چکیده تمام نما: در حال حاضر یکی از علل اصلی مرگ و میر در جهان بیماری سل می باشد. در حدود یک سوم جمعیت جهان آلوده به عامل این بیماری (mycobacterium tuberculosois ) هستند. تا کنون تلاش های بسیاری در زمینه درمان این بیماری صورت گرفته است، اما هنوز سل به عنوان یک مشکل باقی مانده است. در سالهای اخیر، پپتیدهای ضد میکروبی به عنوان عوامل درمانی امید بخش مورد توجه قرار گرفته اند. این بررسی با هدف شناسایی و معرفی پپتیدهای ضد مایکوباکتریومی از منابع طبیعی از جمله گیاهان و نیز بررسی آنها به منظور شناسایی خصلت های ضد مایکوباکتریومی، جهت طراحی مولکولهای جدید درمانی برای بیماری سل انجام شده است. در این بررسی از روش in silico استفاده شده است. بدین منظور به بررسی توصیف گرهای مولکولی دو گروه پپتیدی: یکی با خاصیت ضد مایکوباکتریومی و دیگری بدون خاصیت ضد مایکوباکتریومی پرداخته شد، سیس نتیجه حاصل تحت آنالیز آماری قرار گرفت. در نتیجه این بررسی، توصیف گرهای مولکولی متفاوت در این دو گروه که به احتمال زیاد همان خصائل ضد مایکوباکتریومی هستند، شناسایی و مشخص شدند. طبق نتایج، بیشترین توصیف گرهای مولکولی متفاوت مربوط به گروه توصیف گرهای سه بعدی بودند، با درصد هایی که در زیر مشاهده می شود: - rdf descriptors (3d) 38.66% - 3d-morse descriptors (3d) 52.5% - randic molecular profiles (3d) 87.80% - geometrical descriptors (3d) 4.28% - whim descriptors (3d) 26.26% - getaway descriptors (3d) 3.04% - 2d-autocorrelations (2d) 1.04% - atom-centred fragments (1d) 0.83%

بیماری های قلبی عروقی از جمله مهمترین دلایل مرگ و میر در سال های اخیر می باشند، بطوریکه در سال 2012 این اختلالات رتبه اول و دوم از نظر تعداد مرگ و میر را در جهان به خود اختصاص داده اند. از جمله مهمترین این اختلالات، سکته های قلبی و مغزی به علت ایجاد لخته خون نابجا در رگ های خونی بخاطر عدم تحرک کافی، تغذیه نامناسب، کهولت سن و مصرف دخانیات می باشد. بنابراین، داشتن فعالیت مناسب و رعایت نکات تغذیه ای و بهداشتی در کنار مصرف داروهای مناسب نقش مهمی در پیشگیری و درمان این عوارض دارد. بر طبق شواهد، اکثر داروهای شیمیایی مورد استفاده دارای عوارضی در کنار اثر شفا بخش خود هستند، بنابراین استفاده از گیاهان داروئی که دارای اثر درمانی و عوارض جانبی بسیار کمتری می باشند از بهترین گزینه ها برای پیشگیری و درمان می باشند. از طرف دیگر، روش های نوین کموانفورماتیکی ابزار بسیار مفید و مقرون به صرفه ای جهت تسریع در شناسایی مواد شیمیایی و داروئی جدید در جهت درمان بیماری ها می باشند. لذا در این تحقیق با کمک روش های نوین و سریع کموانفورماتیکی، در جهت شناسایی ترکیبات و گیاهان داروئی ضد انعقاد جدید انجام شد که با مطالعه پایگاه های داده از جمله pubmed و google scholar تمامی مواد شیمیایی و گیاهان ضد انعقاد گزارش شده، شناسایی شدند و بر طبق آن، جستجو برای گیاهان داروئی که دارای حداقل یک ماده شیمیایی ضد انعقاد بودند، با کمک روش های کموانفورماتیکی انجام شد. سپس 30 مورد از این گیاهان سنتی ایران که اثر ضد انعقادی آنها قبلا گزارش نشده بود خریداری شده، عصاره گیری شده و در سه غلظت 1، 10 و 100 میکروگرم در میلی لیتر در حلال dmso حل شدند. نهایتا با کمک دو تست انعقادی و آزمایشگاهی pt و aptt اثر ضد انعقادی آنها مورد بررسی قرار گرفت. در نتایج، از بین 30 گیاه منتخب بررسی شده، هشت گیاه ریحان (ocimum basilicum)، گل سرخ (rosa persica)، شنبلیله (trigonella foenum)، تاج ریزی (solanum nigrum)، کبابه چینی (cubeba officinalis)، بلیله (terminalia bellerica)، انزروت (astragalus arbusculinus) و مرزنجوش (origanum vulgare) در بالاترین غلظت یعنی 100 میکروگرم در میلی لیتر و علاوه بر آن انزروت (origanum vulgare) در غلظت 10 میکروگرم در میلی لیتر، دارای اثر ضد انعقادی قابل توجهی نسبت به تست کنترل منفی (شاهد) dmso بر روی تست انعقادی aptt بودند. همچنین گیاه کنترل مثبت شیرین بیان (glycyrrhiza glabra) و داروی ضد انعقاد هپارین به عنوان کنترل مثبت دوم نیز دارای اثر ضد انعقادی قابل توجهی بر روی تست aptt نسبت به نمونه های شاهد بودند که نشان دهنده صحت آزمایشات و نتایج بدست آمده می باشد. لذا پیشنهاد می شود از گیاهان ضد انعقاد شناسایی شده جدید جهت درمان بیماری های مرتبط با انعقاد خون نابجا در بیماران، با نظر پزشک معالج استفاده شود.

چکیده درک جزئیات تاخوردگی پروتئین اساس و پایه طراحی موفقیت آمیز مهار کننده های پروتئینی و سایر پروتئین های دارویی است. پروتئین ها فقط در صورتی عملکرد درستی دارند که شکل مطلوب را به خود بگیرند . علی رغم انجام چند دهه تحقیق و مطاالعه این سوال هنوز وجود دارد که ساختارهای عملکردی پروتئین چگونه از ساختمان اوّل پروتئین ایجاد می شوند. پاسخ به این مسأله می تواند به درک علت تعدادی از بیماری ها که حاصل تاخوردگی غلط پروتئین می باشند، همچون بیماری آلزایمر، منجر شود. عوامل متعدّدی بر تاخوردگی پروتئین ها و پپتیدها موثر هستند، از جمله می توان از عوامل محیطی مانند ph، قدرت یونی، حلال، ... و همچنین عوامل ساختمانی مانند نوع مونومرهای تشکیل دهنده ساختار پروتئین و نحوه کنارهم قرارگیری آن ها، ساختار اول پروتئین، نام برد. عوامل ساختمانی خارج پروتئینی، همچون برهمکنش سایر مولکول ها و ساختارها (از جمله لیگاندها) با توالی پروتئین، از دیگر عوامل موثر بر تاخوردگی پروتئین است. با مطاالعه عوامل موثر بر فرایند تاخوردگی می توان راهکاری برای هدایت توالی غلط تا خورده به سمت تاخوردگی صحیح آن پیدا نمود. برای دستیابی به این مهم لیگاندهائی طراحی شد که بتوانند با توالی های هلیکس ساز پروتئین برهمکنش کرده و آن را در مسیر تاخوردگی صحیح به پیش ببرند. یکی از اهداف این رساله طراحی لیگاندهائی است که بر توالی های هلیکس ساز پروتئین موثر هستند. برای انجام این مهم ابتدا اقدام به جمع آوری اطلاعات از برهمکنش انواع لیگاندها با توالی های هلیکس ساز پروتئین شد. در ادامه این اطلاعات در پایگاه داده ای مجتمع گردید. در پایگاه داده حاصل بیش از ده هزار محل برهمکنش به ثبت رسیده است. سپس داده های این پایگاه، تحلیل و از آن در طراحی لیگاند استفاده شد. لیگاندهای طراحی شده در نرم افزارهای مربوطه رسم شد و سپس از لحاظ انرژی بهینه گردید. در پایان با استفاده از روش های داکینگ برهمکنش بخشی از پپتید بتا آمیلوئید با مولکول های طراحی شده در محیط in silico مورد بررسی قرار گرفت.