در این تحقیق توزیع انرژی و دما در بافت های توموری و سالم که با استفاده از لیزر مورد درمان قرار می گیرند مطالعه و بررسی شده است . در ابتدا اثرات مختلف لیزر در برهم کنش با بافت معرفی شده اند. سپس نحوه انتقال نور در بافت بیولوژیکی مورد بررسی قرار گرفته و روشهای مختلف شبیه سازی نور در بافت ارائه و با هم مقایسه گردیده اند. جهت انتقال انرژی لیزر به داخل بافتهای بدن از انواع اعمال گرهای مختلف و همچنین نحوه مدل سازی آنها در این تحقیق مورد مطالعه قرار گرفته است . همچنین نحوه انتقال حرارت در بافتهای بیولوژیکی و معادله انتقال حرارت در بافت زنده و روشهای مختلف حل معادله انتقال حرارت ارائه شده اند. در ادامه کار ضمن معرفی روش تفاضلی محدود از آن به عنوان ابزاری در جهت حل معادله انتقال حرارت استفاده شده ا ست . جهت شبیه سازی اثرات حرارتی بوجود آمده در ترموتراپی، نقش پارامترهای مختلف از جمله پارامترهای سیستم لیزر، اعمالگر و بافت بررسی شده است .