نام پژوهشگر: محمد رعایایی اردکانی

جداسازی و تعیین هویت باسیلوسهااز برخی نقاط خلیج فارس و بررسی تولید لیپاز توسط آنها
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1389
  رویا مزروعی سبدانی   محمد رعایایی اردکانی

یکی از بزرگترین اکوسیستم های موجود بر روی کره زمین اکوسیستم های آبی است ارگانیسمهای کوچکی از جمله: قارچها، ویروسها و باکتریها از ساکنین اصلی این اکوسیستم ها هستند .خلیج فارس یکی از چندین اکوسیستم آبی موجود است که تنوع میکروبی قابل توجهی دارد.باکتریهای موجود در این اکوسیستم تولیدات مختلفی از جمله انواع آنزیمها، آنتی بیوتیکهاو...دارند.یکی از این تولیدات مهم آنزیم لیپاز است که توسط جنسهای مختلف باکتریایی ساکن در خلیج فارس تولید میشود.باسیلوسها یکی از بهترین تولید کنندگان این آنزیم هستند.هدف از انجام تحقیق حاضر جداسازی باسیلوسها از مناطقی از خلیج فارس و بررسی توانایی تولید لیپاز آنها بوده است.پس از نمونه گیری از آبهای سطحی،عمق و رسوبات در سه منطقه بندر هندیجان،بندر امام خمینی و سواحل قشم نمونه ها به آزمایشگاه منتقل شدند.با قرار گرفتن نمونه ها در 80 درجه سانتیگراد به مدت 10 دقیقه وسپس تلقیح آنها به محیط مارین براث آماده سازی و غنی سازی انجام گرفت.باکشت بر روی محیط مارین آگار، انجام پاساژهای متوالی و مشاهده تک کلنی ها جداسازی سویه های باکتریایی مختلف از نمونه ها انجام شد.تک کلنی های بدست آمده به محیط سنتزی k منتقل شد و کلنی های رشد کرده روی این محیط زیر میکروسکوپ بررسی شد و باسیلهای گرم مثبت مشاهده شدند.برای غربالگری باکتریهای مولد لیپاز از محیط رودامینb لیپاز آگار استفاده شد.در این محیط روغن زیتون به عنوان سوبسترا و رودامینb به عنوان نشانگر وجود داشت.با استفاده از این محیط 8 سویه که بهترین تولید لیپاز را داشتند انتخاب شد.با استفاده از روش تیتراسیون فعالیت آنزیمی 8 سویه منتخب در محیط تولید لیپاز(حاوی روغن زیتون،عصاره مخمر و پپتون)با 7ph= و دمای 37 درجه سانتیگراد هر 24 ساعت یکبار طی 6 روز انکوباسیون اندازه گیری شد.حداکثر فعالیت آنزیمی 3 سویه در روز پنجم،یک سویه در روز چهارم و 2 سویه در روز سوم مشاهده شد.

جداسازی و تعیین هویت برخی باکتری های نمک دوست از خلیج فارس و بررسی تولید برخی آنزیم های هیدرولیتیک خارج سلولی توسط آن ها
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز 1389
  انیسه پشتکوهیان باوی   محمد رعایایی اردکانی

آنزیم های هیدرولیتیک خارج سلولی مثل آمیلازها، پروتئازها و لیپازها کاربردهای متنوعی در بخش های مختلفی چون صنایع غذایی، علوم پزشکی و صنایع شیمیایی دارند. همچنین در دسترس بودن آنزیم هایی که فعالیت بهینه در درجه های متفاوتی از نمک و دما دارند بسیار مهم است. نمک دوست ها محتمل ترین منابع چنین آنزیم هایی هستند. در این تحقیق هدف بر جداسازی باکتری های نمک دوست تولید کننده آنزیم های هیدرولیتیک خارج سلولی از آب و رسوب مناطقی از خلیج فارس بوده است. باکتری های جدا شده از آب و رسوب خلیج فارس در محیط هایی با غلظت های 20_0 % کلرید سدیم کشت داده شدند تا غلظت بهینه نمک برای رشد آن ها تعیین شود. همچنین باکتری های نمک دوست جدا شده در محیط کشت های جامد حاوی سوبسترا-های 6 آنزیم هیدرولیتیک خارج سلولی شامل آمیلاز، پروتئاز، لیپاز، dnase، ;کربوکسی متیل سلولاز و کیتیناز جهت تشخیص کیفی تولید آنزیم کشت داده شدند. در مجموع 63 جدایه نمک دوست نسبی جداسازی شدند که از بین آن ها 14 جدایه آنزیم های هیدرولیتیک خارج سلولی تولید می نمودند. دربرخی جدایه ها تنها تولید یک آنزیم و در برخی دیگر تولید بیش از یک آنزیم مورد برسی مشاهده شد. در طول تحقیق بررسی کیفی 3 آنزیم خارج سلولی آمیلاز،لیپاز و پروتئاز انجام شد. در نهایت 9 سویه بر اساس توانایی تولید آنزیم های هیدرولیتیک خارج سلولی انتخاب شدند و علاوه بر صفات فنوتیپی از نظر ویژگی های فیلوژنی و مولکولی با تکنیک 16s rrna شناسائی و تعیین توالی شدند، سویه های منتخب همگی گرم منفی بودند و به جنس های pseodoalteromonas ، terribacillus، virgibacillusو salinimonas تعلق داشتند.

جداسازی و تعیین هویت برخی از باکتری های تولید کننده سلولاز از خلیج فارس
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1389
  سمیرا مجیدی   محمد رعایایی اردکانی

یکی از مهم ترین تولیدات بیوتکنولوژی، آنزیم ها می باشند که تولید آنها در صنعت عمدتا با استفاده از میکروارگانیزم ها انجام می گیرد. سلولازها، در زمره آنزیم های صنعتی مهمی هستند و به دلیل تنوع کاربردی شان در دهه های اخیر، توجه زیادی را به سوی خود جلب کرده اند. این تحقیق در ارتباط با جداسازی وتعیین هویت باکتری های تولید کننده سلولاز در مناطقی از خلیج فارس می باشد. به این منظور، از رسوب وآب مناطقی از خلیج فارس، تحت شرایط استریل نمونه برداری شد. ابتدا، نمونه ها در محیط مارین براث غنی سازی شده وسپس به منظور جداسازی باکتری های تولید کننده سلولاز ، در محیط اختصاصی سلولولیتیک- آگار با نمک های دریا کشت داده شدند. پس از جداسازی، غربالگری جدایه های تولیدکننده سلولاز در محیطcmc-آگار وبا استفاده از معرف کنگو رد انجام گرفت. به این ترتیب، جدایه هایی با بیشترین فعالیت آنزیمی غربال گردیدند. براساس نتایج غربالگری، 20 جدایه باکتری قادر به تجزیه سلولز انتخاب شد. در ادامه، فعالیت اندوگلوکاناز وسلولازکل هر 20 جدایه اندازه گیری گردید. از این میان، 6 جدایه بافعالیت اندوگلوکانازی وسلولاز کل بالاتر برای تکثیر ژن srrna16، انتخاب شده ومحصول واکنش زنجیره ای پلیمراز هر6 جدایه تعیین توالی گردید. نتایج تعیین توالی با استفاده از نرم افزارهای bioedite وfinch tv بررسی شده ودرخت فاصله رسم گردید. درنهایت، نتایج فوق با ویژگی های فنوتیپی مقایسه شده و جدایه ها در حد جنس شناسایی شدند. این جدایه ها متعلق به جنس های سودوموناس، استرپتومایسس، کوکوریا، استنوتروفوموناس، پانیباسیلوس وآرتروباکتر شناسایی شدند . در بین این 6 سویه ، گزارشات محدودی از استنوتروفوموناس، کوکوریا وآرتروباکتر در زمینه تولید سلولاز به چشم می خورد.

جداسازی و شناسایی برخی از سیانوباکتری های خلیج فارس و بررسی تولید بعضی از متابولیت ها یا قابلیت های متابولیسمی این جدایه ها
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1389
  مهناز قلی پور   محمد رعایایی اردکانی

این پژوهش با هدف بررسی تنوع زیستی سیانوباکتری های برخی از مناطق ساحلی خلیج فارس و مطالعه تولید متابولیت های مفید توسط این باکتری ها صورت پذیرفت. به این منظور نمونه برداری از چهار ایستگاه خلیج فارس (بندر بحرکان، بندر امام خمینی، جزیره قشم، بندر بوشهر) و در سه فصل انجام شد. پس از انجام بررسی های اولیه، جداسازی و خالص سازی، تعداد 27 جدایه از این نمونه ها به دست آمد. شناسایی جدایه ها با تکیه بر مشخصات فیلوژنی و ویژگی های مورفولوژی جدایه ها انجام شد. در این مطالعه، رنگدانه-های کلروفیلa، بتاکاروتن و فیکوبیلی پروتئین ها به عنوان متابولیت های مفید این باکتری ها مورد بررسی قرار گرفتند. از بین جدایه های خالص شده سه جدایه به منظور بررسی تولید متابولیت های مذکور انتخاب شد و سپس اثر استرس های محیطی مثل شوری و ph بر تولید رنگدانه ها بررسی شد. نتایج این تحقیق نشان داد که اعضای راسته oscillatoriale جمعیت غالب سیانوباکتری ها در مناطق مورد بررسی را تشکیل می دهند. نتایج تاثیر استرس شوری بر جدایه های انتخاب شده نشان داد که این جدایه ها در مقادیر مختلفی از nacl قادر به رشد هستند. نتایج بررسی اثر ph نیز حاکی از تمایل این جدایه ها به ph های قلیایی و افزایش تولید رنگدانه ها توسط این جدایه ها در شرایط قلیایی بود. در مقایسه بین جدایه-های به دست آمده نیز جدایه pgc12 بالاترین میزان تولید رنگدانه های مورد بررسی را داشت.

بهینه سازی شرایط گوگردزدایی زیستی باکتری های جداشده از خاک های آلوده به نفت
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1389
  آیه امین صفت   محمد رعایایی اردکانی

از نظر فراوانی، گوگرد سومین عنصر موجود در نفت خام است و بیش از 70% گوگرد به شکل دی بنزوتیوفن و مشتقات آن یافت میشود. این ترکیبات به روش مرسوم گوگردزدایی سوخت (فرآیند گوگردزدایی هیدروژنی) مقاومند. انتشار اکسیدهای گوگرد تولید شده طی احتراق سوخت های فسیلی، عامل اصلی آلودگی هوا است. گوگردزدایی زیستی، یک تکنولوژی نویدبخش جهت غلبه بر این مشکل به حساب می آید که بر مبنای توانایی میکروارگانیسم های خاص در حذف گوگرد از ترکیبات تیوفنی مقاوم می باشد. از آنجائیکه ذخایر نفتی ایران، دارای مقادیر بالایی از ترکیبات گوگردی فوق است، پژوهش در این زمینه از اهمیتی ویژه برخوردار می باشد. در این مطالعه، مسیر بیوشیمیایی گوگردزدایی ترکیب دی بنزوتیوفن در سویه های جداشده از خاک های آلوده به نفت خوزستان، از طریق hplc و آزمون گیبس تعیین گردید و وجود مسیر 4s در دو سویه kho1 و rich1، تشخیص داده شد. این دو سویه از طریق تکثیر و تعیین توالی ژن 16s rrna و blast توالی ها در پایگاه اینترنتی مرکز اطلاعات بیوتکنولوژی(ncbi) ، به عنوانstenotrophomonas maltophilia strain kho1 و gordonia sp. rich1 شناسایی شدند. بنابر نتایج hplc و آزمون گیبس، سویه rich1 به واسطه سرعت و کارایی بالاتر، به منظور بهینه سازی فرآیند گوگردزدایی زیستی انتخاب گردید. با بکارگیری روش طراحی آزمایش و استفاده از نرم افزار miniab 15 طی چهار مرحله، بهینه سازی شرایط صورت پذیرفت. پس از بررسی و آنالیز نتایج حاصل، شرایط بهینه بدین صورت تعیین شد: دما: ?c 29، 2/7 ph، دور شیکر: rpm 180، نوع و غلظت منبع کربن: گلیسرول g/l5/2، نوع و غلظت منبع نیتروژن: کلریدآمونیوم g/l5/2.

بررسی بیان اینترفرون آلفا 2b در سیستم بیانی باکتری اشرشیاکلی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده کشاورزی 1389
  نهضت عبدالرسولی   محمد رعایایی اردکانی

اینترفرون ها وسیله دفاعی بدن علیه ویروس ها می باشند که به سرعت در بدن تولید شده، سلولهای اطراف را به تولید پروتئین هائی که تکثیر ویروس را مهار، یا پاسخ ایمنی و رشد سلولی را کنترل می کنند، تحریک می کنند. در این پژوهش، ژن اینترفرون آلفاb2 پس از تکثیر با آغازگرهای اختصاصی در ناقل بیانی (+)pet-26b تحت کنترل پروموتور t7 و پپتید نشانه پریپلاسمی pelb و با استفاده از آنزیم های برشی ncoi و xhoi کلون گردید. سازه تهیه شده به باکتری اشرشیاکلی سویه bl21(de3) منتقل گردید. همسانه سازی ژن اینترفرون آلفا در ناقل بیانیpet26b(+) با استفاده از colony pcr، هضم آنزیمی و تعیین توالی، تأیید شد. سپس بیان ژن اینترفرون آلفا با استفاده از آنالیز بلات نقطه ای در زمانهای مختلف پس از القاء با iptg مورد بررسی قرار گرفت. . همچنین امکان هدایت پروتئین اینترفرون آلفای تولید شده به فضای پریپلاسمی باکتری، 15 ساعت پس از القاء موردبررسی قرار گرفت. با استفاده از این روش مشخص شد که اینترفرون آلفاb2 در سیستم بیانی باکتری تولید شده و وارد فضای پری پلاسمی باکتری شده است.

جداسازی، شناسایی و تعیین ترادف ژن های dsza، dszb و dszc از باکتری تازه جدا شده stenotrophomonas sp. strain skho4
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شاهد - دانشکده علوم انسانی 1389
  محمد زارعی   محمد رعایایی اردکانی

رها شدن گاز so2 در اثر احتراق سوخت های فسیلی یکی از علل اصلی آلودگی زیست محیطی و بیماری های تنفسی می باشد. عمده ترین ماده گوگردی موجود در نفت خام و برش های آن به صورت دی بنزوتیوفن و مشتقات الکیله آن می باشد. در گوگردزدایی زیستی، حذف گوگرد از برش های نفتی با استفاده از باکتری ها توسط محصولات ژن هایabc dsz که اولین بار از باکتریrhodococcus erythropolis strain igts8 جدا شدند از طریق مسیرمتابولیکی 4s انجام می شود. در این تحقیق مسیر بیوشیمیایی گوگردزدایی زیستی 4s در باکتری stenotrophomonas که kho4 نامیده شد و برای اولین بار از خاک های آلوده به نفت اهواز جدا شده بود، با استفاده از hplc و آزمون گیبس، شناسایی شد، و ژن های dsza، dszb و dszc که در این مسیر بیوشیمیایی حاضرند شناسایی شدند و با استفاده از طراحی پرایمر دجنره جداسازی و تکثیر و سپس تعیین ترادف شد. مقایسه ترادف ژن های dsza، dszb و dsz c از باکتری stenotrophomonas sp. strain kho4 با باکتریrhodococcus erythropolis strain igts8، 89 درصد شباهت نشان داد که بر وجود شباهت بالا در میان ژن های dsza، dszb و dszc از باکتری های گوگردزدای مختلف دلالت داشت. با شناسایی مسیر بیوشیمیایی 4s و ژن های dsza، dszb و dszc در باکتری stenotrophomonas sp. strain kho4، می توان با استفاده از تکنیک های مهندسی ژنتیک، توان گوگرد زدایی آن را بالا برده و یا در گوگردزدایی از برش های نفتی توسط باکتری ها از آن ها استفاده شود.

جداسازی و شناسایی برخی مخمرهای تولیدکننده ریبوفلاوین از منابع محیطی و تعیین بهترین سویه تولیدکننده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1390
  رویا دانش آذری   محمد رعایایی اردکانی

ابتدا در این تحقیق، مخمرها از منابع محیطی مختلف جداسازی گشته و تمامی کلنی های مخمری به دست آمده به منظور بررسی توانایی تولید ریبوفلاوین مورد آزمون قرار گرفتند. سپس روش های اسپکتروفتومتر، کروماتوگرافی لایه نازک، کروماتوگرافی مایع با کارآیی بالا به منظور تعیین حضور و آنالیز این ویتامین در محیط کشت های به دست آمده در انتهای دوره انکوباسیون استفاده گردید. پس از تعیین مخمرهای تولیدکننده از میان تمام ایزوله ها به کمک روشهای ذکرشده، شناسایی آنها با روشهای بیوشیمیایی و ملکولی انجام گرفت

بهینه سازی کشت ریز جلبک اسپیرولینا و تهیه سازه مناسب جهت انتقال ژن
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده کشاورزی 1391
  یاسین معزز لشنلو   حمیده افقی

چکیده فارسی اسپیرولینا یک نوع ریزجلبک سبز- آبی فتوسنتز کننده و با ساختمان رشته ای با مارپیچ چپگرد می-باشد که در اکوسیستم های آبی بین مدار جغرافیایی80 درجه شمالی و جنوبی مشاهده شده است. اسپیرولینا قابلیت استفاده خوراکی برای انسان در حالت فرآوری شده و فرآوری نشده را دارا می-باشد و از نظر اسیدهای آمینه و اسیدهای چرب، کامل می باشد. بهینه سازی محیط کشت ریز جلبک اسپیرولینا که به منظور دسترسی به تولید کم هزینه تر صورت پذیرفت، بر اساس یافته های محقیقین در نقاط مختلف جهان در مورد توان جذب ترکیبات مختلف توسط اسپیرولینا و بر پایه محیط کشت استاندارد زارووک انجام شد که طی آن محیط های کشت مختلف تهیه شده و پس از کشت و برداشت ماده خشک در شرایط یکسان و بهینه آزمایشگاهی، وزن ماده خشک حاصل از کشت اسپیرولینا در محیط کشت تهیه شده از اوره و آب دریا با سطح اطمینان 95% بیشتر از ماده خشک تهیه شده از محیط زارووک بود. یافتن حساسیت آنتی‏بیوتیکی مناسب در اسپیرولینا و تهیه سازه مناسب حاوی ژن مقاومت به آنتی‏بیوتیک مذکور با توان انتقال به اسپیرولینا و بیان ژن همراه در محیط اسپیرولینا به عنوان مارکر گزینش گر از دیگر اهداف این تحقیق بود که با اعمال غلظت های متفاوت آنتی‏بیوتیک‏های مختلف، حساسیت بسیار شدید اسپیرولینا به استرپتومایسین شناسایی شد. ژن آمینوگلیکوزید3- آدنیل ترانسفراز (aada) به عنوان ژن عامل مقاومت به استرپتومایسین در وکتور ptz57r همسانه سازی شد و بیان پروکاریوتیک ژن aada پس از انتقال سازه به باکتری اشرشیاکلی، با انتقال و کشت باکتری در محیط کشت دارای آنتی بیوتیک استرپتومایسین بررسی و سلامت سازه تایید گردید.

جداسازی و شناسایی باکتری های قادر به کاهش برخی از فلزات سنگین با محوریت سلنیوم از فاضلاب
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1391
  فاطمه یعقوبی زاده   محمد رعایایی اردکانی

از میان روش های مختلف پاکسازی محیط های آلوده به فلز، امروزه میکروارگانیسم ها با داشتن توانایی های مختلف، بیشترین توجه را به خود جلب کرده اند. در این میان سلنیوم و جیوه از طریق فعالیت های مختلف طبیعی و انسانی موجب آلودگی محیط زیست شده اند. این پژوهش با هدف جداسازی باکتری هایی صورت گرفت که توانایی جذب این دو عنصر را دارا می باشند. به این منظور نمونه برداری از پساب و لجن سه کارخانه ی صنعتی خوزستان انجام گرفت. پس از انجام بررسی های اولیه، تعداد 73 جدایه ی مقاوم به سلنیوم و 87 جدایه ی مقاوم به جیوه به دست آمد. سپس با روش انتشار دیسک و تعیین mic و mbc جدایه هایی که بیشترین مقاومت نسبی را به سلنات سدیم و کلرید جیوه داشتند، انتخاب شدند. پس از رسم منحنی رشد، توان جذب، مکانیسم جذب و درصد کارایی پاکسازی این جدایه ها تعیین شد.در پایان، شناسایی با روش های بیوشیمیایی و مولکولی انجام گرفت. در میان جدایه های به دست آمده، دو جدایه ی cbw-s1 و ams1-s8 مقاوم به سلنیوم و یک جدایه ی cbs-h5 مقاوم به جیوه به دست آمد. نتایج بررسی مکانیسم جذب نشان داد که در مورد جدایه های ams1-s8 و cbs-h5، عمدتا مکانیسم تجمع زیستی رخ می دهد؛ درصورتی که روش جذب زیستی برای جدایه ی cbw-s1 کارایی بیشتری دارد. نتایج شناسایی مولکولی با استفاده از تعیین توالی 16srrna نشان داد که جدایه های cbw-s1، ams1-s8 و cbs-h5 به ترتیب بیشترین شباهت را به klebsiella pneumoniae، enterobacter ludwigii و entrobacter sp. نشان می دهند.

تاثیر نانو ذرات fe3o4بر روی پروفایل پروتئینی باکتری سودوموناس آئروجینوزا سویه (ptsox4)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1391
  فاضله السادات بهرام پور   جمشید راهب

در این تحقیق تاثیر نانوذرات اکسیدآهن (fe3o4) بر روی پروفایل پروتئینی باکتری سودوموناس آئروجینوزا (ptsox4) بررسی شد. نانوذرات اکسیدآهن به روش هم رسوبی سنتز شد. بررسی توپوگرافی و ریز ساختار نمونه توسط پراکنش اشعه ایکس (xrd) و اندازه گیری اندازه ذرات توسط میکروسکوپ الکترونی روبشی (sem) انجام شد و میانگین اندازه ذرات 50-40 نانومتر بدست آمد. سویه دستکاری شده باکتری سودوموناس آئروجینوزا(ptsox4) توسط نانوذرات اکسیدآهن پوشش داده شد و برای اطمینان از پوشش نانوذرات بر روی باکتری از میکروسکوپ الکترونی روبشی (sem) استفاده شد. کل پروتئین های باکتری سودوموناس آئروجینوزا(ptsox4) پوشش داده شده و پوشش داده نشده استخراج شد. برای شکستن سلول ها از سونیکیتور استفاده شد. پروتئین های باکتری پوشش داده شده و پوشش داده نشده روی ژل یک بعدی (sds-page) و سپس روی ژل دو بعدی (2d) ران گردید. بررسی نتایج نشان داد که برخی از باند های پروتئینی حذف و برخی باندهای جدید ظاهر می شوند. ژل دوبعدی توسط نرم افزار melani آنالیز شد و لکه های مشابه با نمونه شاهد مشخص گردید. نتیجه حضور گروه پلی پپتیدی با وزن مولکولی 56-30 کیلو دالتون و حذف باندهای پروتئینی بین 56-30 و 65-56 کیلودالتون بود.

جداسازی وشناسایی باکتریهای تجزیه کننده ترکیبات نفتی(آنتراسن ، فلوئورن و آلفانفتول)از خاکهای کهنه آلوده به نفت مسجدسلیمان.
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1392
  سید سهیل رحمت آبادی   محمد رعایایی اردکانی

استفاده از مقادیر اعظم محصولات نفتی منجر به سطوح بالای آلودگی محیط زیستی شده است.استفاده از روش اصلا ح زیستی جهت پاکسازی محل های آلوده به نفت، نسبت به روش های فیزیکی و شیمیایی، به عنوان روشی موثر، کم هزینه و آسان پیشنهاد شده است. هدف از این مطالعه، جداسازی، ارزیابی توان تجزیه و شناسایی باکتری های تجزیه کننده فلوئورن، آنتراسن وآلفانفتول از خاک های آلوده به نفت مسجدسلیمان جهت حذف این آلاینده ها از محیط زیست بود. در این تحقیق، با غنی سازی انتخابی در محیط bsm-مایع با غلظت اولیه ppm100 از هر ترکیب، به صورت جداگانه، به عنوان تنها منبع کربن و انتقال بر روی محیط bsm-آگار، جداسازی باکتری ها صورت گرفت. ایزوله های برتر با رشد در غلظت های بیشتر هر ترکیب در محیط bsm-مایع و آگار انتخاب شدند. میزان تجزیه بیولوژیکی ترکیبات با کروماتوگرافی مایع با فشار بالا تعیین شد. ایزوله های a1 وa3 به ترتیب 88/8 و 61/3درصد آنتراسن، ایزوله های f2 وf3 به ترتیب 43/8 و92 درصد فلوئورن و ایزوله های n1 و n2 نیز به ترتیب 80/5 و 39/7درصد آلفانفتول را در محیط bsm-مایع با غلظت اولیه ppm 100 به عنوان تنها منبع کربن بعد از 15 روز انکوباسیون تجزیه کردند. کنسرسیوم ایزوله-ها در طول 15روز انکوبا سیون، قادر به تجزیه 93/9 درصد آنتراسن ،94/7 درصد فلوئورن و 89/6 درصد آلفانفتول با غلظت اولیه ppm 100 از هر ترکیب به صورت جداگانه بود. منحنی رشد ایزوله ها با غلظت اولیه ppm 100 از این سه ترکیب به صورت جداگانه به عنوان تنها منبع کربن با رقت سازی متوالی رسم گردید. با انجام تست های بیوشیمیایی جهت تشخیص ایزوله های با کارایی بالا، ایزوله a1 به عنوان باسیل گرم منفی، کاتالاز مثبت و اکسیداز منفی شناسایی شد که به جنس استنوتروفوموناس تعلق داشت، ایزوله های a3و n1 باسیل های میله ای گرم منفی، کاتالاز مثبت و اکسیداز مثبت که به جنس سودوموناس و f3 باسیل گرم مثبت، اکسیداز منفی و کاتالاز مثبت و دارای اسپور به جنس باسیلوس تعلق داشتند. جهت شناسایی دقیق، ژن 16s rrna ایزوله ها با واکنش زنجیره ای پلیمراز تکثیر و سپس تعیین توالی شد. با استفاده از برنامه blast در پایگاه اینترنتی مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی، ایزولهa1 به stenotrophomonas maltophilia، ایزوله a3 به psuedomonas aeruginosa، ایزوله f3 به bacillus cereus و ایزوله n1 به psuedomonas putida بیشترین شباهت را داشتند.

بررسی سمیت حاد عصاره حاصل از باکتری سودوآلتروموناس پیسیسیدیا pg-01و pg-02 و تاثیر ضد میکروبی این عصاره ها در عفونت تجربی موش آزمایشگاهی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1392
  رویا اکبریان دهکردی   حسین نجف زاده ورزی

جنس سودوآلتروموناس یک گروه باکتری دریایی متعلق به کلاس گاماپروتئوباکتریا می باشد. این باکتری به علت تولید محصولات طبیعی و اکولوژی میکروبی در دهه گذشته توجه را به خود جلب کرده است. سودوآلتروموناس پیسسیدیا pg01, pg02، دو باکتری هستند، که در سال 1388 توسط داراب پور و همکاران از خلیج فارس جدا شد. بر اساس مطالعات، ترکیب استخراجی از این دو باکتری در محیط in-vitro واجد خاصیت ضدباکتریایی علیه برخی گونه های پاتوژن از جمله استافیلوکوکوس آرئوس و استافیلوکوکوس آرئوس مقاوم به متی سیلین می باشند. هدف از این پژوهش بررسی سمیت حاد ترکیبات ضدباکتریایی استخراجی در محیط in-vivo و همچنین بررسی اثر ضد باکتریایی ترکیبات استخراجی در کاهش تعداد کل باکتری ها در مقایسه با ونکومایسین و گروه کنترل منفی در مدل عفونت عضله موش بود. در این مطالعه ترکیب ضدباکتریایی از باکتری سودوآلتروموناس پیسیسیدیا pg01 توسط اتیل استات و از سودوآلتروموناس پیسیسیدیا pg02 توسط n -بوتانول استخراج شد. ترکیبات حاصل در دوزهای مختلف به موش های مدل تزریق شد. بر اساس نتایج ترکیبات فاقد سمیت حاد بودند و هیچ واکنش خاصی در رفتار حیوانات مشاهده نشد. ترکیب استخراجی از سودوآلتروموناس پیسیسیدیا pg01 علیه استافیلوکوکوس آرئوس در مدل عفونت عضله در مقایسه با ونکومایسین و گروه کنترل منفی واجد اثر کاهشی بود، اما ترکیب استخراجی از سودوآلتروموناس پیسیسیدیا pg02 به نسبت فاقد اثر به نظر می رسید، البته ترکیب مذکور در یک بازه زمانی رشد میکروب ها را ثابت نگه داشته بود، که شاید با تغییر در روش استخراج، حلال و یا میزان دوز تزریقی ترکیب، بتوان ترکیب موثری از این باکتری بدست آورد.

طراحی آزمایش الیزای رقابتی برای ردیابی پادتن ضدنوکلئوپروتئین ویروس آنفلوانزای جنس a
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1392
  هومان احسنی   مسعودرضا صیفی آباد شاپوری

آنفلوانزای پرندگان یک بیماری ویروسی مهم و با اهمیت جهانی است که باعث خسارات اقتصادی در صنعت طیور می شود. ویروس آنفلوانزای پرندگان در خانواده ارتومیکسوویریده جز ویروس آنفلوانزا جنس a طبقه بندی شده است.روش های تشخیص آزمایشگاهی عفونت ویروس آنفلوانزا بر اساس جداسازی و شناسایی ویروس، یافتن اسیدنوکلئیک ویروس و روش های سرولوژی می باشند. یک برنامه کنترلی مناسب مانند بررسی های سرولوژیکی آنتی بادی های ویروس آنفلوانزا نقش مهمی در پیش گیری و کنترل آنفلوانزای پرندگان داردبررسی های آنتی ژنتیکی نشان داده است که نوکلئوپروتئین (np)، پروتئینی است که در بین سویه های مختلف ویروس حفاظت شده است. بنابراین تشخیص سرولوژیکی بر اساس بررسی آنتی بادی علیه np می تواند برای نشان دادن ایمنی ایجاد شده در برابر همه سروتیپ های ویروس آنفلوانزای جنس a استفاده گردد. هدف این مطالعه طراحی و ارزیابی الیزای رقابتی با استفاده از نوکلئوپروتئین نوترکیب و آنتی بادی مونوکلونال ویژه این نوکلئوپروتئین جهت تشخیص سرولوژیک آنفلوانزای پرندگان می باشد. جهت طراحی این آزمایش میزان مناسب آنتی ژن np و رقت های آنتی بادی منوکلونال و کنژوگه پراکسیداز ضد igg موش با آزمایش cherkerboard تعیین گردیدند. سپس 83 نمونه سرمی مرغ تهیه شده از پرندگان واکسینه، پرندگان مبتلا شده به عفونت آنفلوانزا و نیز از پرندگان غیرواکسینه و غیرآلوده به ویروس آنفلوآنزا با آزمایش hi و نیز الیزای طراحی شده مورد آزمایش قرار گرفتند. نقطه برش الیزای طراحی شده بر اساس درصد مهار هر نمونه سرمی در الیزا و نتایج آزمایش hi (به عنوان آزمایش استاندارد) با روش roc تعیین گردید. تجزیه و تحلیل نتایج نشان داد که الیزای طراحی شده در مقایسه با hi برای شناسایی حیوانات واکسینه و مبتلا به عفونت به ترتیب دارای حساسیت 65 درصد و 100 درصد و ویژگی 100 درصد برای هردو گروه بود.

جداسازی و شناسایی اکتینومایست های تولیدکننده آنتی بیوتیک از نواحی شمالی خلیج فارس
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1391
  سعیده فتاح زاده   غلامرضا زرینی

کنترل میکروارگانیسم های ناخواسته در تمام زمینه ها ضروری است. با توجه به هزینه بالای تولید آنتی بیوتیک های سنتزی و نیز عوارض شدید برخی از این دارو ها، محصولات طبیعی همچنان به عنوان منابع مناسب آنتی بیوتیک ها باقی مانده اند. اخیراً میزان کشف ترکیبات جدید از میکروارگانیسم های موجود از منابع خاکی کاهش و میزان جداسازی مجدد ترکیبات شناخته شده افزایش پیدا کرده است. بنابراین یافتن گروه های میکروبی جدید از مناطق کشف نشده به منظور یافتن منابع آنتی بیوتیک های جدید و دیگر عوامل درمانی، حیاتی به نظر می رسد. محیط های آبی و میکروارگانیسم های آن شاید منابع جدید چنین ترکیباتی باشند. در میان میکروارگانیسم های آبی اکتینومایست ها به واسطه تنوع و توانایی تولید ترکیبات جدید در موقعیت برجسته ای قرار گرفته اند. اکتینوباکترها یک گروه متنوع مورفورلوژیکی و فیزیولوژیکی هستند، آن ها باکتری های گرم مثبت بوده، dna با محتوای g+c بالا (%55mol<)داشته و بر اساس ترکیب شیمیایی، تشابه در توالی 16s rrna و dna-dna reassociation به گروه های مختلف تقسیم شده اند. این باکتری ها پروکاریوت های ارزشمندی از نظر بیوتکنولوژیکی و اقتصادی هستند. آن ها منابع مهم و قوی برای ترکیبات بیواکتیو جدید و متابولیت های ثانویه محسوب می شوند. به علت تولید فراوان اسپورهایی که به آسانی پخش می شوند، این باکتری های رشته ای به خوبی با محیط های دریا تطبیق یافته اند و قادر به تجزیه پلیمرهای بیولوژیکی هستند. آن ها درحدود 10% توده های باکتریایی دریا را شامل می شوند و از منابع مختلف دریایی قابل جداسازی هستند. هدف از این پژوهش، یافتن اکتینومایست های دریایی تولیدکننده آنتی بیوتیک به منظور کشف آنتی بیوتیک های جدید و موثر در برابر پاتوژن ها از برخی مناطق شمالی خلیج فارس بود. در این تحقیق از اسفند 89 تا مرداد 90 از آب، رسوب و اسفنج خلیج فارس نمونه برداری شد. اثر ضدمیکروبی اکتینومایست های جدا شده علیه برخی باکتری های بیماری زا به روش چاهک گذاری در آگار و کشت دو لایه انجام شد. به طور کلی 17 جدایه اکتیومایست در این تحقیق به دست آمد که همگی از نمونه های رسوبی جدا شده بودند. 5 مورد از آنها توانایی تولید ترکیبات ضدمیکروبی از خود نشان دادند. 3 مورد علیه باکتری های گرم مثبت موثر بودند و 2 مورد هم دارای فعالیت آنتاگونیستی علیه قارچ و مخمر بودند و فعالیت ضدباکتریایی از خود نشان ندادند، هیچ کدام از سویه های تولید کننده علیه باکتری های گرم منفی تاثیری نداشتند. از بین اکتینومایست های تولیدکننده، در این تحقیق سویه a-1 به علت فعالیت ضدقارچی انتخابی و زمان مناسب تولید ترکیب ضدمیکروبی به عنوان سویه برتر انتخاب و آزمایشات بیشتر روی این سویه انجام شد. مقادیر حداقل غلظت مهاری و حداقل غلظت قارچ کشی برای این سویه تعیین شد. مقادیر mic و mfc برابر و معادل µg/ µl4 بود. همچنین مهمترین فاکتورهای موثر در تخمیر برای تولید ترکیب ضدمیکروبی بهینه شد. برای تخلیص اولیه ترکیب ضدمیکروبی از کروماتوگرافی لایه نازک استفاده شد. از کروماتوگرافی عصاره اتیل-استاتی 6 باند به دست آمد که همه دارای فعالیت ضدقارچی با هاله های متفاوت بودند. مقایسه اثر ضدمیکروبی با آنتی بیوتیک نیستاتین نشان داد که می توان از آن برای درمان استفاده کرد. شناسایی پنج سویه مولد ترکیب ضدمیکروبی بر اساس توالی سکانس 16s rrna تایید شد.

بررسی اثر ضد ویروسی نانوذرات منیزیم، نقره و طلا بر ویروس تب برفکی در کشت سلول
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1393
  سولماز رفیعی   سید الهام رضا توفیقی

بیماری تب برفکی یک بیماری حاد و شدیدا واگیردار است که توسط ویروس تب برفکی در نشخوارکنندگان اهلی و وحشی نظیر گاو، گوسفند، بز، گوزن و خوک ایجاد بیماری می شود. بیماری تب برفکی از نظر خسارت های اقتصادی که به صنعت دام وارد می سازد بسیار حائز اهمیت است. در کشور ما نیز این بیماری مهمترین عامل تهدیدکننده ی سرمایه و تولیدات دامی و اولین بیماری دامی در جدول مبارزه با بیماری های دام محسوب می گردد. در این پژوهش اثر ضد ویروسی نانوذرات منیزیم، نقره و طلا بر ویروس تب برفکی در کشت سلول مورد بررسی قرار گرفت. برای تعیین غلظت غیر سمی نانوذرات از روش mtt assay و برای بررسی اثر ضدویروسی از روش plaque reduction assay استفاده شد. نانوذره ی منیزیم کمترین سمیت را برای سلول ها داشت و از غلظت 250 میکروگرم در میلی لیتر به پایین فاقد اثر سمی بود. نانو ذره ی طلا از غلظت 56/1 میکروگرم در میلی لیتر فاقد اثر سمی بود. نانو ذره ی نقره بیشترین سمیت را برای سلول ها داشت. به طوریکه در غلظت 62/15 نانوگرم در میلی لیتر فاقد اثر سمی بود. اثر ضد ویروسی نانوذرات بر مراحل مختلف رشد ویروس با کمک روش کاهش پلاک مورد بررسی قرار گرفت. در این میان نانوذره ی منیزیم توانایی مهار ویریون آزاد را داشت و هیچگونه اثری بر ویروس داخل سلول نداشت. نانوذره ی نقره بیشترین اثر را در مرحله ی جذب ویروس داشت و همانند منیزیم توانایی مهار ویروس داخل سلول را نداشت. نانوذره طلا برخلاف دو نانوذره ی دیگر توانایی مهار ویروس داخل سلول را داشت و پس از ورود ویروس به درون سلول از تکثیر آن جلوگیری می کرد. این پژوهش نشان دهنده تاثیرات متفاوت هر نانو ذره بر ویروس می باشد. از نانوذرات طلا می توان به عنوان حامل داروهای ضدویروسی استفاده کرد. نانوذرات منیزیم نیز به دلیل سمیت پایین کاندیدای مناسبی برای استفاده به عنوان عامل ضدویروسی هستند.

آنتی بیوتیک، جنس استرپتومایسس، خلیج فارس
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1393
  مریم منادی   محمد رعایایی اردکانی

میکروارگانیسم های مقاوم به چند دارو نقش مهمی را در ایجاد بسیاری از مشکلات بالینی در سطح جهانی ایفا می کنند، بنابراین توسعه ی داروهای جدیدی که بر علیه پاتوژن های مقاوم به آنتی بیوتیک های رایج موثر باشند، یک نیاز ضروری به شمار می آید. در حدود 23000 متابولیت ثانویه بیواکتیو توسط میکروارگانیسم ها تولید و گزارش شده است که از این تعداد، بیش از 10000 مورد آن ها توسط اکتینومیست ها تولید شده است. به عبارتی این آمار معرف 45 درصد متابولیت های ثانویه کشف شده است. در میان این ترکیبات تولید شده توسط اکتینومیست ها، 7600 مورد توسط جنس استرپتومایسس تولید شده است. به دلیل کاهش میزان ترکیبات بیواکتیو جدیدی که از استرپتومایسس های خاک به دست می آیند، جداسازی جنس استرپتومایسس از زیستگاه های دریایی به منظور دستیابی به سویه های جدیدی که به طور بالقوه توانایی تولید طیف گسترده ای از متابولیت های ثانویه مانند آنتی بیوتیک ها را دارند، ارزشمند و بااهمیت می-باشند. هدف از این مطالعه، جداسازی و شناسایی استرپتومایسس های دریایی از خلیج فارس به منظور دستیابی به ترکیبات آنتی بیوتیکی جدید علیه باکتری های بیماری زا بود. به همین منظور نمونه های آب و رسوب از برخی نواحی شمال غربی خلیج فارس جمع آوری شدند. تعداد 35 سویه جدا و از لحاظ تولید آنتی بیوتیک علیه طیف وسیعی از باکتری های بیماری زا شامل سویه های استاندارد و کلینیکی مورد ارزیابی قرار گرفتند. اثر مهاری این سویه ها بر 6 باکتری گرم مثبت و 6 باکتری گرم منفی به روش کشت دولایه سنجیده شد. به طور کلی 17 مورد از آن ها توانایی تولید ترکیب ضدباکتریایی داشتند. از بین آن ها سه جدایه mw-4، mw-5 و bw-5 که تواناترین سویه های تولیدکننده آنتی بیوتیک بودند برای بررسی های بعدی انتخاب شدند. هر سه جدایه علیه هر دو گروه باکتری های گرم مثبت و گرم منفی تأثیرگذار بودند. قطر هاله عدم رشد عصاره ی اتیل استاتی آن ها در غلظت mg/ml 50، بین 28-10 میلی متر بود. در نهایت، شناسایی سویه های برتر تولیدکننده با استفاده از روش های مورفولوژیکی، فیزیولوژیکی، شیمیوتاکسونومی و بیوشیمیایی انجام شد. نتایج نشان داد که هر سه سویه متعلق به جنس استرپتومایسس بودند. هم چنین شناسایی گونه ی ایزوله mw-4 بر اساس تعیین توالی 16s rrna تعیین شد و تحت عنوان streptomyces enissocaesilis شناسایی گردید. مطالعه ی حاضر نشان داد که استرپتومایسس های دریایی متعلق به خلیج فارس می توانند منبع مناسبی برای آنتی بیوتیک های جدید باشند و در درمان بیماری های ناشی از باکتری های مقاوم به چند دارو امیدبخش باشند.

جداسازی و شناسایی باکتری های متانوتروف از برخی مناطق نفت خیز خوزستان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم پایه 1393
  مهدیه صانعی   محمد رعایایی اردکانی

مخازن نفتی منابع زیرزمینی از آلکان های با زنجیره کوتاه و بلند (c1-c30)، خطی، زنجیره ای و شاخه دار هستند. گاز طبیعی در اثر فشار مخزن به صورت عمودی به سمت بالای سطح زمین نفوذ می کند و بخشی از آن توسط میکروارگانیسم های اکسیدکننده هیدروکربن مصرف می شوند. این میکروارگانیسم ها می توانند از آلکان های کوتاه زنجیره (c1-c4)، به عنوان منبع کربن و انرژی استفاده کنند. از آن جایی که اکتشاف ژئومیکربی هیدروکربن ها یک روش اکتشافی بر اساس نفوذ هیدروکربن های سبک از جمله گاز متان از منابع نفت و گاز به سمت سطح زمین و استفاده از آن ها توسط باکتری های مصرف کننده متان می باشد می توان از این باکتری ها به عنوان اندیکاتورهای میکربی به منظور اکتشاف نفت و گاز استفاده کرد. هدف از تحقیق حاضر، جداسازی و شناسایی باکتری های مصرف کننده متان به عنوان تنها منبع کربن و انرژِی بود. برای این منظور نمونه هایی از مناطق نفتی، مشکوک به نفت و غیر نفتی جمع آوری شد. سوسپانسیون باکتریایی تهیه و به محیط اختصاصی nms براث تلقیح شد سپس ارلن ها در سامانه جارهای حاوی اتمسفر 50 درصد هوا و 50 درصد متان (با خلوص 99/99 درصد)، قرار گرفتند. مخلوط گازی هر دو روز تجدید می شد. سپس نمونه های کشت مایع روی پلیت های nms آگار توزیع شد. پلیت ها به مدت دو هفته در جارهای با ترکیب گازی ذکر شده قرار گرفتند. کلنی های تک به پلیت های nms آگار تازه منتقل و به مدت چند هفته گرماگذاری می شد. منحنی رشد جدایه ها در مقادیر مختلف دما و ph رسم شد. این جدایه ها با استفاده از تست های بیوشیمیایی و تعیین سکانس ژن 16s rrna تعیین هویت شدند. در نتیجه این تحقیق، سه جدایه متعلق به sphingomonas sanguinis، sphingomonas parapaucimobilis و achromobacter xylosoxidans. از مناطق نفتی و مشکوک به وجود نفت جداشدند. شرایط بهینه برای رشد توسط هر سه جدایه عبارت بودند از: دمای 30 درجه سانتی گراد و 4/7 ph . براساس نتایج بدست آمده می توان بیان کرد که باکتری های جداسازی شده توانایی مصرف متان را دارند و می توان از آن ها به عنوان اندیکاتورهای میکربی در اکتشاف نفت استفاده کرد.

جداسازی وشناسایی میکروارگانیسم های تولیدکننده لاکاز از محیط وتعیین بهترین سویه تولید کننده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1390
  فاطمه شیخی   محمد رعایایی اردکانی

نام خانوادگی: شیخی نام: فاطمه عنوان پایانامه:جداسازی وشناسایی میکروارگانیسم های تولیدکننده لاکاز از محیط وتعیین بهترین سویه تولید کننده استاد راهنما: دکتر محمد رعایایی اردکانی اساتید مشاور:دکتر نعیمه عنایتی ضمیر و مهندس غلامرضا قزلباش درجه تحصیلی: کارشناسی ارشد رشته: میکروبیولوژی محل تحصیل (دانشگاه): دانشگاه شهید چمران اهواز دانشکده: علوم تعداد صفحات:150 تاریخ فارغ التحصیلی: 27/6/90 کلید واژه: قارچ، باکتری، لاکاز، بیوپولاریس استرالینزس ، باسیلوس سوبتیلیس،abts چکیده: لاکاز یک آنزیم اکسیدوردکتاز است که قادر به اکسید کردن انواع ترکیبات آروماتیک می باشد. لاکاز به علت ویژگیهای خاص خود در بین آنزیم های تجزیه کننده لیگنین از اهمیت ویژه برخوردار است. در این تحقیق میکروارگانیسم های تولید کننده لاکاز اعم از قارچ و باکتری از خاک اطراف ریشه نیشکر، باگاس، فاضلاب کارخانه کاغذسازی، چوب درختان پوسیده و کمپوست جداسازی شدند. در مرحله اول 147 جدایه قارچی و 96 جدایه باکتریایی جداسازی شد.برای غربالگری قارچ های تولیدکننده لاکاز از محیط mea حاوی 1/0 گرم در لیتر abts و5/0 میلی مول آلفانفتول و محیط سنتتیک حاوی 2/0% گویاکل و کریستال ویوله استفاده شد.کلونی ها در محیط کشت حاوی abts با تولید هاله سبز،درمحیط حاوی گویاکل هاله قهوه ایی،در محیط حاوی آلفا نفتول هاله سیاه و با بی رنگ کردن محیط حاوی کریستال ویوله مشخص شدند.بااستفاده از این چهار روش 22 جدایه قارچی غربالگری شد که 18 جدایه قارچی در محیط کشت حاوی نشانگر abts غربالگری شدند(90%) که این موضوع نشاندهنده قابلیت بالای این ماده در غربالگری قارچ-های تولیدکننده لاکاز است.باکتری ها در محیط کشت آگار مغذی حاوی5/0 میلی مول گویاکل و 2/0 گرم در لیتر abts کشت شدند که بعد از 96 ساعت گرماگذاری در 33-28 درجه سانتیگراد در محیط کشت حاوی گویاکل 16 جدایه که همگی از جنس باسیلوس بودند به رنگ قهوه ایی درآمدند.abts نشانگر مناسبی برای غربالگری باکتری ها بر روی پلیت نبود. بعد از مرحله اول غربالگری، برای تعیین میزان کمی لاکاز جدایه های منتخب،آن ها در محیط مایع کشت شدند.میزان لاکاز جدایه ها در دوحالت سکون و هوادهی بررسی شد.قارچ بیوپولاریس استرالینزس سویه a103 با تولید u/l613 در شرایط هوادهی به عنوان بهترین جدایه تولیدکننده لاکاز انتخاب شد. وزن مولکولی آنزیم لاکاز این سویه با تکنیک sds-page تعیین شد.دو باند با وزن مولکولی 68 و83 کیلو دالتون در ژل sds-page مشاهده شد.ازمیان جدایه های باکتریایی، باکتری باسیلوس سوبتلیس سویه wpi به عنوان بهترین جدایه باکتریایی تولید کننده لاکاز با میزان u/l28/2 و وزن مولکولی 55 کیلو دالتون تعیین شد.

بررسی تیترآنتی بادی سطحی ویروس هپاتیت b(hbsab) واینترفرون گاما ( ifn-γ) پرسنل بهداشتی ـ درمانی واکسینه شده با واکسن نوترکیب هپاتیت b شبکه بهداشت ودرمان دشت آزادگان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1393
  سوری حیدری   الهام رضاتوفیقی

ویروس هپاتیت (hbv) b یکی از عوامل مهم هپاتیت حاد و مزمن بوده که می تواند حتی منجر به بروز، سیروز و کارسینومای هپاتوسلولار گردد.پرسنل بهداشتی و دانشجویان پزشکی در مقایسه با سایر گروههای جامعه به دلیل مواجهه مکرر با بیماران و فرآورده های خونی و نیز ترشحات قسمت های مختلف بدن در ریسک بالاتر ابتلاء به بیماریهای عفونی از جمله هپاتیت b قرار دارند. این مطالعه مقطعی بر روی تعداد 130 نفر از پرسنل شبکه بهداشت و درمان شهرستان دشت آزادگان که واکسن نوترکیب هپاتیتb دریافت نموده بودند انجام شد. تعداد 5 10×5 سلول تک هسته ای خون محیطی(pbmc) بعداز جداسازی با فایکول در170میکرولیتر محیط کشت rpmi 1640حاوی پنی سیلین (u/ml 100 ) استروپتومایسین ( µg/ml100)و fbs(10%) به میکروپلیت¬های 96 خانه¬ای اضافه شد و جهت تحریک سلولها به محیط کشت حاوی pbmc 15میکرولیتر آنتی ژن ویروسی هپاتیت b (g/mlµ20) recombinant hbsag (برای هر چاهک) اضافه شد. .سلولها درانکوباتور 5% co2 به مدت 48ساعت در شرایط دمای 37درجه سانتیگراد درمجاورت آنتی ژن ویروسی انکوبه گردید.مایع رویی محیط کشت سلول با استفاده ازکیت الایزا جهت ترشح وتولید ifnγبا روش الایزا سنجیده می شد.نمونه ها از لحاظ سطح آنتی بادی ضد ویروس هپاتیت b به طریق الیزا بررسی شدند.یافته ها: نتایج حاکی از آن بود که 5/68٪پرسنل پاسخ ایمنی خوبو5/31٪ عدم پاسخ به واکسیناسیون داشتند.میزان اینترفرون گاما 35/46±14/47 بود بین تیترifn-γو تیترanti-hbs افراد مور مطالعهارتباط مستقیم وجود دارد(653/0r=). بین میزان تیتر ifn-γ و تیترanti-hbs با شاخص توده بدنی،تعداد دوز واکسن ،فاصله زمانی آخرین تزریق واکسن ارتباط معنی داری وجود داشت )05/0p<).نتیجه گیری: نتایج این تحقیق نشان داد که 76/30٪ از افرادتحت مطالعه مصونیتی نسبت به دریافت واکسن هپاتیتb نداشتند.پیشنهاد می شود 5 سال پس از تزریق واکسن سطح hbs ab در افراد در معرض خطر اندازه گیری و سپس در خصوص استفاده از دوز یادآور تصمیم گیری صورت گرفته و پیگیری شود.

جداسازی و شناسایی باکتری های پروبیوتیک از منابع مختلف و اثر آنها بر کاهش کلسترول خون موش های صحرایی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - پژوهشکده علوم 1393
  سحر کرمی   محمد رعایایی اردکانی

پروبیوتیک ها،میکروارگانیسم های زنده و مشخصی هستند که در صورت مصرف، با مقادیر کافی در انسان یا حیوان با اثر بر روی فلور میکروبی بدن باعث اعمال اثرات مفیدی بر سلامتی میزبان می شوند. ازجمله اثرات مفید محصولات پروبیوتیک بر سلامتی میزبان، جلوگیری از رشد و فعالیت باکتری های پاتوژن، کاهش کلسترول و چربی خون، بهبود هضم لاکتوز وکاهش عدم تحمل لاکتوز، جلوگیری وکاهش بیماری های روده وسرطان، تقویت سیستم ایمنی و دفاعی بدن می باشد. اکثر پروبیوتیک ها متعلق به گروه بزرگی از باکتری های اصلی فلور میکروبی روده انسان بوده و در آن جا زندگی همسفرگی بی ضرری دارند.عمده ترین باکتری های پروبیوتیک متعلق به جنسlactobacillusوbifidobacteriumهستند. هدف از مطالعه حاضر جداسازی باکتری های پروبیوتیک از منابع مختلف وطبیعی و اثر آن ها بر کاهش کلسترول خون موش های آزمایشگاهی می باشد. بر این اساس در این پژوهش از منابع مختلف (لبنیات محلی مختلف(ماست، شیر، پنیر)، ماست پروبیوتیک، هویج، کلم، ترخینه ومدفوع )نمونه گیری شد پس از غنی سازی، رقت سازی وکشت روی محیط اختصاصی،خالص سازی نهایی(به دو صورت: جداسازی تحت شرایط هوازی وشرایط بی هوازی ) صورت گرفت شناسایی اولیه با انواع تست های بیوشیمیایی صورت گرفت. جدایه های منتخب با تعیین سکانس ژن 16s rrna تعیین هویت شدند.در مجموع 34 جدایه جداسازی شد، که به طور تصادفی از هر منبع 1جدایه انتخاب شد ونهایتاً10جدایهمنتخب به ترتیب شامل:2جدایه lactobacillus plantarum(ازهویچ وکلم)، 2جدایه bacillus subtilis(ازپنیر ومدفوع)، 1جدایهweissellaparamesenteroides (از ماست)، 1جدایه)enterococcus faeciumاز ترخینه)، 2جدایه lactobacillus gasseri (از مدفوع تحت شرایط بی هوازی)، 1جدایه lactobacillus fermentum(ازمدفوع تحت شرایط بی هوازی)و1 جدایه lactobacillusbrevis(از مدفوع تحت شرایط بی هوازی) بودند.پس از تهیه 40 سر موش در 5 گروه 8تایی، پس از مصرف2 هفته ای غذای چرب (کلسترول دار) توسط 3 گروه از موش ها،(جهت افزایش چربی خون)، در ادامه با مصرف2 هفته ای 10 جدایه منتخب در موش هایتحت آزمایشروند کاهش کلسترول وldl به صورت معنی دار مشاهده شد، روند کاهش تری گلیسرید نیز مشاهده شد ولی به صورت معنادارمشاهده نشد ، هم چنین افزایش hdlبه صورت معنادار مشاهده شد. با توجه به نتایج این پژوهش باکتری های جنس lactobacillusدر مقایسه با سایر جنس های جداسازی شده، بیشترین اثر کاهش کلسترول و چربی های مضر را نشان دادند.

بررسی شیوع عفونت های گوارشی روتاویروسی در کودکان زیر 5 سال مراجعه کننده به بیمارستان ابوذر شهر اهواز
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1393
  حسنا حمزوی   منوچهر مکوندی

گاستروانتریت یکی از بیماری های رایج قرن حاضر است. عوامل مختلف شامل باکتری، ویروس و انگل به عنوان عوامل اصلی در بروز این بیماری نقش دارند. در این مطالعه عامل ویروسی از نوع روتاویروس مورد بررسی قرارگرفته است. روتاویروس، گاستروانتریت حاد را در کودکان زیر 5 سال به خصوص در کودکان زیر 2سال ایجاد می کند. شدت عوارض ناشی از بیماری را با تشخیص سریع بیماری و اقدامات درمانی مناسب کاهش داد و همچنین با ساخت واکسن مناسب جهت ایمن سازی کودکان علیه این ویروس امکانپذیر است.هدف ازاین تحقیق بررسی شیوع عفونت گوارشی روتاویروس در کودکان زیر5 سال مبتلا به اسهال و استفراغ می باشد. برای تشخیص از تکنیک های الایزا، لاتکس آگلوتیناسیون و rt-pcr برای شناسایی بیماران مبتلا به عفونت روتاویروسی استفاده شد.200 نمونه مدفوعی از بهمن ماه 1392 تا شهریور 1393 تهیه شد. هر سه روش برای 100 نمونه اول تست شد و مقایسه عملکرد هر سه تست از نظر دقت در تشخیص، حساسیت و اختصاصیت بررسی شد. در بررسی میزان شیوع روتاویروس در 200 نمونه، 82 نمونه توسط تست لاتکس مثبت بدست آمد. از این تعداد 42 نمونه با شیوع 21درصد از نظر rt-pcr مثبت تشخیص داده شد.اسفند ماه بیشترین شیوع 95/30 درصد و شهریور کمترین میزان یعنی شیوع 38/2 درصد بدست آمد. در بررسی حاضر رابطه معنی داری بین فصل بروز بیماری، علائم بالینی اسهال، استفراغ و تب در سطح 05/0 بدست آمد. درمقایسه سه روش آزمایشگاهی،در 100 نمونه اول مورد آزمایش، الایزا از نظر سرعت تشخیص، حساسیت بالاو اختصاصیت خوب به ترتیب عبارت بودند از حساسیت 96 درصد، اختصاصیت 85درصد.

بررسی آلودگی سبزیجات به سالمونلا انتریکا به روش کشت و اشریشیا کلی انتروهموراژیک (ehec) به روش کشت و مولتی پلکس pcr در شهرستان اهواز
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1393
  ستاره شمس   محمد رعایایی اردکانی

اشریشیا کلی انتروهموراژیک و سالمونلا انتریکا، عوامل میکروبی هستند که قادرند از طریق مواد غذایی به انسان منتقل شده و موجب بروز بیماریهای خطرناکی شوند.در این پژوهش تعداد 256 نمونه سبزیجات تازه شامل کاهو، کلم و سبزی خوردن طی مدت 8 ماه از 4 مرکز عمده فروش سبزی در شهرستان اهواز تهیه گردید. پس از غنی سازی اولیه، از محیط های کشت ct-smac و xld به منظور جداسازی باکتری های مورد نظر استفاده شد، سپس باکتری های رشد یافته به محیط های کشت افتراقی انتقال داده شده و با تستهای اختصاصی بیوشیمیایی به عنوان اشریشیا کلی و سالمونلا تائید شدند و در مرحله بعد توسط آنتی سرم های e.coli o157:h7 و سالمونلا بررسی گردیدند. تست حساسیت ضد میکروبی به روش دیسک گذاری برای سویه های سالمونلا انجام شد. در نهایت با روش مولتی پلکس pcr حضور ژن های stx1 , stx2 ,eaea ,hlya در سویه هایe.coli o157 ارزیابی گردیداز مجموع نمونه های مورد بررسی، در12 نمونه (6/4%) باکتری سالمونلا انتریکا و در 8 نمونه (1/3%) باکتری e.coli o157 شناسایی شده و از میان آنها تنها 2 جدایه بعنوان e.coli o157:h7 تشخیص داده شدند.

جداسازی و شناسایی باکتری های تجزیه کننده متیل ترشیاری بوتیل اتر (mtbe) از فاضلاب پتروشیمی بندر امام خمینی و خاک های آلوده به آن و بهینه سازی شرایط تجزیه این ماده توسط باکتری های جداسازی شده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - پژوهشکده علوم 1393
  فاطمه محمود صالح   محمد رعایایی اردکانی

تولید، توزیع و استفاده گسترده از متیل ترشیاری بوتیل اتر (mtbe)، منجر به آلودگی وسیع در آب های زیرزمینی، منابع آب آشامیدنی و خاک ها گردیده است. mtbe در محیط پایدار است و از طرفی به عنوان یک عامل احتمالی سرطان حتی در غلظت-های بسیار اندک شناسایی شده است، بنابراین پاک سازی این ترکیبات از محیط حائز اهمیت است. در طی سال های اخیر، اصلاح زیستی به علت هزینه اندک و ویژگی های سازگاری با محیط زیست، در جهت حذف این آلاینده مطرح است. هدف از این مطالعه جداسازی، غربال گری و انتخاب باکتری های تجزیه کننده mtbe از پساب واحد mtbe پتروشیمی بندر امام خمینی و خاک-های آلوده به آن و بهینه سازی شرایط تجزیه این ماده توسط باکتری های جدا شده در جهت حذف این آلاینده از محیط زیست بوده است. در این تحقیق، تکنیک غنی سازی، جهت جداسازی تجزیه گرهای mtbe مورد استفاده قرار گرفت

بررسی میزان شیوع هلیکوباکترپیلوری در بیماران دارای اختلالات گوارشی شهر اهواز
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1394
  مریم خاج دزفولیان   محمد رعایایی اردکانی

هلیکوباکتر پیلوری مهم ترین عامل التهاب معده و سوء هاضمه در انسان است که گسترش جهانی دارد، با توجه به اهمیت این باکتری و شیوع متفاوت آن در مناطق مختلف کشور، هدف از این پژوهش، تعیین شیوع عفونت هلیکوباکتر پیلوری در اهواز می باشد.این پژوهش یک بررسی مقطعی- توصیفی است که برروی 100 بیمار گوارشی مراجعه کننده به بیمارستان امام خمینی اهواز در سال 1393 انجام گرفت. در ابتدا از تست های اوره آز سریع(rut )و واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr ) برای شناسایی هلیکوباکتر پیلوری استفاده شد. سپس از نرم افزار spss و آزمون های آماری مربع کای و آنالیز واریانس برای یافتن ارتباط بین عفونت هلیکوباکتر پیلوری و خصوصیات بیماران استفاده گردید. از مجموع بیماران مورد بررسی ، 68% به عفونت هلیکوباکتر پیلوری مبتلا بودند. نتایج نشان داد که بین سطح سوادو علامت بالینی برگشت اسیدو عفونت با باکتری ارتباط معنی داری وجود دارد، اما بین سن، جنسیت و عفونت با هلیکوباکتر پیلوری، ارتباط معنی داری مشاهده نشد. دراین مطالعه به دلیل وقوع نتایج مثبت کاذب در روش اوره آز سریع و با توجه به شواهد و مطالعات قبلی ، روشpcr به دلیل بالاتر بودن حساسیت و ویژگی نسبت به اوره آز سر به به عنوان استاندارد طلایی انتخاب گردید. با توجه به شیوع بالای عفونت هلیکوباکتر پیلوری و عوارض ناشی از آن در افراد آلوده، ضرورت پایش مداوم، آموزش بهداشت و کنترل دقیق عفونت مجدد در جمعیت مورد بررسی وجود دارد.