هدف این تحقیق بررسی تنوع ژنتیکی انگور های موجود در سیستان بوسیله مارکر های مبتنی بر رتروترانسپوزون بود. ژنوتیپ های مورد مطالعه واریته های جمع آوری شده از ایستگاه تحقیقاتی زهک بودند. برگ نمونه های جمع آوری شده تا زمان استفاده در دمای c?70- نگهداری شدند. 33 ژنوتیپ با 5 جفت آغازگر رتروترانسپوزونی به صورت منفرد (رفت یا برگشت) و ترکیبی آنالیز شده و محصولات pcr بر روی ژل آگارز بارگذاری شد. حضور و یا عدم حضور باند بصورت یک و صفر برای آنالیز امتیازدهی شد. چندشکلی های مشاهده شده با استفاده از روش های چند متغیره تجزیه شدند. دامنه ی محتوی اطلاعات چند شکلی بجز در یک آغازگر در سایر آغازگر ها بسیار متغیر بود و بین 434/0 و 312/0 تغییر می کرد. تجزیه خوشه ای داده ها بر مبنای روش upgma و ضریب تشابه جاکارد انجام گرفت که ارقام در ضریب تشابه 54/0 به سیزده گروه اصلی تفکیک شدند. در تجزیه به مختصات اصلی نیز 6 مولفه اول در مجموع 67 درصد از کل تغییرات را توجیه کرد. سهم مولفه اول در میزان تنوع مشاهده شده 44 درصد بود. مولفه دوم 7/6 درصد و مولفه سوم 5 درصد از کل تغییرات را توجیه می کرد. از تست مانتل به منظور تعیین میزان همبستگی بین ماتریس تشابه و کوفنتیک استفاده شد و 77/0 r= بدست آمد. بجز چند مورد استثنایی چندشکلی مشاهده شده در ژنوتیپ ها با پراکنش جغرافیایی آنها همبستگی نداشت. نتایج به دست آمده با چندشکلی حاصل از سایر نشانگرها از مطالعات قبلی مقایسه و کارایی رتروترانسپوزون در انگشت نگاری ژنتیکی مورد بحث قرار گرفت.

بیماری ام اس یک بیماری التهابی با منشا خودایمنی در سیستم اعصاب مرکزی بدن است. با وجود تلاش های محققان مختلف در حوزه های متفاوت علوم پزشکی هنوز علت بروز این بیماری پیچیده ناشناخته باقی مانده است. اکثر مطالعات انجام شده در این حوزه بر نقش توام ژنتیک و محیط در کنار هم در بروز این بیماری دلالت دارند. میزان شیوع این بیماری در قسمت های مختلف دنیا متفاوت است و کشور ایران با بررسی های انجام شده در ناحیه با شیوع کم این بیماری قرار دارد. اما متاسفانه در طی سال های اخیر نرخ ابتلا به این بیماری در ایران و نیز سایر نقاط جهان بشدت در حال افزایش است به گونه ای که پیش بینی می شود تا چند سال آینده ایران به کشوری با نرخ متوسط ابتلا به بیماری ام اس تبدیل شود. پژوهش های انجام شده در حوزه ژنتیک بیماری ام اس نشان دهند این موضوع است که ژن های مختلفی در ژنوم انسان باعث افزایش استعداد ابتلا افراد، به این بیماری می شوند. یکی از ژن هایی که اخیرا ارتباط آن با بیماری ام اس تایید شده است، ژن socs1 می باشد. نقش این ژن در سلول، سرکوب کنندگی سیگنال دهی سیتوکین ها می باشد. سیتوکین ها از عوامل اصلی ایجاد التهاب در پلاک های مغزی بیماران ام اس می باشند که نقش خود را ازطریق سلول های مختلف سیستم ایمنی بازی می کنند. با توجه به اهمیت و ضرورت مطالعه بیماران ام اس، در این پژوهش به بررسی میزان بیان و پلی مورفیسم ژن socs1 در بیماران مبتلا به ام اس در جمعیت استان سیستان و بلوچستان پرداخته شد. جمعیت استان سیستان و بلوچستان با پشتوانه قومیتی خاص خود و همچنین با توجه به محیط ویژه آب و هوایی خود الگوی مناسبی برای مطالعات علت شناسی بیماری ام اس است. در این پژوهش، ابتدا با انجام مطالعات اپیدمیولوژیک در منطقه، بیماران ام اس مورد شناسایی قرار گرفتند. سپس با اخذ رضایت نامه کتبی از بیماران، به میزان 5 میلی لیتر خونگیری صورت گرفت. در ادامه، برای بررسی پلی مورفیسم ژن socs1، dna از خون استخراج و با روش pcr-rflp مورد آنالیز قرار داده شد. علاوه بر این به منظور بررسی میزان بیان ژن socs1 از خون گرفته شده rna نیز استخراج گردید و با روش real time pcr مورد بررسی واقع شد. نتایج نشان داد که بین آلل خطر در پلی مورفیسمrs243324 این ژن با استعداد ابتلا به بیماری ام اس در جمعیت مورد مطالعه ما ارتباط معنی داری وجود ندارد. درحالیکه، بیان ژن socs1 در بیماران مبتلا به ام اس در مقایسه با گروه کنترل سالم به میزان چند برابر بالاتر است که تایید کننده نقش حفاظتی این ژن در برابر سیگنال دهی سیتوکن ها در بیماری ام اس می باشد.

مالتیپل اسکلروزیس یک بیماری التهابی مزمن در سیستم اعصاب مرکزی با سبب شناسی ناشناخته می باشد. در حال حاضر ام اس به عنوان یک بیماری چند فاکتوری در نظر گرفته می شود که تعامل ژنتیک و محیط نقش مهمی در ابتلا به این بیماری بازی می کنند. ماهیت خودایمنی مالتیپل اسکلروزیس، ژن های سایتوکین را به عنوان کاندیداهای منطقی برای تعیین استعداد ابتلا به ام اس معرفی می کند. نقش پلی مورفیسم های موجود در ژن های سایتوکین ها در مالتیپل اسکلروزیس از مدت ها قبل در جمعیت های مختلف گزارش شده است. سایتوکین ها واسطه هایی برای ایجاد التهاب در پلاک های مغزی بیماران ام اس هستند. در این مطالعه، ارتباط پلی مورفیسم rs16944در پروموتور ژن il-1b در 114 نفر بیمار مبتلا به ام اس و 127 نفر کنترل و همچنین سطح بیان mrna آن در 30 نفر بیمار ام اس و 30 نفر کنترل سالم که از نظر سن و جنس و مکان زندگی یکسان بودند، بررسی شد. پلی مورفیسم ژن il-1b با استفاده از روش pcr-rflp با استفاده از آنزیم avai مورد بررسی قرار گرفت. میزان بیان ژن il-1b نیز با استفاده از روش real time pcr در سلول های تک هسته ای خون محیطی در بیماران ام اس اندازه گیری شد. نتایج داده ها هیچ ارتباط معنی داری بین آلل خطر پلی مورفیسمrs16944 در ژن il-1b و استعداد ابتلا به بیماری را نشان ندادند، اما سطح mrna ژن il-1b در بیماران ام اس در مقایسه با گروه کنترل سالم افزایشی چند برابری را نشان می داد. این نتایج در کنار هم بر نقش سایتوکین ها در ایجاد بیماری ام اس دلالت دارند.

مطالعه تنوع ژنتیکی در جمعیت های گیاهی، پایه و اساس تحقیقات و برنامه های اصلاحی می باشد. پرتقال یکی از میوه های مهم دنیاست که در مناطقی با آب و هوای گرمسیری یا نیمه گرمسیری رشد می نماید. در ایران نیز بعضی از گونه های مرکبات به صورت سنتی کشت می شدند و در دهه های اخیر کشت آن ها افزایش یافته است تا آنجا که ایران را جز هشت کشور بزرگ تولید کننده این محصول قرار داده است. شهرستان جیرفت با دارا بودن آب و هوای گرمسیری و دارا بودن 36000 هکتار سطح زیر کشت مرکبات و تولید 20 تا 25 تن محصول در هکتار سومین رتبه کشوری را دارا می باشد. استفاده از نشانگر های مولکولی برای شناسایی شباهت ژنتیکی و مطالعات ژنتیک جمعیت به عنوان یک ابزار مهم مطرح است و از این میان رتروترانسپوزون ها از نشانگر های مهم محسوب می شوند. هدف این تحقیق بررسی تنوع ژنتیکی پرتقال های موجود در کلکسیون مرکبات جیرفت بوسیله مارکر های مبتنی بر رتروترانسپوزون بود. استخراج dna به روش doyle and doyle انجام شد. 19 رقم پرتقال مورد مطالعه شامل 2 رقم داخلی و 17 رقم وارداتی بودند که ارقام وارداتی جزو مهم ترین ارقام تجاری کشور می باشند و رقم محلی جیرفت از مناسب ترین ارقام پرمحصول منطقه می باشد. ارقام مورد نظر با 4 جفت آغازگر رتروترانسپوزونی آنالیز شده و محصولات pcr بر روی ژل آگارز بارگذاری شد. حضور و یا عدم حضور باند بصورت یک و صفر امتیازدهی شد. از تست مانتل به منظور تعیین میزان همبستگی بین ماتریس تشابه و کوفنتیک استفاده شد و ضریب کوفنتیک r=0.9 بدست آمد. تجزیه خوشه ای داده ها بر مبنای روش upgma و ضریب تشابه دایس انجام گرفت که ارقام به چهار گروه اصلی تفکیک شدند. در تجزیه به مولفه های اصلی نیز 8 مولفه اول در مجموع 88 درصد از کل تغییرات را توجیه کردند. سهم مولفه اول در میزان تنوع مشاهده شده 31 درصد، مولفه دوم 13 درصد و مولفه سوم 12 درصد از کل تغییرات را توجیه کرد.

تنش های محیطی از مهمترین عوامل کاهش دهنده محصولات کشاورزی در سطح جهان هستند، تنش باعث می شود که تعادل بین گونه های فعال اکسیژن (ros) و دفاع ضد اکسنده در بخش های مختلف گیاه، از بین برود. شرایط نامساعد از قبیل شوری و خشکی باعث افزایش انواع اکسیژن فعال ros در زمان رشد گیاه می شود. آنزیم های آنتی اکسیدانت از قبیل آسکوربات پراکسیداز (apx) ، کاتالاز (cat) ، گلوتاتیون ردوکتاز (gr) و سوپر اکسید دیسموتاز (sod) تحت شرایط استرس برای مهار ros فعال می شوند . آسکوربات پراکسیداز (apx)، آنزیمی است که نقشی حیاتی در سم زدایی پراکسید هیدروژن (h2o2) دارد. آسکوربات پراکسیداز را می توان در کلروپلاست و سیتوزول سلولهای گیاهی و همچنین در موجودات دیگر مانند جلبک های یوکاریوتی و برخی سیانو باکتری ها یافت نمود. apx ها متعلق به کلاس ? از خانواده بزرگ باکتری ها، قارچ ها، پراکسیداز های گیاهی است. 5 ایزوفرم apx در گیاهان شناخته شده است: ایزوفرم های سیتوسولی، میتوکندریایی، پراکسیزومال، گلی اکسیمال و کلروپلاستی. apx سیتوسولی و کلروپلاست های نقش مهمی در متابولیسم آنتی اکسیدان ها در سلول های گیاهی دارد. در این مطالعه توالی یابی بخشی از ژن apx در گندم هیرمند مورد مطالعه قرار گرفت. از 5 جفت پرایمر اختصاصی طراحی شده 2 جفت پرایمر در ناحیه پراکسیزوم سلول و 3 جفت پرایمر در ناحیه تیلاکوئید سلول ژن آسکوربات پراکسیداز استفاده شد. در نهایت یک قطعه ی 724 جفت بازی با پرایمر تلفیقی f4r5 درمنطقه پراکسیزوم سلول و یک قطعه ی 720 جفت بازی با پرایمر تلفیقی f1r2 در منطقه تیلاکوئید سلول تکثیر شد. هضم آنزیمی با آنزیم محدودالاثر bglii، ecori و psti نیز، قطعات حاصل را تایید نمود. قطعات تکثیر شده توالی یابی شده با نرم افزارهای clustalw2، clc workbenchو mega5 مورد آنالیز قرار گرفت. قطعات تکثیری توانستند با توالی های مربوط به ژن آسکوربات پراکسیداز در مناطق پراکسیزوم با شماره شناسایی ef555121.1 و تیلاکوئید با شماره شناسایی ay513261.1 به ترتیب 96 و 82 درصد همولوژی را نشان دهند.

بیماری مالتیپل اسکلروزیس، یک بیماری خود ایمنی چند عاملی پیشرونده است که درآن غلاف میلین در سیستم اعصاب مرکزی مورد هجوم سیستم ایمنی قرار می گیرد. مطالعات نشان داده اند عوامل ژنتیکی و محیطی و تعاملات آنها در بروز این بیماری موثرند. به دنبال مطالعات چند دهه گذشته، دانشمندان موفق به شناسایی ژن cyp27b1 که در مسیرمتابولیسم ویتامین d به عنوان یکی از عوامل موثر بر بروز ms معرفی شده، دست یافتند. ویتامینd از طریق تنظیم عملکرد سیستم ایمونولوژیک بدن می تواند نقش مهمی در بروز و یا شدت ms داشته باشد. cyp27b1 بوسیله بسیاری از سلول های بدن از جمله نورونها، سلولهای اپیتلیال و سلولهای سیستم ایمنی شامل ماکروفاژها دندریت سل ها و لنفوسیتهای bوt بیان می شود. این ژن با تولید آنزیم آلفا دهیدروکسیلاز ؛ ویتامین d را به فرم فعال تبدیل کرده که این فرم در تنظیم عملکرد سیستم ایمنی ذاتی و همورال نقش دارد. در مطالعه حاضرتلاش گردید با بررسی همبستگی پلی مورفیسم ناحیه پروموتر ژن cyp27b1 با بیماری، بیماریزایی و نقش توام ژنتیک و محیط در بروز بیماری ms آشکار گردد. با توجه به شرایط اقلیمی و پشتوانه ژنتیکی به لحاظ ازدواج های درون قومی و فامیلی شرق ایران، همبستگی پلی¬مورفیسم rs703842 با بیماران مالتیپل¬اسکلروزیس جمعیت بررسی شد. ابتدا افرادی که توسط پزشک متخصص بیمار تشخیص داده شده بودند برای مطالعه انتخاب شدند. با کسب رضایت از افراد بیمار و کنترل 5 میلی لیتر خون گرفته و در لوله های حاوی edta ریخته شد. در ادامه استخراج dna از نمونه ها انجام گرفت و با استفاده از تکنیک pcr-rflp تعیین ژنوتیپ شدند. تفاوت سطح معنی داری بین دو گروه بیمار و کنترل توسط تست کای مربع سنجیده شد. همه آنالیزها توسط نرم افزار spss انجام شد. در این مطالعه نتایج معنی داری بین اسنیپ rs703842 در پروموتر ژن cyp27b1 و بیماران ام اس مشاهده نشد; با این وجود در گروه مردان از کل جامعه مورد بررسی و زیر گروه خراسان شمالی ارتباط معنادار مشاهده گردید.

خاک های متاثر از شوری مشکل عمده و فراگیر اکثر کشورها از جمله ایران است. پیچیدگی صفت تحمل به شوری و توارث پذیری چند ژنی آن، یک فاکتور مهم بوده، که در تهیه ارقام مقاوم به شوری مشکلاتی را بوجود آورده است. آمفی پلوئیدی به نام تریتی پایرم از تلاقی گندم با گونه وحشی گندم از جنس thinopyrum بوجود آمد، والد پدری تریتی پایرم، حاوی ژن های مقاوم به شوری،که شوری بیش از 350 میلی مول را تحمل می کند و با انتقال ژن های مقاوم به شوری به گندم تریتی پایرم ایجاد شده است. در این تحقیق از 80 پرایمر تصادفی برای شناسایی ژنوم eb در لاین های تریتی پایرم استفاده شد که هیچ کدام از این پرایمرها نتوانستند نوار مخصوص به ژنوم eb را تکثیر نمایند. همچنین شناسایی کروموزوم های مربوط به ژنومeb با استفاده از نشانگر های تصادفی، کاملا اتقاقی وتکرار ناپذیراست. بنابراین بر اساس آزمایشات انجام شده توسط محققین دیگر که پرایمرopf03 را به عنوان یک نشانگر مخصوص ژنومeb شناسایی و توالی آن را به بانک ژن گزارش کرده بودند، دو جفت پرایمر به نام هایf1r1 وf2r2 طراحی و این دو پرایمر توانستند قطعاتی به اندازه های 500 و1272 در لاین های اولیه تریتی پایرم و علف شور ساحل تکثیر کنند که این قطعات در گندم رقم چینی بهاره که یک رقم حساس به شوری بود، تکثیر نشد. قطعات تکثیر شده توالی یابی شده و توانستند با توالی مربوط به ژنوم eb از 94-97 درصد همولوژی نشان دهند. بنابراین می توان نتیجه گرفت که این قطعات تکثیر شده قسمتی از ژن مقاومت به شوری بوده که از والد پدری (علف شور ساحل) به لاین های تریتی پایرم منتقل شده است

ویروس هپاتیت b که یکی از عوامل مهم ایجاد بیماری¬های عفونی و با سرعت شیوع بیشتر از یک میلیون نفر در سال می¬باشد، نهمین عامل مرگ و میر در سراسر جهان و اصلی¬ترین علت مرگ ناشی از هپاتیت در ایران است. این بیماری درمان اختصاصی نداشته و شیوع بالای آن مستلزم گسترش روش های پیشگیری، به¬ ویژه توسعه راهکارهای ایمن سازی بر علیه آن می باشد. لذا در این تحقیق همسانه سازی مجازی و آزمایشگاهی قطعه ای از آنتی ژن سطحی این ویروس (hbsag) با 2 روش استحصال از ژنوم بومی و سنتز مبتنی بر توالی های موجود در پایگاه های اطلاعاتی در دستور کار قرار گرفته است. به این منظور درگام نخست نمونه خون بیماران مبتلا به هپاتیت b از مرکز بیماری¬های خاص شهرستان زابل تهیه و پس از استخراج ژنوم همسانه سازی آن با استفاده از pcr صورت پذیرفت. همزمان استحصال توالی از بانک اطلاعات ژنی انجام و آزمون هایی مجازی چون قالب یابی، همگون یابی، اپی توب سنجی و همسانه سازی آن در ناقل مورد نظر صورت پذیرفت. نتایج حاصل از این تحقیق تولید قطعه¬ای به طول 288 جفت باز را به همراه داشت که قرابت یابی و اپی توب سنجی آن مبین قابلیت آنتی ژنسیتی قوی در آن بود، لذا قطعه hbsag در ناقل هدف همسانه سازی شد. به طور کلی نتایج حاصل از این تحقیق فراهم کننده دیدگاه داده پردازی مجازی و زیست شناسی سنتزی می باشد. همچنین سازه نوترکیب ساخته شده می¬تواند به عنوان سازه ای توانا با قابلیت بیان در جهت توسعه واکسن های نوترکیب معرفی گردد.

در سال های اخیر، با پیشرفت زیست شناسی مولکولی و بیوتکنولوژی، تحقیق در زمینه واکسن های گیاهی به موضوعی بسیار مهم تبدیل شده است. مزایای زیادی برای تولید واکسن در گیاهان تراریخته مطرح شده است که از آن جمله می توان به هزینه پایین تولید، سهولت نگهداری، عدم انتقال آلودگی و سازگاری بالا با سیستم ایمنی بدن اشاره نمود. با توجه به کاربرد های گسترده تشخیصی و درمانی آنتی بادی های مونوکلونال، تولید آنها از منابع دائمی، ایمن و ارزان حائز اهمیت می باشد. طیف وسیعی از این مولکولها، شامل آنزیم ها به منظور پیش دارو درمانی، توکسین ها برای درمان سرطان، ویروس ها برای ژن درمانی، لیپوزوم ها برای دارو رسانی هدفمند و حسگرها برای تشخیص با قطعیت بیشترتولید شده است. با توجه به در دست نبودن اطلاعاتی در مورد وجود داشتن ژن تولید کننده آنتی بادی مونوکلونال در شتر بومی منطقه ،همچنین پتانسیل موجود در منطقه و کاربردهای تشخیصی و درمانی ژن cl9p4 در انواع سرطان ها این پژوهش با هدف جدا سازی و کلون نمودن ژن cl9p4 شتر بومی منطقه در باکتری e.coli به منظور بررسی و فراهم نمودن بستری مناسب برای مطالعاتی جدید جهت تولید واکسن های سبز انجام شد. پس از تهیه نمونه و استخراج dna ژنومی از خون شتر، طراحی پرایمر انجام و ژن cl9p4 تکثیر و جهت تعیین توالی ارسال گردید. با الایمنت نمودن نتایج حاصل از سکونسینگ با دیگر توالی های موجود در ncbi از صحت قطعه تکثیر شده اطمینان حاصل گردید. سپس ژن cl9p4 طی مراحل لایگیشن و ترانسفورماسیون در باکتری e.coli کلون شد. استخراج پلاسمید انجام و هضم آنزیمی با آنزیم bam hi صورت پذیرفت. نتایج این تحقیق نشان داد ژن cl9p4 در شتر بومی منطقه موجود و امکان کلون نمودن آن در باکتری e.coli وجود دارد.

پیشرفت روش های زیست شناسی مولکولی در دهة 1980، نقش زیادی در توسعه راهکارهای جدید برای تولید زیر واحدهای واکسنی ایفاد کرده است. تولید گیاهان ترا ریخته امید جدیدی در تولید واکسن های ارزان تر، ایمن تر و با قدرت ذخیره سازی راحت تر را ایجاد نمود. به همین دلیل، گیاهان به عنوان یک روش مهم جایگزین برای تولید طیف وسیعی از پروتئین های فعال ارزشمند در صنایع بهداشتی مطرح شدند. شتر دارای ویژگیهای فنوتیپی منحصر به فردی می باشد که در سایر پستانداران وجود ندارد. این ویژگیهای منحصر به فرد در جنبه های سلولی ومولکولی نیز می تواند حائز توجه باشند. ژنهای nbbruc02,03 که در شترهای بومی وجود دارد قادر به تشخیص آنتی ژن بروسلا از دو گونه اصلی بروسلا (بروسلا آبورتوس وبروسلا میلتنیس) بوده و آنها را از گونه هایی که از یرسینا هستند تشخیص می دهد. این مطالعه با هدف جداسازی و کلون کردن بخشی ازژنnbbruc02 شتر بومی و الایمنت نمودن با سایر توالی های موجود و انتقال آن به باکتری e.coli به منظور تولید واکسن های سبز انجام شد. نمونه خون شتر تک کوهانه بومی 5 ساله از یک شتر داری در شهرستان زابل تهیه شد. استخراج dnd انجام گرفت ، جهت اطمینان از کیفیت وکمیت dna استخراج شده از روشهای اسپکتوفتومتری و ژل آگارز استفاده شد . جهت تکثیر قطعه مورد نظر ، از روش pcr گرادیان دمایی استفاده شد و بهترین دمای اتصال بدست آمد. سپس استخراج ژل انجام و محصول بدست آمده جهت تعیین توالی به شرکت ارسال شد. توالی دریافت شده از شرکت با توالی موجود در ncbi مقایسه وتوسط نرم افزارpraimer blast موردتائید قرارگرفت . جهت کلون نمودن ژن موردنظر از یک ناقل t/a استفاده شد . سپس پلاسمید به سلولهای آماده e.coli منتقل شد . از کلونیهای سفید واکشت انجام شد . استخراج پلاسمید انجام گرفت . سپس هضم آنزیمی پلاسمیدهای نوترکیب t/a با استفاده از آنزیم bamhi صورت پذیرفت . نتایح حاصله حاکی از آن بود که ژن nbbruc02 در شترهای بومی منطقه وجود دارد وکلون کردن آن در باکتری e. coliبا موفقیت انجام پذیرفت .

واکسن bcg موجود در ایران یک واکسن زنده ضعیف شده است که با تضعیف میکروارگانیسم ها تهیه شده و قدرت بیماری زایی پاتوزن کاهش یافته است. اما آنتی ژن های عمل کننده به جهت ایجاد ایمنی در آن باقی می مانند. واکسن bcg از کشت مداوم مایکوباکتریوم بوویس که به مدت ?? سال در محیط صفراوی کشت داده شده (????- ???? ) تهیه می شود. این واکسن اثرات حفاظتی در مقابل توبرکلوزیس یا tb دارد. اما مخاطرات و موانعی نظیر بروز مننژیت سلی بدنبال تزریق واکسن در برخی از نوزادان و همچنین منع استفاده در مبتلایان به نقص سیستم ایمنی واکسن وجود دارد. از نظر تئوری ژن های کد کننده هر پروتئین را می توان به وسیله تکنیک های نوترکیب در باکتری ها ،مخمرها، و یا سلول های پستانداران تکثیر و بیان نمود. تعدادی از ژن های کد کننده آنتی ژن های سطحی ویروس ها و باکتری ها و پاتوژن های تک یاخته ای به طور موفقیت آمیزی در واسطه های بیانی تکثیر و بیان شده و از محصولات آنها به عنوان واکسن برعلیه بیماری های خاص استفاده شده است . در این راستا پروتئین ماژور30 کیلودالتونی(ag 85b) که در مایکوباکتریوم توبرکلوزیسوجود دارد بعنوان اولین انتخاب برای ساخت واکسن سل شناخته می شود . این آنتی ژن ترشحی توانایی تحریک پاسخ ایمنی پیشگیری کننده و همچنین تعدیل تولیدinf-? در مدلهای حیوانی داشت. هدف از این مطالعه جداسازی ژن کد کننده آنتی ژن سطحی 85b از مایکوباکتریوم توبرکلوزیس سویه h37rv و کلون نمودن ژن کد کننده آنتی ژن سطحی 85b و انتقال به یک پلاسمید بدون هیچگونه تغییر در ساختار نوکلئوتیدی آن بود. ژن مسئول ترشح این پروتئین در پلاسمید pcambia 1305.2 کلون شد. برای تولید آنتی ژن 85b نوترکیب ابتدا ژن fbpb توسط فرایند pcr تکثیر شده و پس از کلون نمودن به باکتری e.coli سویه dh5? منتقل شد .

باکتری کلبسیلا پنومونیه (klebsiella pneumoniae) سروتیپ k2، یکی از پاتوژن¬های رایج در میان باکتری¬ های گرم منفی از خانواده انتروباکتریاسه می باشد. به دلیل شیوع بالای سروتیپ k2، ارائه روش تشخیصی دقیق، موثر و اختصاصی برای شناسایی این باکتری ضروری است. در طول چند سال گذشته، روش¬های مولکولی مانندpcr ، بیوسنسور نانو ذرات طلا و شناساگر¬های متصل به آن به منظور تشخیص سریع، دقیق، آسان، ارزان و با اختصاصیت و حساسیت بالا برای شناسایی پاتوژن¬های انسانی، گیاهی و حیوانی توسعه یافته اند. در این پژوهش، به منظور تشخیص سروتیپ k2 باکتری کلبسیلا پنومونیه از ژن¬هایk2a ، rmpa وorf10 استفاده گردید. طراحی پرایمر انجام و شناسایی باکتری توسط روش¬های pcr برای هر سه ژن و multiplex pcr برای ژن¬های orf10و k2a انجام شد. ژن k2a توالی¬یابی و به منظور طراحی شناساگر¬های تیول¬دار مورد استفاده قرار گرفت. سنتز نانوذرات طلا با قطر حدود 20 نانو متر انجام شد و از dna ژنومی سروتیپ k2 باکتری کلبسیلا پنومونیه به منظور تشخیص توسط نانو ذرات طلا و شناساگر¬ها استفاده گردید. تکثیر قطعه به اندازه bp 532 از ژنk2a با حساسیت 1 پیکوگرم و bp 309 از ژن orf10 با حساسیت 0/07 نانو گرم در تکنیک¬هایpcr و multiplex pcr مشاهده و در ژن rmpa باندی مشاهده نگردید. تغییر رنگ نانوذرات طلا در حضور dna ژنومی سروتیپ k2 و شناساگر¬ها مشاهده شد و بیشترین تغییر طول موج در محدوده 550 تا 650 نانومتر صورت پذیرفت. بنابراین می¬توان این روش را به عنوان روشی سریع، دقیق، ارزان و با اختصاصیت بالا نسبت به روش¬های بیوشیمیایی و مولکولی برای تشخیص سروتیپ k2 باکتری کلبسیلا پنومونیه معرفی نمود.

باسیلوس سرئوس باسیل گرم مثبت و اسپور دار بی هوازی است. این باکتری مولد انتروتوکسین های مولد اسهال و تهوع می باشد. از آنجا که این باکتری به تغییرات دمایی مقاومت بالایی نشان می دهد روش های معمول استرلیزه نمودن و پخت برای کنترل آن کافی نمی باشند، لذا لزوم تشخیص دقیق و سریع آن در مراکز کنترل کیفی مواد غذایی احساس می شود. در این مطالعه برای شناسایی گونه باسیلوس سرئوس، از ژن های nhebو hbld جهت طراحی پرایمر استفاده گردید. نتایج pcr برای دو ژن nhebو hbld تکثیر دو قطعه موردانتظار 842 و 396 جفت بازی را نشان داد. میزان حساسیت و اختصاصیت پرایمرهای طراحی شده در باکتری باسیلوس سرئوس و 9 نمونه کنترل منفی ارزیابی شد.

با توجه به مزایای روش انتقال ژن به گیاهانبه واسطه آگروباکتریوم از جمله ساده، ارزان، دقیق و طبیعی بودن آن در مطالعه حاضر سعی بر ایجاد یک روش جدید انتقال ژن به گیاهان به واسطه آگروباکتریوم از طریق آوندهای چوبی و بررسی بیان موقت ژن گزارشگر gus گردید. بدین منظور پلاسمید pcambia1305.2 واجد ژن گزارشگر gus اینترون دار به واسطه آگروباکتریوم به گیاهان مورد آزمایش یعنی خربزه سفیدک زابل (cucumis melo l)، جعفری (petroselinum crispum l) و لوبیا (phaseolus vulgaris l) انتقال داده شد. نتایج بعد از انجام pcr و آزمون هیستوشیمیایی ژن گزارشگر gus موفق بودن انتقال ژن به گیاهان مورد آزمایش را نشان داد. با توجه به اینکه این روش به امکانات بسیار کم نیاز دارد و به سادگی قابل انجام است، می تواند جایگزین روش های دیگر انتقال ژن به واسطه آگروباکتریوم به گیاهان باشد.

در سال های اخیر استافیلوکوک های کواگولاز منفی به ویژه استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس نقش فزاینده ای را در عفونت های بیمارستانی داشته اند. بنابراین شناسایی این باکتری و تمایز آن از سایر استافیلوکوک های کواگولاز منفی بسیار اهمیت دارد. روش های فنوتیپی استفاده شده برای شناسایی این باکتری دقت بالایی ندارند و زمان بر هستند. از اینرو استفاده از روش های مولکولی برای شناسایی دقیق این باکتری ضروری است. در این مطالعه، باکتری استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس atcc 12228 از انستیتو پاستور تهیه شد و روی محیط کشت مایع و جامد مناسب کشت داده شد. پس از گذشت 24 ساعت از کشت مایع، dna باکتری به روش boiling استخراج گردید و با استفاده از پرایمرهای طراحی شده برای ژن های pta، gmk2 و sesb واکنش multiplex pcr انجام شد. از ژنوم باکتری های استافیلوکوکوس اورئوس، اشرشیا کلی و آسینتوباکتر بومانی به عنوان کنترل منفی استفاده شد. حساسیت پرایمرهای طراحی شده نیز با تهیه رقت های مختلف از dna استخراج شده از باکتری استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس و انجام واکنش multiplex pcr بررسی گردید.. در این تحقیق همچنین از پروب نانوذرات طلا برای شناسایی استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس استفاده شد. برای این منظور ابتدا دو قطعه 20 جفت بازی متوالی از ژن pta برای سنتز به صورت تیوله سفارش داده شد. محلول کلوئیدی نانوذرات طلا نیز با روش احیا سیترات سنتز شد.از dna باکتریهای استافیلوکوکوس اورئوس و اشرشیا کلی به عنوان کنترل منفی استفاده شد.

شوید با نام علمی anethum graveolens l. گیاهی یکساله علفی و معطر است. این گیاه متعلق به تیره چتریان می باشد و بومی جنوب غربی و آسیای مرکزی است. از ترکیبات و مواد موثره این گیاه در صنایع داروسازی استفاده می شود. در این تحقیق تعداد 9 بذر شوید جمع آوری شده از نقاط مختلف ایران شامل شهر های اصفهان، مبارکه، یزد، نجف آباد، شیراز، کرج، ورامین، مشهد و سبزوار به همراه یک رقم از کشور عراق به منظور آنالیز تنوع ژنتیکی بر اساس مارکر مولکولی issr مورد بررسی قرار گرفت.

خارمریم (silybum marianum) گیاه دارویی از خانواده asteraceae بوده و بومی مناطق مدیترانه است. عصاره این گیاه قرن هاست که به عنوان تقویت کننده کبد شناخته شده است و گیاه شناسان حدود 2000 سال است که از دانه های آن برای درمان بیماری های مزمن کبدی و محافظت از کبد در مقابل سموم استفاده میکنند. در این مطالعه به منظور بررسی تنوع ژنتیکی خارمریم از نشانگر inter-simple sequence repeat amplification یا به اختصار (issr) استفاده شد. نشانگر issr از نشانگرهای پر کاربردی است که به دلیل ارزانی، سرعت، احتیاج به مقدار کم dna، عدم متأثر شدن از محیط به طور گسترده استفاده می شود.

چکیده ریحان (ocimum basilicum)، گیاهی است علفی و یکساله از تیره نعناع که به عنوان یک گیاه دارویی در درمان بیماری هایی چون سردرد، اسهال، سرفه، زگیل و نارسایی های کلیوی در ایران مورد استفاده است. اسانس ریحان به-طور عمده شامل ترکیبات فنیل پروپانوئیدی است که مسیر بیوسنتز این ترکیبات از مسیر شیکمات می گذرد و مهمترین ترکیبات آنها شامل چاویکول، متیل چاویکول، اوژنول، متیل اوژنول، سینامات می باشد. این ترکیبات توسط یک گروه آنزیمی هدایت و تنظیم می شوند که یکی از آنزیم های کلیدی در مسیر بیوسنتز فنیل پروپانوئیدها فنیل آلانین آمونیا لیاز (pal) است که اولین آنزیم در مسیر تولید این ترکیبات است و با انجام عمل دآمیناسیون اسید آمینه ال-فنیل آلانین را به ترانس سینامیک اسید تبدیل می کند. عوامل موثر دربیان آنزیم pal و در نتیجه تولید ترکیبات فنولی در گیاه شامل سن گیاه ، غلظت تنظیم کننده های رشد، استرسها مانند علف کش ها ، زخمی شدن بافت ها ، مدت زمان تابش نور، پرتوهای uv ، دما و سطح نیتروژن و فسفات و... می باشند. کیتوزان به عنوان الیسیتور زیستی کار آمد، برای بهبود بخشیدن بیوسنتز متابولیت های ثانویه در گیاهان دارویی زیادی تأیید شده است. در این تحقیق اثر کیتوزان بر بیان ژن pal و اسانس گیاه ریحان مورد بررسی قرار گرفت و ارتباط بین بیان ژن و فعالیت pal با مقدارترکیبات فنیل پروپانوئید و ترکیبات فنل کل در گیاه ریحان مطالعه شد. این آزمایش در پاییز 1391 در مرکز زیست پژوهشی دانشگاه زابل (بیوسنتر) اجرا گردید و گیاهان در مرحله پیش گلدهی با کیتوزان تیمار شدند و در زمان های مختلف 1، 2، 3، 5 روز پس از اعمال کیتوزان برداشت شدند. بیان ژن pal به روش real time pcr و میزان اسانس با تکنیک gc-ms سنجیده شد. نتایج این بررسی نشان داد که بیشترین مقدار بیان ژن و فعالیت آنزیم pal در یک روز پس از اعمال کیتوزان بود و در روز پنجم پس از اعمال کیتوزان کاهش یافت. همچنین کیتوزان باعث افزایش ترکیبات فنیل پروپانوئیدی و فنل کل گردید. به طور کلی تغییرات میزان بیان ژن و فعالیت آنزیم pal با روند تغییرات ترکیبات فنل پروپانوئیدی و ترکیبات فنل کل در مراحل مختلف برداشت مطابقت دارد. بنا بر این کیتوزان به عنوان الیسیتور زیستی از طریق افزایش بیان ژن و فعالیت آنزیم pal باعث افزایش ترکیبات فنیل پروپانوئید و فنل کل گردید. کلمات کلیدی: ریحان، اسانس، بیان ژن، فنیل آلانین آمونیالیاز