از مهمترین طبقه بندی های پزشکی، طبقه بندی بیماریهاست . واحد طبقه بندی و کدگذاری بیماریها و اقدامات درمانی با بکارگیری سیستمهای طبقه بندی بین المللی بیماریها قادر به تسیهل، ذخیره سازی، بازیابی و تجزیه و تحلیل داده ها جهت کلیه مقاصد مدیریتی، آماری، مالی، آموزشی، تحقیقاتی و پژوهشی می باشد. در این پژوهش توصیفی-تحلیلی، وضعیت طبقه بندی بیماریها در بیمارستانهای تخصصی-آموزشی دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی ایران با استانداردهای انجمن مدارک پزشکی امریکا مقایسه شده است . جهت گردآوری داده ها بمنظور بررسی وضعیت واحدهای کدگذاری از یک پرسشنامه و بررسی پرونده هایی که با استفاده از نمونه گیری خوشه ای انتخاب شده اند از یک چک لیست استفاده شده است که نتایج حاصل در زمینه بررسی صحت کدگذاری، بررسی میزان ثبت عناصر پیش بینی شده در بعضی اوراق پرونده که مطابق با استانداردهای انجمن مدارک پزشکی امریکاست و بررسی میزان ثبت و صحت مشخصه های پیش بینی شده در اندکسهای مختلف عبارتست از: صحت کدگذاری تشخیصهای اصلی در کدهای سه کاراکتری 95/5 درصد، چهار کاراکتری 91/1 درصد و پنج کاراکتری 63/2 درصد می باشد و 75/4 درصد از کدهای 4 رقمی و 4/7 درصد از کدهای سه رقمی اقدامات اصلی صحیح انتخاب شده اند. نتایج حاصل از بررسی اوراق پذیزش و خلاصه ترخیص نشان می دهد دو مشخصه شماره پرونده و تاریخ پذیرش (100 درصد) و تاریخ تولد و نام بخش در بیش از 90 درصد از پرونده ها ثبت شده اند. در برگ خلاصه پرونده بیشترین میزان ثبت به امضاء پزشک اختصاص دارد و برگ گزارش عمل جراحی توجه بیشتر جراحان به ثبت امضاء و نامشان را منعکس می کند زیرا در بیش از 97 درصد از گزارشها این دو مشخصه ثبت شده اند. در برگ گزارش پاتولوژی تنها مشخصه مشترک با استاندارد یعنی (تشخیص) 100 درصد ثبت شده است . میزان ثبت در اندکس بیماری حاکی از بیشترین میزا ثبت (96/2 درصد) متعلق به شماره پرونده و میزان صحت به شماره پرونده، وضعیت بیمار هنگام ترخیص ، مدت بستری و نام پزشک معالج می باشد. در اندکس یجراحی بیشترین میزان ثبت به نام جراح (98/1 درصد) اختصاص دارد و اکثر عناصر موجود در آن صحیح ثبت شده اند. در اندکس پزشکان کلیه عناصر موود صحیح ثبت شده و میزان ثبت متغیرهای نام پزشک و شماره پرونده 100 درصد است .