به منظور بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های مختلف سیاهک معمولی ذرت در سال های 1387-1386 از مزارع ذرت استان لرستان بلال های آلوده به سیاهک جمع آوری شد. خالص سازی و تکثیر اسپوریدیوم های هاپلوئید در آزمایشگاه انجام گرفت. سپس استخراج dna از اسپوریدیوم های هاپلوئید مثبت یا منفی صورت گرفت و با استفاده از واکنش های زنجیره ای پلی مراز و آغازگرهای اختصاصی ، ژنوم قارچ مورد بررسی قرار گرفت. در مطالعات مولکولی از نشانگر rapd باا ستفاده از 10 آغازگر تصادفی 10 نوکلئوتیدی استفاده گردید. بیشترین چند شکلی را آغازگر o-01 با 16 باند و کمترین چند شکلی را آغازگر o-05 با 6 باند در جدایه ها ایجاد کرد . در باندهای ایجاد شده توسط آغازگر o-07 یک باند 900 جفت بازی در جدایه 36 وجود داشت که این جدایه با الگویی متفاوت از جدایه های دیگر مجزا شد . همچنین آغازگر o-18 یک باند 1000 جفت بازی را به صورت واضح و روشن در جدایه 52 و همچنین یک باند 1000 جفت بازی را در جدایه های 52 و51 ایجاد نمود و باعث پدید آمدن اختلاف زیاد بین این دو جدایه با بقیه جدایه ها گردید.نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل داده های بدست آمده توسط نشانگر rapd نشان دهنده وجود تنوع ژنتیکی در جمعیت های مختلف جدایه های سیاهک معمولی ذرت بود. در این بررسی جدایه های مختلف سیاهک معمولی ذرت بر اساس برش بزرگترین دامنه به 8 گروه تقسیم شدند که جدایه 52 و51 هر کدام در یک گروه مجزا قرار گرفتند . دامنه ی تشابه ژنتیکی بین جدایه ها صفر تا 88 درصد بود . کمترین تشابه ژنتیکی بین جدایه 51 با 23 و 25 و26 بود و بیشترین تشابه ژنتیکی بین جدایه های 33و32 بود. مقدار ضریب همبستگی 83/0 بود که نشان دهنده ی برازش مناسب داده ها با دندروگرام بود0 همچنین نتایج نشان داد که پراکنش جغرافیایی هیچ تاثیری در تنوع ژنتیکی ندارد.برای بررسی وجود نژادهای قارچ سیاهک معمولی ذرت در استان لرستان دربین جدایه های جمع آوری شده از هر شهرستان جدایه هایی که دارای بیشترین درصد جوانه زنی بودند انتخاب و به لاین های برگزیده ذرت پس از ظهور بلال تلقیح شدند. نتایج حاصل از این بررسی نشان داد که درصد و شدت آلودگی جدایه ها روی لاینهای مختلف متفاوت بود .با توجه به نتایج حاصل شده می توان چنین استدلال کرد که لاین k17/2-3 دارای کمترین مقاومت و لاین tva926دارای بیشترین مقاومت به جدایه های استفاده شده بود. بیشترین درصد توانایی ایجاد بیماری روی لاینها جدایه شماره 1 با 3/95 درصد و کمترین درصد توانایی ایجاد بیماری روی لاینها جدایه های شماره 43و8 با % 0 داشت.جدایه های 9و8و3 از لحاظ ژنتیکی خیلی بهم شبیه بودند ودر یک گروه قرار گرفتند همچنین از لحاظ توانایی ایجاد بیماری نیز این 3 جدایه در یک گروه قرار گرفتند که این موضوع رابطه بین شباهت ژنتیکی جدایه ها و توانایی ایجاد بیماری آنها را اثبات کرد.در جدایه های دیگر برقراری ارتباط بین شباهت ژنتیکی جدایه ها و توانایی ایجاد بیماری آنها میسر نشد.