پنجاه و شش ژنوتیپ برنج با استفاده از نشانگر ‏‎(random amplified polymorphic dna)rapd‎‏ و نشانگر مرفولوژیکی (15 صفت کمی) مورد ارزیابی قرار گرفتند. در این آزمایش از 66 آغازگر استفاده شد. 12 آغازگر تصادفی، چند شکلی مطلوبی را نشان دادند. 129 نشانگر تصادفی ایجاد شد که 104 نشانگر (62/80 درصد) پلیمورف و 25 نشانگر (38/19 درصد) منومورف بودند. اندازه باندهای تولید شده از 45/0 تا 3 کیلو باز متغیر بود. میانگین تعداد باندها برای هر آغازگر چند شکل 75/10 - 7 بود. گروه بندی ژنوتیپ ها با استفاده از روش ‏‎upgma‎‏ و ضریب تشابه جاکارد صورت گرفت. بطوری که ژنوتیپ های مورد مطالعه در 7 گروه قرار گرفتند. میزان تشابه در بین ارقام از 44 درصد تا 91 درصد متغیر بود که حداقل تشابه بین ارقام بوفیکان و دمسیاه (44 درصد) و حداکثر تشابه بین ارقام 28 - ‏‎ir‎‏ با آمل _ 2 (91 درصد) بود. تجزیه کلاستر براساس صفات کمی ارقام برنج را در 4 گروه مختلف قرار داد. در این پژوهش نشانگر مرفولوژیکی (15 صفت کمی) نتوانت الگوی مناسبی را در طبقه بندی و تعیین تنوع ژنتیکی ارائه نماید. بهتر است که در مطالعات بعدی از تجزیه به مولفه های اصلی، محاسبات عددی و غیره استفاده شود. این آزمایش ها نشان دادند که در بین ارقام مورد آزمایش تنوع مطلوبی وجود دارد. بطوری که می توان از این تنوع برای اهداف مختلف اصلاحی بهره جست همچنین این آزمایش نشان داد که نشانگر رپید یک تکنیک مناسب برای طبقه بندی و بررسی تنوع ژنتیکی در بین ارقام برنج و سایر گیاهان زراعی می باشد.