صفویان موسس و موجد دولت ملی و وحدت و استقلال قومی ایران به شمار می روند و این وحدت و استقلال را بر اساس مذهب شیعه نهاده اند، اعلام مذهب تشیع به عنوان مذهب رسمی کشور در اذهان مردم دو اثر مهم داشت: از یک طرف ایرانیان را با هم متحد می ساخت و از طرف دیگر آنان را از ملل همسایه خویش که سنی مذهب بودند دور می کرد و در پناه این اتحاد و این محیط عواملی که ملیت را تشکیل می دهند نضج می گرفت . پس از برپایی سلسله صفویه به وسیله شاه اسماعیل در سال 907ه ق/1501م و بیان موضوع رسمیت یافتن مذهب تشیع در ایران و مصمم شدن در اجرای آن بدون هر گونه فوت وقت از سوی شاه اسماعیل اول و مأموران خبره اش، در این زمینه، باعث گردید تا مذهب اساس وحدت ملی در کشور ایران را فراهم آورد. مذهب تشیع تمامی ابعاد عوامل اقتصادی، سیاسی ، اجتماعی، نظامی، مذهبی و فرهنگی جامعه آن روز را تحت الشعاع خود درآورد. این سیاست مذهبی در سایه حمایت و پشتیبانی و اصرار و صراحت شاه اسماعیل اول، بر اجرای تمامی احکام و شرایع مربوط به مذهب تشیع بیشترین تأثیر را بر مقوله آموزش و پرورش - تعلیم و تربیت - آن دوره داشته است. بنابراین تعلیم وتربیت در دوره صفویه هدف و منظور خاصی را دنبال می کرده و آن عبارت بود از تقویت اعتقاد شیعیگری که هدفی درازمدت بوده و نیز معتقد کردن کودکان و نوجوانان و سالمندان به مذهب جعفری. پس به این ترتیب آموزش از همان ابتدا با آموزش قرآن در مکتب خانه شروع می شد. در این دوره سازمان فرهنگ توسعه یافت، بر تعداد مدرسه های علوم دینی افزوده شد و مسجدها و مدرسه-های بسیار با موقوفه زیاد تأسیس گشت که زیباترین نمونه آن مسجد شاه و مسجد شیخ لطف الله و مدرسه چهار باغ اصفهان است، شمار طلبه های علوم دینی چند برابر شد، افراد مستعد همگی به علوم دینی روی آوردند و علمای بزرگی چون شیخ بهایی، میر داما، مجلسی و... ظهور کردند که نفوذ آنان تالی سلطه و قدرت پادشاهی بود . در دوره صفویان چند عامل موثر به این دوره از تاریخ علم اهمیت ویژه ای بخشیده است، ایران کانون کشفیات اصیل نبود بلکه مکانی برای مبادله افکار و اندیشه ها بر شمرده می شد. کشمکش طولانی و تلخ شاهان صفوی و ترکان عثمانی موجب علاقه به تکنولوژی و فن آوری شد تا ایران از انقلاب علمی که قدرتی فزاینده و نفوذی درخور در اروپای غربی بود ، اطلاعی کسب کند و دیری برنیامد که علوم سنتی ایران که در زمان مغولان با پیوندهای چینی تقویت شده بود در معرض رشته-ای قرار گرفت که باید علم جهانی بدان اطلاق کرد چون ایران از این زمان به بعد دیگر نتوانست از حیطه تأثیرات روش تجربی و تبیین نتایج برخاسته از تحلیل ریاضی بگریزد. در این روزگار همچون دوران قرون وسطی مسیحیت، امکان این وجود نداشت که علم را به گونه رشته مجزایی از سایر معارف مورد کندوکاو قرار دهند، به همین دلیل در دربار شاه عباس دوم در اصفهان و اکبر شاه در دهلی شعرایی بودند که طبابت می کردند و یا طبیبانی که به شاعری می پرداختند.