در بررسی حاضر از اطلاعات شجره ای 883713 گاو هلشتاین ایران، که توسط مرکز اصلاح دام کشور در طی سال های 1350 تا 1388 ثبت شده بود، استفاده شد. ابتدا ضریب هم خونی گاوها محاسبه و متوسط هم خونی گله های مختلف برآورد شد. از بین گله های تحت پوشش با شاخص شجره کامل بزرگ تر از 80 درصد، 10 گله با بیشترین مشاهده و بیشترین متوسط هم خونی (گروه 1) و 10 گله با بیشترین مشاهده و کم ترین متوسط هم خونی (گروه 2) انتخاب شدند. بعد از ایجاد فایل جمعیت مرجع برای هر یک از گله های دو گروه، پارامترهایی مانند اندازه جمعیت پایه، تعدادی از افراد جمعیت پایه که منشاء 50 درصد ژن های جمعیت هستند، معادل حیوانات بنیان گذار، معادل ژنومی حیوانات بنیان گذار، اندازه موثر حیوانات غیر بنیان گذار، میانگین خویشاوندی، اندازه جمعیت موثر، فاصله نسلی، تعداد معادل نسل های مجزا و مقدار هم خونی دو گروه محاسبه و مقایسه شدند. همچنین این پارامترها برای کل جمعیت گاوهای هلشتاین ایران محاسبه و روند آن ها در سه دوره زمانی، 50 تا 77، 78 تا 81 و 82 تا 87) مقایسه شدند. پارامترهای، معادل حیوانات بنیان گذار، معادل ژنومی حیوانات بنیان گذار و اندازه موثر حیوانات غیر بنیان گذار در گروه هم خونی زیاد (به ترتیب، 4/291، 59/8 و 76/8) نسبت به گروه هم خونی کم (به ترتیب، 2/295، 88/8 و 25) کمتر و ضریب خویشاوندی در گروه با هم خونی زیاد (057/0) نسبت به گروه با هم خونی کم (026/0) بیشتر بود. اندازه جمعیت موثر در گروه با هم خونی زیاد (3/52) نسبت به گروه با هم خونی کم (5/55) کمتر بود. این نتایج نشان می دهند که، هم خونی زیاد در گروه 1 در مقایسه با گروه 2، ناشی از کاهش تعداد حیوانات بنیان گذار و انجام آمیزش های خویشاوندی می باشد. برای کل جمعیت مورد مطالعه، تعداد حیوانات بنیان گذار، معادل حیوانات بنیان گذار، معادل ژنومیکی حیوانات بنیان گذار، تعداد موثر غیر بنیان گذارها، بنیان گذارهای با سهم 50 درصد ژن های جمعیت و فاصله نسلی با گذشت زمان کاهش، و تعداد افراد با والدین معلوم، تعداد معادل نسل مجزا، متوسط خویشاوندی و هم خونی افزایش داشت. این تغییرات می توانند دلایل افزایش هم خونی در جمعیت گاوهای هلشتاین ایران را تفسیر کنند.