آنزیم فسفو انول پیروات کربوکسی کیناز (pepck) که به دو فرم سیتوزولی (pepck-c) و میتوکندریایی (pepck-m) شناخته شده است آنزیم کلیدی در چرخه متابولیک گلوکونئوژنز می باشد که اگزالواستات را به فسفو انول پیروات و دی اکسید کربن تبدیل می کند. در حالی که در بیشتر واکنش های گلوکونئوژنز آنزیم های گلیکولیز می توانند در مسیر مخالف استفاده شوند، آنزیم پیروات کیناز یک طرفه می باشد. آنزیم های پیروات کربوکسیلاز و فسفو انول پیروات کربوکسی کیناز یک راه فرعی برای عملکرد معکوس موثر پیروات کیناز فراهم می کنند. پژوهش کنونی برای شناسایی چند شکلی های آللی در جایگاه های ژنی pepck-c و pepck-m در سویه های مرغ تجاری گوشتی، تخم گذار و مرغ های مولد از ایستگاه اصلاح نژاد مرغ بومی مازندران انجام گرفته است. نمونه های خون به طور تصادفی از 150 قطعه مرغ از این سه جمعیت جمع آوری و استخراج dna با روش نمکی بهینه یافته انجام شد. با استفاده از pcr و آغازگرهای اختصاصی دو قطعه به ترتیب با طول 843 و 1064 جفت باز (در مجموع فاصله ای با طول 1802 جفت باز از ناحیه 1723- تا اگزون 2) از ژن pepck-c و یک قطعه 401 جفت بازی از اگزون 9 ژن pepck-m تکثیر شدند. برای شناسایی چند شکلی، محصولات pcr به دست آمده از هر یک از نشانگر های مذکور به ترتیب تحت تیمار آنزیم های برشی rsai، bsteii و acci قرار گرفتند. فراوانی آللی در جایگاه rsai، در جمعیت مرغان بومی مازندران (33%) a و (67%) b و ژنوتیپ ab و bb به ترتیب با فروانی 66 و 34 درصد مشاهده شد. فراوانی آللی در جمعیت مرغ های گوشتی (34%) a و (66%) b و ژنوتیپ های ab و bb به ترتیب با فروانی 68 و 32 درصد و در جمعیت مرغ های تخم گذار (24%) a و (76%) b و ژنوتیپ های ab و bb به ترتیب با فراوانی 48 و 52 درصد مشاهده شد. برای جایگاه bsteii در جمعیت مرغ های بومی فراوانی ژنی (28%) a و (72%) b و سه ژنوتیپ aa، ab و bb به ترتیب با فراوانی هر یک 2، 52 و 46 درصد، در جمعیت مرغ های گوشتی (19%) a و (81%) b، سه ژنوتیپ aa، ab و bb به ترتیب با فراوانی هر یک 2، 34 و 64 درصد و در جمعیت مرغ های تخم گذار (59%) a و (41%) b، ژنوتیپ های aa، ab و bb به ترتیب با فراوانی هر یک 42، 34 و 24 درصد محاسبه شد. فراوانی آللی در جایگاه acci، در جمعیت مرغ های بومی مازندران (73%) a و (27%) b و دو ژنوتیپ aa و ab با فراوانی هر یک به ترتیب 46 و 54 درصد، در جمعیت مرغ های گوشتی (6%) a و (4%) b و دو ژنوتیپ aa و ab به ترتیب با فراوانی هر یک 20 و80 درصد و در جمعیت مرغ های تخم گذار (85%) a و (15%) b، دو ژنوتیپ aa و ab به ترتیب با فراوانی هر یک 70 و 30 درصد برآورد شد. با توجه به چند شکل بودن و همچنین بزرگ اثر بودن آن بر صفات تولیدی مختلف، مانند تولید تخم مرغ، ضریب تبدیل غذایی و رشد این جایگاه ژنی می تواند به عنوان ژن کاندید در مطالعات شناساییqtl مرتبط به این صفات در صنعت طیور مورد توجه قرار گیرد. واژه های کلیدی : چند شکلی، فسفوانول پیروات کربوکسی کیناز، مرغ بومی، مرغ گوشتی، مرغ تخم گذار

ژن عمده، ارزش اصلاحی، مرغ بومی کلمات کلیدی: آنالیز بیزی، ژن بزرگ اثر، شاخص تولید مرغ و ماکیان روستایی یکی از فعالیت های مهم اقتصادی در تولیدات دامی ایران به حساب می آید. برای ردیابی ژن یا ژن های عمده در این مطالعه از روش شاخص ژن عمده (mgi) استفاده شد. مزایای استفاده از این روش ساده بودن، زمان کمتر و کاهش هزینه در مقایسه با دیگر روش هایی است که در ردیابی ژن یا ژن های عمده مورد استفاده قرار می گیرد. در بررسی تفرق ژن عمده به منظور برآورد ارزشهای اصلاحی، از روش آنالیز بیزی مبتنی بر نمونه گیری گیبس در قالب مدل حیوانی تک صفته و چند صفته و نرم افزار gibbs3f90 استفاده شد. در این مطالعه تفرق ژن عمده برای شش صفت مهم اقتصادی شامل وزن بدن در 8 هفتگی، سن بلوغ جنسی، وزن بدن در بلوغ جنسی، میانگین وزن تخم مرغ، تعداد تخم مرغ و شدت تخم گذاری در ایستگاه اصلاح نژاد مرغ بومی مازندران مورد بررسی قرار گرفت. به منظور جلوگیری از نتایچ مثبت دروغین با استفاده از روش سه انحراف معیار، فایل داده ها برای هر صفت ویراستاری و داده های پرت حذف شدند. سپس وراثت پذیری صفات و ارزش اصلاحی برای تمام حیوانات (پدر- مادر و فرزندان) به منظور استفاده در روش شاخص ژن عمده برآورد شدند. نتایج حاصل از آنالیز داده ها با استفاده از روش mgi هیچ ژن عمده در حال تفرق برای صفات مذکور در جمعیت مرغ بومی مورد مطالعه را نشان نداد.

در این پژوهش ارتباط بین باروری و بیان اویداکتی ژن آویدین در دو لاین آرین که باروری متفاوتی ‏داشتند و همچنین اثر مکمل بیوتین بر بیان ژن آویدین، باروری و جوجه درآوری بررسی شد. ‏صدوچهل وچهار قطعه مرغ ‏‎]‎‏72 قطعه مرغ از هر یک از لاین های ‏b‏ (باروری پایین) و ‏d‏ (باروری بالا)‏‎[‎‏ و ‏‏30 قطعه خروس (15 قطعه از هر یک از لاین های ‏b‏ و ‏d‏) به شیوه تصادفی گزینش شدند. از آغاز 30 ‏هفتگی تا پایان 33 هفتگی (برای 28 روز)، مکمل بیوتین در سطوح مشخص شده (صفر، 0/3 و 0/45 ‏میلی گرم بیوتین خالص در لیتر آب) به آب آشامیدنی تیمارهای آزمایشی افزوده شد. از روز چهارم ‏اعمال تیمارها تولید تخم‎مرغ ثبت شد. منی خروس های هر لاین پس از جمع آوری با هم آمیخته و پس ‏از رقیق سازی به مرغ های همان لاین (هفته ای یک بار) تلقیح شدند. تخم مرغها (879 = ‏n‏) در 12 روز ‏پایانی اعمال تیمار، جمع آوری و در دستگاه ستر قرار داده شدند و پس از 14 روز عمل نوربینی انجام ‏شد. در پایان دوره جوجه کشی، نرخ باروری، نرخ جوجه درآوری و گامه مرگ و میر رویانی ثبت شد. در ‏پایان هفته سی وسوم، 12 قطعه مرغ از هر یک از لاین های ‏d‏ و ‏b‏ به شیوه تصادفی گزینش و کشتار ‏شدند؛ بیان ژن آویدین با روش ‏real-time pcr‏ در بافت تهیه شده از لوله های انباشت اسپرم آنها ‏بررسی شد. شمار تولید تخم مرغ در پی مصرف 0/45 میلی گرم بیوتین در لیتر آب در هر دو لاین ‏افزایش یافت. اثر لاین، بیوتین و برهم کنش آنها بر نرخ جوجه درآوری و کیفیت جوجه ها معنی دار نبود. ‏اثر برهم کنش لاین و بیوتین بر قطر فولیکول های ‏f1‎‏ و ‏f2‎‏ معنی دار بود. در لاین ‏b‏ غلظت بالاتر بیوتین ‏‏(0/45 میلی گرم بیوتین در لیتر آب) با افزایش نرخ باروری و بیان ژن آویدین همراه بود. در حالی که در ‏لاین ‏d‏ استفاده از غلظت پایین تر بیوتین (0/3 میلی گرم بیوتین در لیتر آب)، با افزایش کمتری در بیان ‏ژن آویدین و نرخ باروری همراه بود. یافته ها نرخ بیان آویدین بالاتری را در مرغ های با باروری بالاتر ‏نشان دادند (0/52 = ‏r‏). همبستگی بین باروری و بیان ژن آویدین در لاین ‏b‏ (0/73 = ‏r‏) بالاتر از لاین ‏d‏ (0/52 = ‏r‏) بود. بر پایه یافته های پژوهش کنونی به نظر می رسد که: 1- افزایش بیان ژن آویدین در ‏sst‏ می تواند با افزایش باروری در ارتباط باشد؛ 2- اثربیوتین بر بیان ژن آویدین، مانایی اسپرم و ‏باروری می تواند بسته به نرخ باروری لاین متفاوت باشد.‏

استخراج dna از نمونه های خون گوسفندان نژاد بلوچی و نائینی به روش نمکی بهینه یافته انجام و واکنش زنجیره ای پلی مراز برای تکثیر قطعات 414 و 494 جفت بازی به ترتیب از اگزون 2 و اگزون 3 ژن های tlr9 و tlr4 با استفاده از آغازگرهای اختصاصی صورت گرفت. جهت شناسایی فرم های مختلف آللی در ژن های tlr9 و tlr4 در آنالیز اس اس سی پی از ژل پلی اکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره استفاده شد. در جایگاه مورد بررسی از ژن tlr9، در گوسفندان نائینی پنج آلل پنج آلل a، b، c، d و e به ترتیب با فراوانی 626/0، 1/0، 033/0، 04/0و 201/0 و در جمعیت گوسفندان نژاد بلوچی با فراوانی 53/0، 27/0، 02/0، 069/0و 111/0و پنج نوع ژنوتیپ aa، ab، ac، ad و ae در جمعیت نائینی به ترتیب با فراوانی18/25، 14/20، 47/6، 93/7 و28/40 درصد و در جمعیت بلوچی با فراوانی 47/6، 68/54، 9/2، 65/13 و 3/22 مشاهده شد. همچنین در جایگاه ژنی مورد بررسی tlr4، در جمعیت گوسفندان نژاد نائینی چهار آلل a، b، c و d به ترتیب با فراوانی 656/0، 34/0، 004/0 و 0 درصد و در جمعیت گوسفندان نژاد بلوچی چهار آلل a، b، c و d به ترتیب با فراوانی 551/0، 331/0، 114/0 و 004/0 و چهار نوع ژنوتیپ aa، bb، bc و bd در نژاد نائینی به ترتیب با فراوانی58/65 ، 6/33 ، 82/0 و 0 درصد و در جمعیت بلوچی با فراوانی 15/55، 32/21، 8/22 و 73/0 مشاهده شد. در گوسفند نژاد نائینی جایگاه نشانگر tlr9 روی وزن تولد اثر معنی دار داشته اما اثر جایگاه tlr4 روی این صفت نبوده است. در گوسفند نژاد بلوچی جایگاه نشانگر tlr9 روی وزن تولد و وزن سه ماهگی اثر معنی دار داشته اما اثر جایگاه tlr4 روی این صفت نبوده است. مقایسه فراوانی آللی و ژنوتیپی برای دو جایگاه ژنی tlr9 و tlr4 بین دو نژاد تفاوت معنی داری را نشان نداد.

چکیده هدف این تحقیق مقایسه سه روش یادگیری ماشین random forest، boosting و support vector machine در ارزیابی ژنومی و معرفی روش random forest به عنوان یک روش توانمند برای استنباط(پیش¬بینی) ژنوتیپ بود. نتایج برتری روش boosting بر دو روش دیگر را در غالب سناریوهای بررسی شده نشان داد، اگرچه تفاوتها فقط در برخی سناریوها معنی¬دار بود (05/0>p). همچنین علی¬رقم برتری روش boosting بر دو روش دیگر، میزان زمان لازم جهت انجام محاسبات در روش boosting به طور قابل ملاحظه¬ای از دو روش دیگر بیشتر بود. در مقایسه دو روش rf و svm در بیشتر موارد عملکرد روش svm و در برخی موارد دیگر عملکرد روش rf بهتر بود، اگرچه در غالب موارد تفاوت بین دو روش مذکور معنی¬دار نبود (05/0p>). در هر سه روش مطالعه شده، با افزایش وراثت¬پذیری، کاهش تعداد qtl، افزایش تراکم نشانگری، کاهش فاصله ژنتیکی از جمعیت مرجع و افزایش تعداد افراد حاضر در جمعیت مرجع، صحت پیش-بینی ارزش¬های اصلاحی ژنومی افزایش یافت. در ضمن نتایج نشان داد که لحاظ نمودن اثرات متقابل در ارزیابی ژنومی به طور معنی¬دار (05/0>p) منجر به افزایش صحت پیش¬بینی ارزش¬های اصلاحی ژنومی می-شود. میزان اهمیت snpها در صحت پیش¬بینی ارزش¬های اصلاحی متفاوت بود و برخی از آنها تا چندین برابر بر صحت پیش¬بینی تأثیر داشتند. روش random forestکه در این تحقیق برای اولین بار در ارزیابی ژنومی جهت استنباطژنوتیپ مورد استفاده قرار گرفت عملکرد خوبی از خود نشان داد. کاهش در صحت پیش¬بینی ارزش¬های اصلاحی در حالت استنباط5، 30، 50 و70 درصد ژنوتیپ snpها در مقایسه با استفاده از اطلاعات کامل (فاقد اطلاعات استنباطشده) ناچیز بوده (00%? تا 11%) و حتی با حذف اطلاعات ژنوتیپی 95% از snpها و استنباطآنها، 56 تا 60 درصد صحت پیش¬بینی با استفاده از اطلاعات کامل به دست آمد. صحت استنباطژنوتیپ (rt,im) با افزایش درصد ژنوتیپ¬های از دست رفته کاهش یافت به طوریکه با افزایش درصد ژنوتیپ¬های از دست رفته از 5 درصد به 30، 50، 70، 90 و 95 درصد، rt,imاز 99/0 به ترتیب به 93/0، 84/0، 61/0، 71/0 و 58/0 کاهش یافت.

هدف از انجام این پژوهش تعیین فراوانی ژنوتیپی و آللی چند شکلی های igf-i و igf-ir و بررسی ارتباط آن ها با صفات تولیدی شیر در جمعیت گاوهای هلشتاین با استفاده از روش pcr-rflr بود. از آنزیم های برشی snabi، rsai و taqi برای برش محصول pcrاستفاده شد. در اگزون 4 ژن igf-i تنها ژنوتیپ aa و آلل a مشاهده شد. همچنین، ژنوتیپ های (aa، ab، bb) برای جایگاه igf-i/snabi و 3 ژنوتیپ (tt، tc، cc) برای جایگاه igf-ir مشاهده شد. در ارتباط با اگزون 1 igf-i اثر معنی داری از چند شکلی بر ارزش اصلاحی تولید شیر، چربی و پروتئن شیر یافت نشد. در جایگاه igf-ir، اثر چند شکلی igf-i/taqi بر ارزش اصلاحی پروتئن شیر معنی دار بود اما بر ارزش اصلاحی تولید شیر و چربی معنی دار نبود.