تنظیم فیزیولوژیکی تولید شیر تحت کنترل چندین ژن می باشد که ممکن است از ژن های مهم کاندیدا در تبیین تنوع ژنتیکی صفات اقتصادی مرتبط در حیوانات مزرعه ای به حساب آیند. وجود چند شکلی در این ژن های کاندید که با صفاتی خاص همبستگی نشان می دهند به عنوان جایگاه های کمی (qtl) در انتخاب به کمک نشانگر (mas) مفید خواهند بود. در گاو شیری دو ژن کاندید مهم برای تولید و ترکیبات چربی شیر، جایگاه ژن های دی آسیل گلیسرول آسیل کوآنزیم آ ترانسفراز و استروئیل کوآ دی استراز می باشند. نمونه های خون از دو گله سیمنتال و هلشتاین به طور تصادفی جمع آوری و استخراج dnaبا روش نمکی بهینه یافته انجام گرفت. در مطالعه حاضر برای شناسایی چند شکلی در این دو نشانگر از جفت پرایمرهای اختصاصی برای تکثیر دو قطعه از اگزون 5 در جایگاه استروئیل کوآ دی استراز و یک قطعه از اگزون 8 برای جایگاه دی آسیل گلیسرول آسیل کوآنزیم آ ترانسفراز و برای تعیین ژنوتیپ در هر یک از این جایگاه ها به ترتیب از روش های pcr-rflpو pcr-sscpاستفاده شد. در روش pcr-rflp هضم با استفاده از دو آنزیم nco1وalu1 و شناسایی ژنوتیپ ها برای هر نمونه روی ژل آگارز 2% و رنگ آمیزی اتیدیوم بروماید انجام گرفت. در روش pcr-sscpاز ژل پلی اکریل آمید 12% و رنگ آمیزی روش نیترات نقره استفاده شد. هضم محصولات pcr با آنزیم alu1در جایگاه 725 جفت بازی در جایگاه استروئیل کوآ دی استراز دو آلل v وa با فراوانی (79 و 21 درصد) و (92 و 8 درصد) به ترتیب در نژادهای هلشتاین و سیمنتال را نشان دادند. وفور ژنوتیپ های aa ,av ,vv در هر یک از جمعیت های هلشتاین و سیمنتال به ترتیب (34 و 43 و 23) و (84 و 16 و 0) درصد برآورد شد. در برش قطعه 395 جفت بازی از این جایگاه با آنزیم nco1 دو آلل c و t هر یک با فراوانی به ترتیب 40 و 60 درصد در نژاد هلشتاین و 45 و 55 درصد در سیمنتال مشاهد شد. وفور ژنوتیپی tt ,ct ,cc در هر یک از جمعیت های هلشتاین(20 و 40 و 40) و سیمنتال (34 و 43 و 34) درصد برآورد شد. از تکثیر یک قطعه 176 جفت بازی در اگزون 8 جایگاه دی آسیل گلیسرول آسیل کوآنزیم آ ترانسفراز دو آلل a و k با فراوانی (60 و 40 درصد) در جمعیت هلشتاین و (57و 43 درصد) در جمعیت سیمنتال شناسایی شد. وفور ژنوتیپی kk ,ak ,aa در هر یک از جمعیت های هلشتاین (48 و 34 و 18) و سیمنتال (35 و 44 و 21) درصد برآورد گردید. مطالعات همبستگی بین چند شکلی های مشاهده شده و صفات مهم اقتصادی از جمله تولید و ترکیب شیر در مطالعات بعدی ضرووری به نظر می رسد.