این پایان نامه در شش فصل تنظیم شده است: فصل اول با عنوان ملاحظات مقدماتی سلسله مباحثی را به عنوان مدخل و طرح بررسی موضوع از نظر گذرانده و در فصل دوم که هسته اصلی این بررسی را شامل می شود و از نزول قرآن کریم تا سال 41ه.ق ادامه می یابد با بیان سطح علم و فرهنگ عرب جاهلی و عوامل موثر در مهیا شدن اعراب برای پذیرش اندیشه های اسلامی ، به بررسی عوامل بنیادین و زیربنایی در کنار عوامل روبنایی موثر در تکوین و توسعه اندیشه های اسلامی و فلسفی پرداخته شده است. در تبیین گزاره های فلسفی و عقلانی قرآن کریم در موضوعات هستی شناسی ‏‎ontology‎‏ ، معرفت شناسی‏‎epistemology‎‏ و ارزش شناسی ‏‎axiology‎‏، گزاره های هر یک از حوزه های معرفت فلسفی را از قرآن کریم استخراج و طبقه بندی نموده ، سپس با اشاره به شواهدی از وجود تعالیم فلسفی پیامبر اکرم (ص) و جستاری در شخصیت فلسفی علی (ع) ، این فصل به پایان می رسد. در فصل سوم که از سال 41 تا اوایل قرن دوم هجری را شامل می شود به بررسی اوضاع فرهنگی و سیاسی و علمی این دوره پرداخته و با بیان افکار شخصیت های علمی و فرهنگی همراه با ابعاد شخصیت فلسفی آنان و نیز با اشاره به مکتب های فکری و نحله ها و مذاهب ، این فصل به آخر می رسد.فصل چهارم که از اوایل قرن دوم تا سال 170 ه.ق را شامل می شود و نیز فصل پنجم که از سال 170 تا اوایل قرن سوم را در بر می گیرد براساس فصل سوم و به همان شیوه مورد بررسی و تجزیه و تحلیل قرار گرفته است. در فصل ششم با نتیجه گیری و ارائه پیشنهادات این رساله به پایان می رسد.