تعیین میزان تنوع ژنتیکی در مواد گیاهی، گام اولیه برای شناسایی، حفظ و نگه داری ذخایر توارثی و همچنین پایه و اساس تحقیقات ژنتیکی و برنامه های اصلاحی است. به منظور ارزیابی سطح تنوع ژنتیکی در پنج ژنوتیپ هندوانه بذر آجیلی و یک رقم هندوانه شیرین (کریمسون سوئیت) آزمایشی در قالب طرح بلوک کامل تصادفی با سه تکرار در مزرعه تحقیقاتی پژوهشکده علوم گیاهی دانشگاه فردوسی در سال 1393 انجام شد. بذور ژنوتیپ های بومی هندوانه بذر آجیلی از استان خراسان جمع آوری گردیدند. در این مطالعه 14 صفت کمی اندازه گیری شد و براساس نتایج تجزیه واریانس این صفات، اختلاف معنی داری بین ژنوتیپ های مورد مطالعه در سطح 1% مشاهده گردید. آنالیز خوشه ای به روش ward، ژنوتیپ ها را در سه گروه مجزا دسته بندی کرد. 10 آغازگر مورد استفاده در این پژوهش در مجموع توانستند 76 قطعه را تکثیر کنند که 42 عدد از آن ها چند شکل بودند. محتوای اطلاعات چند شکل (pic) در دامنه 85-46 درصد قرار گرفت که به ترتیب مربوط به آغازگرهای p3 و p9 بود. متوسط تعداد باندهای چند شکل شش باند و در دامنه 8-2 قرار داشت. آنالیز خوشه ای به روش upgma برای محصولات pcr حاصل از 7 پرایمر نیز ژنوتیپ ها را در سه گروه مجزا قرار داد. با مقایسه نتایج حاصل از دو روش ارزیابی مورفولوژیکی و مولکولی همبستگی قابل توجهی بین نتایج مشاهده شد به طوری که قرابت دو ژنوتیپ c8 و sw، تشابه بالای ژنوتیپ های c1 و c14 و همچنین فاصله زیاد ژنوتیپ c5 از سایر ژنوتیپ ها در هر دو آزمایش تأیید شد.