تحقیق حاضر چگونگی کاربست عقل، نقل و شهود را در فلسفه ملاصدرا بررسی می کند. این مسئله در دو بحث مجزا قابل پیگیری است، یکی چگونگی کاربست سه روش عقلی، نقلی (مراجعه به متون دینی) و شهودی و دیگری چگونگی کاربست نظریه های عقلی، نقلی و شهودی (فلسفی، کلامی و عرفانی). در بحث اول ملاصدرا اعتقاد دارد برای بررسی مسایل فلسفی و الهیاتی هر کدام از سه روش اعتبار دارند و می توانند ما را به حقیقت برسانند اما اکتفا به هر یک از آنها احتمال وقوع خطا در نتیجه پژوهش را زیاد می کند به همین دلیل جمع بین همه روش های ممکن یک ضرورت است و چنانچه فرضیه ای از طریق هر سه روش تأیید نشود به نظریه ای قابل قبول تبدیل نمی شود. کارآمدی روش ها در حل همه مسایل یکسان نیست و امکان دارد در برخی مسایل نتوان از برخی روش ها استفاده کرد ولی در هر صورت قاعده کلی، ضرورت جمع بین روش های ممکن در آزمون فرضیه هاست. آنچه گفته شد مربوط به مرحله آزمون فرضیه هاست اما در مقام تعلیم و تعلم و ارائه نظریه های فلسفی، نقش اصلی را روش عقلی و برهانی ایفا می کند و استفاده از اطلاعات به دست آمده از دو روش دیگر در حد تأیید مطلب است. ملاصدرا در مورد چگونگی استفاده از نظریه های فلسفی، کلامی و عرفانی ـ بحث دوم ـ نیز روش خاص خود را دارد. وی ضمن آگاهی از مهم ترین نظریه ها در این سه حوزه و تجزیه و تحلیل دقیق آنها تلاش کرده با سعه صدر و نگاه مثبت به اندیشه ها بیشترین استفاده را از آنها ببرد. جذب حداکثری و دفع حداقلی شعار علمی و روش عملی ملاصدرا در مواجهه با آراء و عقاید فلسفی، کلامی و عرفانی است. حمل نظریه ها بر معانی صحیح و تلاش برای آشتی دادن نظریه های به ظاهر متعارض ـ خواه از سوی یک یا چند نفر ـ در همین راستا معنا پیدا می کند. وی با وجود همه مثبت نگری ها از نقاط ضعف آراء و نقد آنها غفلت نورزیده او تلاش کرده در هر مسئله ای که وارد می شود علاوه بر استفاده از نقاط قوت و ضعف نظریه های پیشین نظریه ای بدیع در چارچوب حکمت متعالیه ارائه کند. توفیق ملاصدرا در ارائه یک نظام نوین فلسفی مرهون سه امر است؛ آگاهی کامل از میراث علمی پیشینیان با نگاه مثبت به آنها، تأسیس یک روش پژوهشی جدید ـ جمع بین روش های سه گانه ـ و بهره مندی از نبوغ، خلاقیت و نوآوری. در تحقیق حاضر ابتدا روش کلی ملاصدرا در چگونگی کاربست عقل، نقل و شهود از هر دو جهت یاد شده معرفی می گردد و سپس روش ملاصدرا در چهار مسئله مهم حکمت متعالیه یعنی اصالت وجود، تشکیک در وجود، حرکت جوهری و حدوث نفس بررسی می شود تا میزان مطابقت روش کلی که در فصل دوم ارائه شده با آنچه را میدان عمل و عرصه پژوهشی از سوی وی صورت گرفته روشن شود.

این پایان نامه از یک مقدمه و خاتمه و از چهار فصل تشکیل شده است : در مقدمه به اهمیت موضوع و روش تحقیق اشاره کرده ایم، آنگاه در فصل اول به مساله ماهیت دین می پردازیم و در آن به بحث پیرامون معنای لغوی و اصطلاحی غربی و اسلامی دین و نیز مسائل و مشکلات و نارسائیهایی که در تعریف به آن برمی خوریم، می پردازیم. و در پایان ذکر می نمائیم که مراد ما از دین در این رساله چه می باشد. اما فصل دوم به بحث پیرامون ماهیت علم می پردازد که در این فصل ما به بحث پیرامون معانی علم و تعاریف و تقسیمات و انواع آن و تمایزات علوم و نیز بعضی ویژگیها و نارسائیهایی که روش علمی بدانها برمی خورد، می پردازیم، و آنگاه ذکر می کنیم که مراد ما از علم در این پایان نامه چیست . فصل سوم که خود از سه گفتار تشکیل می شود: -1 گفتار اول: این گفتار نسبتهای ممکن بین علم و دین را مطرح می نماید که عبارتند از: -1 اتحاد -2 تغایر -3 تداخل -2 گفتار دوم: به بحث پیرامون مبادی عمومی معرفتی این نسبتها می پردازد. که عبارتند از: -1 انتظارات ما از دین -2 انگاره و تصور ما از علم -3 زبان وحی و علم -3 گفتار سوم: این گفتار مبانی معرفتی خاص مربوط به این نسبتها را در نزد غریبان و مسلمانان بررسی می نماید. فصل چهار: که خود از سه گفتار تشکیل می شود: گفتار اول: بعد از بیان خلاصه ای از سیر تاریخی در جهت ارتباط و پیوستگی بین علم و دین به تفصیل پیرامون معانی همکاری علم و دین و ابعاد آن بحث کرده ایم که عبارتند از: -1 دین به علم جهت می دهد -2 تاثیر و تاثر متقابل -3 دین راه هدایت است -4 علوم جدید ریشه در دین دارند -5 الهیات طبیعی -6 الهیات لیبرال -7 الهیات طبیعت -8 علم و دین مکمل هم هستند. گفتار دوم: در این گفتار ما به ذکر بعضی از مصادیق هماهنگی بین علوم جدید و دین اسلامی پرداخته ایم. گفتار سوم: در این گفتار به بحث پیرامون تعارض و انواع آن و بعضی از اموری که توهم تعارض علم و دین را به وجود می آورند می پردازیم. اما در خاتمه: اشاره داشته ایم که علم سبب داشتن دختری (ناباب) به نام تکنولوژی معجزه نخواهد کرد و نکته دیگر که دین اساس فطرت است .