نام پژوهشگر: محمد ربانی
شراره ستوده محمد ربانی
چکیده: آغوز گاوی ماده ای بسیار مغذی سرشار از فاکتورهای ایمنی بخش، فاکتورهای رشد و ترمیم بافت می باشد و تا ششمین شیردوشی اولیه بعد از تولد گوساله را شامل می شود. با توجه به ضرورت بهره مندی از آغوز ونیز فواید ارزشمند آن برای انسان، نگهداری وذخیره آغوز همواره مورد توجه بوده است. لذا یافتن روش مناسب برای ذخیره سازی آغوز به منظور حفظ کیفیت آن امری ضروری به نظر می رسد. آلودگی میکروبی آغوز موجب تداخل در جذب آنتی بادی های موجود در آغوز می شود. هدف از این تحقیق سنجش 9 تیمار شامل پاستوریزاسیون در دمای 60 درجه به مدت نیم ساعت، پاستوریزاسیون در دمای 55 درجه به مدت یک ساعت، استفاده از روش اسپری دراینگ، لیوفیلیزاسیون، تیمار با مواد شیمیایی شامل اسید پروپیونیک، اسید فرمیک و ماده نگهدارنده سوربات پتاسیم، تخمیر طبیعی و نگهداری در فریزر بر روی آلودگی میکروبی آغوز به منظور یافتن روشی مناسب جهت نگهداری آغوز می-باشد. برای انجام این تحقیق آغوز حاصل از شیردوشی اولیه بعد از زایمان از 5 گاو نژاد هلشتاین به طور مجزا جمع آوری شد. نمونه ها فوراً به آزمایشگاه منتقل شدند و ابتدا آنالیز شیمیایی و میکروبی بر روی نمونه های آغوز تازه انجام شد. سپس نمونه های آغوز بعد از انجام تیمار در روزهای1،10،20،30 ذخیره سازی از نظر باکتری های شاخص غذایی شامل بارمیکروبی کل وحضور اشرشیا کلی، سالمونلا انتریتیدیس، استافیلوکوکوس اورئوس، کلی فرم وکپک ومخمر مورد ارزیابی قرار گرفتند. بعد از تهیه سری رقت مناسب آغوز در رینگر استریل، نمونه ها در محیط پلیت کانت اسکیم میلک آگار به منظور شناسایی بارمیکروبی کل، محیط کشت برلیانت گرین بایل براث برای mpn کلی فرم، محیط کشت اشرشیاکلی براث برای mpn اشرشیا کلی، محیط کشت برد پارکر برای استافیلوکوکوس اورئوس، محیط کشت ygcبرای شمارش کپک ومخمر و محیط برلیانت گرین فنل رد آگار و بیسموت سولفیت آگار برای شناسایی سالمونلا انترتیدیس مورد استفاده قرار گرفتند. روش های آزمون بر اساس استاندارد متد صورت گرفت. سپس این روش ها از نظر تاثیر روی آلودگی میکروبی مورد مقایسه آماری قرار گرفتند. بعد از انجام آزمون میکروبی سپس از نمونه بدون تیمار تازه و نمونه های تیمار شده در پایان روز 30whey تهیه شد و آزمون srid به منظور شناسایی آنتی بادی igg در نمونه بدون تیمار و نمونه های تیمار شده انجام شد وتاثیر تیمارها بر روی محتوی آنتی بادی آغوز مورد بررسی قرار گرفت. در ادامه به منظور شناسایی وجود آنتی بادی های خاص بر علیه باکتری های اشرشیا کلی، سالمونلا پاراتیفی ، شیگلا دیسانتری و استافیلوکوکوس اورئوس تست آگلوتیناسیون بر روی whey نمونه های فاقد تیمار انجام شد. نتایج به دست آمده نشان داد که سه تیمار پاستوریزاسیون در 60 درجه سانتیگراد برای نیم ساعت، اسپری درایر و لیوفیلیزاسیون از نظر کاهش آلودگی میکروبی برای نگهداری آغوز روش مناسب تری می باشند. اما روش اسپری درایر و لیوفیلیزاسیون در کاهش بار میکروبی به علت خشک بودن موثرتر بوده اند. نتایج حاصل از اندازه گیری آنتی بادی igg و مقایسه بین مقدار آنتی بادی تیمارهای مختلف نشان داد که سوربات پتاسیم تاثیر معنی داری بر مقدار آنتی بادی igg نداشته است، اما بقیه تیمارها موجب کاهش مقدار آنتی بادی شدند. اما از بین تیمارهای موثر در کاهش آلودگی میکروبی، بهترین روش حفظ آنتی بادی روش لیوفیلیزاسیون می باشد. بررسی تست آگلوتیناسیون نیز نشان دهنده آن است که برای هر 4 باکتری مورد نظر در آغوز تا رقت 64/1، آنتی بادی برضد این باکتری ها در آغوز غیرایمن وجود داشت. با مقایسه روش ها وتاثیر آنها بر روی آنتی بادی می توان اینگونه نتیجه گرفت که برای نگهداری طولانی مدت آغوز می توان از روش لیوفیلیزاسیون استفاده نمود.
فاطمه رمضانعلی زاده محمد ربانی
پوسیدگی دندان یکی از بیماری های عفونی رایج است. در میان باکتری های دهانی استرپتوکوک های گروه موتانس مانند استرپتوکوکوس موتانس و استرپتوکوکوس سوبرینوس به عنوان عوامل اصلی پوسیدگی دندان در انسان ها در نظر گرفته شده اند. اگرچه روش های متعددی برای کنترل پوسیدگی دندان توسعه یافته است اما کارایی این روش-ها برای حذف پوسیدگی دندان در انسان ها کافی نیست. ایمن سازی فعال با استفاده از واکسن های ضد آنتی ژن های استرپتوکوک های گروه موتانس برای کنترل کلونیزاسیون این ارگانیسم ها استفاده شده است. به خاطر اثرات جانبی ایمن سازی فعال ، ایمن سازی غیر فعال با استفاده از آنتی بادی های از پیش ساخته شده می تواند یک راه قابل پذیرش تر برای کاهش کلونیزاسیون و بیماری زایی این میکروارگانیسم ها در انسان باشد. کلستروم گاوی به عنوان ابزاری از ایمن سازی غیر فعال در جلوگیری از پاتوژن های مختلف مثل استرپتوکوکوس موتانس استفاده شده است. اخیرا مطالعاتی به منظور تولید فرآورده های کلستروم ایمن بر ضد باکتری های عامل پوسیدگی دندان صورت گرفته که نتایج حاصل از این مطالعات بسیار امیدوارکننده است. در ایران تاکنون مطالعه ای درباره ی اثر کلستروم گاوی ایمن بر ضد باکتری های عامل پوسیدگی دندان صورت نگرفته است. بنابراین با توجه به گستردگی این بیماری درایران و نیاز برای تولید محصولات زیستی سالم، هدف این تحقیق تولید کلستروم گاوی ایمن حاوی آنتی بادی های اختصاصی ضد باکتری های عامل پوسیدگی دندان در نظر گرفته شد. در این تحقیق گاو بارداری که دو ماه به زمان زایمانش باقی مانده بود با واکسن چندگانه حاوی 6 سویه استرپتوکوکوس موتانس جداشده از پلاک دندان افراد دارای پوسیدگی دندان ایمن شد. بعد از زایمان کلستروم جمع آوری و افزایش مقدار آنتی بادی در سرم و کلستروم با روش آگلوتیناسیون بررسی شد. همچنین اثر ضد میکروبی این محصول روی رشد و چسبندگی باکتری های دهانی به روش میکروتیتر پلیت مورد ارزیابی قرار گرفت. در این تحقیق کلستروم ایمن و کنترل به عنوان دهانشویه در داوطلبان مورد استفاده قرار گرفت و تعداد استرپتوکوکسی های دهانی قبل و بعد از مصرف دهانشویه در پلاک و بزاق داوطلبان ارزیابی شد. نتایج حاصل نشان داد که میزان آنتی بادی های اختصاصی ضد استرپتوکوک-های تزریق شده به گاو در سرم و کلستروم آن بالا رفته است. نتایج حاصل از اثر ضد میکروبی این محصول نشان دهنده کاهش اتصال معنی دار استرپتوکوکوس موتانس در حضور کلستروم ایمن بود. اثر کلستروم روی کاهش رشد باکتری ها در رقت های پایین معنی دار بود اما در رقت های بالا تفاوتی در کاهش رشد بین کلستروم ایمن و کنترل مشاهده نشد. نتایج حاصل از مصرف کلستروم ایمن در داوطلبان نشان دهنده کاهش معنی دار استرپتوکوکوس موتانس نسبت به سایر استرپتوکوکسی های دهانی در پلاک و بزاق داوطلبان بود. این نتایج نشان داد که کلستروم گاوی ایمن می تواند برای کنترل پوسیدگی دندان در انسان مفید باشد.
بهجت خیری یگانه آذر ابوالقاسم اسماعیلی
گاما آمینوبوتیریک اسید(گابا) یک اسیدآمینه غیر پروتئینی است که به عنوان یک نوروترانسمیتر مهاری در بافت مغز پستانداران عمل می کند. گابا چندین عملکرد فیزیولوژیکی مشتمل بر انتقال دهنده عصبی، اثرات کاهندگی فشار خون و مدری دارا می باشد. اگر گابا خوراکی در مقادیر مناسب به مغز برسد، گابا به عنوان یک آرامبخش اثر می کند. گابا به عنوان یک نوروترانسمیتر پالس های عصبی را بلوکه می کند و انتقال عصبی را کاهش داده و می تواند اضطراب و افسردگی را تحت تاثیر قرار دهد. در انسان، گابا به وسیله 2 ایزوفرم از آنزیم گلوتامات دکربوکسیلاز وابسته به پیریدوکسال فسفات تولید می شود. بعضی از باکتری ها مثل سویه های لاکتوباسیلوس، قادر به تولید گابا هستند. دراین تحقیق، تولید گابا توسط سویه-های لاکتوباسیلوس جدا شده از ماست، مطالعه شد. بررسی های فیلوژنتیک مبتنی بر توالی 16srdna و مطالعات بیوشیمیایی نشان داد که آن ها متعلق به جنس لاکتوباسیلوس برویس هستند. این سوش ها در محیط کشت mrs حاوی 1% اسید گلوتامیک در 30 درجه سانتیگراد به مدت 24 ساعت کشت داده شدند و سپس تولید گابا با روش hplc بررسی شد. قطعه dna حاوی ژن gad از ncbi بدست آمد. برای همسانه سازی ژن gad از این سویه ها، pcr با استفاده از پرایمرهای اختصاصی طراحی شده با اولیگو6 انجام شد. محصول pcr از ژل استخراج شد و در وکتور pgem-t توسط لیگاز t4 ، الحاق شد و به داخل باکتری ای کولای xl1blue ترانس فورم شد. سپس کلنی های سفید انتخاب شده و پس از استخراج پلاسمید و برش با آنزیم های محدود کننده، ژن gad به یک وکتور pet الحاق شد و در باکتری ای کولای bl21 ترانس فورم شد. ژن gad در باکتری های ای کولای بیان شد. نتایج این مطالعات نشان داد که این سویه ها را می توان در صنعت برای تولید گابا به کار برد. در نهایت چنین سویه هایی می-توانند سرعت تولید غذاهای تخمیری آرامبخش را افزایش دهند. کلمات کلیدی: گابا، گلوتامات دکربوکسیلاز، لاکتوباسیلوس، همسانه سازی، hplc
حسین صابر زهرا اعتمادیفر
چکیده: یکی از مشکلات مهم در پالایشگاه ها، سولفورزدایی از نفت و مشتقات آن بدون آسیب به اسکلت کربنی و کاهش ارزش سوختی می باشد. بخش عمده ی سولفور موجود در نفت را ترکیبات آلی مانند تیوفن و مشتقات آن همچون دی بنزوتیوفن (dbt) تشکیل می دهند. ریزسازواره های مختلفی اعم از باکتری ها و قارچ ها قادر به سولفورزدایی از dbt تحت شرایط متعارف و بدون کمترین آسیب به اسکلت کربنی طی مسیر s4 می باشند. در ریزسازواره ها اپرون dszabc و ژن dszd مسئول بیان آنزیم های درگیر در این مسیر و ایجاد فنوتیپ سولفورزدایی هستند. در این تحقیق ژن dszc برای اولین بار از باکتری رودوکوکوس اریتروپولیس سویه ی r1 با تکنیک pcr جداسازی شده و به منظور تعیین توالی وارد ناقل همسانه سازی pjet1.2/blunt گردید. همچنین به منظور بررسی بیان، ژن dszc مربوط به رودوکوکوس اریتروپولیس سویه ی r1 به ناقل puc19 منتقل شده و به داخل باکتری اشرشیا کلی xl1blue ترانس فورم شد. dszc در این میزبان تحت پروموتور القایی lacz بیان شد. سویه نوترکیب حاصل در محیط حاوی dbt قادر به حذف کاملdbt از محیط کشت، بعد از دو روز بود. نتایج نشان داد که در صورت همسانه سازی ژن های درگیر در مسیر s4 تحت پروموتور-های قوی و فاقد خصوصیت مهارکنندگی سولفات، می توان سویه های نوترکیب توانمند در سولورزدایی و قابل استفاده در مقیاس صنعتی تولید کرد. کلمات کلیدی: سولفورزدایی، همسانه سازی، رودوکوکوس اریتروپولیس r1، ژن dszc
غلامرضا قزلباش محمد ربانی
در آغاز هدف از این بررسی اثر زایلیتول و یک شیرین کننده جدید، اریتریتول، بر روی رشد استرپتوکوک های دهانی و مقایسه اثر آنها بود. برای این منظور اثر مهاری زایلیتول و اریتریتول تجاری بر روی رشد سویه های استرپتوکوکوس های دهانی و همین طور تشکیل بیوفیلم آنها مورد مطالعه قرار گرفت. نتایج نشان داد که رشد استرپتوکوکوس موتانس در حضور 4 درصد زایلیتول و 4 درصد اریتریتول به ترتیب 68 و 71 درصد کاهش رشد یافت. تشکیل بیوفیلم بوسیله استرپتوکوکوس موتانس در حضور 4 درصد اریتریتول 32/31 درصد کاهش رشد نشان داد. در این مطالعه 650 مخمر اسموفیل جدا شد که تنها چهار مورد آنها قادر به تولید اریتریتول بودند. برای شناسایی و تعیین جایگاه فیلوژنی این مخمرها توالی dna بینits1 و its4 ریبوزومی آنالیز شد. این مخمرها به ترتیب جداسازی تحت نام های یاروویا لیپولیتیکا سویه isf7، کاندیدا سویه isf57، آئروبازیدیوم پلولانس سویه isf143 و مونیلیلا استوابوتنس سویه isf468 شناسایی شدند که به ترتیب از گلوکز 24/60، 43/9، 56/11 و 74/121 گرم بر لیتر اریتریتول تولید می-کردند. مونیلیلا استوابوتنس سویه isf468 جدایه جدیدی بود که قادر بود از لاکتوز با بازده 19 درصد 39/35 گرم بر لیتر اریتریتول تولید کند. تولید اریتریتول از لاکتوز برای اولین بار گزارش می گردد. به علاوه، این سویه توانایی تولید اریتریتول از سوکرو و مالتوز را داشت که این تولید به ترتیب 43/62 و 25/42 گرم بر لیتر بود. به منظور افزایش تولید اریتریتول، جهش یافته های کاندیدا مگنولیا dsm70638 و یاروویا لیپولیتیکا dsm70562 با استفاده از اشعه ماوراء بنفش و موتاژن های شیمیایی تولید شدند. یکی از جهش یافته های کاندیدا مگنولیا با نام 2-12 افزایش تولید 38/2 برابری در تولید اریتریتول، 32/20 گرم بر لیتر تولید در مقایسه با 54/8 گرم برلیتر در سویه وحشی، و کاهش 48/5 برابری در گلیسرول را نشان داد. نقشه ژنی اریتروز ردوکتاز در این مخمر جایگزینی باز آدنین با باز گوانین در جایگاه 321 را نشان داد که تغییری را در توالی اسید آمینه ای در پروتئین را موجب نشد. بنابراین، یک دلیل افزایش تولید در جهش یافته 2-12 احتمالا افزایش بیان چارچوب خوانش بوده است. جهش یافته دیگر جهش یافته 49 بود که از یاروویا لیپولیتیکا به دست آمد و بیشترین تولید اریتریتول را بدون تولید هرگونه محصول جانبی به خصوص گلیسرول داشت. تولید اریتریتول و فعالیت اختصاصی آنزیم اریتروز ردوکتاز در جهش یافته 49 در مقایسه با سویه وحشی به ترتیب 65/1 و 47/1 برابر بود. توالی ژن اریتروز ردوکتاز در سویه وحشی و جهش یافته تعین و آنالیز شد. مقایسه عمومی توالی ژن در سویه وحشی و جهش یافته نشان داد که در جایگاه 270 پروتئین اریتروز ردوکتاز گلوتامیک اسید جایگزین آسپارتیک اسید شد. به منظور افزایش تولید اریتریتول، از مدل طرح پاسخ سطح با سه فاکتور و سه سطح به روش باکس بنکن برای سه مخمر یاروویا لیپولیتیکا سویه isf7، یاروویا لیپولیتیکا جهش یافته 49 و مونیلیلا استوابوتنس سویه isf468 استفاده شد. پودر آب پنیر 26/340 گرم بر لیتر، عصاره مخمر 94/7 گرم بر لیتر و ph برابر با 55/5 به عنوان بهترین شرایط تولید برای مونیلیلا استوابوتنس سویه isf468 انتخاب شد و با این شرایط 47/34 گرم بر لیتر تولید شد. بعد از مشخص شدن بهترین شرایط تولید اریتریتول، تولید اریتریتول مونیلیلا استوابوتنس isf468 در فرمانتور سه لیتری به صورت کشت بسته و کشت تغذیه شونده بر اساس فاکتورهای به دست آمده از طرح پاسخ سطح مطالعه شد. در حالت کشت بسته 24/26 گرم بر لیتر اریتریتول با بازده 1/17 بدون تولید هر گونه پلی الکل دیگر تولید شد. تشابه تقریبی تولید اریتریتول در حالت فرمانتور آزمایشگاهی و ارلن مایر نشان دهنده این است که تولید اریتریتول از آب پنیر توسط مونیلیلا استوابوتنس سویه isf468 قابلیت تجاری شدن را دارد. ادغام پروتوپلاستی نیز به منظور انتقال توانایی مصرف لاکتوز از کلایورومایسس لاکتیس به یاروویا لیپولیتیکا جهش یافته 49 انجام شد و نتیجه آن به دست آمدن سلول ادغام شده f7-3 بود که از محیط دارای 150 گرم بر لیتر لاکتوز 65/4 گرم بر لیتر اریتریتول تولید می کرد. تثبیت سلول های یاروویا لیپولیتیکا جهش یافته 49 درون کپسول آلژیناتی از دیگر مطالعات این بررسی بود که مخمر فوق در سدیم آلژینات 3 درصد با روکش اسید بوریک در محیط 150 گرم بر لیتر گلوکز 32/8 گرم بر لیتر اریتریتول تولید می کرد.
یاسمن توکلی ابوالقاسم اسماعیلی
گاما آمینو بوتیریک اسید (گابا) یک اسیدآمینه ی غیرپروتئینی است که به عنوان یک ترکیب داروئی مهم در درمان بسیاری از اختلالات عصبی به کار می رود. گابا توسط آنزیم وابسته به plp گلوتامات دکربوکسیلاز gad)) تولید می گردد. این آنزیم در هردو دسته ی باکتری های بیماریزا و همزیست لوله ی گوارش با مصرف پروتون در ایجاد مقاومت اسیدی نقش دارد. لذا همسانه سازی ژن کدکننده ی آنزیم gad از منابع مختلف به منظور مقایسه ی توالی ژنی آن با ژن های gad موجود در سایر موجودات، ساخت ناقل بیانی به منظور خالص سازی و تولید انبوه آنزیم و نیز دستکاری پروتئین به منظور بهبود خواص آن، همگی اقدامات موثری در جهت تولید انبوه محصول ارزشمند گابا می باشند. با توجه به این که آنزیم gad در پاتوژن هایی مانند لیستریا مونوسایتوژنز هم در ایجاد مقاومت اسیدی نقش دارد، در نتیجه پیدا کردن یک ترکیب شبه داروئی با قابلیت مهار فعالسازی آنزیم می تواند راهکار مفیدی در جهت مختل کردن مسیر مقاومت اسیدی در این پاتوژن باشد. در این تحقیق تلاش جهت جداسازی ژن gad از 5 سویه ی باکتری های اسید لاکتیک، لاکتوباسیلوس کازئی زیرگونه ی کازئی ptcc 1608، لاکتوباسیلوس روتری dsm 20016، لاکتوباسیلوس فرمنتوم ptcc 1638، لاکتوباسیلوس دلبروکی زیر-گونه ی دلبروکی ptcc 1333 و لاکتوکوکوس لاکتیس ptcc 1336، صورت گرفت. پس از pcr با آغازگرهای اختصاصی قطعات به دست آمده جهت توالی یابی وارد ناقل همسانه سازی pgem-t گردیدند. پس از توالی یابی قطعات ژنی gad به صورت جداگانه وارد ناقل بیانی pet-32a(+) شدند. ناقل بیانی نوترکیب سپس وارد باکتری اشرشیا کلی سویه ی top10 ،به عنوان میزبان همسانه سازی، گردید. جهت بهبود خواص آنزیم با اعمال جهش نقطه ای به صورت مجازی از آنزیم gada اشرشیا کلی به عنوان پروتئین هدف استفاده شد. ابتدا تأثیر جهش های تک نقطه ای مختلف در سرتا سر پروتئین بر پایداری حرارتی آنزیم توسط وب گاه popmusic 2.1 بررسی شدند. جهش ها ی پایدار کننده به صورت مجازی در نواحی غیرحفاظت شده ی جایگاه فعال آنزیم اعمال شدند. تمایل اتصالی آنزیم به کوفاکتور و سوبسترا در جهش یافته ها و آنزیم اصلی از طریق داک گذاری مولکولی بررسی شد. جهت مهار تشکیل فرم فعال آنزیم gad لیستریا مونوسیتوژنز پس از پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین به صورت مجازی، از طریق غربالگری مجازی تمایل اتصالی 13059 ترکیب شبه داروئی برگرفته از پایگاه داده های zinc به جایگاه دایمریزاسیون آنزیم بررسی شد. نتایج توالی یابی قطعات به دست آمده بیانگر عدم وجود ژن gad در ژنوم باکتری لاکتوباسیلوس کازئی زیرگونه ی کازئی ptcc 1608 بودند. حال آنکه ژن مورد نظر در سایر سویه ها وجود داشت. قطعات ژن gad با موفقیت در ناقل بیانی pet-32a(+) همسانه سازی شدند. ناقل نوترکیب ساخته شده می تواند در مطالعات بعدی جهت تولید انبوه و خالص سازی راحت تر آنزیم به کار رود. در اثر اعمال جهش در جایگاه فعال آنزیم gad اشرشیا کلی مشخص شد در 5 جهش یافته ی d301a، d301t، r395m، s393c و k84t علاوه بر افزایش پایداری حرارتی آنزیم، تمایل اتصالی آن به کوفاکتور و سوبسترا نیز افزایش می یابد. نتایج غربالگری مجازی نشان داد ترکیب شبه داروئی با شماره دسترسی zinc22781062 دارای تمایل اتصالی بالا به جایگاه دایمریزاسیون زیرواحد های آنزیم است. از آنجایی که کوچکترین واحد الیگومری مورد نیاز برای شکل گیری فرم فعال در آمینواسید دکربوکسیلازهایی مانند gad به صورت همودایمر می باشد، لذا پیش بینی می شود ترکیب مذکور با اتصال به جایگاه دایمریزاسیون و ممانعت از اتصال زیرواحد ها به هم می تواند مانع فعال سازی آنزیم شود.
یاسر رحیمی سید حمید زرکش اصفهانی
باکتری کلستریدیوم دیفیسیل عامل ایجاد عفونت بیمارستانی و کولیت کاذب است که در حال گسترش بوده و در آمریکا و اتحادیه اروپا سالانه بالغ بر هفت میلیارد دلار هزینه در بر دارد. تاکنون واکسن اثبات شده-ای برای جلوگیری از اثر این باکتری معرفی نشده است. با توجه به نقش توکسین¬ها در بیماری¬زایی این باکتری اطلاعات زیادی در زمینه توکسین¬هایی که توسط این باکتری تولید می¬شود حاصل شده است. دو توکسین اصلی tcda و tcdb از زمانیکه به عنوان عامل اصلی حدت کلستریدیوم دیفیسیل مورد شناسایی قرار گرفتند مورد مطالعه گسترده¬ای قرار گرفتند. بیماری¬های مرتبط با باکتری کلستریدیوم دیفیسیل زمانی رخ می دهد که فلور طبیعی روده دچار دگرگونی شده و به باکتری کلستریدیوم دیفیسیل اجازه رشد و نمو در روده داده شود. که در ادامه باکتری توکسین تولید کرده و باعث ایجاد اسهال آبکی می¬شود. مصرف بی¬رویه آنتی¬بیوتیک-ها نظیر پنی¬سیلین (آمپی¬سیلین)، کلیندامایسین و سفالوسپورین¬ها ممکن است که باعث بهم خوردن باکتری¬های طبیعی روده شده و خطر تکوین اسهال ناشی از کلستریدیوم دیفیسیل را افزایش دهد. پروبیوتیک¬ها میکروارگانیسم¬های زنده¬ای هستند که تأثیرات مفیدی روی سلامتی انسان و حیوان دارند. باکتری لاکتوکوکوس لاکتیس، عضو شاخص باکتری¬های اسید لاکتیک می¬باشد که ویژگی¬های آن به طور کامل بررسی شده¬ است. l. lactis برای تولید پروتئین¬های زیستی مفید و برای انتقال dna پلاسمیدی به سلول-های یوکاریوتی مناسب می¬باشد. اخیراً l. lactisبه عنوان اولین ارگانیسم تغییر یافته¬ی ژنتیکی زنده برای درمان بیماری¬های انسانی استفاده شده است. توکسین b از طریق ناحیه اتصالی پذیرنده (rbd) به گیرنده خود در روده متصل می¬شود و این ناحیه قسمت ایمنی¬زای توکسین شناخته می¬شود ولی در عین حال قسمت بیماری¬زای آن محسوب نمی¬شود. به همین منظور در این تحقیق سعی بر کلون کردن این قسمت از توکسین(rbd) در باکتری l. lactis شد تا از این باکتری پروبیوتیک بتوان برای تولید این قطعه بهره گرفت. با کلون کردن و بیان این قطعه (rbd) می¬توان استفاده از باکتری را به عنوان یک واکسن خوراکی مورد بررسی قرار داد. برای کلون کردن این قطعه ابتدا با استخراج dna از باکتری کلستریدیوم دیفیسیل و با پرایمرهای طراحی شده، قطعه rbdبا استفاده از pcr تکثیر شد. در ادامه این قطعه تکثیر شده توسط کیت استخراج dna از ژل استخراج شد. سپس در پلاسمید ptz57r/t الحاق شده و در باکتری e.coli توسط شوک حرارتی ترانسفورم شد. با استخراج پلاسمید ptz57r/t حاوی قطعه از باکتری، با برش آنزیمی توسط آنزیم¬های ncoi و saci قطعه rbd از پلاسمید خارج شده و توسط کیت استخراج dna از ژل قطعه خالص سازی شد. قطعه خارج شده در مجاورت پلاسمید pnz8149 که با آنزیم¬های مشابه برش خورده تحت شرایط مناسب جهت الحاق قرار داده شد. بعد از عمل الحاق، پلاسمید حاوی قطعه با روش الکتروپوریشن وارد سلولهای مستعد از پیش آماده شده l. lactisشد. در ادامه این باکتری¬های الکتروپوریشن شده در محیط مغذی رشد داده شد. باکتری از روی محیط الیکر با توجه به تولید رنگ زرد که شاخصه وجود پلاسمید است غربالگری شد و در مرحله بعد پس از استخراج پلاسمید، با انجام هضم آنزیمی، pcr و تعیین توالی صحت کلونینگ تایید شد.
لیلا ممجدی حمید زرکش اصفهانی
موش¬های دچار نقص لپتین، (هورمون پروتئینی با وزن مولکولی 16 کیلو دالتون،) به القای هر دو نوع فعال و اکتسابی انسفالومیلیت خودایمن تجربی، eae (مدل حیوانی بیماری مالتیپل اسکلروزیس) مقاومت دارند که این مقاومت با تجویز لپتین قابل برگشت بوده. به طور کلی لپتین باعث افزایش واسطه¬های ایمنی سلولی و تمایز لنفوسیت tcd4+ به سمت th1 میشود. موش¬هایی که سلول¬های cd4+ t آن¬ها، تحت تاثیر آنتاگونیست¬های لپتین قرار گرفته، یک کاهش حساسیت نسبت به پپتید عامل القاء eae از خود نشان دادند. در نتیجه با استفاده از آنتاگونیستی برای ممانعت از عمل لپتین بر سلول¬ها، تا حد زیادی می¬توان بیماری¬های خودایمن را درمان کرد. از طرفی لپتین یک هورمون (سایتوکاین) چند منظوره و دارای اثرات متعدد از جمله در متابولسیم و تعادل انرژی است؛ بنابراین لازم است برای تعدیل اثرات لپتین منحصراً در سیستم ایمنی، آن را فقط به سمت سلول¬های t سوق دهیم؛ tafv (tandem single chain fragment variable: tandem scfv) طراحی شده در پژوهش قبلی با ویژگی دوگانه همزمان، علیه گیرنده سلول¬های t، cd4، و علیه گیرنده لپتین به این منظور تولید شده. هدف از این پژوهش بهینه¬سازی شرایط برای تولید مقادیر افزوده از این مولکول بود. به این منظور ژن tafvِ کلون شده به وکتورهای pet32a و pet26b ساب¬کلون و سپس آزمایش¬های بهینه-سازی تولید محصول بر روی آن انجام شد. برای وارد کردن ژن tafv به وکتورهای pet32a و pet26b هر دو وکتور مبدأ (pab1) و هدف با آنزیم¬های noti- hindiii و ncoi -ecori در واکنش¬های دابل دایجست بریده شدند و سپس واکنش الحاق بین قطعه و وکتورهای هدف صورت گرفت. قطعه¬ی tafv همراه با pelb وارد وکتور pet32a شد و وکتور pet26b خود دارای قطعه¬ی pelb بود. حضور قطعه tafv در وکتور pet32a با انجام pcr به کمک پرایمرهای t7 تأیید شد. بعد از ترانسفورماسیون سویه¬های باکتری e.coli و بیان پروتئین، آزمایش¬های دات¬بلات و وسترن¬بلات برای اطمینان از بیان پروتئین توسط آنتی¬بادی anti his- hrp انجام شد. تمام آزمایش¬های بررسی حضور پروتئین بر روی قسمت¬های سیتوپلاسم و پری¬پلاسم باکتری-ها انجام گرفت. برای دستیابی به عصاره¬ی پری¬پلاسمی، از شیب سوکروز (بافر x1 و x 5/1 تریس، edta و سوکروز) و برای دستیابی به عصاره¬ی سیتوپلاسمی از امواج اولتراسوند (سونیکاتور)، بهره برده شد. سری آزمایش¬های بهینه¬سازی (18 آزمایش)، با 4 فاکتور که فاکتور محیط کشت دارای 6 سطح و سایر فاکتورها یعنی دما، سویه¬ی باکتریایی و غلظت iptg هر کدام دارای 3 سطح بودند، پس از طراحی توسط نرم¬افزار مینی¬تب، با 3 بار تکرار انجام شد. (سطوح فاکتورها به این شرح بود: محیط¬های کشت tb حاوی گلیسرول m0.6، lb حاوی سوربیتول m 0.5، sb حاوی سوربیتول m 0.5، lb حاوی گلایسین و تریتون 100 – x هر کدام 1%، sb حاوی گلایسین و تریتون 100 – x هر کدام 1%، tb حاوی گلیسرول m0.6 و اتانول 3%. ، دماهای 18، 23 و ˚c 30، سویه¬های e.coli bl21, jm109, origami و غلظت¬های0.05, 0.1, 1mm iptg). به منظور مقایسه¬ی میزان پروتئین تولید شده، تست الایزا روی آن¬ها انجام شد. برای تست الایزا به علت فقدان استاندارد تجاری، پروتئین¬های تولید شده به عنوان استاندارد به کار برده شدند. به این ترتیب که از بخشی از آن¬ها بعد از خالص¬سازی و تغلیظ، سری رقت تهیه شد و توسط تست بردفورد مقدارشان تعیین و به عنوان استاندارد برای آزمایش¬های الایزا به کار برده شدند و مقایسه پروتئین تولید در مقادیر مختلف انجام گرفت. به منظور خالص¬سازی از دو نوع ستون نیکل ni-nta و کارتریج 300 نوواجن بهره برده شد. این نتیجه حاصل شد که احتمالاً محیط¬های حاوی سوربیتول و همین¬طور محیط¬های tb، دمای ˚c 18، سویه¬ی e.coli bl21 و غلظت iptg 0.05mm برای بیان پروتئین مناسب¬تر از سایر سطوح¬اند. غلظت تقریبی پروتئین تولید شده ml/ µg 26.67 برآورد شد. در نهایت میزان کارایی یا اتصال پروتئین خالص شده به cd4 روی لنفوسیت¬ها مورد ارزیابی قرار گرفت که در کنار کنترل مثبتِ anti human cd4 fitc که قادر به اتصال به 24% لنفوسیت¬ها بود، قابلیت اتصال tafv تولید شده در بیشترین حالت به حدود 20 % از لنفوسیت¬ها نشان داده شد.
محمد ربانی جواد هاشمی فر
مشاهده مغناطیس ناشی از اوربیتال p در برخی ترکیبات فاقد عناصر واسطه، حوزه ی جدیدی را در علوم مغناطیس گشوده است. از جمله این ترکیبات می توان به برخی آلیاژهای دوتایی یونی نظیر can اشاره کرد. همراه بودن رفتار مغناطیسی این ترکیب با ویژگی نیم فلزی در برخی ساختارهای شبه پایدار، می تواند برای صنعت اسپینترونیک نویدبخش باشد. پس از مرور مختصری بر ویژگی¬های ترکیبات دوتایی مبتنی بر مغناطش p و نظریه ی تابعی چگالی، به بررسی روش امواج تخت بهینه شده¬ی خطی در پتانسیل کامل در کد فلور که در این پروژه استفاده شده است، می¬پردازیم. در این روش فضا به سه قسمت کره¬های اتمی، مناطق بین جایگاهی و منطقه ی خلا تقسیم می¬شود و در تمام مناطق از پتانسیل دقیق استفاده می شود. پس از آن به بررسی مغناطش ناهمرستا در سیستم¬های مختلف و مارپیچ اسپینی و روش محاسبات ثابت¬های برهمکنش تبادلی در مدل هایزنبرگ و طیف مگنونی در سیستم¬های مختلف می¬ئردازیم. ثابت¬های برهمکنش تبادلی و طیف برانگیختگی¬های مگنونی از ویژگی¬های بنیادی مواد مغناطیسی هستند که منبع ارزشمندی از اطلاعات مغناطیسی نظیر تشکیل نظم مغناطیسی و دمای کوری است. در فصل سوم حالت پایه ی بلورهای can و cap در ساختارهاینمک¬سنگی و بلندروی را بررسی می¬کنیم. با بررسی منحنی انرژی برحسب حجم، ویژگی¬های ساختاری این ترکیبات مورد محاسبه قرار می¬گیرد. در فصل چهارم به بررسی ثابت¬های برهمکنش تبادلی در بلور can و cap می¬پردازیم. با توجه به مقادیر بدست آمده، دمای کوری بلور can و cap در ساختار بلندروی بیشتر از دمای اتاق بدست می¬آید. برخلاف ساختار بلند روی ، دمای کوری بلور can در ساختار نمک¬سنگی پایین¬تر از دمای اتاق بدست می¬آید. طیف مگنونی برای سیستم¬های مختلف بدست آمده و مشاهده می-شود که در بلور cap نظم مغناطیسی پایدار نیست. در فصل پنجم به بررسی تک¬لایه¬های تشکیل شده از اتم¬های n وca و p در ساختار نمک¬سنگی و ابریاخته ی لایه¬ی نازک تشکیل شده از بلور can و cap و محاسبه¬ی طیف مگنونی آن¬ها می¬پردازیم.
محمد ربانی جعفر امیری پریان
تخمین سطح رویه¬ی محصولات کشاورزی در مطالعاتی که به پوشش اسپری، حذف بقایای اسپری، نرخ تنفس، جذب و دفع رطوبت، برآورد زمان لایه برداری، تعیین غلظت میکروبی، انعکاس نور و ارزیابی رنگ می پردازند و نیز مطالعات مربوط به انتقال حرارت درفرآیند های گرم و سرد کردن محصول، بسته¬بندی، درجه¬بندی، فضای ذخیره-سازی، تعیین سطوح آسیب¬دیده و بازارپسندی محصول مهم است. به دلیل شکل هندسی ناهمگون اغلب محصولات کشاورزی، محاسبه¬ی سطح¬رویه¬ی آنها به روش¬های ساده¬ی هندسی چندان دقیق نیست و روش¬های دقیق برآورد سطح¬رویه نیز روش¬هایی مخرب و طاقت فرسایی هستند. هدف از این تحقیق طراحی الگوریتمی برای برآورد مساحت سطح رویه¬ی محصولات کشاورزی با استفاده از پردازش تصاویر دیجیتال است که بتواند با سرعت و دقت بالا سطح-رویه¬ی آنها را اندازه¬گیری کند. براین اساس دستگاهی طراحی شد و الگوریتمی با استفاده از زبان برنامه¬نویسی c# برای آن کدنویسی گردید. این دستگاه به همراه الگوریتم موجود در برنامه¬ی آن با استفاده از یک دوربین و سیستم نورپردازی ساختاریافته، می¬تواند، یک اسکن 360 درجه از نمونه تهیه¬کرده و مدل سه¬بعدی آن را شبیه¬سازی کند. الگوریتم به این ترتیب بود که: نمونه¬ها در جعبه¬ی تاریک دستگاه در مرکز یک آینه¬ی تخت گرد قرار داده شدند و پرتو لیزر به صورت خطی و مماس بر محور عمود بر آینه به نمونه تابانده شد. در ادامه درحالیکه آینه با سرعت ثابت پنج rpm ، یک دور حول محور خود گردش می¬کرد، حدود 170 عدد تصویر از پرتو لیزر بیرون و داخل آینه تهیه شد سپس به کمک الگوریتم طراحی شده طی چند مرحله پردازش و به¬کارگرفتن قوانین پرسپکتیو دونقطه-گریزی، از هر تصویر، منحنی کالیبره¬شده¬ی سطح مقطع نمونه استخراج شد. ابرنقاط نمونه با استفاده از منحنی¬های کالیبره¬شده¬ی مقاطع آن و به¬کارگیری معادله¬ی دوران یک نقطه حول یک محور محاسبه شد و مدل سه¬بعدی نمونه با استفاده از ابر نقاط استخراج شده و المان¬هایی به شکل قسمتی از مخروط ناقص بدست آمد. سپس سطح¬رویه¬ی تخمینی نمونه از مجموع سطح المان¬ها محاسبه¬شد. برای ارزیابی دقت سطح¬رویه¬ی تخمینی، 30 نمونه سیب¬زمینی به عنوان یک محصول با شکل هندسی نامنظم و 22 نمونه لیموشیرین، به¬عنوان یک محصول با شکل هندسی منظم انتخاب¬ شد. سطح¬رویه¬ی تخمینی با استفاده از دستگاه ساخته¬شده و سطح رویه¬ی واقعی از روش پوست¬کندن بدست آمد. نتایج مقایسه¬ی سطح¬رویه¬ی تخمینی و واقعی نشان داد که: دقت این الگوریتم برای محصولات با شکل منظم و نا¬منظم تقریباً یکسان بوده و برابر با 93/1 درصد است. در این آزمون مدت زمان لازم برای اندازه¬گیری سطح¬رویه¬ی تخمینی و واقعی هر نمونه نیز ثبت شد که میانگین آن برای روش تخمینی (روش پیشنهادی) 20 ثانیه و برای روش واقعی (روش پوست¬کندن) 10 دقیقه بدست آمد. درآزمون بعدی بار محاسباتی پردازش تصاویر10نمونه از محصول سیب¬زمینی اندازه¬گیری و میانگین آن 5/4 ثانیه محاسبه¬شد.
مهسا طاهرزاده ابوالقاسم اسماعیلی
گاما آمینوبوتیریک اسید (گابا) یک اسیدآمینه غیر پروتئینی است که علاوه بر نقش عصب میانجی مهاری در بافت مغز پستانداران، دارای چندین عملکرد کاراندام شناختی (فیزیولوژی) مانند کاهش فشارخون و اثرات مدری دارا هست. گابا تقریبا در تمامی موجوذات زنده تولید می شود. در انسان، گابا به وسیله 2 ایزو فرم از زی مایه گلوتامات دکربوکسیلاز وابسته به پیریدوکسال فسفات تولید می شود. این دو ایزوفرم gad65 و gad67 می باشند که هردو ایزوفرم در مغز و در سلولهای لوزالمعده بیان می شوند. مشابهت ساختار مولکولی اینها با پروتئین 2c (p2c) ویروس کوکساکی می تواند سبب تحریک دستگاه ایمنی شده و بنابراین در ایجاد دیابت نوع یک نقش داشته باشد. بعضی از باکتری ها مانند سویه های لاکتوباسیلوس، قادر به تولید گابا هستند. در این تحقیق، همسانه سازی ژن gad در باکتری های لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس، لاکتوباسیلوس دلبروکی زیرگونه بولگاریکوس و استرپتوکوکوس سالیواریوس زیرگونه ترموفیلوس مطالعه شد. بررسی های فیلوژنتیک مبتنی بر توالی 16srrna و مطالعات بیوشیمیایی نشان داد که آن ها متعلق به خانواده لاکتوباسیلوس هستند. این سوش ها در محیط کشت mrs حاوی 1% اسید گلوتامیک در 30 درجه سانتی گراد به مدت 24 ساعت کشت داده شدند. سپس قطعه dna حاوی ژن gad از ncbi به دست آمد. برای همسانه سازی ژن gad از این سویه ها، pcr با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده با اولیگو 7 انجام شد. محصول pcr از ژل استخراج شد و در وکتور pgem-t توسط لیگاز t4، الحاق شد و به داخل باکتری ای کولای xl1blue ترانس فورم شد. سپس کلنی های سفید انتخاب شده و پس از استخراج پلاسمید و برش با زی مایه های محدودکننده، ژن gad به یک وکتور pet الحاق شد و در باکتری ای کولای bl21 ترانس فورم شد. وجود ژن gad در باکتری با روش کلنی pcr تائید شد. نتایج این مطالعات نشان داد که این سویه ها را می توان در صنعت برای تولید غذاهای تخمیری حاوی گابا به کاربرد.
مهدی طاهرنژادجوزم محمد ربانی
چکیده ندارد.
محمد ربانی رحیم ابوالحسنی
چکیده ندارد.
امیر حسنوند محمد ربانی
چکیده ندارد.
ولی حسینی عبدالمحمد عابدیان
در تحقیق حاضر امکان جایگزینی روغن ماهی کیلکا با روغن سویا و کلزا، تأثیر سطح چربیِ جیره (12 و 24 درصد وزن خشک جیره) و همچنین تأثیر حضور آنتی اکسیدان ویتامین e و bht (دُز صفر (شاهد) و 250 میلی گرم بر کیلوگرم جیره) در جیره فیل ماهیان (huso huso) نوجوان (16±205) بر پارامترهای رشد، ترکیب بدن و کیفیت چربی فیل ماهی (طی یکسال نگهداری در سردخانه (c°1±18) مورد مطالعه قرار گرفت. برای این منظور، 18 جیره کاربردی از مواد اولیه در دسترس ساخته (با سطح پروتئین یکسان) و به مدت 120 روز به فیل ماهیان تحت آزمایش (در پنج نوبت غذادهی) به صورت اشباع تغذیه داده شد. نتایج نشان داد که نوع روغن جیره تأثیر معنی داری بر رشد، بازماندگی و ترکیبات درشت مغذی فیل ماهی ندارد (0.05>p)، اما بر ترکیب اسیدچرب جیره دارای اثر معنی داری بوده، بطوریکه میزان اسیدهای چرب 3-n (بویژه ایکوزاپنتانوئیک و دوکوزاهگزانوئیک اسید) در عضله فیل ماهیان تغذیه شده با روغن ماهی بطور معنی داری از نمونه های تغذیه شده با روغن های گیاهی بالاتر بود. از طرفی دیگر، نتایج نشان داد که فیل ماهی دارای توانایی کافی در بیوسنتز اسیدهای چرب آراشیدونیک، ایکوزاپنتانوئیک و دوکوزاهگزانوئیک اسید از طریق طویل کردن زنجیره و کاهش اشباعیت پیش سازهایی مانند اسیدهای چرب لینولئیک و آلفا-لینولنیک است. بنابراین جایگزینی کامل روغن ماهیِ کیلکا با روغن سویا و کلزا در جیره فیل ماهی امکان پذر است. هر دو سطح چربی (12 و 24 درصد) بکار رفته در تحقیق حاضر، رشد و بقاء برابری را در فیل ماهی به نمایش گذاشتند. از همین رو سطح چربی 12 درصد در جیره فیل ماهی توصیه می گردد. درخصوص تندی اکسیداتیو (سرعت اکسایش) چربیِ عضله فیل ماهی، نتایج نشان داد که هرچند تندی اکسیداتیو چربی عضله فیل ماهی در طی دوره نگهداری متأثر از میزان و منبع روغن جیره است، اما در مجموع حضور آنتی اکسیدان جیره موجب کاهش میزان آن و پایداری بیشتر عضله فیل ماهی در طی زمان نگهداری می گردد. بطورکلی آنتی اکسیدان ویتامین e توانایی بیشتری را در حفظ کیفیت چربی گوشت فیل ماهی نسبت به آنتی اکسیدان bht طی دوره نگهداری در سردخانه نشان داد. اما در فیل ماهیان تغذیه شده با جیره های حاوی 24 درصد چربی جیره، هر دو آنتی اکسیدان فاقد توانایی لازم در کنترل تندی اکسیداتیو چربی عضله ماهی در طی دوره نگهداری بودند. بنابراین افزودن آنتی اکسیدان ویتامین e در جیره فیل ماهی، با توجه به سطح چربی آن، توصیه می گردد.
حسنیه حاتمی خسروشاهی شاملو
چکیده ندارد.