فرایند وارونویسی (reverse transcription)همراه با ازدیاد (rt-pcr) dna روش قوی مولکولی است که برای تشخیص، تعیین کمیت و بررسی بیان ژن و ویروس های rna دار، کاربرد بسیاری دارد. کارایی این واکنش ها بیشتر به ویژگی های مولکولی آنزیم های وارونوشتاز(reverse transcriptase) موجود وابسته است. ساخت cdna در دمای بالا مزیت های بسیاری دارد از جمله حذف ساختارهای دوم rna و بنابر این وارونوشتازهای پایـدار حرارتی، ابزار مهمی برای ساختcdna با طول کامل شناخـته شده اند. در این بـررسی، dna ژنـومی از باکتـری گرمادوسـت geobacillus stearothermophilus strain10 جداسازی و برای شناسایی ژن trt که محصول orf آن پروتئینی با توانمندی وارونویسی است، به کار گرفته شد. این orf شبیه orfهای دیگر از اینترون های گروه ii باکتری هاست. یک جفت پرایمر طراحی شده، برای تکثیر و همسانه سازی ژن trt در پلاسمید ptz57r/t استفاده شد و پس از تعیین توالی برای تایید هویت آن، به پلاسمید pet-28a منتقل شد . ژن trt در میزبان هترولوگ escherichia coli بیش بیان گردید و محصول پروتئین آن پس از خالص سازی، در واکنش rt-pcr در دمای °c70 استفاده شد.

در این پایان نامه بعضی از ویژگی های سیستم های تابع تکرار و پادضرب ها را مطالعه می کنیم که تحت اختلال های کوچک استوار می مانند. در ابتدا نشان می دهیم سیستم های تکرار تابعی وجود دارند که دارای بیشمار نقطه تناوبی جاذب و دافع می باشند و این ویژگی تحت اختلال های کوچک استوار می ماند. همچنین آبشاری از پادضرب ها می سازیم که یک رویه ی فشرده را به عنوان تار اختیار می کنند و همگی دارای اندازه های ناوردای ناهذلولوی می باشند. در ادامه گوی بازی در فضای پادضرب ها در ‎$c^1$‎- توپولوژی معرفی می کنیم به طوری که هر پادضرب از رده ی ‎$c^2$‎ واقع در آن ساختاراً پایدار است و به علاوه دارای جاذبی بیشین است که یک سادک ‎$m$‎- بعدی را در درون خود جای می د هد. به ویژه، نشان خواهیم داد که این ویژگی ها تحت اختلال های کوچک این پادضرب ها در فضای دیفیومورفیسم های هموار حفظ می شود. در انتها، مجموعه ی بازی از پاد ضرب ها روی یک منیفلد فشرده ی ‎$m$‎- بعدی را می سازیم که روی یک مجموعه ی ناوردای فشرده با درون ناتهی، آمیخته ی توپولوژیکی هستند و این ویژگی تحت اختلال های کوچک در فضای پادضرب ها استوار می ماند. به علاوه برای تقریباً تمام نقاط واقع در یک تار، فاصله ی مدار مثبتشان به صفر میل می کند. به عبارت دیگر هر پادضرب در این مجموعه دارای یک نقطه ی چاهک تصادفی است.

تاثیرات بشر در محیط زیست موجب ایجاد مفهوم پایداری گردید که استفاده از منابع به گونه ای است که نسل حاضر در رفاه بوده و نسلهای آینده نیز قادر به برآوردن نیازشان باشند. پایداری در سه بعد اقتصادی، زیست محیطی و اجتماعی مورد بررسی قرار می گیرد. پایداری و اهمیت آن باعث ایجاد مفاهیم، اصول، رویکردها و سیستم های پایدار همچون توسعه و تولید پایدار گردید. زنجیره تامین پایدار به عنوان مصداقی از سیستم های پایداری دارای اهمیت بالایی است و بالطبع ارزیابی پایداری آن نیز با اهمیت می باشد، اما از آنجا که شاخص های آن بسیار زیاد می باشند ایجاد شاخصی جامع برای ارزیابی پایداری آن اجتناب ناپذیر می باشد. در این تحقیق در ابتدا شاخص های جامعی که برای سازمان، جامعه و یا صنعتی ایجاد شده مورد بررسی قرار گرفته و از نقاط قوت آنها برای تحقیق حاضر استفاده گردیده و تلاش در رفع ایرادهای آنها شده است. همچنین با مطالعه کارهای گذشته و گزارشات پایداری ارایه شده مجموعه کاملی از شاخصهای پایداری جمع آوری شده و در اختیار هر سازمان یا صنعت یا زنجیره تامینی که تلاش در اندازه گیری پایداری خود نماید، قرار گرفته است. شاخص ها با توجه به ذی نفعان آنها و مسایل با اهمیت در پایداری همچون حمل ونقل و ... سازماندهی شده اند. در ادامه چارچوب ایجاد شاخص جامع پایداری زنجیره تامین ارایه گردیده است که در ایجاد آن، بعد از تشکیل سلسله مراتبی، وزن های نسبی شاخص ها، شاخص های کلی و عوامل محاسبه شده و با استفاده از مقادیر شاخص ها در دوره های زمانی مورد بررسی، مقدار شاخص جامع در هر دوره محاسبه گردیده است. زنجیره تامین نایکلس های حمل بار شهروند به عنوان مطالعه موردی در دو دوره زمانی (نیمه دوم سال 86 و نیمه اول سال 87) مورد بررسی قرار گرفته است و شاخص جامع پایداری زنجیره در این دو دوره محاسبه گردیده که دوره اول پایداری زنجیره بالاتر بوده است و بر اساس آن راهکارهایی برای آن ارایه شده که اصلی ترین آن توجه به فرهنگ سازی و بعد اجتماعی می باشد. همچنین پیشنهاداتی برای ادامه کار ارایه گردیده است.

آنزیم لوسیفراز حشره شب تاب در طی دو مرحله، مرحله اول با نقش لیگازی با استفاده از atp و mg2+ و مرحله دوم با نقش مونواکسیژنازی و با استفاده از o2 باعث تبدیل سوبسترای خود، لوسیفرین به ترکیب برانگیخته اکسی لوسیفرین می شود که در هنگام برگشت به حالت پایه ایجاد نور با بازده کوانتومی بالا می کند. به دلیل کاربردهای فراوان صنعتی و تشخیصی آنزیم لوسیفراز، جهش های زیادی برای افزایش پایداری حرارتی و بهبود ویژگی های سینتیکی و ساختاری آن انجام شده است. علیرغم افزایش پایداری حرارتی در تولید این نوع جهش یافته ها مشاهده شده است که مقدار km برای هر دو سوبسترای لوسیفرین و atp تا حدودی افزایش می یابد و یا فعالیت ویژه آنزیم بطور چشمگیری کاهش پیدا می کند. از طرفی مشخص شده است که پیوند دی سولفیدی با کاهش آنتروپی حالت فولدنشده (unfold) نقش مهمی در پایداری پروتئین-های پایدار بازی می کند. تاکنون هیچ گزارشی مبنی بر حضور پیوند دی سولفیدی در گونه های حشرات شب-تاب وجود ندارد. به همین دلیل در این مطالعه به منظور افزایش پایداری آنزیم لوسیفراز حشره شب تاب گونه آمریکای شمالی (فوتینوس پیرالیس) و ایجاد یک آنزیم جهش یافته با ویژگی های جدید، چهار جایگاه به منظور ایجاد چهار جهش یافته با یک پیوند دی سولفید و با تلفیق آنها دو پروتئین با دو پیوند دی سولفید ایجاد شد و سپس توسط روش جهش زایی هدفدار ژن کدکننده لوسیفراز تغییر داده شد و بعد از بیان و تخلیص شش آنزیم جهش یافته، ویژگی های سینتیکی و ساختاری آنها مورد مطالعه قرار گرفت. به علاوه یکی از موتانت ها c81-a105c به فرم ترشحی در آمد و فعالیت آن در سلولهای یوکاریوتی مور مطالعه قرار گرفت. نتایج نشان داد که پیوند دی سولفید سبب شیفت نوری به ناحیه قرمز و افزایش دمای بهینه به اندازه 15 درجه سانتی گراد در بعضی از جهش ها نسبت به نمونه وحشی شده است. همچنین مطالعات ترمودینامیک تعادلی در حضور اوره، نشاندهنده افزایش پایداری ترمودینامیکی در نمونه های حاوی جهش (افزایش 2/7 کیلوژول بر مول در میزان ?gu) می باشد. بنابراین فرم ترشحی لوسیفراز، با ویژگیهای افزایش دمای بهینه، پایداری سینتیکی و ترمودینامیکی و شیفت نوری به سمت قرمز، برای مطالعات بررسی بیان ژن و غربالگری در مقیاس زیاد مناسب می باشد

در این پایان نامه اثبات می شود که هر عمل نیم گروه کمین انبساطی از c^1-دیفیومورفیسم های({c^{1+?-دیفیومورفیسم های همدیس)یک منیفلد فشرده به طور استوار کمین(نسبت به اندازه لبگ،ارگودیک)است.

رنیلالوسیفراز آنزیم بیولومینسانس کننده ای است که به عنوان مارکر سلولی در پژوهش های زیستی مورد استفاده قرار می-گیرد. با توجه به اهمیت کاربردی این آنزیم، بررسی ویژگی های ساختاری، عملکردی و سینتیکی آنزیم و هم چنین رابطه ساختار و عملکرد آن در محیط های مختلف و مطالعه ی تاثیر ترکیبات مختلف بر پایداری سینتیکی و حرارتی این آنزیم به شناخت هر چه بیشتر آن کمک خواهد کرد. در این پژوهش فعالیت و کارایی کاتالیتیک آنزیم رنیلا لوسیفراز در غلظت های مشخصی از دو ترکیب اسمولیت گلیسرول و سوربیتول اندازه گیری و بررسی شد، تغییرات ساختار دوم و سوم آن در حضور این دو ترکیب مورد بررسی قرار گرفت و به کمک شبیه سازی مولکولی آنزیم در حضور این ترکیبات رابطه ساختار و عملکرد آنزیم مطالعه شد. همچنین تاثیر گلیسرول و سوربیتول بر پایداری حرارتی آنزیم مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که کارایی کاتالیتیک آنزیم رنیلا لوسیفراز در نتیجه ی ورود مولکول های گلیسرول به کانال اصلی آنزیم کاهش می یابد و نوع پراکنش مولکول های سوربیتول در اطراف دهانه کانال اصلی آنزیم کارایی کاتالیتیک این آنزیم را تحت تاثیر قرار می دهد. آزادی تحرک آمینواسیدهای موجود در پیچ های سطحی آنزیم با افزایش غلظت گلیسرول و سوربیتول کاهش یافته و بنابراین ساختار سوم آنزیم رنیلا لوسیفراز تغییر یافته و دسترسی کروموفور ans به مناطق هیدروفوب پروتئین افزایش می یابد. آنزیم رنیلا لوسیفراز در حضور گلیسرول و سوربیتول به اندازه ی مورد انتظار پایدار نشد.

چکیده ندارد.