یکی از پروتئین های مهم از خانواده پروتئین های کازئین در شیر، پروتئین آلفا - اس 1- کازئین می باشد. وجود آلل های متنوع در جایگاه 5 بالا دست این ژن به عنوان محلی برای اتصال فاکتورهای موثر بر رونویسی و همچنین اثر آن روی مقدار محتوی پروتئین شیر، ناحیه 5 این ژن را به عنوان یک جایگاه کاندید وظیفه مند برای محتوی پروتئین شیر تایید می کند. لذا انجام تحقیقات مقایسه ای این جایگاه ژنی در جمعیت های مختلف گوسفند و بز می تواند درک ما از چگونگی مکانیسم تنظیمی در بیان پروتئین ژن کازئین در شیر را افزایش دهد. خون گیری به طور تصادفی از 300 راس بز و گوسفند نژاد نائینی به عمل آمد و با استفاده از روش نمکی بهینه یافته استخراج dna صورت گرفت. سپس بر اساس توالی های موجود در ncbi طراحی پرایمر صورت گرفته و بعد با واکنش زنجیره ای پلی مراز قطعه ای به طول 1133تکثیر شد. به منظور تعیین ژنوتیپ قطعات تکثیری از آنزیم های برشی alui و hinfi استفاده شد. با توجه به نتایج تعیین ژنوتیپ که همه افراد مورد مطالعه یک شکل بودند، از هر گونه یک نمونه انتخاب و بعد از کلونینگ تعیین توالی شدند. نتایج حاصل از تعیین توالی با استفاده از نرم افزارهای محتلف بیوانفورماتیکی مانند bioedit، clc genomic، mega4و dnasis max مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. نتایج حاصله از هم ترازی این توالی ها نشان دهنده 26 چند شکلی تک نوکلئوتیدی و 3 جهش حذفی و 7 جهش اضافه بین توالی ها گوسفند و بز بوده است. آنالیز مقایسه ای نواحی موتیف ها و جایگاه های اتصال بین توالی های این دو گونه نشان داد که برخی از موتیف ها فقط در یک گونه یافت شده یا از لحاظ تعداد نیز با هم تفاوت دارند. در این هم ترازی نشان داده شد که یک جهش c به t در گوسفند باعث وجود موتیف احتمالی gata با توالی محافظت شده (wgatar) در موقعیت نوکلئوتیدی 535- شده است. تعداد و موقعیت جایگاه های اتصال احتمالی می توانند به واسطه اثرات متقابل پروتئین های ناظم نقش هم افزایی در بیان پروتئین کازئین در شیر ایفا نمایند.