آگاهی دقیق از تنوع ژنتیکی مجموعه های ژنتیکی گیاهی ضمن حفظ ذخایر ژنتیکی گیاهی، قابلیت استفاده از آن ها را در برنامه های اصلاحی تامین می کند. در این تحقیق تنوع ژنتیکی 30 ژنوتیپ لوبیا از طریق 8 نشانگر issr و 4 نشانگر رتروترانسپوزون و 11 نشانگر ترکیبی (ترکیب issr و رتروترانسپوزون) بررسی شد. از 23 آغازگر مورد استفاده 162 باند چند شکل بدست آمد. میانگین مکان های چند شکل به ازای آغازگر issr و رتروترانسپوزون12/97 و برای ترکیب آغازگر های رتروترانسپوزون و issr 100 و کل آغازگرهای مورد استفاده 73/98 درصد بدست آمده است. آغازگر ubc834 با 11 باند بیشترین تعداد باند چند شکل را داشت و آغازگر های ubc807 و tos3+ubc807 با تعداد 4 باند کمترین تعداد باند را داشتند. درصد چند شکلی بدست آمده از 83 درصد مربوط به آغازگر rtr2 تا 100 درصد متغیر بوده است. بالا بودن معیار های تنوع ژنی نئ، شاخص شانون، تعداد آلل موثر و میزان pic برای آغازگر های ubc827، tos3+ubc827 و tos2+ubc827 نشان دهنده کارایی بالای این نشانگر ها در ارزیابی تنوع ژنتیکی در این تحقیق می باشد. نتایج حاصل از تجزیه خوشه ای به روش دورترین همسایه با استفاده از نشانگر های مورد استفاده، 30 ژنوتیپ مورد مطالعه را در 4 گروه قرار داد. گروه ها به ترتیب شامل 5، 15، 9 و 1 ژنوتیپ بود. صحت گروهبندی حاصل از تجزیه تابع تشخیص به روش خطی فیشر مورد آزمون قرار گرفت. توابع تشخیص اول تا سوم به ترتیب 2/63، 3/34 و 5/2 درصد از واریانس موجود و در کل100 درصد از تنوع کل داده ها را توجیه کرد. بنابراین سه تابع تشخیص، کل تنوع موجود بین ارقام و گروهبندی اولیه را توصیف نمود.