متدهای محاسباتی یکی از روشهایی است که امروزه همگام با روشهای تجربی در مطالعات و تحقیقات متفاوت در تمام بخشهای علوم از جمله شیمی، کاربرد فراوانی پیدا کرده است . در این پروژه از متدهای محاسباتی برای بررسی سمی یا غیرسمی بودن برخی ترکیبات ارگانوفسفره و چگونگی اثر بازدارندگی آنها بر روی آنزیم استیل کولین استراز استفاده شده است . آنزیم استیل کولین استراز یکی از ترکیبات مهم بدن موجودات زنده است و هیدرولیز استیل کولین را که انتقال دهنده عصبی در رابطهای عصبی است ، کاتالیز می کند. عدم هیدرولیز به موقع استیل کولین منتهی به اختلالات بسیار مهمی در سیستم عصبی می شود. نیرویی که استیل کولین را به آنزیم استیل کولین استراز نزدیک می کند از نوع نیروهای بسیار ضعیف واندروالسی است ، برای اینکه آنزیم بتواند کارش را به خوبی انجام دهد این نیروهای ضعیف باید به طور متناوب ایجاد و شکسته شود. برخی ارگانوفسفره روی مکان فعال آنزیم اثر گذاشته و با ایجاد پیوند کووالانسی قوی و برگشت ناپذیر با آنزیم، آن را از فعالیت باز می دارد. در این کار، پس از یافتن بهترین ساختار برای لیگاندها به وسیله روشهای نیمه تجربی، برهمکنش بین لیگاندهای ارگانوفسفره-n,n دی متیل فسفرآمیدیک اسیدبیس (-4نیتروفنیل استر) و n,n دی بنزیل فسفرآمید و -4متیل فنیل استر با آنزیم استیل کولین استراز و همچنین برهمکنش بین استیل کولین با آنزیم به وسیله روشهای مولکولار مکانیک بررسی شد و نتیجه این بود که پیوند بین لیگاندها و آنزیم به مراتب قویتر از پیوند بین استیل کولین با آنزیم بوده و پایداری ساختارهای حاصله هم بیشتر است که این پدیده نتایج تجربی را تایید می کند.