صنایع مواد غذایی کشور با داشتن سهمی معادل 14 درصد از ارزش افزوده تولیدی بخش صنعت ، یکی از مهمترین زیرشاخه ای این بخش محسوب می شود. در این تحقیق سعی شده است که کارایی این صنعت دو روش dea و تاکسونومی مورد بررسی قرار گرفته و زیر شاخه های آن در سطح کدهای 3 و 4 رقمی طبقه بندی استاندارد بین المللی براساس شاخصهای اقتصادی تعریف شده اولویت بندی شوند. در ضمن آزمون همبستگی رتبه ای اسپیرمن برای تست همبستگی دو روش بکار برده شده، مورد استفاده قرار گرفته است . با محاسبه ضریب همبستگی بین رتبه های حاصل و ورودیها و خروجیهای مورد استفاده قرار گرفته شده در روش dea و شاخصهای روش تاکسومونی مشخص شد که عواملی نظیر هزینه آموزش ، هزینه تحقیقات ، بهره وری نیروی کار، بهره وری هزینه شاغلین، میزان استفاده از ضایعات پس از فروش ، قابلیت صادرات و رقابت پذیری زیرشاخه های صنایع مواد غذایی در رتبه بندی و اولویت گذاری آنها سهمی اساسی داشته و می بایست در توسعه سایر زیر شاخه های این بخش مورد توجه قرار گیرد.