در این پایان نامه بعد از معرفی میکروسکوپهای stm و afm چگونگی کارکرد آنها مورد بررسی قرار گرفته است . زیگنالهای دریافتی از نوک میکروسکوپ stm بعد از تبدیل d to a به عنوان داده های ابتدایی مورد پردازش قرار گرفته و روشهایی برای بهبود تصاویر به دست آمده است و همینطور چگونگی دریافت اطلاعات مورد نظر از تصاویر در اثر پردازش بحث شده است . در انتها نیز طراحی نرم افزاری با فرض در اختیار داشتن برخی پارامترها از کامپیوتر ارائه شده است که با ثابت فرض کردن حجم یک اتم در یک تقریب دو بعدی با تغییر ارتفاع و نیم پهنای اتم برای جداسازی دو اتم همپوشانی شده بکار می رود.