در این تحقیق روشهای مختلف غنی سازی، جداسازی، شناسائی و اکسیداسیون آهن توسط باکتریهای اکسید کننده آهن (اسفروتیلوس ناتانس ، تیوباسیلوس فروکسیدان و گالیونلا فروژینئا) و تاثیر شرایط فیزیکی روی این باکتریها مورد بررسی قرار گرفته است . به منظور غنی سازی و جداسازی باکتریهای مورد مطالعه، در ارزیابی محیطهای کشت مختلف ، محیط کشت " لاکتات برات " جهت غنی سازی اسفروتیلوس ناتانس و" i " برای جداسازی آن، " محیط معدنی " 9k برای تیوباسیلوس فروکسیدانس و " محیط معدنی wolf تغییر یافته " برای گالیونلا فروژینئا انتخاب و مورد استفاده قرار گرفتند . برای شناسائی میکروسکوپی این باکترها، از میکروسکوپهای نوری و الکترونی اسکنینگ استفاده شد. در نتیجه مشخص گردید که هنگام استفاه از میکروسکوپ نور استفاده از لام مرطوب با فوشین، اسفروتیلوس و لام مرطوب بدون افزودن رنگ ، گالیونلا را بخوبی از سایر باکتریها متمایز و مشخص مینماید. با میکروسکوپ الکترونی اسکنینگ غلافهای اسفروتیلوس (غلافهای خالی، دارای رسوب آهن در بیرو و یا درون غلاف و شناسائی آنها با دستگاه) eds، مرفولوژی تیوباسیلوس فروکسیدانس و همچنین جسم سلولی و پایه های گالیونلا به همراه فیبرهای تشکیل دهنده آن، بخوبی مشاهده شده است . طی آزمایشات انجام شده همچنین مشخص گردید که بهترین روش برای تهیه و آماده سازی نمونه جهت بررسی اسفروتیلوس ، استفاد از کوپنهای کربن استیل و برای تیوباسیلوس فروکسیدانس و گالیونلا، دانه های کربن فعال همراه با تیمار اسیدی در ph = 2 میباشد . جهت مطالعه اکسیداسیون آهن توسط این باکتریها، تست سنجش آهن فرو در محلول به چند روش انجام و در نهایت روش فنانترولین، بعنوان بهترین روش انتخاب و مورد استفاده قرار گرفت . بمنظور بررسی پراکندگی باکتریهای نامبرده در برخی نقاط ایران، از مناطق طبیعی دارای خصوصیات ویژه زیست گاههای این باکتریها و نیز تعدادی از واحدهای صنعتی، نمونه برداری بعمل آمد. نتایج حاصله مشخص نمود که این باکتریها در محیطهای زیست طبیعی خود تکثیر یافته و از طریق آبهای مورد استفاده واحدهای صنعتی وارد این تاسیسات شده، مسائل و مشکلات فراوانی (از جمله انسداد لوله ها ایجاد میکند. به منظور بررسی استفاده تیوباسیلوس فروکسیدانس از تیوسولفات سدیم، از بیور اکتور بستر آکنده با کربن فعال با موفقیت استفاده گردید.