امروزه تصویرنگاری عملکردی تشدید مغناطیسی توسط طیف وسیعی از محققین ، نرولوژیست ها و پزشکان برای کاربردهای تحقیقی و تشخیصی مورد استفاده قرار می گیرد. هدف از انجام این تحقیق ارزیابی عملکرد و قابلیت اعتماد روشهای مختلف تحلیل است ، تا با استفاده از نتایج چنین تحقیقی روش مناسب تر برای هر کاربرد مشخص شود.برای این منظور معیارها و پارامترهایی همچون دقت تشخیص ، حساسیت ، ضریب هماهنگی و درصد تکرارپذیری را معرفی کرده ایم و روشهای مختلف تحلیل داده های ‏‎fmri‎‏ را بوسیله این معیارها مورد سنجش قرار داده ایم. از میان این معیارها دقت تشخیص برای عملکرد روشهای تحلیل روی داده حالت استراحت ، حساسیت برای داده شبیه سازی شده و پارامترهای ضریب هماهنگی و درصد تکرارپذیری برای داده واقعی ‏‎fmri‎‏ بکار گرفته شده اند. با استفاده از معیارهای فوق روشهای تفریق ، همبستگی ، آنالیز واریانس و تحلیل مولفه های مستقل را مورد مقایسه قرار داده ایم.همچنین توانایی روشهای مختلف در تشخیص فعالیت در مراکز شناخته شده حرکت در مغز برای داده عملکردی تحریک حرکتی بررسی شده است که در نتیجه این بررسی مشاهده می شود که در نتایج تمام روشها کورتکس حرکتی فعال شناخته شده است. در تمامی تحلیل ها همبستگی عملکردی قابل قبول نشان داده ، روش تحلیل واریانس که محافظه کارترین روشهاست ، از نظر تکرارپذیری از دیگر روشها بهتر عمل می کندو نتایج روشهای تفریق و همبستگی نسبت به هر دو روش دیگر، دارای شباهت های بیشتری بوده اند.