آندوسکوپی یک روش تشخیصی و درمانی مهم است . کاربردهای درمانی مثل پولیپکتومی و اسفنکتر تومی آندوسکوپی و اسکلروتراپی واریس مری ... دارد . متاسفانه با وجود مزایای فراوان یکسری عوارض را نیز دربر دارد. از مهمترین عوارض آندوسکوپی انتقال عفونت هاست .با تمیز کردن و ضدعفونی کردن آندوسکوپ می توان از انتقال بسیاری از عفونت ها جلوگیری کرد ولی بدلیل پیچیدگی و همچنین غیر قابل اتوکلاو بودن اجزا آن با هر اقدام تمیز و ضدعفونی کردن آندوسکوپ بطور کامل استریل نمی شود شایعترین میکروارگانیسم های منتقل شونده بوسیله آندوسکوپ معدی روده ای عبارتند از : گونه های سالمونلا، پسودوموناس آیروژینوزا، کلستریدیوم دیفیسیل میکروارگانیسم های منتقل شونده از راه برونکوسکوپی عبارتنداز ... tb و مایکوباکتری آتی پیک و پسودوموناس آئروژینوزا. عوارض دیگر آندوسکوپی عبارتنداز: عوارض دارویی که در موقع آندوسکوپی مصرف میشوند مسائل قلبی ریوی، خطرات electrasurgical پرفوراسیون و گیر کردن دستگاه در لومن gi برای جلوگیری از مهمترین عارضه آندوسکوپی (انتقال عفونت) ضروری است که قبل از هر عمل و بعد از آن دستگاه آندوسکوپ راکاملا تمیز کرد و بعد از آن قسمتهای مختلف آنرا با گلوتار آلدئید خیسانید و سپس با الکل شستشو داد و خشک نمود در طرح ریزی دستگاه جدید باید طوری باشد که بتوان آنرا مثل وسایل جراحی اتوکلاو نمود.