مورد بررسی، به دو گروه تفکیک شدند که در گروه اول عمدتا ارقام ایرانی و در گروه دیگر عمدتا ارقام خارجی قرار گرفتند. در این دسته بندی بیشترین فاصله ژنتیکی مربوط به دو رقم ربیع و لارنس و کمترین فاصله ژنتیکی نیز بین دو رقم تونو و تگزاس مشاهده شد. در این بررسی همچنین تنوع ژنتیکی 60 درخت بادام که متعلق به چهار جمعیت از گونه ی p.scopariaبودند و از دو ارتفاع مختلف (بالاتر از 2000 متر و پایین تر از 2000 متر) در دو شیب شمالی و جنوبی کوه کره بس در استان چهارمحال و بختیاری جمع آوری شد، با استفاده از پنج جفت آغازگر rna-seq ssr مورد بررسی قرار گرفت. پنج جفت آغازگر مذکور در مجموع 89 آلل را آشکار کردند. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار و هتروزیگوسیتی مشاهده شده به ترتیب 6/0 و 3/0 محاسبه شد. آنالیز داده ها با روش amova (آنالیز تنوع مولکولی)، نشان داد که در دسته بندی جمعیت ها بر اساس ارتفاع، تنوع ژنتیکی میان جمعیت ها 15% و تنوع ژنتیکی درون جمعیت ها 69% برآورد شد (p ?0.001)، در حالی که این مقدارها در تقسیم بندی جمعیت ها بر اساس شیب، به 31% برای تنوع ژنتیکی میان جمعیت ها و 69% در مورد تنوع ژنتیکی درون جمعیت ها تغییر کرد (p ?0.001). دندروگرام حاصل از تجزیه داده ها به روش upgma و بر اساس فاصله ژنتیکی rogersبا استفاده از نرم افزار ntsys 2lj برای این جمعیت ها رسم شد. در این گروهبندی نمونه های مربوط به ارتفاع و شیب های مختلف از هم جدا نشدند که نشان می دهد ارتفاع و شیب تأثیر مشخصی در ایجاد تنوع ژنتیکی بین این جمعیت ها نداشته است. نتایج این دو بررسی نشان داد نشانگرهای rna-seq ssr ابزار بسیار قدرتمندی برای برآورد میزان تنوع ژنتیکی درون و بین جمعیت ها و ارزیابی روابط خویشاوندی آن ها، و همچنین تمایز ژنتیک و شناسایی جمعیت ها می باشند.