نباید مخاطرات حاصل از این فناوری را از نظر دور داشت. مخاطراتی از قبیل، ایجاد ترکیبات سمی، ایجاد واکنشهای حساسیت زا ، رشد غیر قابل کنترل ابر علف هرزها ، کاهش تنوع زیستی و غیره. این معضلات مورد توجه فعالان عرصه حقوق بشر، قرار گرفته است. به زعم آنها، شیوه فعلی عرضه بذرهای تراریخته، موجب نقض اصول بنیادین حقوق بشری می شود. اصولی از قبیل «حق بر غذای کافی» ، «حق دانستن»، «حق بر محیط زیست سالم»و « حق کار» . مشکلاتی که به دلیل عدم انجام تحقیقات کافی و فقدان مدیریت صحیح درفرایند عرضه بذرهای مزبور، ایجاد شده است.