اطلاعات 852443 رأس گاو هلشتاین جمع آوری شده توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور بین سال های 1346 تا 1387، برای محاسبه ضریب هم خونی و اثر آن بر صفات تولیدی، تولیدمثل، شمار سلول های بدنی، آسان زایی و ماندگاری استفاده شد. میانگین ضریب هم خونی جمعیت 90/2 درصد بود که دامنه ای بین صفر تا 03/47 درصد داشت. نرخ هم خونی بین سال های 1369 تا 1387 برای گاوهای نر و ماده، به ترتیب، 15/0 درصد و 22/0 درصد و بعد از سال 1378 بسیار بیشتر، به ترتیب، 21/0 درصد و 31/0 درصد برای گاوهای نر و ماده، بود. هم خونی آثار نامطلوبی بر همه صفات داشت. تغییرات صفات تولید شیر، چربی و پروتئین در سه دوره اول زایش، به ازای یک درصد افزایش هم خونی، به ترتیب، 72/18-، 19/16- و 38/27- کیلوگرم برای تولید شیر، 443/0-، 367/0- و 690/0- کیلوگرم برای تولید چربی، و 476/0-، 425/0- و 660/0- کیلوگرم برای تولید پروتئین بود. آثار نامطلوب هم خونی بر کلیه صفات تولیدمثل به جز فاصله گوساله زایی (53/0 روز به ازای یک درصد افزایش هم خونی) در سومین دوره زایش و سن در اولین زایش (45/0 روز به ازای یک درصد افزایش هم خونی) معنی دار نبود. آسان زایی تلیسه ها و گاوها به صورت معنی دار تحت تأثیر هم خونی بود، به طوری که گاوهای هم خون سخت زایی بیشتری نسبت به گاوهای غیر هم خون داشتند. برای امتیاز سلول های بدنی، افت هم خونی پایین و فقط در دوره زایش سوم معنی دار بود. اما حیوانات هم خون در مقایسه با حیوانات غیر هم خون امتیاز سلول های بدنی بالاتری داشتند. اثر هم خونی بر صفات تیپ فقط برای صفات قد و قامت، عرض سینه، عمق بدن، دور سینه، ارتفاع پستان عقب، نگهدارنده پستان، عمق پستان و جایگاه سرپستانک ها از نمای جلو و عقب، معنی دار بود. گاوهای با هم خونی بالا نسبت به گاوهای با هم خونی پایین، خطر حذف بیشتری نشان دادند. اثر هم خونی بر برآورد پارامترهای ژنتیکی، ارزش های اصلاحی و روند ژنتیکی صفات تولیدی (شیر، چربی و پروتئین)، صفات تولیدمثل (سن در اولین زایش، فاصله اولین تلقیح تا تلقیح منجر به آبستنی، فاصله گوساله زایی، فاصله بین زایش تا اولین تلقیح، و آسان زایی) و ماندگاری گاوهای هلشتاین ایران، مورد مطالعه قرار گرفت. ضریب هم خونی هر حیوان پس از تکمیل اطلاعات شجره از طریق شجره گاوهای نر بین اللملی متولد شده بعد از سال 1883، محاسبه شد. رکورد کلیه حیواناتی که حداقل معیار کامل بودن شجره آنها برای 5 نسل اخیر، بزرگتر یا مساوی 70/0 بود، در نظر گرفته شد. میانگین معیار کامل بودن شجره رکوردهای مورد استفاده در این تحقیق، برای کلیه صفات بزرگتر از 90/0 بود. پارامترهای ژنتیکی و فنوتیپی صفات مورد مطالعه و ارزش های اصلاحی حیوانات با استفاده از دو مدل حیوانی تک صفتی، با و بدون برازش هم خونی برآورد شدند. اگرچه تفاوت بین مولفه های واریانس و پارامترهای ژنتیکی حاصل از دو مدل برای صفات مختلف اندک بود اما برازش هم خونی در مدل باعث تغییر معنی داری در ارزش های اصلاحی برآورد شده و روند ژنتیکی آنها شد. برای تمامی صفات به استثنای صفت آسان زایی، اختلاف رتبه ای حیوانات نر بر اساس ارزش های اصلاحی بیشتر از حیوانات ماده بود. همبستگی های رتبه ای ارزش های اصلاحی حیوانات براساس دو مدل، برای حیوانات نر در دامنه 966/0 تا 994/0، به ترتیب، برای شیر و چربی تولیدی، و برای حیوانات ماده در دامنه 953/0 تا 997/0، به ترتیب، برای فاصله گوساله زایی و سن در اولین زایش، قرار داشت. این برآوردها، که به طور معنی داری کمتر از یک بودند، نشان می دهند که برازش هم خونی در مدل-های ارزیابی حیوانات به جهت تصحیح رکوردها لازم و ضروری است. از اطلاعات سال های 1369 تا 1386 برای برآورد مولفه های واریانس و ارزش های اصلاحی صفات تولیدی، تولیدمثل و صفات تیپ استفاده شد. شجره ی اولیه شامل اطلاعات جمع آوری شده در مرکز اصلاح نژاد دام کشور، و شجره کامل شامل شجره اولیه به اضافه اطلاعات شجره ای 2445 گاو نر بین المللی و 2701 گاو ماده خویشاوند با شجره اولیه، که از طریع منابع اطلاعاتی cdn و اینتربول جمع آوری شده بودند، بود. این دو شجره به کمک یک مدل حیوانی تک صفتی برای برآورد پارامترهای ژنتیکی و ارزش های اصلاحی، استفاده شد. نتایج نشان داد که شجره کامل تأثیر معنی دار بر مولفه های واریانس و وراثت پذیری ندارد اما باعث بهبود دقت برآورد ارزش های اصلاحی صفات تولیدی و تولیدمثل شده است. دامنه همبستگی رتبه ای بین ارزش های اصلاحی برآورد شده بر اساس دو شجره اولیه و کامل برای گاوهای نر و ماده، به ترتیب، 6858/0 (برای درصد چربی) تا 9114/0 (برای تولید شیر) و 8578/0 (برای درصد چربی) تا 9952/0 (برای تولید شیر)، بود. نتایج نشان داد که کامل شدن شجره، تأثیر قابل توجه ی بر تغییر رتبه های حیوانات نر و ماده برای تمام صفات، بخصوص برای صفات تولیدمثل و تیپ دارد. اثر کامل شدن شجره بر رتبه-های حیوانات نر بیشتر از حیوانات ماده بود که ممکن است مربوط به افزایش اندازه دختران موثر آنها باشد. نتایج شبیه سازی تأثیر نوع آمیزش بر تغییرات هم خونی و پیشرفت ژنتیکی نشان داد که انتخاب توام حیوانات نر و ماده در مقایسه با انتخاب فقط بر اساس حیوانات نر، میزان پیشرفت ژنتیکی و نرخ هم خونی بیشتری، ایجاد کرد. همچنین، هم پوشانی نسل ها باعث افزایش نرخ هم-خونی شده اما پیشرفت ژنتیکی را افزایش نداد. مقایسه بین آمیزش های تصادفی و حداقل هم تباری نشان داد که آمیزش حداقل هم تباری نرخ هم خونی را کاهش داد اما باعث افزایش پیشرفت ژنتیکی نشد.