پنوموسیستیس ایرووتزی یکی از عوامل بیماریزای فرصت طلب می باشد که قادر به ایجاد بیماری کشنده در افراد مبتلا به نقص سیستم ایمنی می باشد. مطالعه حاضر اولین مطالعه مولکولار اپیدمیولوژی ارگانیسم فوق در بیماران مبتلا به نقص ایمنی در ایران می باشد. در این مطالعه از سه گروه بیمار مبتلا به نقص ایمنی مراجعه کننده به مرکز رفرانس سل و بیماریهای ریوی و مرکز رفرانس hiv/aids تعداد 372 نمونه جمع آوری شد. جهت تشخیص وجود dna ارگانیسم یک قطعه از ژن mt lsu rrna با استفاده از nested pcr تکثیر گردید. به منظور تشخیص موارد مقاوم به دارو، موتاسیون در دو کدون 55 و 57 از ژن dhps با استفاده از روش pcr-rflp بررسی شد. و به منظور تعیین ژنوتیپ سوش جدا شده از بیمار یک قطعه از ژن its1-its2 تکثیر و تعیین توالی گردید. در این مطالعه، dna ارگانیسم از نمونه 130/16 بیمارhiv مثبت (3/12%)،89/7 بیمار (8/7%) مبتلا به aecopd و 153/11 بیمار (2/7%) مبتلا به انواع بدخیمی جدا گردید. 34/5 نمونه (7/14%) جدا شده از بیماران مثبت موتاسیون در کدون های 55 و 57 را نشان دادند. نتایج این تحقیق نشان داد که هاپلوتایپ غالب در نمونه های جدا شده از بیماران ایرانی تایپ eg با فرکانس 25% می باشد. آنالیزها نشان داد که هاپلوتایپ eg سرمنشاء تایپ های جدا شده از بیماران ایرانی می باشد. دو هاپلوتایپ جدید hb و hi که تا کنون از هیچ نقطه ایی از دنیا گزارش نشده است و یک ژنوتایپ جدید (edelt) در این مطالعه مشاهده گردید. ارتباطی بین موتاسیون در ژن dhps و تایپ های جدا شده از بیماران ایرانی مشاهده نشد. آنالیز فیلوژنتیک بر اساس پلی مرفیسم قطعه ژنی mt lsu rrna نشان داد که سوش های جدا شده از بیماران ایرانی با 99% تشابه، شبیه به سوشهای جدا شده از بیماران هندی می باشد.