زین الدین عاملی معروف به شهید ثانی (966-911 ه.ق) از فقهای بزرگ شیعه در عصر صفوی و عثمانی است و پژوهش حاضر با بررسی حکومت اسلامی در اندیشه سیاسی شهید ثانی درصدد اثبات این فرضیه برآمده که میان مبانی کلامی-فقهی شهید ثانی و نظریه حکومت وی رابطه مستقیمی است و حکومت اسلامی از منظر وی مبتنی بر آن مبانی شکل می گیرد. این تحقیق در دو فصل و پنج بخش به انجام این مهم پرداخته است. مبانی کلامی و مبانی فقهی حکومت در فصل اول در دو بخش جداگانه مورد مطالعه و بررسی قرار گرفته است که در بخش مبانی کلامی به دیدگاههای بنیادی وی در زمینه های انسان شناسی، هدایت، عدالت و امامت اشاره شده است. در نگاه شهید ثانی انسان دارای طبعی مدنی بوده و نیازمندی وی به هدایت الهی در راستای تکمیل عقل بشری است و به دلیل این که خداوند عادل جز به استقرار عدالت در جامعه، راضی نمی گردد عدالت اجتماعی به بحث گرفته شده است و هدایت الهی و قیام به عدالت منحصرا توسط امام عادلی تحقق می یابد که از جانب خداوند به این مهم منصوب شده است. بررسی جایگاه فقه در میان سایر دانش ها و گرایش به ارجحیت آن، ضرورت حکومت در جامعه، شرایط و ویژگی های حاکم، و وظایف و اختیارات وی (که در مبانی منحصرا مقصود از حاکمت امام معصوم می باشد) پایه های فقهی این تحقیق محسوب می شود که در بخش مبانی فقهی ملاحظه شده است. فصل دوم این تحقیق (نظریه حکومت) به مباحث حکومت و انواع آن در عصر غیبت، اختیارات و وظایف حکومت و روابط متقابل مردم و حاکمان می پردازد. تامین مصالح عمومی به عنوان محصور اصلی این تحقیق، اساسی ترین هدف حکومت اسلامی بوده و حاکم و رهبر، برای تحقق بخشیدن به آن هدف، به این مقام منصوب شده است. براساس خاستگاه الهی حکومت ها در بخش سوم به مطلوب و نامطلوب (جور) تقسیم شده اند و در این راستا حکومت پیامبر و امام معصوم و حکومت فقیه جامع الشرائط در عصر غیبت (ولایت فقیه) مطلوب تلقی شده و سایر حکومت ها و قدرت های سیاسی موجود مبتنی بر خاستگاهی غیر وحیانی نامطلوب محسوب می شوند. در بخش چهارم حاکم و رهبر سیاسی اجتماعی در گستره مصالح عمومی جامعه به اتخاذ تصمیم پرداخته و در مناصب افتا (مقننه)، قضا (قضائیه)، و برپایی احکام انتظامی اسلام (مجریه) انجام وظیفه می کند و ولی فقیه در عصر غیبت در واقع همان اختیارات حکومتی امام را دارا می باشد. مشارکت و نظارت مردم در امور حکومت و روابط متقابل فرد و حاکتم در بخش پنجم مورد توجه قرار گرفته و فرد در صور مختلف حسبه، امر به معروف و نهی از منکر و شورا به ایجاد ارتباط متقابل با حاکمان می پردازد. شهید ثانی برای کیفیت زیست مردم در حکومت های نامطلوب (جور) به راهکارهایی توجه نموده که ضمن تقبیح حکومت جور، تا حد امکان به برپایی و احیای آموزه های الهی حتی در قالب مشارکت در امور حکومتی حاکم جائر اقدام شود. در واقع با توجه به مبانی کلامی انسان شناسی، هدایت، عدالت و امامت، امام معصوم به عنوان رهبر سیاسی جامعه از جانب خداوند منصوب شده و فقیه جامع الشرائط در عصر غیبت دارای همان اختیارات و وظایفی است که امام در امر حکومت دارا می باشد و نقش مردم در این حکومت، علاوه بر حمایت و اطاعت از آن، در مشارکت و نظارت تجلی می کند.