سیب زمینی یکی از مهمترین محصولات غذایی دنیا است، اما هنوز شرح و تفسیر ساختار خزانه ژنی آن مورد بحث باقی مانده است. اطلاع از سطح تنوع ژنتیکی و روابط ژنوتیپها برای تولید ارقام جدید با عملکرد کمی و کیفی بالا و مقاوم به تنش های زیستی و غیر زیستی ضروری است. در این پژوهش، تنوع ژنتیکی و روابط خویشاوندی 45 نمونه سیب زمینی، شامل گونه های دیپلوئید، تتراپلوئید و هگزاپلوئید متعلق به 16 گونه از سیب زمینی های زراعی و خویشاوندان وحشی واجد ژنوم های a و b و سه دای هاپلوئید زراعی و پنج هیبرید بین گونه ای یا بین ارقام تجاری به همراه دو رقم تجاری ، با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره و ویژگی های مورفولوژیکی بررسی شد. تعداد 31 صفت و نسبت مورفولوژیکی در شرایط مزرعه ای در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با پنج تکرار ، مورد ارزیابی قرار گرفت. برای ارزیابی مولکولی از 12 جفت آغازگر ssr سیب زمینی زراعی، 6 جفت آغازگر ssr گوجه فرنگی و 12 آغازگر issr استفاده شد. متوسط اطلاعات چند شکلی برای نشانگرهای ssr و issr به ترتیب 0/27 و 0/67بود. از تجزیه واریانس مولکولی برای تفکیک تنوع بین سطوح پلوئیدی و گونه های زراعی و وحشی، استفاده شد. گروه بندی ژنوتیپ ها، با استفاده از داده های مورفولوژیکی و مولکولی، بر اساس تجزیه خوشه ای و تجزیه به مولفه های اصلی انجام شد. گروهبندی جمعیت-ها با استفاده از دادههای ssr و issr و براساس ضریب فاصله نی، آنها را به 6 گروه تقسیم کرد. تجزیه به مولفه های اصلی بهعنوان روش مکمل تجزیه خوشهای انجام گردید. با استفاده از دادههای هر دو نشانگر، دو بردار اول درصد بیشتری از واریانس مولکولی بین ژنوتیپها را تببین کردند. آغازگرهای ssr اختصاصی گوجه فرنگی به منظور بررسی قابلیت انتقال بین گونه ای نشانگرهای مربوطه، استفاده شد. از 10 جفت پرایمر اولیه اسفاده شده، 6 جفت پرایمر تولید باند نموده و در سیب زمینی قابلیت انتقال پذیری و کاربرد مطلوب نشان دادند. از بین آغازگرهای اختصاصی گوجه فرنگی دارای قابلیت انتقال پذیری در سیب زمینی، 4 آغازگر ssr578، ssr350، leta018 و leta024 به خوبی برای بررسی ویژگیها و تنوع ژنتیکی سیب زمینی استفاده و معرفی گردید.