چکیده بیماری پیچیدگی (زرد) برگ گوجه فرنگی[tomato (yellow) leaf curl virus, t(y)lcv] از گسترده ترین و مخرب ترین ویروس های گوجه فرنگی است که توسط چندین ویروس نزدیک به هم ایجاد می شود. این ویروس ها از خانواده geminiviridea و جنس begomovirus می باشند. ویروس پالامپور پیچیدگی برگ گوجه فرنگی (tomato leaf curl palampur virus, tolcpmv) یکی از گونه های جدید جنس بگوموویروس است که اخیرا از کشورهای هند و ایران روی گوجه فرنگی گزارش شده است. به منظور تعیین مشخصات ژنوم و دامنه میزبانی tolcpmv در استان های کرمان و هرمزگان طی سال های 87-86 تعداد 233 نمونه گیاهی از مزارع و گلخانه های کدوئیان جمع آوری شد. بررسی نمونه های فوق با استفاده از آغازگر های عمومی واختصاصی در آزمون pcr نشان داد که کدوئیان از جمله خیار، کدو، طالبی، شما و خربزه آلوده به tolcpmv هستند. برای تعیین مشخصات ژنوم، قطعات dna-a و dna-b توسط آغازگرهای اختصاصی تکثیر و محصولات pcr بعد از همسانه سازی تعیین ترادف گردیدند. نتایج حاصل از تعیین ترادف قطعات dna-a و dna-b نشان داد که طول کامل این دو قطعه به ترتیب 2756 و 2720 جفت باز بوده و هر قطعه به ترتیب دارای شش و دو چهارچوب بسته ژنی (orf) می باشند. براساس مقایسه ترادف نوکلئوتیدی بیشترین شباهت طول کامل قطعات dna-a و dna-b ویروس جدایه ایرانی ویروس پالامپور پیچیدگی برگ گوجه فرنگی با tolcpmv-in که اخیرا از کشور هند گزارش شده است، به ترتیب 97 و89 درصد می باشد. از میان سایر بگوموویروس های دیگر، جدایه ایرانی tolcpmv بیشترین شباهت را با جدایه های ویروس نیودهلی پیچیدگی برگ گوجه فرنگی (tomato leaf curl new delhi virus, tolcndv) نشان داد. بر اساس مطالعات فیلوژنتیکی، جدایه ایرانی tolcpmv با جدایه هندی ویروس پالامپور پیچیدگی برگ گوجه فرنگی و جدایه های مختلف tolcndv در یک گروه قرار می گیرند. نتایج حاصل از این تحقیق نشان می دهد که tolcpmv در مزارع کدوئیان و گوجه فرنگی در مناطق جنوب و جنوب شرقی ایران به طور گسترده شیوع دارد، بطوریکه خسارت ناشی از این ویروس در برخی از مزارع و گلخانه های کدوئیان به 100% می رسد. در خاتمه می توان گفت که ویروس پالامپور پیچیدگی برگ گوجه فرنگی یک تهدید جدی برای کاشت بسیاری از انواع کدوئیان و گوجه فرنگی در مناطق جنوب و جنوب شرق ایران است.

استفاده از مواد القا کننده زیستی وغیر زیستی برای بهبود مقاومت میزبان نسبت به بیماریها، دستاوردی است که می تواند برای مدیریت بیماریهای گیاهی قابل پیگیری باشد.شانکر باکتریایی مرکبات یکی از مخرب ترین بیماریهای مرکبات تجاری است و خسارات ناشی از آن باعث ایجاد مشکلات اصلی اقتصادی این محصول می شود. به منظور بررسی ایجاد مقاومت القایی نسبت به بیماری شانکر باکتریایی مرکبات از دو روش پرایمینگ و post inoculation در گیاه لیموترش (لایم) استفاده گردید. این آزمایش در قالب طرح کاملا تصادفی با ده تکرار انجام شد. در این مطالعه از تیمارهای سالیسیلیک اسید، آسکوربیک اسید، چای سبز، بتا-آمینو بوتیریک اسید، سم اکسی کلرور مس، تیامین و آب مقطر استفاده شد. نتایج فنوتیپی نشان دادند که چای سبز و بتا-آمینو بوتیریک اسید بیشترین اثر را در کنترل بیماری داشتند. به منظور میزان بیان ژن بتا-1و3-گلوکاناز از واکنش real-time quantitative pcr استفاده گردید. نتایج حاصل از این واکنش نشان داد که بیان این ژن در نهال تیمار شده با baba نسبت به نهال تیمار شده با آب مقطر (شاهد) افزایش قابل توجهی داشت. بنابراین نتایج فنوتیپی و کمی نشان دادند که baba و چای سبز مقاومت القایی را در لایم ایجاد کردند.

بیماری پیچیدگی برگ چغند رقند توسط چندین جمینی ویروس (geminivirus) متفاوت ایجاد می گردد که یکی از آنها ویروس ایرانی پیچیدگی برگ چغندر قند (beet curly top iran virus, bctiv) است. این ویروس برای اولین بار در سال 1385 از ایران گزارش گردید. تعیین هویت جمینی ویروس ها با اثبات بیماریزا بودن آنها یعنی اجرای اصول کخ انجام می شود. با وجودیکه بسیاری از ویژگی های بیولوژیکی و مولکولی bctiv مورد مطالعه قرار گرفته است، هنوز بیماریزائی آن اثبات نشده است. در تحقیق حاضر، با توجه به اهمیت بیماری پیچیدگی برگ چغندرقند در ایران و به منظور اثبات بیماریزائی ژنوم تک بخشی آن، با استفاده از دو روش مختلف، اقدام به ساخت همسانه عفونت زا (infectious clone) گردید. در روش اول، دو طول کامل ژنوم bctiv بصورت نسخه دوتایی کامل(dimer) داخل ناقل دوگانه pgreen قرار داده شد. این سازه با روش انجماد و ذوب (freeze–thaw) به سلول های آگروباکتریوم نژاد c58 منتقل و سپس به تعدادی گیاه از خانواده های مختلف شامل چغندر قند، شلغم، گوجه فرنگی، اسفناج، کدو ، توتون، داتوره و سلمه تره تزریق گردید. در طی 8-6 هفته عکس العمل گیاهان تلقیح شده توسط سازه عفونت زای bctiv مورد بررسی قرار گرفت. نتایج بدست آمده نشان داد، چغندر قند توسط این سازه آلوده شده و علائم مشخص بیماری پیچیدگی برگ چغندر در آن ایجاد می گردد. باستثنای شلغم، سایر گیاهان تلقیح شده شامل گوجه فرنگی، اسفناج، کدو، توتون، داتوره و سلمه تره نیز توسط سازه عفونت زای bctiv آلوده شدند و علائم مختلفی را نشان دادند. آلودگی یا عدم آلودگی این گیاهان توسط آزمون pcr تائید گردید. در روش دوم، که به موازات روش اول انجام شد ژنوم کامل bctiv به صورت نسخه دوتایی ناقص (partial dimer) داخل ناقل ptz57r همسانه سازی شد. تلاش برای انتقال سازه دوتائی ناقص به ناقل دوگانه bin19 موفقیت آمیز نبود. بر اساس نتایج این تحقیق، ماهیت bctiv به عنوان یک جمینی ویروس متفاوت با ژنوم تک بخشی اثبات گردید. سازه ساخته شده می تواند در آینده برای بسیاری از مطالعات از جمله تعیین وظایف ژنها و شناسائی یا تولید واریته های مقاوم مورد استفاده قرار گیرد

ویروس موزائیک یونجه alfalfa mosaic virus (amv)یکی از مهمترین ویروسهای گیاهی از نظر دامنه میزبانی و اهمیت اقتصادی در جهان و ایران می باشد. طی سالهای 1386 تا 1388از مزارع یونجه 18 استان کشور، تعداد 1066 نمونه گیاهی، همچنین به منظور بررسی و تعیین پراکنش میزبان های ثانویه amv، تعداد 219 نمونه از مزارع سیب زمینی استانهای(کرمان، همدان و اصفهان)، 273 نمونه از مزارع گوجه فرنگی و فلفل استانهای کرمان و هرمزگان و 127 نمونه از مزارع نخود و لوبیا استان کرمان بر مبنای علائم جمع آوری شد. جهت بررسی آلودگی نمونه ها، آزمون indirect elisa طبق روش موات و داوسون (1987) انجام گرفت. بر این اساس میزان آلودگی مزارع یونجه، سیب زمینی، گوجه فرنگی، فلفل، نخود و لوبیا نسبت به amv در مناطق نمونه برداری شده به ترتیب 77/33، 76/7، 63/1، 11/1، 4 و 0 درصد برآورد گردید. از بین 156 نمونه علف هرز از 13 گونه تنها 21 نمونه از 8 گونه شامل شیرتیغی (sonchus oleraceus) ، سلمه تره (chenopodium amaranticolor c. album )، آفتاب پرست (heliotropium europaeum)، کاهو وحشی (lactuca serriola)، بارهنگ (plantago ovate)، ترشک (rumex crispus)، شنگ (trogopogon pratensis)، شبدر((trifolium repense، پنیرک ((malva parviflora، anethum graveolens و هویج وحشی (dacus carota) که به ترتیب از مناطق حاجی آباد استان هرمزگان، سیرجان، سرآسیاب، شهربابک، کرمان، بردسیر، بافت، ماهان واقع در استان کرمان، منطقه فارسان در استان چهار محال بختیاری جمع آوری شده بودند، نسبت به amv آلوده بودند. پس از نمونه برداری و انجام آزمون الایزا، بر روی نمونه های مثبتی که بیشترین غلظت را نشان دادند، خالص سازی بیولوژیک انجام گرفت. جهت بررسی دامنه میزبانی amv، نمونه های مذکور برروی گیاهان خانواده های solanaceae، leguminosae، chenopodiaceae و cucurbitaceae مایه زنی شدند. براساس نتایج بدست آمده، جدایه های ایرانی amv براساس علائم ایجاد شده بر روی گیاهان آزمون به دو گروه (i و ii) تقسیم شدند به طوری که سه جدایه ایرانی si. ni. a، ke. ke. cp و kh. ah. a در گروه i و سایر جدایه ها در گروه ii قرار گرفتند. سپس براساس مناطق نمونه برداری و گیاهان میزبان، جدایه های که بیشترین اختلاف از نظر علائم با سایر جدایه ها را نشان دادند، جهت مطالعه مولکولی، همسانه سازی و بدنبال آن تعیین موقعیت تاکسونومیکی جدایه های این ویروس در ایران و جهان انتخاب و مورد بررسی بیشتر قرار گرفتند. تجزیه فیلوژنتیک و محاسبه فاصله ژنتیکی(genetic distance) و تنوع(diversity) نشان داد که جدایه های amv موجود در بانک ژن و جدایه های ایرانی بررسی شده در این تحقیق در سه گروه قرار می گیرند، به طوریکه اکثر جدایه ها(35 جدایه) همراه با چهار جدایه ایتالیا و صربستان و یک جدایه از انگلستان در گروه i، دو جدایه si. ni. a و kh. ah. a همراه با شش جدایه از انگلستان و فرانسه در گروه ii، جدایه ke. ba. po همراه با 27 جدایه دنیا در گروه iii و جدایه ke. ma. pl به تنهایی وکاملا مجزا از سایر جدایه های ایرانی و دنیا قرار می گیرند. فاصله ژنتیکی بین و داخل گروه ها نیز نتایج فوق را تائید می نمایند. محاسبه تنوع ژنتیکی(?) نشان داد که به رغم گسترش وسیع این ویروس در دنیا، میزان تنوع آن در یک منطقه مانند اروپا پائین می باشد. همچنین محاسبه تنوع و جمعیت های مختلف دنیا نشان دهنده افزایش میزان این تنوع در آسیا می باشد. بر این اساس شاید بتوان ذکر نمود که پیشگیری از این ویروس در مزارع یونجه به دلیل تنوع جدایه ها کار آسانی نباشد.

در سال های 1389-1387 نمونه برداری از برگ، شاخه و میوه های دارای لکه های قهوه ای رنگ در باغات پسته ی برخی مناطق استان کرمان صورت گرفت. از نمونه های آلوده ی برگ و سرشاخه،باکتری همراه با بیماری طبق روش های مرسوم در باکتری شناسی، جدا و خالص سازی شد.جدایه های باکتری همراه با بیماری گرم منفی، دارای کلنی محدب، برجسته ولعاب دار و زرد رنگ بودند جدایه ها هوازی،متحرک،اکسیداز منفی و غیر فلورسانت بوده و نتایج آزمون های تولید آرژنین دی هیدرولایز، اوره آز، احیای نیترات، تولید اندول و استوئین منفی بوده ولی آنها توانایی هیدرولیز کازئین، ژلاتین،اسکولین، نشاسته و توئین 80 داشتند. رشد در حضور 1/0 درصدttc متوقف گردیده و جدایه ها تولید رنگدانه زانتومونادین کردند.بیماری زایی جدایه ها با مایه زنی بر روی نهال پسته به اثبات رسید.هم چنین جدایه ها مورد بررسی فیزیولوژیکی، بیوشیمیایی و الکتروفوز پروتئین های محلول سلولی(sds-psge) قرارگرفتند. به منظور ارزیابی دامنه ی تنوع ژنتیکی جدایه ها، dna ژنومی آنها استخراج و در واکنش زنجیره ای پلیمراز با روش rep-pcr و با آغازگرهای eric1r،eric2، boxair، rep1r، rep2 به کار برده شد. ونتایج حاصل از آنالیز نوارهای دی.ان.ای به دست آمده نشانگر وجود تنوع در جدایه های پسته می باشد. به منظور تعیین ارتباط فیلوژنتیکی و کمک به تشخیص دقیق تر گونه یا گونه های جدایه ها از تکثیر و تعیین توالی ژن های gyrb و rpod و بررسی با استفاده از ابزار های بیوانفورماتیک انجام شد. نتایج بیانگر وجود دو گروه در جدایه هایبدست آمده از درختان پسته است.بر اساس ویژگی های ژنوتیپی جدایه ها متعلق به دو گونه ی xanthomonas arboricolaوxanthomonas. sp. تشخیص داده شدند.

ویروسy سیب زمینی (pvy) دارای دامنه میزبانی وسیعی در میان گیاهان خانواده solanaceae می باشد. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های این ویروس در بین میزبان های ثانویه در طول سالهای زراعی 1387تا 1389 از مزارع گیاهان مختلف از استان های کرمان، هرمزگان، خراسان رضوی، خراسان شمالی، اردبیل، آذربایجان شرقی، مازندران و همدان نمونه برداری بعمل آمد. آلودگی نمونه ها با استفاده از روش های سرولوژیکی (آزمون های الایزا به دو روش الایزای غیر مستقیم و مستقیم ترکیبی) و مولکولی (rt-pcr) تعیین گردید. از بین جدایه ها تعداد 14 جدایه براساس مناطق نمونه برداری و میزبان ثانویه انتخاب گردیدند. ژن های پروتئین پوششی و p1 این جدایه ها با استفاده از آغازگر های اختصاصی در روش rt-pcr تکثیر و سپس همسانه سازی شدند. ترادف نوکلئوتیدی قطعات بدست آمده با ترادف های مشابه موجود در بانک ژن مقایسه گردیدند. نتایج حاصل بیانگر آن است که، جدایه های pvy براساس ناحیه ژنی cp در دو گروه اصلی i و ii قرار می گیرند. بیشتر جدایه های ایرانی در گروه ii قرار می گیرند. تنها دو جدایه ker.ji.so و maz.beh.ta در گروه i قرار دارند. براساس ناحیه ژنی p1 جدایه های pvy در دو گروه اصلی i و ii قرار می گیرند. بیشتر جدایه ها در گروه ii و تنها جدایه maz.beh.ta در گروه i قرار می گیرد. کمترین و بیشترین تشابه توالی نوکلئوتیدی ژن cp در بین جدایه های ایرانی و جدایه های بدست آمده از بانک ژن به ترتیب 9/75% در بین جدایه shimla (از هند) و جدایه های ker.ji.to.3 و far.si.ph و 7/99% در بین جدایه syr-sn (از سوریه) و far.og.so برآورد گردید. کمترین و بیشترین تشابه توالی نوکلئوتیدی ژن p1 در بین جدایه های ایرانی و جدایه های گزارش شده از دنیا، کمترین درصد تشابه توالی نوکلئوتیدی ژن p1 بین جدایه nc57 (از آمریکا) و جدایه های ایرانی ker.ji.to.3، ham.ba.so و far.og.pe به میزان 8/66% می باشد. بیشترین درصد تشابه توالی نوکلئوتیدی p1 بین جدایه های maz.beh.ta و lye84.2 به میزان 100% می باشد.

ویروس پالامپور پیچیدگی برگ گوجه فرنگی(tomato leaf curl palampur virus, tolcpmv) یک بگوموویروس مخرب با ژنوم دو بخشی می باشد که اخیرا از کشورهای هند و ایران گزارش شده است. در حال حاضر این ویروس به عنوان عامل اصلی خسارت در گوجه فرنگی و انواع کدوئیان (غیر از هندوانه) بخصوص گلخانه های خیار در مناطق مرکزی و جنوبی ایران معرفی شده است. در جمینی ویروس ها اثبات بیماری زائی با ساخت سازه عفونت زا صورت می گیرد. علاوه بر این، سازه عفونت زا در مطالعات دیگری نظیر ارزیابی مقاومت ارقام و تعیین وظایف ژنها نیز کاربرد دارد. در تحقیق حاضر به منظور ساختن سازه عفونت زای tolcpmv، بدلیل دو بخشی بودن ژنوم ویروس، از هر دو بخش سازه ی دوتایی (dimer) طراحی گردید و دو طول کامل هر بخش به دنبال هم ابتدا درون پلاسمید ptz و سپس درون پلاسمید دوگانه pgreen0029 قرار شدند. سپس سازه های دوتایی ساخته شده از سلول های باکتری e. coli به سلول های آگروباکتریوم منتقل شدند. جهت اثبات بیماریزایی سازه ها ی ساخته شده، آگرواینفکشن و مایه زنی روی تعدادی از میزبان های این ویروس، شامل خیار، کدو، گوجه فرنگی و سه رقم توتون انجام و واکنش این گیاهان بررسی گردید. جهت ارزیابی مقاومت ارقام مختلف خیار گلخانه ای در برابر این ویروس، 16 رقم که در مقایسه با سایر ارقام در بیشتر گلخانه های مناطق یزد و جیرفت کاشته می شدند، انتخاب شده و سازه ی عفونت زا به آنها تزریق گردید. نتایج بدست آمده نشان داد که در بین تمامی ارقام مورد مطالعه، رقم کیان ضمن داشتن کمترین میزان آلودگی (از نظر تعداد گیاهان آلوده شده) در مقایسه با سایر ارقام، دارای روند کندتری از نظر پیشرفت آلودگی نیز بود؛ بطوریکه آلودگی به tolcpmv در این رقم، باعث کاهش یا توقف رشد گیاه نشد و با گذشت زمان، شدت علائم آلودگی ویروسی نیز کاهش یافت. با توجه به نتایج به دست آمده در این تحقیق، رقم کیان بطور نسبی و در مقایسه با سایر ارقام خیار گلخانه ای، در مقابل tolcpmv دارای حساسیت کمتری است. با این وجود، برای یافتن و یا تولید منابع مطمئن تر مقاومت به ویروس فوق، نیاز به مطالعات بیشتری است.

با توجه به اهمیت نقش بخش تعاون در اقتصادکشور و نقش مهم این بنگاه های اقتصادی در چرخه اقتصادی کشور، در این پژوهش به بررسی عملکرد اتحادیه های تعاونی روستایی در استان فارس پرداخته شده است. داده های مورد نیاز از اطلاعات موجود در ترازنامه ها، صورت حساب های سرمایه ، سود و زیان همه 25 اتحادیه های تعاونی روستائی شهرستان های استان فارس در سال مالی 1389 و از طریق تکمیل پرسشنامه و انجام مصاحبه با مدیران عامل اتحادیه ها جمع آوری گردید. در مرحله بعد از میان آنان تعداد 12 شهرستان انتخاب و در هر شهرستان با یک نمونه 7-5 نفری از مدیران عامل شرکت های تعاونی مصاحبه ای برای ارزیابی عملکرد اتحادیه ها انجام شد. نتایج نشان داد که تجربه عملی مدیران عامل، میزان تحصیلات ، تعداد شرکت های عضو اتحادیه میزان فروش و قدرت مالی مدیران عامل اتحادیه ها تاثیر مثبت و معنی داری بر سودآوری اتحادیه ها داشته است. علاوه براین به منظور تعیین عوامل موثر بر رضایت شرکت های تعاونی از اتحادیه ها از مدل لاجیت استفاده شد. نتایج نشان داد که میزان معاملات با اتحادیه و تعداد سهام شرکت ها در اتحادیه ها، تاثیر مثبت و معنی داری بر میزان رضایت شرکت ها از اتحادیه های تعاونی روستایی دارد.

انگور (vitis vinifera l.) یکی از مهمترین محصولات کشاورزی در ایران است که از سطح زیر کشتی معادل 302 هزارهکتار آن، سالیانه حدود 7/1 میلیون تن محصول برداشت می شود. در طول سال های 90-1389 و برای شناسایی و تعیین قارچ های بیمارگر همراه با زوال انگور از مناطق مختلف استان کرمان شامل ماهان، بردسیر، جوپار، قوام آباد، حمیدیه، سیرجان، سیرچ، چترود، هوتک، دلفارد، محی آباد، گلباف، اندوهجرد، کرمان، رابر، عرب آباد و خانوک بازدید به عمل آمد. از شاخه و تنه درختان بیمار که دارای علائم هوایی مانند زردی، زردی بین رگبرگ ها و قهوه ای شدن برگ ها، کاهش رشد، پژمردگی و علائم درونی مانند قهوه ای شدن بافت چوب، ایجاد رگه های سیاه و قهوه ای در چوب و قهوه ای شدن بافت آوندی بودند نمونه برداری شد. جداسازی عوامل قارچی از بافت های تغییر رنگ یافته چوب و با استفاده از محیط کشت عصاره مالت-آگار (malt extract agar = mea) حاوی 100 میلی گرم بر لیتر از سولفات استرپتومیسین (meas) و محیط کشت عصاره سیب زمینی-آگار (pda= potato dextrose agar) انجام شد. جدایه های بدست آمده بر اساس خصوصیات ریخت شناختی و محیط کشت شناسایی شدند. شناسایی جدایه های phaeoacremonium با تکثیر و تعیین ترادف بخشی از ژن بتا توبولین (b-tubulin gene) با استفاده از دو آغازگر t1 و bt2b و شناسایی جدایه های botryosphaeria نیز با تکثیر و تعیین ترادف بخشی از ناحیه its (its1+ 5.8s+ its2) با استفاده از دو آغاز گر its4 و its5 مورد تایید قرار گرفت. در کل 476 جدایه قارچی از درختان بیمار با علائم مختلف زوال بدست آمد. در این میان دو گونه phaeoacremonium aleophilum و phaeomoniella chlamydospora به ترتیب با 6/21 و 6/11 درصد بیشترین فراوانی را در بین جدایه های بدست آمده داشتند. قارچ های دیگری مانند pm. parasiticum با 3/6 درصد، aesculi fusicoccum ( با فرم جنسی botryosphaeria dothidea) با 4/0 درصد، phaeoacremonium sp.، aspergillus spp.، aspergillus terreus، alternaria sp.، coniothyrium sp.، paecilomyces sp.، penicillium spp.، nattrassia sp.، fusarium spp. و phoma sp. نیز از درختان بیمار و از مناطق مختلف نمونه برداری شده جداسازی شدند. آزمون بیماری زایی در شرایط گلخانه ای و بر روی قلمه های سبز دو رقم عسکری و سیاه انجام شد. نتایج بدست آمده از آزمون بیماری زایی نشان داد که جدایه های به کار رفته روی قلمه های مایه زنی شده بیماری زا بوده و پس از 20 روز باعث ایجاد تغییر رنگ بافت آوندی شدند. برای اثبات آزمون کخ، جدایه های مایه زنی شده دوباره از ناحیه بین بافت تغییر رنگ یافته و سالم جداسازی و بر اساس ویژگی های ریخت شناختی شناسایی شدند. با توجه به نتایج بدست آمده از بازدید و نمونه برداری از باغ های انگور در مناطق مختلف استان کرمان، بیماری زوال انگور به طورشایع در بیشتر باغ های نمونه برداری شده در استان کرمان مشاهده شد. کلمات کلیدی: زوال انگور، اسکا، پتری، phaeoacremonium aleophilum ، phaeomoniella chlamydospora ، botryosphaeria dothidea .

ویروس کوتولگی سبزرد هندوانه (watermelon chlorotic stunt virus, wmcsv) یکی از ویروس های مهم هندوانه در مناطق جنوب و جنوب شرقی ایران است و در سال های اخیر باعث خسارت های سنگینی به محصول هندوانه در مناطق فوق شده است. به منظور تعیین مناطق گسترش wmcsv در استان های فارس و کرمان و همچنین شناسائی میزبان های وحشی آن در استان های کرمان و هرمزگان، نمونه برداری از مناطق فوق انجام شد و با آزمون pcr مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج بدست آمده نشان داد که wmcsv بشدت روی هندوانه در استان فارس در مناطق خنج، ممسنی، داراب، استهبان، فیروزآباد و لار و در استان کرمان در مناطق ارزوئیه و رودبار جنوب (جیرفت) شیوع دارد. همچنین در این مطالعه برای اولین بار آلودگی 14 گونه علف هرز مختلف به wmcsv در استان کرمان اثبات گردید. مقایسه ترادف ژن پروتئین پوششی جدایه های این ویروس از علف های هرز نشان داد که جدایه های فوق ارتباط نزدیکی با جدایه های موجود در بانک ژن دارند. در مقایسه عکس العمل 11 رقم هندوانه در برابر مایه کوبی با استفاده از سازه ی عفونت زای ویروس (جدایه خنج)، مشخص گردید که در بین این ارقام، رقم های ps ((crimson sweet، charlee و proseed (charleston gray) بطور نسبی مقاوم بوده و درصد آلودگی در آن ها کمتر است. نتایج حاصل از مطالعه تاثیر آلودگی توام wmcsv و بگوموویروس دیگر رایج در منطقه یعنی ویروس پالامپور پیچیدگی برگ گوجه فرنگی (tolcpmv) در گیاهان هندوانه و کدو نشان داد که مایه کوبی توام دو ویروس سبب اثر تشدید شونده ی بیماری در این دو گیاه می گردد. علاوه بر این، نتایج حاصل از بررسی نوترکیبی کاذب بین قطعات ژنوم این دو ویروس نشان داد که جابجایی قطعات ژنومی وقتی که بترتیب از قطعات ژنومی a و b مربوط به wmcsv و tolcpmv برای مایه کوبی استفاده شود، سبب ایجاد آلودگی در گیاه کدو می گردد. در مجموع نتایج حاصل از این تحقیق یکبار دیگر نقش مخرب wmcsv را در تولید کدوئیان در مناطق جنوبی و جنوب شرقی ایران تائید می کند.

بیماری لکه نواری جو که توسط(xtt) xanthomonas translucens pv. translucens ایجاد می شود، یکی از مهمترین بیماری های بذرزاد و مخرب در تولید جو در سراسر دنیا، از جمله بخش هایی از استان کرمان است. تحقیق حاضر به منظور تعیین فعالیت بازدارندگی باکتری های اپی فیت جدا شده از برگ های جو در برابر باکتری xtt انجام شد. فعالیت بازدارندگی 192 باکتری اپی فیت در شرایط آزمایشگاهی به روش عصاره کشت در برابر باکتری xtt مورد بررسی قرار گرفت سویه های زانتوموناس و هر یک جدایه های اپی فیت در محیط کشت مایع کشت داده شدند. پس از 48 ساعت، سوسپانسیون باکتری زانتوموناس بصورت یکنواخت روی محیط کشت ngy پخش گردید. پس از خشک شدن سطح محیط کشت یک دیسک کاغذ صافی استریل در سطح آگار مرکز پتری قرار داده شد. سپس صاف شده کشت باکتری اپی فیت روی دیسک کاغذ صافی قرار داده شد. پتری ها برای مدت 5 روز در دمای 25 درجه سانتی گراد نگهداری شدند. قطر ناحیه بازدارنده ایجاد شده در اطراف هر دیسک اندازه گیری شد. در تمامی آزمایش ها محیط کشت ngy مایه زنی نشده به عنوان شاهد استفاده شد. ده جدایه بیشترین بازدارندگی را در برابر xtt نشان دادند. بر اساس روش های بیوشیمیایی مرسوم و داده های تعیین توالی بخشی از ناحیه 16s rdna استرین های a4, b6, c8, d7, e2, f11, j7 و g4 به عنوان pseudomonas flourescens و استرین b11 به عنوانpseudomonas putida تشخیص داده شد.

ویروس v سیب زمینی (pvv) از جنس پوتی ویروس بوده و یکی از سه پوتی ویروس مهم آلوده کننده سیب زمینی در اروپا می باشد، اما مطالعات مولکولی کمی بر روی این ویروس انجام گردیده است. علی رغم کشت وسیع رقم های سیب زمینی در ایران، ارزیابی مشخصی نسبت به آلودگی ارقام مختلف به pvv انجام نگردیده است. به منظور شناسایی، تعیین پراکنش و برخی از مشخصات مولکولی جدایه های ایرانی این ویروس، طی فصول زراعی سال های1389 لغایت 1391 از مزارع سیب زمینی استان های کرمان، هرمزگان، اصفهان، فارس، همدان، اردبیل، آذربایجان شرقی، آذربایجان غربی و خراسان شمالی تعداد 1189 نمونه گیاهی دارای علائم ویروسی نمونه برداری به عمل آمد. جهت تشخیص آلودگی ویروسی نسبت به pvv از آزمون ساندویچ دو طرفه الایزا استفاده گردید. نتایج به دست آمده از این آزمون بیانگر گسترش بسیار محدود ویروس در ارقام مختلف سیب زمینی به جز رقم بومی زردی در استان کرمان می باشد. به نحوی که از میان 181 نمونه گیاه سیب زمینی رقم زردی جمع آوری شده از منطقه دشت خاک شهرستان زرند تعداد 26 نمونه آلودگی به pvv را نشان دادند. علائم pvv برروی این رقم بومی به صورت تاولی شدن سطح برگها و موزائیک شدید بود. دلیل این آلودگی بالا نسبت به pvv در این منطقه می تواند کشت رقم بومی زردی و حساسیت بالای این رقم به pvvباشد. به منظور مطالعات مولکولی وتعیین جایگاه تکاملی جدایه های ایرانیpvv چهار جدایه از این ویروس انتخاب و آر ان ای کل از گیاه آلوده جداسازی و مورد مطالعات مولکولی قرار گرفت. بر پایه دندروگرام رسم شده جدایه-های مورد بررسی در سه گروه فیلوژنتیکی قرار گرفته که گروه i شامل جدایه های گزارش شده از کشورهای اروپایی و گروه iii شامل دو جدایه از کشور پرو می باشد. تمامی جدایه-های ایرانیpvv از دیگر جدایه های گزارش شده در دنیا مجزا گشته و گروه فیلوژنتیکیii را تشکیل دادند. همچنین بر پایه درخت فیلوژنتیکی رسم شده بر اساس توالی ژن p1 جدایه ایرانیker.lal.p و دیگر جدایه های موجود در بانک ژن، جدایه هایpvv به دو گروه اصلیi و ii تقسیم می گردند در گروه ii فقط جدایه هایpa1.1 و pa1.0 از کشور پرو قرار می گیرند، که از جدایه های اروپایی گروه i مجزا می گردند. جدایه ایرانی ker.lal.p نیز از دیگر جدایه های موجود مجزا می گردد. با توجه به نتایج بدست آمده جدایه های اروپایی و پرو pvv بر پایه بررسی هر کدام از ژن هایcp و p1 در دو گروه مجزا قرار می گیرند و جدایه-های ایرانی نیز از دیگر جدایه ها مجزا می گردند. این گروه بندی جغرافیایی بیانگر آن است، که جابجایی های بین قاره ای مواد گیاهی یا ناقلین ویروسی آلوده به pvv اهمیت زیادی در گسترش این ویروس در سراسر جهان نداشته است. نتایج این بررسی بیانگر آنست که pvv دارای انتشار محدودی در ارقام تجاری سیب زمینی در مزارع ایران می باشد. با این وجود، یک رقم محلی با آلودگی بالا نسبت به pvv ردیابی گردید. دلیل آلودگی پائین ارقام تجاری سیب زمینی به pvv در ایران احتمالا می تواند وجود ژن های مقاوم علیه این ویروس و عدم وجود این ژن ها در رقم بومی زردی و در نتیجه آلودگی بالای این رقم باشد، که این موضوع نیاز به بررسی های بیشتر و تکمیلی دارد.

به منظور مطالعه ژنوم کامل ویروس x سیب زمینی، دو جدایه ker.za.1 و ker.la.2 از مناطق بردسیر و زرند کرمان جمع آوری و آلودگی آن ها نسبت به pvx به وسیله آزمون das-elisa با استفاده از آنتی سرم چند همسانه ای مورد تائید قرار گرفت. بر اساس نتایج بدست آمده طول کامل ژنوم دو جدایه معادل 6315 نوکلئوتید و حاوی ژن های rdrp، tgb1، tgb2، tgb3 و cp می باشند. مقایسه ترادف های بدست آمده نشان داد که میزان مشابهت ترادف نوکلئوتیدی دو جدایه 3/98 درصد می باشد. نتایج حاصل از این تحقیق بیانگر تشابه بالای ترادف نوکلئوتیدی ژنوم و آمینو اسیدی ژن های این دو جدایه با یکدیگر می باشد. میزان مشابهت ترادف نوکلئوتیدی ژن های rdrp، tgb1، tgb2، tgb3 و cp جدایه ker.la.2 با جدایه ker.za.1 به ترتیب 5/95، 2/96، 7/99، 2/96 و 9/97 درصد و میزان مشابهت ترادف اسید های آمینه ژن های دو جدایه با یکدیگر به ترتیب 3/98، 2/98، 100، 7/95 و 06/99 درصد می باشند.

ویروس x سیب زمینی از خانواده flexiviridae و جنس potexvirus می باشد یکی از رایج ترین و گسترده ترین ویروس های آلوده کننده سیب زمینی در جهان می باشد. برای ردیابی و شناسایی این ویروس در طبیعت، از روش های سرولوژیکی مبتنی بر واکنش بین آنتی بادی و آنتی ژن و روش های مولکولی استفاده می شود. به دلیل گسترش این ویروس در ایران و با توجه به خسارت اقتصادی آن در نقاط مختلف، شناسایی و ردیابی این ویروس با استفاده از روش های با صرفه تر ضروری می باشد. تولید آنتی بادی چندهمسانه ای شده از طریق روش های مولکولی، با استفاده از تولید آنتی بادی نوترکیب و با هدف تسهیل فرآیند شناسایی سرولوژیکی ویروس، می تواند در شناسایی این ویروس مفید باشد. بدین منظور، در ابتدا ژن پروتئین پوششی ویروس در ناقل بیان پروکاریوتی (pqe60) همسانه سازی گردید. سپس باکتری نوترکیب بدست آمده به باکتری escherichia coli سویه m15، منتقل شد. پس از القای بیان، پروتئین موردنظر استخراج گردید و با تکنیک sds-page در ژل پلی آکریلامید 5/12% مورد بررسی قرار گرفت. پس از رنگ آمیزی ژل، مشخص گردید که وزن مولکولی نوار مشاهده شده در آزمون sds-page با وزن مولکولی پروتئین پوششی بدست آمده با استفاده از نرم افزار آنلاین expasy نیز مطابقت دارد. به منظور تأیید بیان پروتئین پوششی ویروس از تکنیک دات بلات استفاده گردید که تأیید کننده بیان پروتئین پوششی pvx می باشد.

ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی (tomato yellow leaf curl virus, tylcv) یکی از مهم ترین ویروس های گوجه فرنگی در سرتاسر دنیا است. بیماری ناشی از این ویروس نه تنها در سراسر مناطق مرکزی و جنوبی، بلکه در تمام نواحی کشت گوجه فرنگی ایران گزارش شده است. در تحقیق حاضر به منظور ساختن سازه عفونت زای tylcv جدایه جیرفت با ژنوم تک بخشی، طول کامل ژنوم ویروس که قبلا درون پلاسمید (pgem®-t) promega بنام pgemt2.9 همسانه سازی شده بود با آنزیم psti بریده شد. سپس دو طول کامل ژنوم درون پلاسمید دوگانه pgreen0029 قرار داده شد و سازه دو تایی ساخته شده ابتدا به سلول های باکتری escherichia coli و سپس به سلول های agrobacterium tumefaciens نژاد c58 منتقل شد. جهت اثبات بیماری زایی سازه به دست آمده، مایه زنی روی سه رقم گوجه فرنگی بعنوان میزبان اصلی این ویروس انجام گردید. یک هفته بعد از مایه زنی، علائم بیماری روی گیاهان تلقیح شده به صورت پیچیدگی برگ ها، کوچک شدن اندازه برگ ها، زردی حاشیه برگ ها و کوتولگی گیاه مشاهده گردید. آلودگی گیاه گوجه فرنگی توسط آزمون pcr با استفاده از آغازگرهای عمومی تأیید شد. علاوه بر این، عکس العمل برخی از گیاهان دیگر شامل یک رقم هر کدام فلفل هندی (.capsicum annuum l)، فلفل دلمه ای (.capsicum annuum l)، لوبیا (phaseolus vulgaris l)، خیار (.cucumis sativus l) و پنج رقم از انواع توتون در برابر مایه زنی با این سازه مورد بررسی قرار گرفت.

درختان میوه هسته دار یکی از مهمترین محصولات کشاورزی در ایران می باشند که از سطح زیر کشتی معادل 203600 هکتار آن، سالیانه حدود1/536000 تن محصول برداشت می شود. در طول فصول رشد سال های 1390 تا 1392 و به منظور جداسازی و شناسایی قارچ های همراه با زوال درختان میوه هسته دار بازدیدهای متعددی از باغ های مختلف در استان کرمان به عمل آمد. از شاخه های درختان میوه هسته دار که دارای علائم بیماری شامل برگ ریزی، زردی، سرخشکیدگی، شانکر و ترشح صمغ و علائم مختلف داخلی شامل قهوه ای شدن بافت مرکزی، وجود رگه های قهوه ای تا سیاه رنگ و نکروز گوه ای شکل بافت چوب بودند نمونه برداری گردید. بافت های چوب که دارای علائم مختلف داخلی بودند برای جداسازی قارچ ها مورد استفاده قرار گرفتند. جداسازی عوامل قارچی از نواحی حاشیه ای بافت های مرده و با استفاده از محیط های کشت عصاره سیب زمینی- آگار (pda) و عصاره مالت-آگار (mea) حاوی سولفات استرپتومیسین انجام گردید. جدایه های به دست آمده بر اساس ویژگی های ریخت شناختی و ساختارهای تولید مثلی مورد شناسایی قرار گرفتند. در این مورد شناسایی گونه های phaeoacremonium با تجزیه و تحلیل بخشی از ژن بتاتوبولین (β-tubulin) با استفاده از دو آغازگر t1 و bt2b مورد تایید قرار گرفت. شناسایی گونه های botryosphaeria نیز با تکثیر و تجزیه و تحلیل ناحیه its با استفاده از دو آغازگر its4 و its5 مورد تایید قرار گرفت. به طور کلی در این مطالعه 664 جدایه قارچ از درختان آلوده به دست آمد. در این میان گونه phaeoacremonium aleiphilum با فراوانی بیشتری 26/65%) نسبت به سایر گونه ها از درختان میوه با علائم زوال جداسازی گردید. علاوه بر این pm. parasiticum (1/8%)، diplodia seriata (5/27%)، diplodia mutila (0/6%)، neofusicoccum parvum (7/83%)، botryosphaeria dothidea (1/2%)، cladosporium sp.، cytospora sp.، alternaria sp.، paecilomyces spp.، penicillium spp.، nattrassia sp.، fusarium spp.، phoma sp. و aspergillus spp. نیز از درختان بیمار و از نواحی مختلف جداسازی گردید. آزمون بیماری زایی در شرایط گلخانه ای و بر روی قلمه های انگور و شاخه های بریده شده درختان میوه برای گونه های phaeoacremonium و botryosphaeriaceae انجام گردید. بر اساس نتایج به دست آمده جدایه های مورد استفاده بیماریزا بوده و بعد از 30 روز باعث تغییر رنگ بافت چوب در محل مایه زنی شده گردیدند. بر اساس منابع موجود این مطالعه اولین گزارش از pm. parasiticum از درخت هلو، n. parvum و b. dothidea از درخت زردآلو و همچنین pm. aleophilum از درختان بادام و گیلاس می باشد.

در بهار سال 1392 در باغ¬های به منطقه شهربابک واقع در 230 کیلومتری غرب استان کرمان، علائمی شبیه به آتشک برروی در ختان به در مرحله گلدهی و میوه نارس مشاهده گردید. نمونه¬ها از شاخه¬های جوان بیمار و میوه¬ها انتخاب گردید. باکتری¬ها با شستشوی بافت¬ها و کشت در محیط نوترینت آگار جداسازی گردید. به وسیله کشت مجدد بر روی محیط کشت پرگنه¬هایی که مورفولوژی شبیه erwinia amylovoraداشتند، خالص سازی گردید. ابتدا تمام جدایه¬ها را بر اساس ویژگی¬های مورفولوژی کلونی و آزمون¬های بیوشیمیایی و فیزیولوژی متمایز گردیدند. اکثر جدایه¬ها، مرفولوژی پرگنه یکسانی با جدایه مرجع e. amylovora نشان دادند. جدایه¬ها در آزمون¬های اکسیداز، اوره آز، ایندول،تولید رنگدانه فلوروسنت در محیط کینگ بی (تحت اشعه یو وی) و رشد در دمای 39 درجه سانتی¬گراد عملکرد منفی و در آزمون¬های لوان ، بی هوازی ، تولید مواد احیاء کننده از سوکروز، استواین و سیترات عملکرد مثبت داشتند. بیش از 95 درصد از جدایه¬ها موجب ذوب ژلاتین واحیا نیترات و موجب تولید اسید از قندهای سلوبیوز، بتا متیل دی گلوکوزید و سالیسیلین گردیدند. به مدت چهار هفته،علائم بر روی برگ¬های مایه زنی شده شامل تغییر رنگ و قهو¬ه¬ای شدن و تولید تراووشات باکتریایی در طول رگبرگ های مایه زنی شده ظاهر گردید. تراووشات باکتریایی سفید شیری رنگ برروی بافت¬های نکروتیک میوه¬ نارس به مایه زنی شده گسترش یافت که در شواهد منفی هیچ گونه علائمی مشاهده نشد. مجددا از بافت¬های علایم دار، باکتری¬های با پرگنه و ویژگی¬های مشابه e. amylovora جداسازی شد. وقوع آتشک در شهر بابک تهدید جدی برای تولید میوه به ، به وجود آورده است. این اولین گزارش از بیماری آتشک بر روی درخت به در استان کرمان توسط بیوار دو e. amylovora می¬باشد

ویروس پالامپور پیچیدگی برگ گوجه فرنگی (tomato leaf curl palampur virus,tolcpmv) متعلق به خانواده geminiviridae و جنس begomovirus بوده و در سال های اخیر باعث خسارت های گسترده به گوجه فرنگی و انواع کدوئیان در مناطق جنوبی و جنوب شرقی ایران شده است. به منظور مطالعه گسترش tolcpmv در ایران، شناسائی میزبانان طبیعی و بررسی تنوع ژنتیکی آن، در طی سال های 89-1387 نمونه برداری از گلخانه ها و مزارع کشت انواع کدوئیان، گوجه فرنگی، فلفل، لوبیا و سیب زمینی در استان های جنوبی، جنوب شرقی، شمال غربی و مرکزی ایران انجام گرفت و تعداد 1114 نمونه گیاهی و علف هرز جمع آوری گردید. شناسائی نمونه های آلوده با استفاده از آزمون pcr انجام شد و آلودگی 524 نمونه گیاهی شامل گوجه فرنگی، خیار، خربزه، طالبی، شَما، کدو، هندوانه، لوبیا و یک گونه علف هرز (chenopodium sp.) به tolcpmv تائید شد. گیاهان هندوانه، لوبیا و علف هرز chenopodium sp. بعنوان میزبانان جدید tolcpmv معرفی می شوند. به منظور مقایسه، طول کامل قطعه dna-a مربوط به چهار جدایه شامل هندوانه خاش، لوبیا برنتین، کدوی جیرفت و طالبی ایرانشهر با استفاده از آنزیم فی دی.ان.ای پلی مراز تکثیر و سپس همسانه سازی و تعیین ترادف گردیدند. مقایسه ترادف نوکلئوتیدی طول کامل قطعه dna-a نشان داد که این چهار جدایه دارای بیشترین تشابه به میزان 6/99 درصد با جدایه های گزارش شده از ایران و هند و دارای کمترین تشابه با جدایه مجزا شده از کدو تنبل کشور پاکستان به میزان 3/96 درصد هستند. نتایج بدست آمده از این تحقیق نشان می دهد که ویروس فوق در بین محصولات زراعی بیشترین خسارت را به کشت گلخانه ای خیار وارد می کند. این امر به دلیل مناسب بودن شرایط گلخانه جهت تکثیر و فعالیت ناقل می باشد. ولی میزان آلودگی در هندوانه و لوبیا ناچیز است. با توجه به این نکته که tolcpmv در حال پیشروی به سایر نواحی گرم ایران می باشد بایستی اقداماتی را جهت کنترل بیماری انجام داد.

بیماری پوسیدگی سر سیگاری موز، با عامل musicillium theobromae (turconi) zare & w. gams در غالب موزکاری¬های جهان اهمیت فراوانی دارد و در ایران نیز از گلخانه¬های شمال گزارش شده است. از آ نجایی که، در کنترل این بیماری، هیچ روش کنترل زیستی موثری، با استفاده از میکروارگانیزم ها و مواد طبیعی، به کار برده نشده است، استفاده از سموم قارچ¬کش برای کنترل بیماری الزامی است. از اینرو برای کاهش مصرف سموم و حفظ سلامت انسان و محیط زیست، ارزیابی روش های بیولوژیک در کنترل این بیماری ضروری می¬باشد. از آنجاییکه اکتینومیست¬ها، دارای سوابق موثری در بیوکنترل بیمارگر¬های گیاهی می باشند و بیش از نیمی از ترکیبات ضدمیکروبی جهان را تولید می¬نمایند لذا، به عنوان عوامل بیوکنترل توانمند در عرصه کنترل بیولوژیک مطرح شده¬اند. در این مطالعه، جدایه¬های اکتینومیست از خاک جداسازی و اثرات آنتاگونیستی آن¬ها علیه m. theobromae، با انجام آزمون های زیستی برون تنی و درون تنی مورد ارزیابی و غربالگری قرار گرفتند. از میان جدایه¬های آنتاگونیست، بر اساس اندازه هاله ممانعت از رشد قارچ، جدایه¬های 101، 305، 708، 709، 715، 720 و 765، به عنوان جدایه¬های فعال اکتینومیست و مناسب بیوکنترل انتخاب شدند. در مطالعات درون تنی بیوکنترل بیماری، جدایه¬های فعال اکتینومیست ، کنترل چشمگیر و قابل توجهی را نشان دادند. بطوریکه توانستند از اثرات سوء قارچ بر روی کیفیت میوه جلوگیری کنند و علاوه بر این جدایه¬های اکتینومیست 101، 305، 708 و 765 به طور کامل از جوانه¬زنی قارچ مذکور و ایجاد بیماری ممانعت کردند. از اطلاعات به دست آمده، می توان در آینده برای تولید فرآورده¬های تجاری بیوکنترل، ارقام مقاوم موز تراریخت و سایر زمینه¬های مرتبط استفاده کرد.

ویروس ایرانی پیچیدگی برگ چغندرقند (bctiv) یک جمینی ویروس منحصر به فرد است که در سال 2007 از مزارع چغندرقند ایران گزارش شد. پدیده پیرایش در چارچوب های خوانش واقع برروی رشته ویروسی و رشته مکمل ویروسی در بسیاری از اعضای جنس mastrevirus گزارش شده است. از آنجا که نیمی از ژنوم bctiv به مستری ویروس ها شباهت دارد، به نظر می رسد که این پدیده در این ویروس نیز وجود دارد. در تحقیق حاضر، به منظور بررسی وجود پدیده پیرایش در bctiv، ابتدا آر اِن اِی کل از برگ گیاه چغندر قند که توسط سازه عفونت زای bctiv آلوده شده بود، استخراج و به منظور حذف دی اِن اِ از آن، با آنزیم dnase تیمار گردید. بعد از تمیز کردن نمونه بدست آمده با فنل و کلروفرم، mrna های موجود در آن با استفاده از کیت mrna capture kit (roche, germany) جدا گردید. آزمون rt-pcr با استفاده از mrna های خالص شده و آغازگرهای bctiv-1557f و bctiv-2327r، منجر به تکثیر دو قطعه با اندازه های تقریبی 792 و 637 جفت باز گردید. همسانه سازی و تعیین ترادف قطعات تکثیر شده نشان داد که قطعه 792 جفت بازی بخشی از ترانسکریپتِ ساخته شده است که هنوز اینترون از آن حذف نشده است. درحالیکه قطعه 637 جفت بازی بخشی از ترانسکریپت مشابهی است که اینترون آن با طول 155 جفت باز از آن حذف شده است. بررسی ترادف چارچوب خوانش و رمز کننده پروتئین مرتبط با تکثیر (rep) در این ویروس نیز نشان دهنده وجود اینترون به همراه بخش های حفاظت شده در آن است که بعد از حذف این قسمت، ترادف دو بخش ناپیوسته ژن rep بصورت خوانا در می آید. این نتایج نشان می دهد که مشابه با اعضای جنس mastrevirus، پدیده حذف اینترون برای بیان چارچوب های خوانش رشته مکمل ژنوم bctiv نیز مورد استفاده قرار می گیرد. اثبات وجود پدیده پیرایش در ژنوم bctiv یکبار دیگر رابطه تکاملی این ویروس و اعضای جنس mastrevirus را تائید می کند. علاوه براین، به منظور تعیین دامنه میزبانی ویروس در شرایط گلخانه از سازه عفونت زا که به روش دوپار (حاوی دو طول کامل ژنوم bctiv) درون پلاسمید pgreen 29 تهیه شده بود استفاده گردید. از میان گیاهان بررسی شده در شرایط گلخانه، خیار رقم hybrid cucumber maximus f1 و کدو رقم مراغه، لوبیا رقم contender و توتون n. glutinosa به bctiv آلوده نشدند. سه رقم چغندرقند (افشاری، ic و universe) و گوجه فرنگی رقم errly urbanay، به عنوان میزبانان آزمایشگاهی این ویروس شناخته شدند.

بدشکلی و موزائیک معمول ترین علائم بیماری های ویروسی کدوئیان در مزارع استان یزد است. در طی نمونه برداری از مزارع استان یزد در سال 91-1390 یک نمونه طالبی با علائم موزائیک جمع آوری گردید .به منظور تعیین آلودگی ویروسی نمونه فوق از آزمون الایزای غیر مستقیم و آنتی سرم ویروس های گزارش شده در کدوئیان (ویروس موزاییک هندوانه، ویروس موزاییک خیار، ویروس موزاییک زرد کدو و ویروس موزاییک کدو) استفاده گردید که بدون واکنش بود. در بررسی های مولکولی نیز از آغازگرهای عمومی پوتی ویروس ها و آغازگرهای اختصاصی ویروس موزاییک هندوانه استفاده گردید که نتایج حاصله منفی بود. در حالی که نتایج حاصله از rt-pcr با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ویروس موزاییک کدو، آلودگی نمونه مورد بررسی را نسبت به این ویروس مورد تأیید قرار داد. نتایج حاصله از بررسی دامنه میزبانی نشان داد که این جدایه قادر به آلودگی در گیاهان خانواده cucurbitaceae به استثنای هندوانه می باشد. در مطالعات مولکولی قطعات کوچک (scp) و بزرگ ژن پروتئین پوششی (lcp) این جدایه از ویروس موزائیک کدو با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر گردیدند. پس از تعیین ترادف، قطعات تکثیر شده این جدایه (yaz –sqmv.14) با ترادف های مشابه مربوط به جدایه های موجود در بانک ژن و سایر جدایه های ایرانی گزارش شده، جهت تعیین جایگاه تکاملی مورد مقایسه قرار گرفتند. بر این اساس، کلیه جدایه ها در دو گروه فیلوژنتیکی i وii قرار گرفتند. گروه i شامل جدایه های موجود در بانک ژن که قادر به آلودگی هندوانه می باشند و گروه ii نیز شامل کلیه جدایه های ایرانی گزارش شده و جدایه ی مورد بررسی در این تحقیق می باشند که هیچکدام در گیاه هندوانه آلودگی ایجاد نمی نمایند. نتایج حاصل از این بررسی بیانگر آن است که جدایه ی مورد بررسی در این تحقیق از نظر علائم و دامنه میزبانی شباهت بالایی با جدایه های ایرانی این ویروس دارد. همچنین بیشترین و کمترین در صد شباهت نوکلئوتیدی ژن های lcp و scp جدایه ایرانی بررسی شده با جدایه های گزارش شده به ترتیب (8/97% و 83% ) و (2/98% و 1/83%) می باشد.

این تحقیق به منظور خالص سازی و تهیه آنتی سرم pvv جهت بررسی سرولوژیکی میزان انتقال این ویروس توسط شته myzus persicae به گیاه سیب زمینی صورت گرفت. در طی نمونه برداری هایی که در سال 1392 از منطقه زرند استان کرمان انجام گرفت، برخلاف گزارش¬های قبلی و به علت عدم کاشت یک رقم محلی حساس (solanum tuberosum cv. zardi) به ویروس، میزان آلودگی مزارع در این منطقه نسبت به pvv بسیار محدود بود. جهت تکثیر pvv، از گیاهان آزمون debneyi nicotiana و n. glotinosa و جهت خالص سازی آن از روش minipurification استفاده شد. پس از خالص سازی نسبی ویروس به منظور تهیه آنتی بادی ویروس خالص شده طی چند مرحله به خرگوش سفید نیوزلندی تزریق گردید و پس از خون گیری آنتی سرم pvv تهیه گردید. جهت تعیین عیار (تیتر) آنتی سرم از آزمون الیزای غیرمستقیم استفاده شد که نتایج حاصل رقت آنتی سرم را 1:500 و آخرین حد نهایی رقت را 1:1000 نشان داد. به منظور بررسی امکان انتقال این ویروس توسط ناقلین شته آن، از گونه شته myzus persicae، استفاده شد. بدین منظور غده¬های سیب زمینی رقم آگریا در شرایط گلخانه¬ای کاشته شدند و پس ازآن شته¬های پرورش داده شده بر روی گیاه توتون آلوده، در مرحله چهار برگی بر روی بوته¬های سیب زمینی رها گردیدند. نتایج حاصل از انتقال ویروس بر روی گیاه سیب زمینی رقم آگریا بیانگر آن است که این ویروس قادر است به میزان 20% توسط شته myzus periscae بر روی سیب زمینی رقم آگریا منتقل گردد، همچنین بر اساس نتایج حاصل در این تحقیق و نتایج قبلی مشخص گردید که گسترش محدود این ویروس به علت مقاومت نسبی طیف گسترده ای از ارقام تجاری و گواهی شده سیب زمینی می¬باشد، به نحوی که تنها وجود یک رقم حساس در منطقه (رقم زردی) میزان آلودگی بسیار بالایی از این ویروس را نشان داد. اما سوال اصلی آن است که با توجه به انتقال ویروس توسط شته myzus periscae در شرایط آزمایشگاهی دلیل درصد پایین آلودگی مزارع سیب زمینی چیست؟ اگرچه بر اساس بررسی ها محرز گردید، که ارقام تجاری سیب زمینی در مقایسه با ارقام محلی نسبت به این ویروس از تحمل بالایی برخوردار هستند بنابراین می¬توان با کاشت ارقام تجاری، ویروس مذکور را در مزارع سیب زمینی تا حدودی کنترل نمود.

فیتوپلاسماها گروهی از پروکاریوت‎های غیر مارپیچی و بدون دیواره‎ی سلولی‎اند که در آوندهای آبکش گیاهان و همولنف حشرات وجود دارند. این موجودات تا به حال در شرایط in vitro کشت نشده‎اند اما بر اساس توالی‎های حفاظت شده‎ی آنها مشخص شده است که متعلق به رده مالیکوتها هستند و در جنس phytoplasma candidatus قرار گرفتند. برای بررسی‎های عملی و مدیریت بیماری‎های فیتوپلاسمایی لازم است فیتوپلاسماها در میزبان‎های زنده نگه‎داری شوند. گیاه پروانش (catharanthus roseus) گیاهی است که می‎تواند فیتوپلاسماهای زیادی را به همراه داشته باشد و در نتیجه برای نگه‎داری فیتوپلاسماها استفاده می‎شود. نگه‎داری استرین‎های فیتوپلاسمایی از طریق کشت بافت گیاهان آلوده به فیتوپلاسما، روش مفیدی برای حفظ و نگه‎داری یک مجموعه‎ی زنده از استرین‎های فیتوپلاسمایی برای بررسی تعامل بین میزبان و فیتوپلاسما است. در این بررسی نگه‎داری استرین‎های فیتوپلاسمایی در بوته‎های پروانش و نیز فیتوپلاسمای عامل بیماری جاروک در لیموترش (citrus aurantifolia) از طریق کشت بافت مطالعه شد. نمونه‎های گیاهی سالم و آلوده به فیتوپلاسمای پروانش از گلخانه‎ی دانشکده‎ی کشاورزی دانشگاه شهید باهنر کرمان و نمونه‎های گیاهی سالم و آلوده به فیتوپلاسمای لیموترش از باغات لیموترش اطراف جیرفت جمع‎آوری شدند. نمونه‎ها به قطعاتی با طول 5/0 تا 1 سانتی‎متر با حداقل 2 جوانه‎ی جانبی یا یک جوانه‎ی انتهایی بریده شده و با محلول هیپوکلریت سدیم ضد عفونی سطحی شدند. ریزنمونه‎های گیاهی پروانش به محیط کشت جامد ms و ریزنمونه‎های گیاهی لیموترش به محیط جامد mt منتقل شدند. ریزنمونه‎ها در اتاقک رشد با دمای 1 ± 25 درجه سانتی گراد، دوره‎ی نوری 16 ساعت نور و 8 ساعت تاریکی و نور فلورسنت با شدت lux 3000 نگهداری شدند و بسته به نمونه با فواصل زمانی 4 الی 8 هفته یک‎بار واکشت می‎شدند. پس از مدتی در شاخساره‎های حاصل از رویش بافت‎های آلوده‎ی پروانش و لیموترش بر روی محیط کشت‎های مذکور علائم ریزبرگی، زردی، افزولش، کوتولگی و عدم تعادل در فاصله‎ی میانگره‎های نمونه‎های آلوده نسبت به انواع سالم رشد کرده در محیط‎های مشابه، مشاهده شد.جهت تأیید وجود فیتوپلاسماها از واکنش زنجیره ای پلیمراز و جفت آغازگرهای p3/p7 , p1/p7 استفاده شد. به وسیله‎ی این جفت آغازگرها، قطعات dnaای به طول 1830 و 320 جفت باز به ترتیب از ریزنمونه‎های آلوده به فیتوپلاسمای پروانش و لیموترش تکثیر گردید و حضور فیتوپلاسماها در این ریزنمونه‎ها مشخص شد. از این ریزنمونه‎ها می‎توان جهت مطالعات تکمیلی فیتوپلاسما و تبادلات بین آزمایشگاهی استفاده کرد. با اطلاعات موجود این اولین تحقیق از نگه‎داری استرین‎های فیتوپلاسمایی در گیاه پروانش و نیز حفظ فیتوپلاسمای عامل جاروک در شاخه‎های جوان لیموترش از طریق کشت بافت در ایران است.

چکیده ندارد.

ویروس v سیب زمینی ( pvv ) potato virus v ازخانواده پوتی ویریده وجنس پوتی ویروس می باشد. پیکره های آن شامل یک کپسید باتقارن شش وجهی و رشته ای خمش پذیر با طول 760 نانومتر است. ویروس v سیب زمینی دارای ژنوم rna تک لا، مثبت وتک رشته ای که حاوی9851 نوکلئوتید می باشد. ژنوم این ویروس دارای یک قاب خواندنی بزرگ (orf) بوده، که قسمت های اصلی ژنوم آن به ترتیب عبارتند از 1-viral protein genome (vpg) که درتماس باانتهای َ5 می باشد. 2- منطقه ترجمه نشده (non translated region) غنی از اوراسیل وآدنین می باشد. 3- یک قاب خواندنی بزرگ متشکل از9201 که به یک پلی پروتئین بزرگ در حدود 3067 اسیدآمینه ترجمه می شود. 4 - منطقه ترجمه نشده ( ntrَ3) که به انتهای پلی a ختم می شود. در مطالعه ای که به منظور بررسی پراکندگی ویروس v سیب زمینی در طول سال های زراعی 1386 تا 1387 از مزارع سیب زمینی استان های کرمان و همدان انجام گرفت. تعداد 360 نمونه گیاهی دارای علائم ویروسی از مزارع سیب زمینی استان های فوق الذکر جمع آوری شد. جهت تأیید آلودگی نمونه ها از آزمون های الایزا استفاده گردید. نتایج به دست آمده از این آزمون ها بیانگر گسترش بسیار محدود pvv در مزارع سیب زمینی در این دو استان می باشد. به طوریکه در استان کرمان تنها سه نمونه آلوده بهpvv به دست آمد. جهت بررسی دامنه میزبانی جدایه مورد نظر، از گیاهان آزمون متعلق به خانواده های chenopodiaceae, amarantaceae و solanaceaeاستفاده گردید. از بین گیاهان مورد استفاده، تنها n. tabacum cv.whiteburley و debneyi nicotiana پس از گذشت 30 -45 روز علائم ویروسی را نشان دادند. در حالیکه گیاهان آزمون از سایر خانواده ها هیچ گونه علائمی نسبت به این ویروس نشان ندادند. نتایج آزمون الایزا نیز موید این مطلب می باشد. علائم pvv بر روی توتون های مایه زنی شده رقم debneyi nicotiana در گلخانه به صورت رگبرگ نواری و در رقم n. tabacum cv. whiteburley به صورت رگبرگ روشنی و موزاییک دیده شد. از آنجایکه این تحقیق اولین گزارش از وجود pvv در مزارع سیب زمینی ایران می باشد، بر همین اساس در مورد ویروس v سیب زمینی در کشور ما تا پیش از این تحقیق، هیچ گونه مطالعه بیولوژیکی و مولکولی انجام نگرفته است. لذا اهداف اصلی این تحقیق، علاوه بر مطالعه بیولوژیکی، بررسی ژنوم کامل ویروس pvv و مقایسه جدایه ایرانی این ویروس با جدایه های گزارش شده در دنیا می باشد. بر این اساس جدایه مجزا شده از مزارع سیب زمینی منطقه لاله زارکرمان به منظور مطالعه ژنوم کامل ویروس انتخاب گردید. به منظور تکثیر ژنوم کامل ویروس تعداد 11 آغازگر بر اساس جدایه dv42طراحی گردید. پس از عمل rt-pcr ، همسانه سازی، تعیین توالی ژنوم این ویروس، درخت فیلوژنیک به منظور مقایسه جدایه ایرانی و جدایه های گزارش شده در بانک ژن با استفاده از نرم افزار dnaman version4.02 (lynnon biosoft.1994-98) رسم گردید. در تمامی موارد درصد همولوژی، ترادف نوکلئوتیدی و اسید های آمینه نیز محاسبه گردید. به دلیل اینکه تنها یک ژنوم کامل در بانک ژن موجود می باشد، لذا به ناچار ژن های تکثیر شده جدایه ایرانی pvv (به جز ژن cp) با ژنوم مذکور مقایسه و درصد ترادف نوکلئوتیدی جهت ژن های nib ، nia، 6k1، vpg، ci، p3 به ترتیب 8/92، 94، 8/94، 5/91، 93 و6/93 بدست آمد. درصد ترادف اسید آمینه ها ی ژن های nib ، nia، 6k1، vpg، ci، p3 نیز به ترتیب 2/94، 2/95، 100، 6/93، 5/98 و 2/97 محاسبه گردید. در مورد cp به دلیل وجود تعدادی از جدایه های موجود در بانک جهانی ژن، مقایسه ای بین cp جدایه ایرانی و جدایه های موجود در بانک ژن صورت گرفت. براساس این نتایج، بیشترین درصد تشابه مربوط به توالی نوکلئوتیدی پروتئین پوششی جدایه ایرانی pvv و جدایه های swedish ، soumi و 506dutchگزارش شده از کشور های سوئد، فلاند و هلند به ترتیب میزان 8/96، 7/96 و 6/96درصد می باشد و کمترین میزان تشابه توالی نوکلئوتیدی پروتئین پوششی بین جدایه ایرانی با جدایه ای از کشور پرو(pa1.1) به میزان 6/89 درصد تعیین گردید. بیشترین درصد تشابه توالی نوکلئوتیدی در بین جدایه های جهانی، مربوط به جدایه pa1 از کشور پرو واقع در گروه i و جدایه ای دیگر از همین کشور pa1.1 به میزان 9/99 درصد می باشد. همچنین کمترین میزان تشابه توالی نوکلئوتیدی بین جدایه های جهانی ، بین جدایه انگلیس m97uk وringeriks از نوروژ با جدایه دیگری از کشور پرو(pa1) به میزان 5/89 درصدبدست آمد. برطبق نتایج به دست آمده، بیشترین درصد تشابه اسیدآمینه های ژن پروتئین پوششی بین جدایه ایرانی pvv و جدایه swedish گزارش شده از کشور های سوئد به میزان 8/98 درصد می باشد. همچنین بیشترین تشابه اسیدآمینه های ژن پروتئین پوششی در بین جدایه های جهانی، مربوط به جدایه pa1 از کشور پرو و جدایه ای دیگر از همین کشور pa1.1 به میزان 6/99 درصد می باشد. کمترین میزان تشابه اسیدآمینه های ژن پروتئین پوششی بین جدایه ایرانی با جدایه ای از کشور پرو(pa1.1) به میزان 5/95 درصد تعیین گردید. همچنین کمترین میزان تشابه اسیدآمینه های ژن پروتئین پوششی بین جدایه های جهانی ، مربوط به جدایه m97uk از (انگلیس)، dv42 از (اروپا) و 506dutch از(هلند) با جدایه دیگری از کشور پرو(pa1) به میزان 4/94 درصد می باشد. درخت فیلوژنیک بر اساس توالی نوکلئوتیدی ژن پروتئین پوششی رسم گردید. نتایج حاصله بیانگر آن است که جدایه های pvv موجود در بانک ژن به دو گروه i و ii تقسیم می گردند. در گروه i تنها دو جدایه از کشور پرو(pa1 و pa1.1) قرار گرفتند که با bootstrap100% از گروه ii که شامل اکثریت جدایه های گزارش شده از دنیا میباشد ، متمایز گردیدند. گروه ii نیز خود به زیر گروههای بیشتری تقسیم گردید که جدایه ایرانی pvv در زیر گروه ii به صورت یک زیر شاخه مجزا قرار می گیرد. نتایج به دست آمده بیانگر آن است که درصد مشابهت ترادف های نوکلئوتیدی قطعه پروتئین پوششی بین جدایه های گزارش از مناطق مختلف دنیا بالا می باشد. همچنین میزان درصد مشابهت ترادف نوکلئوتیدی قطعه پروتئین پوششی بین جدایه گزارش شده از ایران با جدایه گزارش شده از سوئد به میزان 8/96 درصد می باشد. این نتایج بیانگر آن است که به طور کلی pvv در مزارع سیب زمینی ایران از گسترش محدودی برخوردار بوده و درصد مشابهت ژن های متعدد این ویروس با تنها جدایه گزارش شده در دنیا نیز در سطح بالائی می باشد. بر این اساس می توان نتیجه گرفت که احتمالا آلودگی مزارع سیب زمینی ایران نسبت به pvv مربوط به ورود این ویروس به همراه غده های آلوده سیب زمینی از کشورهای اروپائی می باشد.