تحقیق حاضر مطالعه شیمیوتاکسونومی برخی ارقام کدو می باشد. در این بررسی دو هدف عمده در نظر گرفته شده است: نخست، چند خصوصیات شیمایی( از قبیل چربی کل، پروتئین کل، ترکیب اسیدهای چرب و...) الکتروفورز پروتئین های ذخیره ای بذر در دانه چند رقم از جنس کدو ‏‎(cucurbita)‎‏ مورد شناسایی و اندازه گیری قرار گرفت. سپس با توجه به نتایج بدست آمده و با استفاده از روش های آماری چند متغیره، ارقام مورد مطالعه، از لحاظ شیمیوتاکسونومی بررسی و مقایسه شدند. در بررسی بیوشیمیایی انجام شده درصد چربی کل با روش سوکسله، پروتئین کل به روش کجلدال و پروتئین محلول به روش لوری اندازه گیری شد. همچنین ترکیب اسیدهای چرب موجود در روغن دانه گیاهان مورد بررسی از طریق گاز کروماتوگرافی تعیین گردید. نتایج نشان می دهد کدو مسمایی (رقم کاغذی) دارای بیشترین درصد پروتئین (49/37درصد) و کدو مسمایی (رقم مشهدی) دارای بیشترین درصد چربی است (04/56 درصد) همچنین چهار نوع اسید چرب اصلی بطور مشترک در چهار گیاه مشاهده شد که شامل اسید پالمیتیک، اسید اسئاریک، اسید اولئیک و اسید لینولئیک می باشد. دو اسید چرب غیر اشباع مهم یعنی اولئیک و لینولئیک به ترتیب در کدو مسمایی (رقم قلمی) 98/57 و 56/14 درصد، در کدو تنبل 18/78 و 24/13 درصد، در کدو مسمایی (رقم کاغذیی) 63/76 و 07/12 درصد و در کدو مسمایی (رقم مشدهد) 84/81 و 1/12 درصد اندازه گیری گردید. علاوه بر این، یک اسید چرب دیگر نیز در روغن دانه کدو مسمایی (رقم کاغذی) مشاهده شد که عبارت است از اسید میریستیک (88/3 درصد) که در سایر نمونه ها به چشم نمی خورد.در بررسی خصوصیات شیمیای روغن دانه ها، اندیس صابونی با روش تیتومتری و اندیس ید با روش هانوس نیز اندازه گیری شدند. کدو تنبل با عدد صابونی 06/273 و کدو مسمایی (رقم قلمی) با اندیس ید 28/119 به ترتیب بالاترین مقادیر اندیس صابونی و اندیس ید را به خود اختصاص دادند. نتایج حاصل از الکتروفورز پروتئین های ذخیره ای بذر نشان داد که نوع و تعداد پروتئین های موجود در دانه گیاهان مورد بررسی با هم متفاوت هستند. کلاستربندی ارقام براساس باندهای پروتئینی حاصل از الکتروفورز بااستفاده از ضریب جور شدن ساده ‏‎(simple matching)‎‏ انجام شد و ارقام در فاصله 0 تا 250 خوشه بندی شدند. برش دندروگرام از نقطه ای نزدیک به میانگین ارقام را به دو کلاس گروه بندی نمود. 3 رقم مربوط به گونه کدو مسمایی ‏‎(c.pepo)‎‏ در کلاس 1 و کدو تنبل ‏‎(c.maxima)‎‏ به تنهایی در کلاس 2 قرار گرفت. همچنین از نظر کمیت، خواص بیوشیمایی مورد آنالیز قرار گرفتند. آنالیز جامع اندازه گیری تمام فاکتورهای بیوشیمیایی در کنار یکدیگر، نشان می دهد که این فاکتورها قادرند گیاهان مورد مطالعه را بطور 100% تفکیک نموده و آنها را در 4 گروه مختلف قرار دهند.