بودجه ریزی دولتی از همان ابتدای برنامه ریزی در ایران مشکل دارد و این اشکال در داخل وزارتخانه ها تشدید می گردد و بودجه بطور سلیقه ای و براساس روابط و بصورت چونه ای توزیع می گردد و در نهایت مجری کارها نمی تواند از بودجه استفاده بهینه بکند فلذا خود او نیز براساس ملاک های فوق الذکر عمل می کند (خشت اول چون نهد معمار کج تا ثریا می رود دیوار کج) در واقع می توان گفت در ایران بودجه بصورت متمرکز هزینه می شود و هیچیک از واحدهای محیطی (صف) مستقیم یا غیرمستقیم در جریان امر قرار نمی گیرند. برای اصلاح ساختار مذکور لازم است چند موضوع در نظر گرفته شود که بطور خلاصه ارائه می گردد؛1) اولین و مهمترین مسئله در جلوگیری از هزینه های زاید اصلاح ساختار تشکیلاتی سازمان بر حسب جمعیت می باشد که در این راستا می بایست تعاریف ما از واحدهای ایجادی مثل خانه و پایگاه و امثال آن تغییر یابد تا پاسخگوی پراکندگی جمعیت و دسترسی مردم به خدمات باشند بدون اینکه هزینه ها بالا رود. 2) هرم نیروی انسانی بدون در نظر گرفتن بهره وری و اقتصاد بهداشت موجب تحمیل هزینه های هنگفت خواهد شد لذا می بایست اصلاحات لازم در اینخصوص انجام پذیرد.3)هزینه سرباری ستاد یا ستادها باید معقول باشد و از استانداردهای جهانی تبعیت شود و از طرفی از ایجاد سرباری ستادها مشکل آشکار ( با بودجه مشخص) و یا پنهان (هزینه در داخل سایر بودجه ها) خودداری گردد و مدیریت متوجه باشد که با این کار به ریشه خود تیشه می زند. 4) برآورد و انجام هزینه ها بطور غیرمتمرکز انجام می گیرد تا واحدهای اجرائی جوابگوی هزینه های خود باشند و نیز سقف هزینه های خود را بدانند و از نزدیک با مشکلات بودجه ای درگیر شوند تا قدرت برنامه ریزی لازم را کسب کنند.5) با اجرای بیمه همگانی و راهکارهای مناسب آن زمینه تقبل هزینه ها توسط مردم مهیا شده و بار مالی دولت کمتر خواهد شد. 6) با انتخاب هیئت امنا واحدهای بهداشتی در خودکفا نمودن واحدها و اجرای مشکلات هر جامعه به خود مردم در تعدیل خواسته های آن جامعه تاثیر گذاشته و از هدر رفتن هزینه ها جلوگیری خواهد شد و از طرفی مردم در جریان چند و چون مشکلات بودجه ای قرار خواهند گرفت.