ناحیه غنی از ژن mhc با طولی حدود 6/3 مگا جفت باز بر روی بازوی کوتاه کروموزوم 6 قرار دارد. اکثر ژنهای این ناحیه در تنظیم پاسخهای ایمنی بدن نقش دارند. ناحیه mhc در مهرهداران غنیترین منبع پلیمورفیسم پروتئینها را تشکیل میدهد. این ناحیه به سه بخش به نامهای hla کلاس یک، دو و سه تقسیم میشود. ژنهای کلاس دو hla بسیار متنوع هستند و پروتئینهایی را کد میکنند که در عرضه آنتی ژنهای خارجی به سلولهای cd4+t نقش دارند. تنوعات آللی ژنهای کلاس دو به خصوص ژن hla-drb1 با بسیاری از بیماریهای خودایمن از قبیل آرتریت روماتوئید، دیابت تیپ یک و مالتیپل اسکلروز ارتباط دارد. مارکرهای str به دلیل داشتن مزایای متعدد ابزارهای ژنتیکی مفیدی برای مطالعه ارتباط ژنها با بیماریها هستند. از این رو در این مطالعه مارکرهای str درون و اطراف ژن hla-drb1به منظور شناسایی و تعیین مارکر مناسب و اختصاصی برای مطالعه این ژن،مورد بررسی بیوانفورماتیکی وآزمایشگاهیقرار گرفتند. در این راستا ابتداهر مارکر بطور جداگانه درپایگاههای داده mhc(dbmhc) و unistsجستجو شد. سپس توالیهای گروههای هاپلوتیپی drو شش توالی هاپلوتیپ mhc برای بررسی حضور این مارکرها و تعیین محل قرار گیری آنها در توالیهای مزبور، با استفاده از نرم افزارclc main- workbench مورد مطالعه واقع شدند. این مطالعات نشان داد که تنها مارکری که میتواند به طور اختصاصی برای مطالعه ژن hla-drb1 مورد استفاده قرار گیرد، مارکر m2-3-22 میباشد چرا که این مارکر در تمام توالیهای هر سه گروه هاپلوتیپی dr شامل dr51 ،dr52 و dr53 به فاصله حدود 16 کیلو باز از اگزون یک ژن hla-drb1 وجود دارد. به دلیل عدم تطابق پرایمرهای معرفی شده برای این مارکر در dbmhc و unists با توالیهای pgf و reference assembly، مناطق واقع در دو سمت مارکر با حد اکثر تشابه در توالیهای مختلف mhc انتخاب و برای طراحی پرایمرهای جدید توسط نرم افزارهای clc و oligo مورد استفاده واقع شد. پرایمرهای طراحی شده توسط دو نرم افزارe-pcr و blast مورد بررسی قرار گرفت تا جایگاههای اتصال آن در کل توالی ژنوم مشخص شود. سرانجام بهترین جفت پرایمر انتخاب و برای تکثیر لوکوس m2-3-22 در 164 فرد غیر خویشاوند استفاده شد و توانست مارکر مزبور را در تمامی افراد مورد مطالعه با موفقیت تکثیر کند. ژنوتیپ این لوکوس با بررسی محصولات pcrآن بر روی ژل پلیآکریلآمید مشخص شد. سه آلل مختلف از این مارکر شناسایی و تعیین توالی شد. یکی از آللهای شناسایی شده دارای توالی جدید بود که میتواند به عنوان آلل جدید در جمعیت ایرانی مطرح شود. همچنین فراوانی آللی و ژنوتیپی مارکر m2-3-22 در تعادل هاردی-وینبرگ قرار داشت.

چکیده: آلفا تالاسمی یکی از شایع ترین بیماری های وراثتی هموگلوبین است که دارای الگوی توارثی اتوزومی مغلوب می باشد. بر خلاف بتا تالاسمی، شایع ترین علت بیماری حذف های ژنی بوده که منجر به حذف ژن های 1? و 2? در خوشه ژنی آلفا گلوبین می شود. خوشه ژنی آلفا گلوبین و دو ژن 1? و 2? گلوبین با شباهتی بیشتر از 96 درصد، بر روی کروموزوم 16 و موقعیت p13.3 قرار گرفته است. آنالیز پیوستگی و تعیین هاپلوتیپ های گویا، یکی از تکنیک های بررسی بیماری های ژنتیکی و شناسایی ناقلین و تشخیص-های پیش از تولد می باشد. به خاطر حذف های بزرگ و موتاسیون های مرتبط با ژن های آلفا گلوبین، آنالیز مستقیم موتاسیون ها، زمان بر و پرهزینه می باشد. بنابراین روش های غیر مستقیم آنالیز پیوستگی نظیر، rflp و استفاده از مارکر-های str در تشخیص های مولکولی بیماری ها، مورد توجه قرار گرفته اند. برای همین منظور در این مطالعه مارکر های پلی مورف ?psti و d16s3400 انتخاب شدند و ژنوتیپ آن ها در 75 فرد غیرخویشاوند و 25 خانوده 3 نفری (شامل والدین و یک فرزند) در جمعیت ایرانی مشخص گردید. dna، از سلول های هسته دار خونی استخراج گردید. ژنوتیپ افراد با تکنیک pcr بوسیله پرایمرهای اختصاصی و به دنبال آن الکتروفورز بر روی ژل پلی اکریل امید و رنگ امیزی نیترات نقره و تکنیک rflp مشخص گردید. تعداد دقیق تکرارها برای مارکر str بوسیله تعیین توالی مشخص گردید. فراوانی اللی و درجه هتروزیگوسیتی برای افراد غیرخویشاوند با برنامه genepop تخمین زده شد. فراوانی هاپلوتیپی در افراد غیرخویشاوند و خانواده ها به ترتیب با برنامه های کامپیوتری phase و fbat تخمین زده شد. محاسبه عدم تعادل پیوستگی درافراد غیرخویشاوند با برنامه کامپیوتری 2ld انجام گردید. داده ها وجود 7 آلل برای مارکر d16s3400، با فراوانی های12/0، 14/0، 35/0، 14/0 24/0، 11/0 و 15/0 را نشان داد. برای مارکر ?psti ژنوتیپ هموزیگوت +/+ در جمعیت دیده نشد و فراوانی ژنوتیپ هتروزیگوت 17 درصد تخمین زده شد. آنالیز هاپلوتیپ های تخمین زده شده، وجود 5 هاپلوتیپ گویا که هر کدام دارای فراوانی بیشتر از 5 درصد بودند را در جمعیت نشان داد. نتایج آنالیز پیوستگی توسط نرم افزار 2ld، وجود پیوستگی نامتعادل بین دو مارکر را تائید کرد. این نتایج در کنار یکدیگر نشان می دهد که دو مارکر ?psti و d16s3400 به عنوان مارکر های گویا می توانند در آنالیز پیوستگی، شناسایی ناقلین و تشخیص بیماری آلفا تالاسمی در جمعیت ایرانی پیشنهاد شوند.

یکی از شایع ترین نقص ها در هنگام تولد، ناشنوایی است که تقریبا 1 در 1000 تولدهای زنده را به خود اختصاص می دهد. از 50% آسیب شنوایی ارثی، حدود 70 درصد غیرسندرومیک می باشد. یکی از مهم ترین و رایج ترین ژن های دخیل در این نقص، ژن gjb2 می باشد. gjb2 رمز کننده پروتئین کانکسین 26 واقع در کروموزوم 12-11 13q است. این ژن واجد 2263 نوکلئوتید بوده که از دو اگزون و یک اینترون تشکیل شده است. اگزون 2 با طول 681 جفت باز تنها ناحیه رمز کننده این ژن می باشد. مارکرهای ژنتیکی بسیاری در داخل و خارج ژن مزبور دیده شده که فراوانی آللی و درجه هتروزیگوسیتی متفاوتی در جمعیت های گوناگون دارند. از بین مارکرهای شناخته شده سه مارکر bani, d13s141, d13s175 در این مطالعه انتخاب شدند. پس از استخراج dna ژنومی ازخون، ژنوتیپ 100 فرد غیرخویشاوند ایرانی با استفاده از pcr و الکتروفورز بر روی ژل آگارز 3% (bani) و پلی آکریل آمید 10% (d13s141 و d13s175) تعیین شد. فراوانی آللی و درجه هتروزیگوسیتی با استفاده از پایگاه genepop و تعیین بلوک هاپلوتیپی با نرم افزار phase تخمین زده شد. همچنین عدم تعادل پیوستگی برای 100 فرد مورد مطالعه با برنامه کامپیوتری 2ld انجام شد. فراوانی برای مارکر d13s141 ، چهار آلل 113، 123، 125 و 127 جفت باز با تکرارهای دو نوکلئوتیدی 8، 13، 14 و 15 در جمعیت ایرانی دیده شده است. آلل 123 جفت باز با 13 تکرار بیشترین فراوانی (550/0) و آلل 113 جفت باز با 8 تکرار کمترین فراوانی (040/0) را دارند. برای مارکر d13s175، تنها 7 آلل در جمعیت ایرانی مشاهده شد. آلل 3 با فراوانی 48/0 و آلل 6 با فراوانی 010/0 بیشترین و کمترین فراوانی را در این مطالعه داشتند. فراوانی آللی مارکر bani درجمعیت ایرانی بصورت 84/0 برای ژنوتیپ -/- و 16/0 برای ژنوتیپ +/+ مشاهده شدند. درصد هتروزیگوسیتی سه مارکر فوق بررسی شد که مارکرهای d13s141 و d13s175 نسبت به bani دارای فراوانی بالاتری بودند. چهار بلوک هاپلوتیپی با فراوانی بیش از 5% در جمعیت ایرانی مشاهده شد. تخمین مقدار ?2 وd? نشان دهنده پیوستگی نامتعادل و کاهش نوترکیبی در جفت مارکر d13s175-d13s141 می باشد. بنابراین این دو مارکر از لحاظ فراوانی آللی و درجه هتروزیگوسیتی، عدم تعادل پیوستگی و کاهش نوترکیبی، می توانند به عنوان مارکرهای مناسب در تشخیص پیش از تولد و حاملین ناشنوایی در جمعیت ایرانی پیشنهاد شوند.

بیماری های هموگلوبین عمومی ترین بیماری های تک ژنی در جهان هستند. بتا تالاسمی نوعی کم خونی است که بر سرعت سنتز زنجیره بتا گلوبین نرمال اثر می گذارد. بتا تالاسمی به علت جهش در خوشه ژنی بتا گلوبین که در ناحیه 11p15.5 قرار دارد رخ می دهد. در حال حاضر بیش از 200 جهش مختلف مرتبط با فنوتایپ ?0 یا ?+ در مناطق مختلف جهان شناسایی شده است. با این حال هر جمعیت فراوانی جهش های مخصوص خود را دارد. خوشه ژنی بتا گلوبین دارای بیش از 20 مارکر rflp در سراسر خوشه ژنی است که می تواند به عنوان ابزار مفیدی برای تشخیص بیماری بتا تالاسمی استفاده شود. بررسی هاپلوتایپ در مقایسه با بررسی جداگانه ژنوتایپ مارکر ها ممکن است نتایج مفید بیشتری فراهم کند. بین جهش های بتا گلوبین و هاپلوتایپ ها پیوستگی وجود دارد، اما این پیوستگی ثابت نیست و هاپلوتایپ های مختلف ممکن است در جمعیت های متفاوت با انواع مختلفی از جهش ها پیوسته باشد. این مطالعه بر روی افراد سالم و ناقل بتا تالاسمی از چند استان در مرکز و جنوب ایران انجام شد. فراوانی جهش ها در استان های اصفهان، چهارمحال و بختیاری، خوزستان، فارس، کهگیلویه و بویراحمد و هرمزگان محاسبه شد. سپس مطالعات ژنتیک جمعیتی و بررسی های مولکولی بر روی مارکر های rflp xmni در 5?g?، hindiii در ivsii ژن های g? (hindiiig) و a? (hindiiia)، taqi در 5??، hinfi و rsai در 5? و hinfi در3? انجام شد. هاپلوتایپ ها با آنالیز الگوی نواحی محدود کننده تخمین زده شد. هاپلوتایپ های 5 مارکر rflp (5?-xmni-hindiiig-hindiiia-rsai-hinfi-3?) در 117 خانواده سه نفری شامل پدر، مادر و فرزند مطالعه شد. در این مطالعه پیوستگی بین 5 مارکر rflp و جهش های ژن بتا گلوبین بررسی گردید. آنالیز های آماری داده ها به وسیله نرم افزار popgene32، و فراوانی هاپلوتایپ ها با استفاده از نرم افزار fbat و محاسبه d? بین جفت مارکر ها به وسیله نرم افزار های 2ld، midas و arlequin انجام شد. مطالعه حاضر تفاوت بین فراوانی جهش ها در استان های مورد مطالعه را نشان داد. به طور کلی در 1791 کروموزوم جهش دار، 52 نوع جهش شناسایی شد. فراوان ترین جهش ivsii-1 (g>a) (25%) و پس از آنcodons 36/37 (-t) (20%) بود. در 117 خانواده سه نفری، 25 هاپلوتایپ محاسبه شد. فراوانی هاپلوتایپ ها و پیوستگی بین هاپلوتایپ و جهش های بتا گلوبین در هر استان متفاوت بود. تخمین ld مارکر ها اثبات کرد که hotspot قبل از ژن بتا گلوبین، پیوستگی بین?3 و?5 خوشه ژنی بتا گلوبین را کاهش می دهد. به نظر می رسد hotspot در ?5 مارکر rsai (550-) قرار گرفته است و مارکر hinfi درون hotspot قرار دارد. بنا براین مارکر های ?5 و ناحیه hotspot، باید با احتیاط برای تشخیص پیش از تولد بتا تالاسمی استفاده گردد.

بتا تالاسمی یک بیماری مغلوب اتوزمی است که با کاهش زنجیرهی بتا همراه است. بتا تالاسمی از جمله شایع ترین بیماری های تک ژنی در ایران است. به دلیل وجود جهش های متعدد در ‍‍ژن بتا تالاسمی استفاده از مارکرهای پیوسته به ژن در دنبال کردن آلل بیماری زا مفید است. وجود یک نقطه ی داغ نوترکیبی فعال در ناحیه5 ژن ? می تواند کاربرد مارکرهای چندشکلی واقع در این ناحیه را در تشخیص ناقلین و موارد قبل از تولد بیماری دچار مخاطره نماید. به منظور بررسی میزان پیوستگی مارکرهای چند شکلی در ناحیه 5 ژن ? در جمعیت ایرانی، سه مارکر avaii (درموقعیت ?506+)، rsai (درموقعیت ?550-) و hindiii (داخل ژن g?) انتخاب شدند. این سه مارکر با استفاده از rflp-pcr در 150 فرد غیرخویشاوند در جمعیت ایرانی تعیین ژنوتیپ شدند. فراوانی اللی و درجه هتروزیگوسیتی برای افراد غیرخویشاوند با برنامه genepop تخمین زده شد. محاسبه عدم تعادل پیوستگی درافراد غیرخویشاوند توسط دو نرمافزار midas و 2ld آنالیز شد. مقایسه نتایج حاصل از تخمین فراوانی آللی و درجه هتروزیگوسیتی مشاهده شده مارکرهای avaii، hindiii و rsai نشان داد که هر سه مارکر پلی مورفیسم و درجه هتروزیگوسیتی بالا دارند. با مقایسه ?2 دو مارکر avaii و rsai در تعادل هاردی واینبرگ قرار داشتند ولی hindiii در تعادل هاردی واینبرگ نیست و به سمت افزایش هتروزیگوتی در جمعیت بوده است. بوسیله نرم افزار midas، مقدار d برای هاپلوتیپ rsai- avaii16/0، برای هاپلوتیپ hindiii-avaii، 09/0 و برای هاپلوتیپ hindiii-rsai، 002/0 بدست آمد.0مقدار ?2 به دست آمده برای این سه هاپلوتیپ hindiii-avaii، rsai- avaiiو hindiii-rsai از مقدار ?2 درجدول ?2 و در سطح احتمال p<0.05 کوچک تر بود. نتایج بدست آمده نشان داد که مارکرهای rsai hindiii و avaii در پیوستگی متعادل قرار دارند. مطالعات بیوانفورماتیک نشان داد دو جایگاه snp برای جایگاه شناسایی آنزبم hindiii وجود دارد. محصولات pcr مربوط به hindiii برای بررسی وجود snp های مختلف در این ناحیه تعیین توالی شدند ولی این مارکر در افراد سالم با ژنوتیپ منفی تنها یک snp داشت. نتایج بدست آمده نشان می دهد به علت وجود ناحیه داغ نوترکیبی در 5 ژن ? مارکرهای خوشه ? را در دوگروه ساب-هاپلوتیپی 3و 5 می توان تقسیم کردکه در هر گروه ld بالا وجود دارد ولی بین مارکرهای دو گروه هاپلوتیپی 3و 5’، ld وجود ندارد. مارکر rsai موجود در ناحیه نقطه داغ با هیچ کدام از دو گروه هاپلوتیپی 3 و 5 ،ld نداشت. مارکر های پلی مرف hinfi و rsai در بین توالی های تکراری قرار دارند. کراسینگ آور نابرابر در توالی های تکراری می تواند سبب تصادفی بودن مارکر های rsai وhinfi نسبت به ساب-هاپلوتیپ 5 و 3باشد. مارکرهای 5 ناحیه نقطه داغ را می توان در مطالعات همبستگی جهش و هاپلوتیپ استفاده کرد یعنی آللهای موتانت به طور قوی با هاپلوتیپ های خاص rflp پیوستگی دارند

هیپرپلازی مادرزادی آدرنالcongenital adrenal hyperplasia ،cah، گروهی از بیماری های متابولیک وراثتی می باشد که به صورت اتوزومی مغلوب به ارث می رسند و باعث ابهام دستگاه تناسلی خارجی در نوزادان مونث می شوند. شایع ترین نوع بیماری cah، کمبود 21-هیدروکسیلاز است که به علت جهش در ژن 21-هیدروکسیلاز (cyp21a2) ایجاد می شود. بیماری کمبود 21-هیدروکسیلاز در دو شکل کلاسیک (شدید) و غیرکلاسیک (خفیف) دیده می شود. شکل کلاسیک بیماری خود به دو شکل ویریلیزاسیون ساده و دفع کننده نمک تقسیم می شود. ژن cyp21a2، همراه با ژن کاذب cyp21a1p بر روی بازوی کوتاه کروموزوم 21 (6p21.3)، درناحیه hla کلاس iii قرارگرفته است. ژن cyp21a2و ژن کاذب cyp21a1p هر کدام از 10 اگزون تشکیل شده اند. این دو ژن تشابه زیادی با یکدیگر داشته، به طوریکه توالی نوکلئوتیدی آنها در سطح اگزون ها 98 درصد و در سطح اینترون ها 96 درصد یکسان می باشد. اکثر جهش های cyp212a2 در اثر نوترکیبی بین ژن و ژن کاذب ایجاد می شوند. به همین دلیل بررسی مستقیم جهش دشوار می باشد. بررسی مارکرهای ژنتیکی در این جایگاه ژنی می تواند به عنوان یک ابزار ارزشمند در شناسایی ناقلین و تشخیص پیش از تولد بیماری به کار رود. در این مطالعه ژنوتیپ سه مارکر d6s273 و d6s291 و tnf-308g>a، در 105 فرد غیرخویشاوند و 20 خانوده 3 نفری (شامل والدین و یک فرزند) در جمعیت ایرانی مشخص گردید. dna، از سلول های هسته دار خونی استخراج گردید. ژنوتیپ افراد برای دو مارکر d6s273 و d6s291 با تکنیک pcr بوسیله پرایمرهای اختصاصی و به دنبال آن الکتروفورز بر روی ژل پلی اکریل امید و رنگ آمیزی نیترات نقره مشخص گردید. تعداد دقیق تکرارها بوسیله تعیین توالی مشخص گردید. ژنوتیپ افراد برای مارکر tnf-308g>a با تکنیک tetra-primer arms-pcrبوسیله پرایمرهای اختصاصی و به دنبال آن الکتروفورز بر روی ژل آگارز تعیین گردید. فراوانی آللی و درجه هتروزیگوسیتی برای افراد غیرخویشاوند با برنامه genepop تخمین زده شد. فراوانی هاپلوتیپی در افراد غیرخویشاوند و خانواده ها به ترتیب با برنامه های کامپیوتری arlequin و fbat تخمین زده شد. محاسبه عدم تعادل پیوستگی در افراد غیرخویشاوند با برنامه کامپیوتری powermarker انجام گردید. نتایج، حضور هفت آلل را برای هر دو مارکر d6s273 و d6s291 نشان داد. شایع ترین آلل برای مارکرهای d6s273 و d6s291 به ترتیب، آلل های با 17 تکرار gt و 13 تکرار ca بودند و آلل هایی با 15 تکرار gt و 12 تکرار ca کمترین فراوانی را نشان دادند. برای مارکر tnf-308g>a آلل g فراوانی بیشتری نسبت به آلل a داشت. درصد هتروزیگوسیتی مشاهده شده برای سه مارکر d6s273 و d6s291 و tnf-308g>a، به ترتیب 31% و 53% و 54% بود. با استفاده از نرم افراز fbat و arlequin هاپلوتیپ (2/2/5) فراوانی بیشتر از 05/0 را نشان داد. مقدارd? به دست آمده توسط نرم افزار powermarker برای هر سه جفت مارکرd6s291 –d6s273 و tnf-308g>a–d6s291 و tnf-308g>a–d6s273 کمتر از 5/0 بود. مقدارp value به دست آمده توسط نرم افزار powermarker برای جفت مارکرهای d6s291–d6s273 و tnf-308g>a–d6s273 بیشتر از 05/0 و برای جفت مارکر tnf-308g>a–d6s291 کمتر از 05/0 بود. نتایج بدست آمده از مطالعه حاضر نشان می دهد که دو مارکر d6s291 و tnf-308g>a هتروزیگوسیتی بالایی در جمعیت داشتند و بنابراین می توان از آن ها به منظور شناسایی ناقلین و تشخیص پیش از تولد در خانواده هایی که دارای حداقل یک فرزند مبتلا به بیماری cah هستند استفاده نمود. همچنین هاپلوتیپ 2/2/5 به عنوان هاپلوتیپ گویا در لوکوس cyp21a2 در جمعیت ایرانی تعیین شد که می تواند در شناسایی افراد ناقل و تشخیص پیش از تولد بیماری cah استفاده گردد.

نابینایی مادرزادی لبر شدیدترین بیماری تحلیل ارثی شبکیه در انسان است. این بیماری به لحاظ ژنتیکی ناهمگن بوده و معمولاً به صورت آتوزومی مغلوب به ارث می رسد. مشخص شده است که انواع جهش ها در ژن aipl1 منجر به ایجاد شدیدترین شکل های این بیماری می شوند. اصولا" تعیین توالی به منظور شناسایی جهش های نقطه ای و دیگر تنوعات توالی موجود در این ژن استفاده می شود که بسیار وقت گیر و پر هزینه میباشد. از این رو روش انتخابی برای تشخیص ژنتیکی بیماری بر اساس بررسی غیر مستقیم جهش ها از طریق آنالیز پیوستگی مارکرهای چند شکلی از جمله چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (snp) است که برای تعیین حاملین (افراد هتروزیگوت) و همچنین تشخیص پیش از تولد در خانواده های دارای فرزند مبتلا به کار می رود. در مطالعه حاضر، فراوانی آللی، درجه هتروزیگوتی و همچنین پیوستگی مارکر های rs11658369 و rs8066853 واقع در ناحیه ژنی aipl1 مورد بررسی قرار گرفت. به منظور تعیین آلل های چند شکلی تک نوکلئوتید های مذکور از روش tetra-primer arms pcr که از دوجفت پرایمر برای تکثیر هر دو آلل snp در یک واکنش بهره می گیرد استفاده شد. پس از تعییین ژنوتیپ مارکر های چند شکلی rs11658369 و rs8066853 در 154 فرد غیر خویشاوند و 10 خانواده سه نفری، اطلاعات به دست آمده با استفاده از چندین نرم افزار کامپیوتری مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. نتایج حاصل نشان داد که مارکر rs11658369 به علت پیوستگی با ژن aipl1 و همچنین درجه بالای هتروزیگوسیتی می تواند به عنوان یک مارکر اطلاع دهنده در تشخیص غیر مستقیم آلل های جهش یافته ژن aipl1 مورد استفاده قرار گیرد. از سوی دیگر پیوستگی شدید مارکر پایین دستی rs8066853 با ژن aipl1 نشان می دهد که ترکیب این مارکر با مارکر rs11658369 می تواند در تشخیص غیر مستقیم نابینایی وابسته به aipl1 مورد استفاده قرار گیرد. در نهایت ترکیب این دو مارکر منجر به شناسایی سه هاپلوتیپ گویای a-g ، g-g و a-a در ناحیه ژنی aipl1 شد. در واقع این هاپلوتیپ ها می توانند به عنوان ابزار های مناسب جهت شناسایی افراد حامل و همچنین تشخیص پیش از تولد نابینایی مادرزادی در خانواده های ایرانی مورد استفاده قرار گیرند.

هموفیلی b یک بیماری ژنتیکی خونریزی دهنده مغلوب وابسته به جنس ناشی از جهش در ژن فاکتور ix انعقادی است. جهش ها در ژن فاکتور ix باعث ناکارآمدی یا عملکرد نادرست فاکتور ix انعقادی می شوند. روش ایده آل برای تشخیص مولکولی این بیماری آنالیز مستقیم جهش های ژنی است. اما با توجه به تعداد بالای جهش های شناسایی شده در ژن مزبور، مشخص نبودن طیف جهش های شایع آن، اندازه بزرگ ژن فاکتور ixو طبیعت ناهمگن جهش ها، آنالیز مستقیم جهش برای هر خانواده با هموفیلی b بسیار وقت گیر و پر هزینه است. بنابراین بررسی غیرمستقیم جهش ها با روش آنالیز پیوستگی با استفاده از مارکر های چند شکلی در ناحیه ژنی فاکتور ix گزینه مناسبی در تشخیص پیش از تولد و تشخیص ناقلین بیماری هموفیلی b می باشد. در این خصوص شناسایی مارکرهایی با میزان هتروزیگوسیتی و تنوع ژنتیکی بالا در جمعیت ایرانی ضروری می باشد. در این مطالعه با استفاده از ابزار های بیوانفورماتیکی، مارکر های واقع در ناحیه ژنی فاکتور ix بررسی شدند و از بین مارکرهای موجود، دو مارکر چند شکلی تک نوکلئوتیدی (snp) rs438601 با توالی c/g واقع در اینترون شماره 3 ژن فاکتور ix و rs378815 با توالی t/c واقع در 5?utr این ژن به منظور مطالعه بیشتر این مارکرها در جمعیت ایرانی انتخاب گردیدند. این دو مارکر در ژن فاکتور ix با روشtetra-primer arms-pcr با پرایمرهای اختصاصی جدیداً طراحی شده در 142 زن کنترل غیرخویشاوند و 22 خانواده 2 نفری مادر- پسر و پدر- دختر در جمعیت ایرانی تعیین ژنوتیپ شدند. فراوانی آللی و درجه هتروزیگوسیتی برای افراد غیرخویشاوند با برنامه genepop تخمین زده شد و از آزمون ?2 برای بررسی تعادل هاردی واینبرگ در این افراد استفاده شد. فراوانی هاپلوتیپی در افراد غیرخویشاوند توسط نرم افزار powermarker و در خانواده ها به صورت دستی محاسبه گردید. محاسبه عدم تعادل پیوستگی در افراد غیرخویشاوند نیز با برنامه powermarker انجام گردید. فراوانی آللی برای آلل های c و g مارکر rs438601 به ترتیب 83/71% و 17/28% و برای آلل های t وc مارکر rs378815 به ترتیب 10/58% و 90/41% محاسبه شد. میزان هتروزیگوسیتی بدست آمده برای هر مارکر به ترتیب 52/53% و 39/82% می باشد. بررسی تعادل هاردی-وینبرگ (hwe) با استفاده از آزمون ?2 نشان می دهد که جمعیت ایرانی برای این دو مارکر در تعادل است. ترکیب این دو مارکر منجر به شناسایی سه هاپلوتیپ گویای c-c، c-t و g-t(فراوانی بالای 5%) در ناحیه ژنی فاکتور ixدر آنالیز غیرخویشاوندی و خویشاوندی شد. مقادیر ?d و ارزشp بدست آمده برای جفت مارکر rs378815-rs438601 بیانگر وجود عدم تعادل پیوستگی (>0?d p value<0.05,) است. وجود عدم تعادل پیوستگی بین مارکر خارج ژنی rs378815 و مارکر داخل ژنی rs438601 نشان دهنده پیوستگی بین ژن فاکتورix و جایگاه rs378815 می باشد. نتایج حاصل از این مطالعه نشان می دهد که هتروزیگوسیتی بالا در دو مارکر rs438601 و rs378815 در جمعیت ایرانی و همچنین پیوستگی مارکر rs378815به ژن فاکتور ix، این دو مارکر را به مارکرهایی با کارایی بالا در تشخیص غیرمستقیم هموفیلی b تبدیل کرده است. همچنین سه هاپلوتیپ c-c، c-t وg-t به دلیل فراوانی بالا به عنوان هاپلوتیپ های گویا در جمعیت ایران معرفی شدند که می توانند به عنوان ابزارهای مناسب در شناسایی افراد ناقل و تشخیص پیش از تولد هموفیلی b در این جمعیت استفاده شوند.

بیماری زالی چشمی- پوستی (oca،oculocutaneous albinism)، گروهی از بیماری های اتوزومی مغلوب است که منجر به کمبود یا فقدان تولید ملانین در ملانوسیت ها می شود. طیف بالینی oca متنوع است که شامل oca1a با شدیدترین نوع و فقدان کامل تولید ملانین در طول عمر فرد و اشکال ملایم تر آن شامل oca1b، oca2، oca3 و oca4 می شود. زالی چشمی –پوستی نوع1 (oca1) یک بیماری اوتوزومی مغلوب است که در اثر جهش در ژن تیروزیناز(tyr) بوجود می آید و میزان شیوع آن در جمعیت بطور متوسط هر یک نفر در 40 هزار نفر است. بطور معمول برای شناسایی و یا بررسی جهش ها از تعیین توالی مستقیم اگزون ها استفاده می شود که هم پرهزینه و هم وقت گیر می باشد. به همین دلیل روش های بررسی غیر مستقیم جهش ها از طریق آنالیز پیوستگی مارکرهای چند شکلی تک نوکلئوتیدی (snps) برای تعیین افراد ناقل و همچنین تشخیص پیش از تولد می توانند جایگزین مناسبی باشند. در این مطالعه بعد از بررسی های بیوانفورماتیک، مارکرهای rs5021654و rs1799989 واقع در ناحیه پروموتر ژن tyr انتخاب شدند و فراوانی آللی، درجه هتروزیگوسیتی، هاپلوتیپ های گویا و همچنین پیوستگی این دو مارکر مورد بررسی قرار گرفت. به منظور تعیین ژنوتیپ آلل های این دو مارکر تک نوکلئوتیدی، از روش tetra-primer arms pcr که از دو جفت پرایمر برای تکثیر هم زمان هر دو آلل بهره می برد، استفاده شد. پس از تعیین ژنوتیپ دو مارکر در 150 فرد سالم غیر خویشاوند و 10 خانواده 3 نفری، اطلاعات حاصل توسط نرم افزارهای کامپیوتریgenepop ، arlequin، fbat و powermarker و پایگاه داده های hapmap و human genome browser مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج حاصل، پیوستگی دو مارکر را با هم نشان داد که در مجموع 2 هاپلوتیپ گویا c-g) و (a-g بدست آمد. هر دو مارکر در تعادل هاردی وینبرگ قرار داشتند. مارکر rs1799989 با نشان دادن درجه هتروزیگوسیتی بالا (76%) در این مطالعه می تواند بعنوان یک مارکر آگاهی دهنده برای بررسی غیر مستقیم جهش ها استفاده شود. مارکر rs5021654 علی رغم داشتن درجه هتروزیگوسیتی پایین تر از میانگین در دنیا (8%)، به دلیل پیوستگی با مارکر rs1799989 می تواند در مطالعات پیوستگی و بررسی بلوک های هاپلوتیپی استفاده شود. بنابراین مارکرهای مورد مطالعه می توانند در تشخیص غیرمستقیم بیماری زالی نوع 1 مناسب باشند. همچنین هاپلوتیپ های a-g و c-g به دلیل فراوانی بالا به عنوان هاپلوتیپ های گویا در جمعیت ایران معرفی شدند که می توانند در شناسایی افراد ناقل و تشخیص پیش از تولد بیماری oca1 استفاده شوند.

هموفیلی a یک اختلال خونریزی دهنده وابسته به جنس مغلوب است که عمدتا به علت جهش های گوناگون در ژن فاکتور 8 رخ می دهد. ژن فاکتور 8 در انتهای بازوی بلند کروموزوم x قرار گرفته است (xq28). این ژن 186 کیلو باز طول دارد و دارای 26 اگزون می باشد. با توجه به درجه بالای هتروژنی جهش ها، اندازه بزرگ و پیچیدگی ساختار ژن فاکتور 8، آنالیز مستقیم جهش ها گران و زمان بر است. بنابراین آنالیز پیوستگی با استفاده از مارکر های چند شکلی اطلاع دهنده dna مانند مارکرهای چندشکلی تک نوکلئوتیدی (snp)، به عنوان روشی سریع و مقرون به صرفه برای تشخیص حاملین هموفیلی a در خانواده های بیمار معرفی شده است. با بررسی های بیوانفورماتیکی مارکر های snp موجود در ناحیه5 ژن فاکتور 8، 2 مارکر پلی مورفیسم تک-نوکلئوتیدی شامل مارکر هایrs4898352 و rs28370188 در اینترون 18 و پروموتر ژن انتخاب شدند. دو مارکر rs4898352و rs28370188 با استفاده از تکنیک tetra primer arms-pcrو به دنبال آن الکتروفورز با ژل آگارز در 140 زن غیرخویشاوند سالم و 15 خانواده تعیین ژنوتیپ شدند. فراوانی آللی، درجه هتروزیگوسیتی و تعادل هاردی واینبرگ با استفاده از نرم افزار genepop تخمین زده شد. محاسبه فراوانی هاپلوتیپ ها و مقدار عدم تعادل پیوستگی برای افراد غیر خویشاوند نیز با استفاده از نرم افزار powermarker انجام شد. درجه هتروزیگوسیتی مشاهده شده برای مارکر های rs4898352 و rs28370188 به ترتیب 60% و 09% به-دست آمد. فراوانی آللی آلل های a وt برای مارکر rs4898352 مقادیر 482/0 و 518/0 به دست آمد. همچنین آلل هایc و t مارکر rs28370188 نیز دارای 95/0 و 05/0 فراوانی می باشند. نتایج نشان می دهند که دو مارکر rs4898352 و rs28370188 در تعادل پیوستگی با هم می باشند. در نهایت 2 هاپلوتیپ گویا t-c و a-c برای این دو مارکر در ژن فاکتور 8 به دست آمد. در کل نتایج نشان می دهند که از بین دو مارکر مطالعه شده، مارکر rs4898352 می تواند به عنوان مارکر اطلاع دهنده برای تشخیص حاملین هموفیلی a در جمعیت ایرانی استفاده شود

جذب مس از طریق دستگاه گوارش به دقت تنظیم شده نمی باشد ولی دفع مس از طریق صفرا به شدت تنظیم شده می-باشد و این کار توسط یک گروه از پروتئین های انتقال دهنده مس وابسته به atp از جمله atp7b صورت می گیرد. این پروتئین توسط ژن atp7b برروی بازوی بلند کروموزوم 13 رمز می شود. کمبود این پروتئین باعث تجمع مس و بروز بیماری ویلسون می شود. بیماری ویلسون یک بیماری کبدی است که اغلب با علائم عصبی همراه می باشد و به صورت اتوزومی مغلوب به ارث می رسد. با توجه به جهش های بسیار زیاد گزارش شده در ژن atp7b و ارتباط این جهش ها با بیماری ویلسون، تشخیص مولکولی این بیماری با استفاده از مارکرهای چندشکلی در ناحیه ژنی atp7b از اهمیت ویژه ای برخوردار است. مارکرهای چند شکلی متعددی در ناحیه ژنی atp7b گزارش شده اند. با بررسی بیوانفورماتیکی مارکرهای مزبور دو چند شکلی تک نوکلئوتیدی (snp) شامل rs11620583 و rs747781، واقع در ناحیه 5 این ژن جهت مطالعه در جمعیت ایرانی انتخاب شدند. در مطالعه حاضر آنالیز این دو مارکر با تعیین ژنوتیپ آن ها در نمونه ای از افراد سالم جمعیت ایرانی شامل 220 فرد غیر خویشاوند و 30 فرد خویشاوند با استفاده از تکنیک tetra-primer arms pcr صورت گرفت. پرایمرهای مورد استفاده در این تکنیک نیز توسط نرم افزارهایprimer1 و oligo طراحی شدند. فراوانی آللی و درجه ی هتروزیگوسیتی برای افراد غیر خویشاوند با برنامه ی genepop تخمین زده شد. محاسبه ی فراوانی هاپلوتیپی در افراد غیر خویشاوند با استفاده از نرم افزار arlequin و در خانواده ها با استفاده از نرم افزار fbat صورت گرفت. محاسبه ی عدم تعادل پیوستگی نیز در افراد غیر خویشاوند با نرم افزار powermarker انجام شد. طی آنالیز آماری نتایج فراوانی آللی مارکر rs747781 در جمعیت ایرانی برای آلل های a و g به ترتیب5/47 و 5/52 درصد مشاهده شد. طی مطالعه ی مارکر rs11620583 نیز فراوانی آللی، آلل های a و c به ترتیب 41/43 و 59/56 در صد بود. هتروزیگوسیتی محاسبه شده برای این دو مارکر نیز 69% برای مارکر rs747781 و 57% برای rs11620583 بود. در مجموع چهار هاپلوتیپ متفاوت شامل هاپلوتیپ های c-g، a-c، g-a وa-a مشاهده شد. از این میان سه هاپلوتیپ آخر در هر دو آنالیز غیر خویشاوند و خویشاوندی فراوانی بالای 5% نشان دادند و به عنوان هاپلوتیپ های گویا در جمعیت ایرانی معرفی می شوند. همچنین نتایج بیانگر وجود عدم تعادل پیوستگی در جفت مارکر rs11620583 و rs747781 می باشد که نشان دهنده ی این است که درصد زیادی از کروموزوم ها در جمعیت ایرانی برای دو مارکر فوق هاپلوتیپ های رایج دارند. نتایج به دست آمده در این مطالعه دو مارکر rs11620583 و rs747781 را در جمعیت ایرانی به عنوان مارکرهایی آگاهی دهنده در تشخیص های مولکولی بیماری ویلسون به روش آنالیز پیوستگی معرفی می نماید.

دیستروفی عضلانی دوشن و بکر (dmd/bmd) بیماری های وابسته به x مغلوب می باشند که در اثر جهش در ژن دیستروفین و در نتیجه نقص یا کمبود پروتئین دیستروفین ایجاد می شوند. با توجه به اندازه بزرگ ژن دیستروفین و تعداد زیاد جهش ها در این ژن شناسایی حاملان بیماری بوسیله تعیین مستقیم جهش پر هزینه و زمان بر است. شناسایی حاملان بیماری dmd/bmd بوسیله روش غیرمستقیم (آنالیز پیوستگی) در کشورهای در حال توسعه مقرون به صرفه است. از مواردی که در آنالیز پیوستگی به هنگام انتخاب مارکرها باید در نظر گرفته شود هتروزگوسیتی مارکر، عدم تعادل پیوستگی بین دو مارکر و لوکوس بیماری زا است. در این مطالعه سه مارکر 5dys-i ، str07a و 3dys برای بررسی قابلیت استفاده آنها در تشخیص حاملان بیماری دیستروفی عضلانی دوشن/بکر در جمعیت اصفهان انتخاب شدند. در این مطالعه ژنوتیپ سه مارکر 5dys-i ، str07a و 3dys در 125 فرد غیرخویشاوند (100 زن و 25 مرد) در جمعیت اصفهان مشخص گردید. dna از سلول های هسته دار خونی استخراج گردید. ژنوتیپ افراد با تکنیک pcr بوسیله پرایمرهای اختصاصی و به دنبال آن الکتروفورز بر روی ژل پلی اکریل امید و رنگ امیزی نیترات نقره مشخص گردید. فراوانی آللی و درجه هتروزیگوسیتی با برنامه genepop تخمین زده شد. محاسبه عدم تعادل پیوستگی با استفاده از نرم افزارpowermaker صورت گرفت. نتایج بدست آمده نشان دهنده حضور 4، 10 و 4 الل به ترتیب برای مارکرهای 5dys-i ، str07a و 3dys می باشند. الل های اصلی برای مارکرهای 5dys-i ، str07a و 3dys به ترتیب فراوانی 45/0 ، 227/0 و 443/0 نشان دادند. هتروزیگوسیتی مشاهده شده برای سه مارکر 5dys-i ، str07a و 3dys به ترتیب 14، 55 و 34 درصد بود. مقدار p به دست آمده بوسیله نرم افزار powermaker برای جفت مارکرهای 5dys-i _ str07a بیشتر و جفت مارکر5dys-i_3dys و str07a _ 3dys کمتر از 05/0 بود. شدت عدم تعادل براساس علامت d بیشتر از صفر و کوچکتر از 3/0 بدست آمد. مطالعه حاضر نشان می دهد که مارکر str07a دارای درجه هتروزیگوسیتی بالایی در جمعیت می باشد. بنابراین مارکر str07a می تواند به عنوان مارکر اگاهی دهنده در مطالعات انالیز پیوستگی و شناسایی ناقلین در جمعیت اصفهان به کار رود. استفاده از مارکرهای 5dys-i و 3dys به تنهایی برای تشخیص ژنتیکی توصیه نمی شوند و در مواقعی که تشخیص تنها بر اساس داده های بدست آمده بوسیله این مارکرهاست باید احتیاط شود. در جمعیت مطالعه شده str07a دارای پیوستگی نامتعادل با 3dys است و 5dys-i نیز با مارکر 3dys پیوستگی نامتعادل دارد. همچنین هاپلوتیپ 3/3/3 به عنوان هاپلوتیپ گویا در جایگاه ژنی دیستروفین به ترتیب برای سه مارکر 5dys-i ، str07a ، 3dys در جمعیت ایرانی تعیین شد که می تواند در شناسایی افراد ناقل و تشخیص پیش از تولد بیماری dmd استفاده گردد.

گلوتاریک اسیدیوریای نوع 1 (ga1) نوعی اختلال متابولیکی عصبی ارثی می باشد که در اثر جهش در ژن گلوتاریل کوادهیدروژناز (gcdh) ایجادمی شود. ga1 یک اختلال اتوزومی مغلوب ویکی ازعلل شایع آسیبهای متابولیکی حادمغزی در نوزادان وکودکان مبتلا است. اصولاً تشخیص مولکولی این بیماری با استفاده ازبررسی جهش¬های مسبب بیماری انجام می¬شود. اما به دلیل جهش های فراوان موجوددراین بیماری، تشخیص مستقیم با هزینه زیاد همراه بوده و بسیار وقت گیر است. لذا بررسی غیرمستقیم جهش ها با استفاده از آنالیز پیوستگی توسط مارکرهای چند شکلی متصل به ژن به عنوان روش جایگزین درخانواده¬های دارای یک فرد مبتلا پیشنهاد می¬شود. مارکر¬های چند شکلی متعددی در ناحیه¬ی ژنی gcdh گزارش شده¬اند. با بررسی بیوانفرماتیک مارکرهای مذکور، دو چند شکلی تک نوکلئوتیدی (snp) شامل rs11085824 و rs9384، به ترتیب واقع در ناحیه¬ی پروموتری و 3utr این ژن جهت مطالعه در جمعیت ایرانی انتخاب شدند. تعیین ژنوتیپ در 100 فرد غیر خویشاوند با استفاده از تکنیک arms pcr صورت گرفت. جهت تعیین فراوانی آللی- درجه¬ی هتروزیگوسیتی -فراوانی هاپلوتیپی و عدم تعادل پیوستگی از نرم افزارهای genepop و powermarker استفاده شد. فراوانی آلل a وg در مارکر rs11085824 به¬ترتیب 63/0% و 36/0% بود و در مارکر rs9384، فراوانی آلل های g و t به ترتیب 65/0% و 34/0% بدست آمد. هتروزیگوسیتی محاسبه شده برای مارکر rs11085824 ، 55/0% ، و برای مارکر rs9384 ، 53/0%، محاسبه گردید. در بررسی هاپلوتیپ ها، دو هاپلوتیپ¬a-g,g-t فراوانی بالای 5 % را در این جمعیت نشان دادند. همچنین نتایج بیانگر وجود عدم تعادل پیوستگی در جفت ¬مارکر rs11085824 و rs9384 می¬باشد. بطور کلی نتایج به دست آمده در این مطالعه، می تواند دو مارکر rs11085824 و rs9384 در ژن gcdh را در جمعیت ایرانی بعنوان مارکرهایی آگاهی¬دهنده در تشخیص¬های مولکولی گلوتاریک اسیدیوریای نوع 1 معرفی نماید.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

در ژنوم موجودات زنده چند شکلی در توالی های dna به وفور یافت می شود. از انواع این چند شکلی ها می توان به توالی های چند شکلی تک نوکلئوتیدی (snp)، چند شکلی در قطعات محدود شده (rflp)، توالی های مینی ساتلایت و میکروساتلایت اشاره کرد. کاربرد چند شکلی های dna بسیار فراوان است که می توان از آن جمله به کاربرد در نقشه یابی ژن ها، مطالعات و تجزیه و تحلیل های پیوستگی و آزمایش های انگشت نگاری و تعیین هویت اشاره کرد. در این میان مارکرهای مینی ساتلایت و میکرو ساتلایت به علت داشتن آلل های متعدد برای استفاده در اهداف فوق از اهمیت بیشتری برخوردارند. چند شکلی در این مارکرها به صورت تکرار توالی هایی مثل هم به صورت مکرر می باشد. در این تحقیق dna ژنومی از خون 150 فرد سالم استخراج و آلل های مارکرهای str، pvuii و mspi واقع در ناحیهء ژنیpah با تکنیک pcr تکثیر شدند. محصولات حاصل بر روی ژل های آگاروز و پلی اکریل آمید بررسی شده و انواع ژنوتیپ در مورد هر یک از آلل ها تعیین شدند. نتایج حاصل نشان داد سه مارکر فوق از درجهء هتروزیگوتی قابل قبولی برای استفاده در زمینه های مختلف از جمله شناسایی ناقلین و تشخیص پیش از تولد جنین در خانواده های pku برخوردار هستند. اطلاعات به دست آمده به خصوص در مورد مارکر str می تواند در تهیهء بانک ژنی مخصوص جمعیت ایرانی همچنین تهیهء مارکر اندازه، ویژه str استفاده شود.