نام پژوهشگر: رضا خدارحمی

خالص سازی آنزیم کربنیک انیدراز ii انسانی و مطالعه اثرات فیورزماید بر ساختمان آن
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه رازی - دانشکده علوم 1389
  سمیرا رنجبر رویین تن   رضا خدارحمی

کربنیک انیدراز انسانی (1 .1 .2 .4hca, ec ) یک متالوآنزیم حاوی فلز روی است که تبدیل برگشت پذیر دی اکسیدکربن به بی کربنات را همراه با تولید پروتون، کاتالیز می کند. از آنجا که مهار آنزیم کربنیک انیدراز در درمان بسیاری از بیماری ها از جمله سرطان و گلوکوما موثر است، در این تحقیق میان کنش فیورزماید (داروی سولفونامیدی و دیورتیک بسیار قوی) با کربنیک انیدراز ii انسانی (یکی از ایزوزیم های سیتوزولی) از طریق روش های مختلف از جمله اسپکتروسکوپی مرئی- فرابنفش، فلوئورسانس ذاتی و خارجی و دورنگ نمایی دورانی (cd) در بافر تریس mm 50 ، 75/7 ph مورد بررسی قرار گرفت. داده های به دست آمده از فلوئورسانس نشان داد که اتصال فیورزماید به hca ii همراه با خاموش شدن فلوئورسانس ذاتی آنزیم و پدیدار شدن یک پیک نشری جدید در طول موج های بالاتر می باشد که نشان دهنده میان کنش و انتقال انرژی غیرتابشی بین دارو و آنزیم است. فاصله،r ، بین دهنده انرژی فلوئورسانس (hca ii) و گیرنده (فیورزماید) بر طبق تئوری فارستر در انتقال انرژی غیرتابشی nm 02/0 ± 62/2 بدست آمد. آنالیز اشترن- ولمر در دماهای مختلف نشان دهنده این بود که خاموشی فلوئورسانس ذاتی آنزیم از طریق مکانیسم استاتیک انجام می پذیرد. بررسی پارامترهای ترمودینامیک اتصال نشان داد که پیوندهای هیدروژنی و واندروالس نقش مهمی در میان کنش فیورزماید با hca ii دارند. همچنین، آب گریزی سطحی پروتئین (psh) محاسبه شده، با استفاده از 1-آنیلینیو نفتالن- 8-سولفونیک اسید (ans)، نشان دهنده کاهش psh آنزیم درحضور فیورزماید بود. نمودار جاب تصدیق کرد که اتصال فیورزماید به آنزیم با استویکیومتری 1 به 1 اتفاق می افتد. تیتراسیون hca ii و کمپلکس hca ii-فیورزماید با n- بروموسوکسینیمید (nbs) نشان داد که حضور دارو باعث کاهش در تعداد تریپتوفان های در دسترس حلال می شود. نتایج cd در ناحیه فرابنفش دور نشان داد که فیورزماید باعث اندکی افزایش در میزان مارپیچ آلفا در hca ii شده است در حالی که آزمایش های cd در ناحیه فرابنفش نزدیک در حضور دارو اندکی کاهش انعطاف پذیری در ساختمان سوم آنزیم را نشان داد. در مجموع این طور می توان نتیجه گرفت که، اتصال فیورزماید به hca ii همراه با خاموش شدن فلوئورسانس ذاتی آنزیم، کاهش psh کمپلکس، القاء مارپیچ آلفا در ساختمان دوم آنزیم و کاهش انعطاف پذیری در ساختمان سوم آن است.

مطالعه اسپکتروسکوپی میانکنش بین داروی توپیرامات و آنزیم کربنیک انیدراز ii انسانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه رازی - دانشکده علوم 1389
  محمد رضا اشرفی کوشک   رضا خدارحمی

آنزیم کربنیک انیدراز ii انسانی (hca ii, ec 4.2.1.1)، متالو آنزیمی است که هیدراسیون برگشت پذیر دی اکسید کربن را به یون های بیکربنات و هیدروژن کاتالیز می کند. این واکنش نقش مهمی را در بسیاری از فرآیندهای فیزیولوژیک بدن از قبیل تنفس، تعادل اسید- باز، ترشح الکترولیت ها، کلسی فیکاسیون، پیام رسانی سیستم عصبی، بیوسنتز لیپیدها و در بعضی بیماری ها مانند سرطان، گلوکوما، صرع و بیماری های مرتبط با حافظه ایفا می کند. توپیرامات، داروی سولفاماتی با اسکلت قندی است که خاصیت ضدتشنج دارد. همچنین این دارو موجب کاهش وزن، کاهش تمایل به نوشیدن الکل و دیگر اثرات بر سیستم عصبی مرکزی می شود. اگرچه اطلاعات زیادی در مورد توپیرامات وجود دارد، ولی تاکنون مکانیسم عمل مشخصی برای آن ثابت نشده است. اخیرا، مهار hca ii به عنوان مکانیسم بالقوه عملکرد توپیرامات پیشنهاد شده است. از اینرو، مطالعه میانکنش توپیرامات- hca ii می تواند مهیا کننده درکی برای درمان بیماری های مرتبط با hca ii باشد. در این مطالعه، پارامترهای اتصال دارو و اثر آن بر ساختار و پایداری آنزیم با استفاده از تکنیک های اسپکتروفوتومتری مرئی- فرابنفش، فلوئوریمتری و اسپکتروپلاریمتری مطالعه شده است. مطالعات ساختاری و پایداری به ترتیب در بافرهای تریس و فسفات (هر دو 50 میلی مولار 75/7 ph) انجام شده است. توپیرامات اثر کاهشی بر طیف جذبی آنزیم داشت که نشان دهنده تشکیل کمپلکس بین دارو و آنزیم می باشد. نتایج آزمایش های فلوئورسانس ذاتی آنزیم نشان داد که اتصال توپیرامات باعث افزایش فلوئورسانس آنزیم از طریق کاهش خاموش شوندگی داخلی آن می شود. طیف cd فرابنفش دور نشان داد که محتوای مارپیچ آلفای آنزیم در حضور دارو افزایش یافته است، در حالی که طیف cd فرابنفش نزدیک افزایش فشردگی در ساختار سوم آنزیم را در اثر اتصال دارو نشان داد. شاخص آبگریزی سطحی پروتئین (psh) نشان داد که psh آنزیم در حضور توپیرامات 77/13% کاهش یافته است که تایید کننده فشردگی ساختار آنزیم در حضور دارو می باشد. تعداد تریپتوفان های در دسترس برای اکسیداسیون با اتصال دارو کاهش می یابد که نشان دهنده افزایش فشردگی ساختار آنزیم در حضور دارو می باشد. آنالیز ترمودینامیک فرآیند اتصال نشان داد که اتصال توپیرامات به hca ii توسط آنتالپی پیش رانده می شود و نیروهای عمده درگیر در اتصال، پیوندهای هیدروژنی و میانکنش های واندروالس می باشند. پایداری ترمودینامیکی آنزیم در حضور توپیرامات به میزان 38/31% افزایش می یابد که ناشی از پایدار شدن شکل طبیعی آنزیم می باشد. سرعت غیرفعال شدن و تجمع حرارتی آنزیم در حضور توپیرامات کاهش می یابد که نشان دهنده از بین رفتن ساختار جایگاه فعال آنزیم در حالت انتقالی می باشد. بررسی پارامترهای ترمودینامیکی فرآیندهای غیرطبیعی شدن و تجمع حرارتی نشان داد که میانکنش های عمده پایدار کننده ساختار پروتئین با اتصال دارو از نوع پیوند هیدروژنی بوده و منحصر به پیوندهای تشکیل شده بین جایگاه فعال آنزیم و دارو نمی باشند. نتیجه کلی اینکه توپیرامات با القای فشردگی در ساختار آنزیم کربنیک انیدراز ii انسانی موجب پایداری سینیتیکی و ترمودینامیکی آن می شود.

تخلیص و تعیین برخی خصوصیات آنزیم آمیلاز از قارچ آسپرژیلوس نایجر
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم پایه 1390
  احمد باقری   علی مصطفایی

تخلیص و تعیین برخی خصوصیات آنزیم آمیلاز از قارچ آسپرژیلوس نایجر چکیده گلوکوآمیلاز یک اگزو آنزیم است که در مقیاس بزرگی در تبدیل نشاسته به قند، دکسترین ها یا گلوکز در صنایخ غذایی استفاده می شود. گلوکوآمیلاز عمدتاً توسط قارچها تولید می شود و آسپرژیلوس نایجر یکی از تولید کنندگان این آنزیم است که در این مطالعه مورد استفاده قرار گرفت. هدف از انجام این مطالعه استفاده از یک روش بسیار ساده کروماتوگرافی تعویض یونی جهت خالص نمودن گلوکوآمیلاز از مایع رویی محیط کشت آسپرژیلوس نایجر است. آسپرژیلوس نایجر در محیط مایع تشکیل شده از 300 میلی لیتر عصاره تهیه شده از 600 گرم سیب زمینی که در 1 لیتر آب مقطر پخته شده و حاوی گلوکز 20، آمونیوم سولفات 6/6، کلسیم کلرید 1، پتاسیم دی هیدروژن فسفات 5/3، فروس سولفات هپتا هیدرات 1/0، منیزیم سولفات هپتا هیدرات 1/0، نشاسته 5 (گرم بر لیتر) با ph 6 کشت شد و در دمای c°30 انکوبه گردید. گلوکوآمیلاز با استفاده از ستون کروماتوگرافی deae- سفاسل و کلرید سدیم 0 تا 5/0 مولار خالص سازی شد. وزن مولکولی این آنزیم با الکتروفورز در ژل پلی اکریل آمید در حضور سدیم دودسیل سولفات 10% (sds-page) سنجیده شد. تأثیرات ?-مرکاپتواتانول، دما و اوره بر ساختمان آنزیم به وسیله الکتروفورز در ژل پلی اکریل آمید در حضور سدیم دودسیل سولفات بررسی شد. pi آن با استفاده از روش ایزوالکتروفوکوسینگ تعیین شد و همچنین دما و ph بهینه فعالیت آنزیم و تأثیرات غلظت 5 میلی مولار برخی از یون های فلزی بر غعالیت و پایداری آنزیم بررسی شد. مقدار km و vmax و kcat آنزیم برای غلظت های مختلف نشاسته محلول به عنوان سوبسترا، برای 20 دقیقه فعالیت در دمای c°40 سنجیده شد. محصول نهایی فعالیت آنزیم به وسیله روش کروماتوگرافی لایه نازک آنالیز شد. طی نتایج بدست آمده، وزن مولکولی این آنزیم در الکتروفورز در ژل پلی اکریل آمید در حضور سدیم دودسیل سولفات (sds-page) تقریباً 100-105 کیلودالتون گزارش شد. تأثیر ?-مرکاپتواتانول، دما و اوره بر ساختمان فضایی آنزیم تغییراتی در وزن مولکولی آنزیم، از جمله وزن های متفاوت 62 و 85 و 90 و 100-105 کیلو دالتون را نشان داد. pi آن در روش ایزوالکتروفوکوسینگ برابر با 3/4 تعیین شد. همچنین دما و ph بهینه فعالیت آنزیم به ترتیب c°70 و 5 بود و تأثیرات غلظت 5 میلی مولار برخی از یون های فلزی نشان داد که یون های نقره ag، کلسیم ca، روی zn، منیزیم mg، کادمیوم cd و نیز چیلاتور فلزی edta بر فعالیت آنزیم ناچیز است، ولی یونهای جیوه hg و آلومینیوم alو آهن fe به ترتیب بیشترین اثر مهار کنندگی را بر فعالیت آنزیم داشتند. مقدار km و vmax و kcat آنزیم برای نشاسته محلول به عنوان سوبسترا، به ترتیب 02933/0± 3332/0 میلی گرم بر میلی لیتر و 487/1± 105 واحد آنزیمی بر میلی لیتر در دقیقه و 5/158013 بر ثانیه بود. فعالیت گلوکوآمیلازی آنزیم خالص شده پس از هضم نشاسته محلول با استفاده از روش کروماتوگرافی لایه نازک تأیید شد و نشان داد که آن یک آنزیم قند ساز است و تنها محصول تولید شده توسط آن، گلوکز است. نتایج بیانگر آن است که اهداف مورد نظر این مطالعه محقق شده است. گلوکوآمیلاز طی یک مرحله کروماتوگرافی خالص سازی شد و خصوصیات آنزیم خالص شده نشان داد که این آنزیم توانایی و پتانسیل استفاده در صنایع غذایی را دارد. واژگان کلیدی: گلوکوآمیلاز، آسپرژیلوس نایجر، کروماتوگرافی، الکتروفورز.

ارزیابی مقایسه ای مقایسه ای دورزولاماید بر ساختمان و عملکرد کربنیک انیدراز iiگاوی و انسانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه رازی - دانشکده علوم 1390
  نوشین بیجاری   سیروس قبادی

چکیده کربنیک انیدراز (کربنات هیدرولاز، کربنات دهیدراتاز 4.2.2.1 ec ca,) متالوآنزیمی است که هیدراسیون برگشت پذیر دی اکسید کربن به بی کربنات و پروتون را کاتالیز می کند. این واکنش در عین سادگی اثرات مهمی بر هموستازی و فرایند های فیزیولوژیک بدن دارد. در مطالعه حاضر میان کنش دورزولاماید، به عنوان یک مهارکننده سولفونامیدی قوی، و کربنیک انیدرازii انسانی و گاوی توسط روش های مختلف از جمله اسپکتروسکوپی مرئی- فرابنفش، فلوئورسانس، دورنگ نمایی دورانی (cd) در بافر تریس 50 میلی مولار با 75/7ph مورد بررسی قرار گرفت. طیف فلوئورسانس ذاتی کربنیک انیدراز ii گاوی و انسانی در حضور دورزولاماید نشان می دهد که دارو باعث خاموش کردن شدت فلوئورسانس آنزیم می شود. بررسی پارامترهای ترمودینامیکی اتصال نشان داد که اتصال دورزولاماید به هر دو نوع آنزیم توسط آنتالپی پیش رانده می شود و نیرو های عمده درگیر در اتصال، پیوند های هیدروژنی و میان کنش های واندروالس می باشند. شاخص آبگریزی سطحی پروتئین (psh) با استفاده از 1- آنیلینیو نفتالن – 8 – سولفونیک اسید (ans) نشان داد که psh آنزیم کربنیک انیدراز انسانی در حضور دارو کاهش و در کربنیک انیدراز گاوی افزایش پیدا می کند. نتایج حاصل از نمودار جاب بیانگر این بود که اتصال میان آنزیم های نوع انسانی و گاوی با داروی دورزولاماید با استویکیومتری 1 به 1 اتفاق می افتد. بررسی طیف های cd فرابنفش دور، آنزیم کربنیک انیدراز ii گاوی و انسانی نشان داد که محتوای مارپیچ آلفا در حضور دورزولاماید افزایش یافته، در حالی که طیف cd فرابنفش نزدیک در کربنیک انیدراز ii گاوی اندکی کاهش فشردگی و در نوع انسانی افزایش فشردگی را در ساختمان سوم نشان داد. تیتراسیون آنزیم ها با و کمپلکس های دارو و آنزیم با n- بروموسوکسینیمید (nbs) نشان داد که حضور دارو باعث تغییر در تعداد تریپتوفان های در دسترس حلال می شود. میزان سرعت تجمع حرارتی کربنیک انیدراز ii گاوی در حضور دورزولاماید، کاهش یافت که می تواند بیانگر عملکرد شبه چپرون داروی دورزولاماید باشد. بطورکلی نتایج نشان داد اتصال دورزولاماید به کربنیک انیدراز ii گاوی و انسانی باعث خاموش شدن نشر فلوئورسنس و افزایش محتوی مارپیچ آلفا در ساختمان دوم آن ها می شود. در کربنیک انیدراز ii گاوی القای اندکی افزایش انعطاف در ساختمان سوم و در کربنیک انیدراز ii انسانی کاهش انعطاف مشاهده می گردد. اتصال داروی دورزولاماید به آنزیم نوع انسانی قویتر از نوع گاوی است و میزان تشکیل تجمعات پروتئینی در آنزیم کربنیک انیدراز ii گاوی در حضور دارو کاهش یافت.

ارزیابی مقایسه ای روند تشکیل فیبریل های آمیلوئیدی در حالت طبیعی و مدیفای شده پروتئین های بتالاکتوگلوبولین و آلفاکیموتریپسین گاوی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه رازی - دانشکده علوم 1390
  سیدابوالقاسم قدمی   رضا خدارحمی

اشتباه تاخوردن برخی از پروتئین ها که اغلب همراه با تجمعات پروتئینی می باشد، عموما فیبریل های آمیلوئیدی نامیده می شود. تشکیل فیبریل ها یک رویداد پاتوژنیک در بیماری آلزایمر است. از این رو، مهار تشکیل فیبریل یک روش درمانی محسوب می گردد. طراحی منطقی مهارکننده های تشکیل فیبریل نیازمند روشن سازی مراحل و سینتیک تشکیل فیبریل می باشد. با وجود تلاش های زیادی که در زمینه شناخت چگونگی تشکیل فیبریل های آمیلوئیدی صورت گرفته، آگاهی درباره نیروی های پیش برنده و نیز مکانیسم این تجمعات پروتئینی وجود ندارد. در مطالعه حاضر، روش های مختلف از قبیل کدورت سنجی، کالریمتری و تغییر شیمیایی برای آشکار ساختن رویدادهای تشکیل آمیلوئید در پروتئین طبیعی و تغییر یافته بتالاکتوگلوبولین مورد استفاده قرار گرفته است. ابتدا پروتئین بتالاکتوگلوبولین (?-lg) با استفاده از رسوب دهی پلی اتیلن گلایکول خالص گردید. سپس، برای تهیه کردن پروتئین مدیفای،اسیدآمینه های لایزین در دسترس با سیتراکونیک انیدرید واکنش داده شد. برای بررسی سینتیکی تبدیل پروتئین طبیعی و مدیفای ?-lg به فیبریل های آمیلوئیدی، غلظت های مختلف پروتئین در بافر فسفات 50 میلی مولار در phهای 2 یا 4 در دمای 80 درجه سانتی گراد تیمار شدند و بی درنگ تغییرات کدورت در 400 نانومتر پی گیری شد. به علاوه، غیرطبیعی شدن گرمایی پروتئین طبیعی/مدیفای ?-lg به وسیله کالریمتری مطالعه گردید. آنالیز سینتیکی تجمع پروتئین طبیعی بتالاکتوگلوبولین نشان داد که کدورت در 400 نانومتر به تدریج افزایش می یابد، در حالی که پروتئین مدیفای تمایل بیشتری را برای تجمع نشان داد. تغییر آنتالپی ظاهری کالریمتری و tm دو پروتئین طبیعی و تغییریافته نشان داد که پایداری پروتئین مدیفای در مقایسه با پروتئین طبیعی کاهش پیدا کرده است. tango، aggrescan و آنالیزهای تئوری پیشنهاد کرد برخی از باقی مانده های لایزین نقش اساسی در فرآیند تجمع دارند. در مطالعه جداگانه ای، استیلاسیون لایزین در جهت خنثی نمودن بار الکتریکی باقی مانده های اسیدآمینه در دسترس آلفاکیموتریپسین به کار گرفته شد و از تکنیک های مختلفی از جمله کدورت سنجی و آنالیز ترمودینامیکی به خوبی برای مقایسه رفتار پروتئین در حالت طبیعی و مدیفای بکار گرفته شد. تجزیه و تحلیل های سنیتیکی آشکار می سازد که پروتئین طبیعی تمایل به تجمع دارد در حالی که در مقایسه پروتئین مدیفای کاهش تمایل به تجمع را نشان می دهد. با توجه به وجود گزارش های بحث برانگیز در مورد رابطه بین پایداری پروتئین و تمایل پروتئین برای تجمع آمیلوئیدی، اطلاعات بدست آمده از این مطالعه پیشنهاد می کند که توانایی تجمع در هر پروتئینی ممکن است اصولا در نتیجه کاهش پایداری ترمودینامیکی آن باشد. علاوه بر این، تیوقلاوین تی (tht) یکی از مولکول های است که برای تشخیص رسوب های آمیلوئیدی در نظر گرفته شده است، چربی دوستی آن برای عبور از سد خونی مغزی بسیار پایین است، انگیزه های قوی وجود دارد تا ترکیبات مناسبی برای تشخیص فیبریل ها در شرایط in vitro توسعه پیدا کند. از این رو، در این مطالعه ما با سنتز مشتقات بنزوتیازول و بنزوفورانون به عنوان نشانگر (پروب) های فلوئورسنت از هر دوی آن ها برای تشخیص کمی فیبریل آمیلوئیدی تولید شده از کیموتریپسین مورد استفاده قرار گرفتند. تجزیه و تحلیل مطالعات در in vitro نشان داد که ترکیبات 2 و 4 به خوبی به ساختارهای آمیلوئیدی متصل می شود در حالی که ترکیبات 1 و 3 تمایل پایین تری در اتصال به فیبریل ها را نشان می دهد.

مطالعه لوپ اتصال به یون روی بر ساختمان و فعالیت آنتی آنژیوژنیک پروتئین اندواستاتین
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1391
  ریحانه چمنی گورابی   رضا خدارحمی

رگزایی، یک فرایند پیچیده چند مرحله ای شامل تکثیر، مهاجرت و تمایز سلول های اندوتلیال، تشکیل میکروتوبول و جوانه-زنی انشعاب های مویرگی جدید، یک رویداد ضروری در رشد و متاستاز تومورها بوده و بنابراین جلوگیری از آن به عنوان یکی از مهمترین راهکارهای درمان سرطان مطرح است. اندواستاتین، قطعه انتهای کربوکسیل کلاژن xviii، یک مهارکننده درون زاد رگزایی است که رشد طیف وسیعی از تومورها را بدون سمیت و مقاومت دارویی اکتسابی مهار می کند. اندواستاتین دارای یک اتم روی در انتهای آمینو است و این اتصال به روی در پایداری و فعالیت آن نقش مهمی دارد. در این مطالعه یک پپتید طبیعی متناظر با قطعه انتهای آمینوی اندواستاتین و یک واریانت از آن که دارای پیوند دی سولفیدی است طراحی و سنتز شد. عملکرد پپتیدها در شرایط in vivo و in vitro بررسی شد. نتایج نشان دادند که پپتیدها می توانند تکثیر سلول-های اندوتلیال و تشکیل لوله مویرگی از آنها را در شرایط in vitro مهار کنند. همچنین تیمار in vivoموش دارای تومور مشخص کرد که این پپتیدها می توانند رشد تومور breast را در موش مهار کنند. در هر دو شرایط in vivo و in vitro اثر پپتید دارای پیوند دی سولفیدی کاهش یافت. بررسی ساختمان دوم پپتیدها با استفاده از طیف سنجی هایfar uv cd، ftir نشان داد که پیوند دی سولفیدی و اتصال به zn2+ ساختار کلی پپتیدها را بطور قابل توجهی تغییر می دهد. نتایج حاصل از فلوئورسانس نیز مشخص نمود که ایجاد پیوند دی سولفیدی ساختار لوپ متصل به روی را در این پپتید تغییر می-دهد. مطالعات شبیه سازی دینامیک مولکولی نشان دهنده تفاوت در ساختار، حرکت ها و فاصله بین رزیدوها در دو واریانت پپتیدی بود. بر اساس مقادیرrmsf، با حضور پیوند دی سولفیدی انعطاف پذیری انتهای کربوکسیل افزایش می یابد. به علاوه شبیه سازی داکینگ مولکولی نشان داد که دو پپتید از طریق مدهای اتصالی متفاوتی با اینتگرین ?v?3میانکنش می دهند. در کل می توان نتیجه گرفت که یون zn2+ نه تنها لوپ متصل به zn2+ بلکه ساختار کلی پپتید را نیز تنظیم می نماید.

تخلیص فریتین و بررسی رفتار آنزیمی احتمالی آن
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1391
  مرتضی جعفری   رضا خدارحمی

فریتین با وزن موکلولی 450 کیلودالتون که از 24 زیرواحد شامل زنجیره های سبک (19 کیلو دالتون) و سنگین (21کیلو دالتون) تشکیل شده است، نقش مهم و اساسی در ذخیره آهن دارد.آهن وهم آزاد با تولید گونه های فعال اکسیژن موجب استرس های اکسیداتیو می شوند. از آنجاییکه فریتین پستانداران در محیطin vitro توانایی اتصال به ملکول هِم را دارد، این احتمال وجود دارد که میانکنش فریتین با هِم در مراحل اکسیداتیو اثرگذار باشد. در این مطالعه فعالیت پراکسیدازی کمپلکس فریتین – هِم با استفاده از سوبسترا های قابل اکسید مختلف گزارش شد. ابتدافریتین از بافت کبد وقلب گوسفند با استفاده از دو مرحله تیمار حرارتی و رسوب دهی با آمونیوم سولفات وکروماتوگرافی تعویض آنیونی (-deaeسلولز) با خلوص بالاتخلیص شد.سپس فعالیت پراکسیدازی احتمالی کمپلکس های هِم – فریتین با استفاده از آب اکسیژنه و ترشیا بوتیل هیدروپراکساید و تترا متیل بنزیدین به عنوان سوبسترای اکسیدانت (یک سوبسترای کلاسیک برای پراکسیدازها)، دوپامین ،سرتونین و ال دوپا به عنوان سوبسترای کاهنده بررسی شد. همچنین اثر این فعالیت شبه آنزیمی بر روی cdna اندواستاتین توسط آزمایشات ژل الکتروفورز آگاروز ارزیابی شد. نتایج نشان داد که فعالیت پراکسیدازی غیر اختصاصی سیستم هِم – فریتین می تواند با بازده کاتالیتیکی بالایی تترا متیل بنزیدین و انواع نروترانسمیتر ها را اکسید کند. همچنین این سیستم با فعالیت شبه نوکلئازی خود موجب تخریب dna می شود. آپوفریتین کبدی بیشترین فعالیت وهولو فریتین کبدی کمترین فعالیت را دارد. فریتین قلبی که شبیه فریتین مغزی است نسبت به هولوفریتین کبدی دارای فعالیت پراکسیدازی بالاتری است. اکسیداسیون نروترانسمیترها توسط سیستم پراکسیداز در حضور آب اکسیژنه و ترشیا بوتیل هیدروپراکساید یک ارتباط مولکولی مهم بین افزایش فریتین / هِم و نروترانسمیتر های غیر طبیعی و آسیب های اکسیداتیو دیده شده در مغز بیماران مبتلا به آلزایمر را نشان می دهد.

بررسی اثرات سینتیکی و ساختاری داروی گلی بن کلامید بر روی آنزیم کربنیک انیدراز ii انسانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه رازی - دانشکده علوم 1391
  مونا پژوهی   سیروس قبادی

کربنیک انیدرازها (cas, ec 4.2.1.1) متالوآنزیم هایی هستند که به فروانی در تمام ارگانیزم ها وجود دارند و واکنش برگشت-پذیر هیدراسیون co2 به بی کربنات و پروتون را کاتالیز می-کنند. از سالیان پیش در پزشکی مهار این آنزیم ها به وسیله عوامل دیورتیک و ضد گلوکوم مورد توجه بوده است. اخیرا کاربردهای جدیدی نیز برای مهارکنندگان این آنزیم آشکار شده است مثل استفاده از آن ها به عنوان عوامل ضدتشنج، ضدچاقی، ضد درد، ضدتومور و ابزارهای تشخیصی. این آنزیم ها به شدت توسط انواع سولفونامیدهای آروماتیک وهتروسایکلیک و آنیون های فلزی معدنی مهار می شوند. به علاوه اخیرا دسته های دیگری از مهارکنندگان این آنزیم سنتز شده اند که دارای بخش های سولفونامید تغییر یافته می باشند. در این مطالعه با استفاده از ترکیبی از مدل سازی کامپیوتری و روش های مختلف اسپکتروسکوپی ازقبیل اسپکتروسکوپی مریی– فرابنفش، فلوئورسانس و دورنگ نمایی دورانی، اثر داروی گلی بن کلامید (دارای گروه سولفونیل اوره) بر روی ساختار و فعالیت آنزیم کربنیک انیدراز ii انسانی بررسی شد. این روش در مواردی که ساختار کریستالی یا تعیین شده توسط nmr در دسترس نباشد، می تواند اطلاعات ساختاری با ارزشی را فراهم کند. مطالعات سینتیکی نشان -داد که گلی بن کلامید فعالیت استرازی آنزیم را برای سوبسترای پارانیتروفنیل استات بوسیله مکانیزم رقابتی ساده مهار می کند. سنجش های فلوئورسانس نشان داد که گلی بن-کلامید در رفتاری وابسته به غلظت، نشر فلوئورسانس کربنیک انیدراز ?? انسانی را خاموش می کند. آنالیز اشترن– والمر داده های خاموش کنندگی فلوئورسانس در دماهای مختلف نشان می داد که فلوئورسانس ذاتی آنزیم از طریق مکانیزم پویا خاموش می شود. بررسی های ترمودینامیکی پارامترهای اتصال نشان داد که اتصال دارو به آنزیم خود به خودی می باشد و نیروی اصلی پیش برنده این اتصال، آب گریز می باشد. محاسبه شاخص آب گریزی سطحی پروتئین، دست ورزی شیمیایی تریپتوفان-های سطحی آن و نتایج cd نشان داد که اتصال دارو به آنزیم باعث القا قدری فشردگی در ساختار سوم آنزیم شده است و ساختارهای بدست آمده از مدل سازی کامپیوتری تایید کننده اطلاعات بدست آمده از مطالعات اسپکتروسکوپی بود.

بررسی و مقایسه میزان پروتئین چسبنده رگی نوع یک در سرم افراد سالم و بیماران پسوریازیس در کرمانشاه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم پایه 1391
  آمنه السادات رحمانی   مجتبی امانی

پسوریازیس یک بیماری التهابی مزمن پوست است که با تکثیر زیاد سلولی مشخص می شود. این بیماری زمانی اتفاق می افتد که سلولهای ایمنی از درم به اپیدرم جابه جا شوند و باعث تحریک و تکثیر سلولهای پوست می شوند. vascular adhesion protein -1 ، پروتئین چسبنده رگی نوع یک متعلق به آنزیمهای آمین اکسیداز است ، به طور پیوسته در اندوتلیال عروق کبد بیان می شود. در چندین بیماری اتوایمن بیان بالای آن روی عروق نشان دهنده این است که در پیشرفت واکنش التهاب مهم است. vap-1 مولکولی چسبنده با فعالیت آنزیمی است که در پروسه مهاجرت لنفوسیتها در جایگاه التهاب شرکت می کند. به علاوه چندین مطالعه روی متابولیسم لیپیدها نشان داد سطح سرمی لیپیدها در بیماران پسوریازیس متفاوت است. هدف ما ارزیابی vap-1، پروفایل لیپید پلاسما، آپولیپوپروتئینها (a1 , b) و لیپوپروتئین (a) به منظور مقایسه در بیماران پسوریازیس و افراد سالم بود. ما غلظت سرمی vap-1 ، لیپیدها ، لیپوپروتئینها ، آپولیپوپروتئینها در 90 فرد پسوریازیس و 90 فرد کنترل که از نظر سن با هم مطابقت داشتند مشخص کردیم. غلظت سرمی vap-1 با روش elisa ارزیابی شد. lp (a) , apo a1 و apo b توسط روش ایمنو توربیدومتریک و لیپیدها و لیپوپروتئینها با روش آنزیمی اندازه گیری شد. میانگین سطوح کل کلسترول، ldl ، apo b و vap-1 در بیماران پسوریازیس به طور معنی داری نسبت به افراد سالم بالاتر (p<0.05) بود. افزایش میزان غلظت vap-1، ,ldl apo bو کلسترول در سرم با پاتوژنز بیماری پسوریازیس در ارتباط است در بیماران پسوریازیس بالا رفتن vap-1 با بالا رفتن lp (a) (p=0.025) در ارتباط است. افزایش سطح (lp (a ممکن است روی بیان vap-1 یا فعالیت آن در چسبندگی و مهاجرت سلولهای t و بنابراین افزایش فاکتور ریسک بیماری و پیچیدگی آن موثر باشد. این مطالعه نشان داد که بالا رفتن سطح سرمی vap-1 و لیپید به طور معنی داری در پسوریازیس معمول تر است و این حقیقت ممکن است مسئول شیوع بیماری قلبی عروقی در بیماران پسوریازیس باشد. به نظر می رسد غلظت سرمی کلسترول، apo b ، ldl و vap-1 در پسوریازیس اطلاعاتی درمورد مانیتورینگ و درمان بیماری فراهم کند.

تخلیص و بکارگیری پروتئین انتقال دهنده لیپید گیاهی به عنوان ناقل در سیستم انتقال دارو
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه رازی - دانشکده کشاورزی 1392
  نوشین حیدری   رضا خدارحمی

پروتئین های غیر اختصاصی انتقال دهنده لیپید گیاهی، پروتئین هایی بازی و کوچک مولکول هستند که توانایی انتقال فسفولیپید ها بین غشا ها را دارند و بر اساس وزن مولکولی به دو زیر خانواده 9kda) nsltp1)و 7kda) nsltp2)تقسیم می شوند. این پروتئین ها توجه فراوانی را به عنوان حامل های بالقوه سیستم های دارو رسانی به خود معطوف کرده اند. این پروتئین های پایدار می توانند از دارو ها در مقابل اکسیداسیون و یا تخریب محافظت کنند. در مطالعه ی حاضر پروتئین انتقال دهنده لیپید گیاهی از دانه برنج جداسازی شد، سپس نحوه اتصال تعدادی دارو به پروتئین ltp1 بررسی شد. همچنین به منظور اعطاء خصوصیات اتصالی جدید به پروتئین برای انتقال دارو های بیشتر، ریشه های لایزین در دسترس ltp1 با استفاده از روش استیلاسیون و سیتراکونیلاسیون تغییر داده شد. در کنار مطالعه اتصال دارو ها به انواع تغییر یافته ltp1، خصوصیات ساختاری ltp1 طبیعی و تغییر یافته شامل آبگریزی سطحی، پایداری، پارامتر های ترمودینامیکی با استفاده از چندین تکنیک اسپکتروسکوپی اندازه گیری شد. نتایج نشان داد که دارو های استول، اورلیستات و ایبوپروفن می توانند اتصال قوی تری با ltp1 ایجاد کنند و اتصال تعدادی از دارو ها در اثر مادیفیکاسیون ltp1 قوی تر و اتصال تعدادی دیگر از دارو ها ضعیف تر می شود. آنالیز مکانیسم اتصال دارو به ltp1 و پارامتر های ترمودینامیک نشان داد که رفتار میان کنش دارو-پروتئین تحت مادیفیکاسیون پروتئین تغییر می یابد. همچنین کشف گردید که نیرو های اصلی در اتصال استول و ایبوپروفن به ltp1 با مادیفیکاسیون تغییر نمی یابد ولی در اتصال اورلیستات این نیرو ها دچار تغییر می شوند. بنابراین پیشنهاد می گردد که جایگاه های اتصالی جدید در اتصال اورلیستات به پروتئین تغییر یافته به وجود آمده است. در نهایت می توان گفت که توانایی اتصال بعضی از دارو ها به ltp1 تغییر یافته در مقایسه با نوع طبیعی آن تغییر پیدا کرده است و در مورد بعضی از دارو ها پروتئین تغییر یافته و در مورد بعضی دیگر پروتئین طبیعی حامل مناسب تری می باشد.

بررسی میزان فعالیت آنزیم مونوآمین اکسیدازدر رفتار احتکار موش های سوری نر گنادکتومی شده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه رازی - دانشکده علوم 1393
  الهام بختیاری   رضا خدارحمی

احتکار به عنوان ذخیره و پنهان کردن چیزی برای مصرف احتمالی آن در آینده تعریف می شود و دارای ابعاد مختلف رفتار تطابقی در حیات وحش، احتکار اقتصادی جامعه انسانی و بخش روانی آن که زیرگروهی از اختلال وسواس اجباری بوده؛ می باشد. سیستم دوپامینرژیک در بروز رفتار احتکار نقش دارد. انجام عمل گنادکتومی باعث کاهش ترشح تستوسترون و القاء پیری و افسردگی می شود. آنزیم مونوآمین اکسیداز با کاتابولیسم کاتکول آمین ها نقش مهمی در کنترل رفتار دارد.هدف از این مطالعه پیدا کردن ارتباط مونو آمین اکسیداز و پیری با بروز رفتار های فیزیولوژیک می باشد. در این مطالعه به بررسی میزان فعالیت آنزیم مونوآمین اکسیداز و نقش گنادکتومی کردن جانوران در بروز رفتار احتکار می پردازیم.در این پژوهش از 80 سر موش سوری نر استفاده شد. حیوانات با استفاده از دستگاه سنجش احتکار جداسازی شدند و در نهایت 32سر موش در 4 گروه محتکر سالم، محتکر گنادکتومی شده، غیرمحتکر سالم و غیرمحتکر گنادکتومی شده گروه بندی شدند. تمامی گروه ها پس از 66 روز مجددا مورد سنجش احتکار قرار گرفتند. از حیوانات آزمون های رفتاری شنای اجباری، میدان باز، تشخیص شیء جدید، ماز بعلاوه مرتفع و انتقال تاریک/روشن گرفته شد. در آخر حیوانات تشریح شده و بافت های مغز، چربی شکمی و چربی قهوه ای بین کتفین آن ها برای سنجش آنزیمی جداسازی شد. میزان فعالیت آنزیم و مقدار پروتئین با استفاده از اسپکتروفتومتر و الیزا ریدر سنجیده شد.نتایج نشان داد که رفتار احتکار بعد از گنادکتومی کردن افزایش می یابد. در میزان افسردگی و یادگیری بین گروه ها اختلاف معنی داری وجود ندشت. در تست ماز بعلاوه مرتفع گروه غیرمحتکر سالم، و در تست انتقال تاریک/روشن گروه غیرمحتکر گنادکتومی شده اضطراب بیشتری داشته اند. فعالیت mao-a در گروه محتکر گنادکتومی شده در بافت مغز، میزان فعالیت mao-b نیز در گروه محتکر گنادکتومی شده در بافت چربی شکمی بیشتر از سایر گروه ها بود.میزان بروز رفتار های اضطرابی در گروه ها متفاوت بوده است که احتمال می دهیم این امر از طرفی به دلیل انجام عمل گنادکتومی و در نتیجه کاهش تستوسترون و القاء پیری و یا از سوی دیگر به دلیل افزایش فعالیت mao می باشد که منجر به افزایش کاتابولیسم دوپامین و در نتیجه کاهش میزان رفتار های اضطرابی می شود.

مطالعه ی مقایسه ای خصوصیات فیبریل های آمیلوئیدی ناشی از فرم های طبیعی و هیدرولیز شده دو پروتئین لیزوزیم و بتالاکتوگلوبولین
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1393
  محمد رحیمی   رضا خدارحمی

آمیلوئید، تجمع فیبریلی صفحات متقاطع- ? پروتئین می باشد که به طور کلی نامحلول است. از آنجایی که برخی بیماری های مهم در ارتباط با تشکیل این فیبریل ها هستند، بررسی چگونگی تشکیل و مهار این پدیده، موضوع بسیاری از تحقیقات قرار گرفته است. در مطالعات زیادی گزارش شده که بتالاکتوگلوبولین و لیزوزیم سفیده تخم مرغ می توانند فیبریل های آمیلوئیدی تشکیل دهند. بنابراین می توان انتظار داشت که این پروتئین ها به عنوان مدل های مناسب برای مطالعات رفتار تشکیل آمیلوئید استفاده گردند. در این تحقیق برای مطالعه رفتار تشکیل آمیلوئید فرم های طبیعی و هیدرولیز شده پروتئین لیزوزیم و بتالاکتوگلوبولین، سینتیک تجمع فیبریل های به دست آمده از این پروتئین ها در حضور و عدم حضور هپارین با پیگیری تغییرات شدت نشر فلوئورسانس tht (تیوفلاوین t) در nm 482 به طور مقایسه ایی مورد بررسی قرار گرفت.فعالیت پراکسیدازی غیر اختصاصی مجموعه هِم- آمیلوئید به دست آمده از دو پروتئین ذکر شده و قطعات پپتیدی حاصل از هیدرولیز آنها در حضور سوبسترای tmb (3و3و 5و5- تترامتیل بنزیدین) مورد بررسی قرار گرفت.

بررسی عملکرد چندین چپرون در بهبود راندمان تاخوردگی مجدد پروتئین ها در مقایسه با چپرون های طبیعی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشکده علوم پایه 1387
  مهدی بیرامی   رضا خدارحمی

چکیده ندارد.

بررسی اثرات ضدرگ زائی عصاره گیاه موسیر و جداسازی جزء موثره
پایان نامه دانشگاه تربیت معلم - تبریز - دانشکده علوم پایه 1387
  حمیدرضا محمدی مطلق   علی مصطفایی

چکیده ندارد.

بررسی کمی تأثیر عوامل مهار کننده تجمع پروتئین بر پارامترهای کینتیکی تشکیل فیبریلهای آمیلوئیدی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور 1388
  حسنیه سوری   رضا خدارحمی

چکیده ندارد.