در سال های اخیر کشت زیره در دنیا برای مصارف خوراکی، دارویی و بهداشتی توسعه یافته است. از مهم ترین عوامل محدود کننده کشت این گیاه آفات و عوامل بیماری زا می باشند که منجر به کاهش عملکرد محصول می شوند. مرگ گیاهچه ناشی از قارچ embellisia verruculosa یکی از این عوامل است. مبارزه بیولوژیک با این بیماری با توجه به مزایایی که نسبت به سایر روش های مبارزه دارد، بهترین شیوه مبارزه است. بذرهای زیره سبز از مناطق مختلف شهرهای تربت جام، تایباد، سبزوار و رحمت آباد مشهد و زابل و بذر زیره سیاه از مشهد، بیرجند، بافت، سیرچ و گدارخانه کرمان جمع آوری شدند. در آزمایشگاه جدایه های قارچی از بذرها جدا سازی گردیدند. میانگین آلودگی بذرهای زیره سبز 2/17 درصد و میانگین آلودگی بذرهای زیره سیاه 4/1 درصد بود و بر این اساس میانگین کل آلودگی بذرها 3/9 درصد بود. فقط جدایه های embellisia verruculosa و alternaria alternata جداسازی شده از زیره سبز مانع از جوانه زنی بذر زیره سبز شدند و بقیه جدایه ها تأثیری در جوانه زنی بذر زیره سبز نداشتند. هیچ یک از جدایه های قارچی جداسازی شده از بذر زیره سیاه مانع از جوانه زنی بذر زیره سیاه و بذر زیره سبز نشدند. هفت گونه قارچی از جمله alternaria alternate روی اندام های هوایی زیره سبز بیماری زا بودند. هیچ یک از جدایه های قارچی جداسازی شده از بذرهای زیره سیاه روی اندام های هوایی زیره سیاه و زیره سبز بیماری زا نبودند. با انجام آزمون بیماری زایی قارچ هایی که از قدرت بیماری زایی بالایی برخوردار بودند شناسایی شدند. جدایه های قارچی و باکتریایی آنتاگونیست از آزمایشگاه بیماری شناسی موسسه گیاهپزشکی کشور و جداسازی شده از ناحیه ریزوسفر بوته های زیره سبز سبزوار تهیه شدند. آنتاگونیست های موثر قارچی و باکتریایی از گونه-های bacillus subtilis، pseudomonas fluorescens، trichoderma harzianum و talaromyces flavus بودند. جدایه های باکتریایی موثر p1، p5، p12، p22، p77، p92، b2، b10، b15، b17، b22، b98 و b100 (جدایه های p از گونه pseudomonas fluorescens و جدایه های b از گونهbacillus subtilis بودند) و جدایه های قارچی موثر tr.2،tr.10 و tf.3 (جدایه های tr از گونه trichoderma harzianum و جدایه های tf از گونه talaromyces flavus بودند) بودند که جهت آزمایش های گلخانه ای انتخاب شدند و در شرایط گلخانه اثرات بازدارندگی این جدایه ها در کنترل قارچ embellisia verruculosa به روش تیمار بذر ارزیابی شد. در نهایت جدایه های آنتاگونیست p22، b2، b22 و tf.3 به ترتیب با 5/97، 90، 90 و 5/87 درصد گیاهچه سالم که در روش تیمار بذر بیماری را کنترل نمودند مشخص شدند و ارزیابی تأثیر آن ها از طریق اندازه گیری وزن تر و وزن خشک گیاهچه مشخص گردید.

در سالهای اخیر کشت کلزا در ایران برای تامین روغن خام توسعه یافته است. آفات و عوامل بیماریزا از مهمترین عوامل محدود کننده کشت این محصول بوده و منجر به کاهش عملکرد می شوند. یکی از مهمترین بیماریهایی محدود کننده کشت کلزا در ایران، بیماری ساق سیاه کلزا است. فرم غیر جنسی عامل این بیماری قارچ phoma lingam می باشد. مبارزه بیولوژیک با توجه به مزایایی که نسبت به سایر روشهای مبارزه با این بیماری دارد، بهترین شیوه مبارزه با این بیماری است.در این تحقیق ابتدا بوته های آلوده و سالم کلزا از مناطق مازندران، خوزستان و مغان جمع آوری و در آزمایشگاه جدایه های باکتریایی شامل: p1، be3، n4، bc6، b7، bc8، p10، p16، b24، b31، b39، b51، b66، b67، b68، b69 و b70 و همچنین جدایه های قارچی tr.2901 و tr.2910 از منطقه ریزوسفر بوته های کلزا جدا سازی گردیدند. در مرحله بعد اثرات آنتاگونیستی عوامل باکتریایی و قارچی روی قارچ p. lingam در آزمایشگاه به روش کشت متقابل بررسی گردید و جدایه های باکتریایی be3، b31، b66، b67، b68، b69 و b70 و از بین جدایه های قارچی نیز جدایه های tr.2901 و tr.2910 جهت آزمایشات گلخانه ای انتخاب شدند و در شرایط گلخانه اثرات بازدارندگی این جدایه ها در کنترل بیماری ساق سیاه به دو روش تیمار بذر با آنتاگونیست ها و اسپری نمودن اندام های هوایی کلزا با سوسپانسیون عوامل آنتاگونیست ارزیابی شد. در نهایت جدایه های b67 ، tr.2901 و b70که در روش تیمار بذر به ترتیب 80، 7/ 56 و 7/36 درصد بیماری را کنترل نمودند و همچنین جدایه های tr.2901 و tr.2910 نیز که در روش تیمار اندام های هوایی کلزا به ترتیب 60 و 3/43 درصد درکنترل بیماری موثر بودند تا سطح گونه شناسایی شدند. جدایه های باکتریاییb67 و b70 به گونه bacillus subtilis و جدایه های قارچی tr.2901 و tr.2910 به گونه trichoderma koningii تعلق داشتند. به منظور مقایسه تاثیر کاربرد سم با عوامل کنترل بیولوژیک، در آزمایشات گلخانه ای از قارچکش کاربوکسین تیرام (با غلظت 5/2 در هزار) نیز استفاده شد که در روش تیمار اندام های هوایی کلزا با 7/76 درصد کنترل بیماری موثرترین تیمار بود.