aflp یک ابزار قدرتمند برای تشخیص رونوشت هایی با فراوانی کم است و می تواند بعنوان یک روش کارآمد برای جداسازی ژنهایی که بطور متمایز بیان می شوند، بکار رود. بنابراین القا متمایز ژنها در گندم ( رقم چمران و مرودشت) در پاسخ به قارچ m.graminicola بوسیله آنالیز cdna-aflp مورد مطالعه قرار گرفت . در ابتدا گیاهان بوسیله بیمارگر مایه زنی شدند. نمونه برداری در 6 نقطه زمانی(0، 12، 24، 48، 72 و 96 ساعت) بعد از مایه زنی انجام شد و نمونه ها بلافاصله در دمای منفی 80 درجه سانتی گراد قرار داده شدند. با مقایسه الگوی بیانی گیاهان مایه زنی شده و گیاهان شاهد رقم های چمران و مرودشت به ترتیب 276 و 270 قطعه متمایز جداسازی و تعیین توالی شد. توالی های بدست آمده با استفاده از الگوریتم blast x مورد بررسی قرار گرفتند و در گروه های عملکردی مختلف شامل دفاع، متابولیسم، انرژی، نسخه برداری، انتقال سیگنال، پاسخ به تنش، انتقال دهنده ها، متابولیسم ثانویه و توالی های ناشناخته قرار گرفتند. 8 ژن مرتبط با بیماریزایی شامل lipoxygenase, peroxidase, chitinase, pr-1, thaumatin-like protein, phenylalanine ammonia lyase(pal), ?-1-3 glucanase, disulfide isomerase, methionine sulfuxide reductase 12 تا 24 ساعت بعد از مایه زنی در این ارقام القا شدند. ژنهای non specific lipid transferase, executer1 protein, synthase, chalcone ,peptidyl prolyl isomerase ,putative xylanase inhibitor, adp – glucose pyrophospholylase, nbs- lrr protein, putative agmatin coumaryl transferase, putative protease inhibitor, allen oxide synthase, serine carboxy peptidase, nadhoxidase glucosyltransferase , و catalase در زمانهای دیرتری القا گردیدند ( 48، 72 و 96 ساعت بعد از مایه زنی) . نتایج نشان داد که بیان ژنهای مرتبط با بیماریزایی در 24 ساعت پس از مایه زنی افزایش می یابد . بنابراین می توان نتیجه گرفت که این ژنها نقش مهمی در دفاع گیاه بر علیه m.graminicola ایفا می کند. بیان ژنهای lipoxygenase, glycosyltransferase, thaumatin like protein, putative xylanase inhibitor, executer1 protein, non specific lipid transfer protein, nadh oxidase, putative protease inhibitor, allen oxide synthase, adp – glucose pyrophospholylase برای اولین بار است که در این پاتوسیستم گزارش می شود.

جو پس از گندم، ذرت و برنج چهارمین غله مهم در جهان است. بیماری سیاهک سخت جو که توسط قارچ ustilago hordei. ایجاد می شود، یکی از بیماری های مهم جو می باشد که با تیمار بذور با قارچ کش های آزول، کشت بذور عاری از بیمارگر و کشت ارقام مقاوم کنترل می شود. برای بررسی مقاومت به قارچ کش تری تیکونازول در جمعیت قارچ عامل سیاهک سخت جو، از بین 144 جدایه جمع آوری شده از استان خوزستان، 40 جدایه براساس پراکنش جغرافیایی در استان برای انجام آزمون مقاومت به قارچ کش تری تیکونازول و شناسایی افراد حساس و مقاوم به قارچ کش در جمعیت بیمارگر انتخاب شدند. نتایج حاصل از بررسی تیمار 40 جدایه با غلظت 400 پی پی ام از قارچ کش تری تیکونازول حاکی از آن بود که، 12 جدایه حساس و 4 جدایه مقاوم بوده و سایر جدایه ها طیفی از حساسیت را نشان دادند. سپس جدایه های مقاوم b1، k6 و k10 و جدایه های حساس b7، b11، g13، g16، m3 و h16 برای انجام بررسی های مولکولی انتخاب شدند.پنج ژن کدکننده ناقل abc (uhor_01094،uhor_02015،uhor_02527،uhor_02616، uhor_07286) و یک ژن کد کننده سیتوکروم اکسیداز(uhor_04007) موجود در پایگاه اطلاعاتی genre-mips ustilago hordei برای طراحی جفت آغازگرهای اختصاصی با نرم افزار primer 3، انتخاب شدند. ژن های همولوگ جدایه های حساس و مقاوم با آغازگرهای اختصاصی طراحی شده تکثیر و توالی یابی شدند. توالی های به دست آمده از ژن کد کننده ناقل uhor_01094 abc،از جدایه های حساس و مقاوم با استفاده از نرم افزار mega5 همردیف شدند. نتایج یک جهش نقطه ای را در موقعیت نوکلئوتیدی 1348 از ژن uhor_01094 نشان داد که به جایگزینی آمینواسید لوسین در جدایه های حساس با آمینواسید گلایسین در جدایه های مقاوم در موقعیت کدون 1155 منجر شد. با مقایسه نتایج حاصل با بررسی های انجام شده در این زمینه، می توان این گونه استنتاج نمود که احتمالاً جایگزینی آمینواسید گلایسین با اندازه ای کوچکتر نسبت به آمینواسید لوسین در ناحیه il4 در ناقل abc منجر به بروز مقاومت به قارچ کش تری تیکونازول شده است. همچنین قطبیت بیشتر آمینواسید گلایسین در مقایسه با آمینواسید لوسین در ناحیه اتصال به سوبسترا احتمالاً خاصیت آب دوستی این ناحیه را افزایش داده و موجب نشت بیشتر قارچ کش تری تیکونازول به خارج از سلول و بروز مقاومت می گردد.