سودوموناس آئروژینوزا یکی از شایع ترین میکروارگانیسم های بیماری زا در عفونت های قرنیه ای ، به ویژه در کراتیت های مرتبط با لنز تماسی می باشد. کراتیت سودوموناسی یک عفونت چشمی خطرناک است که اگر فورأ درمان ‏مناسب در آن انجام نشود, می تواند منجر به ناتوانی شدید در دید ‏و زخم قرنیه شود‎. بیماری زایی سودوموناس آئروژینوزا به علت تولید چندین فاکتور ویرولانس ‏همراه با سلول و فاکتورهای خارج سلولی می باشد. فاکتورهای ویرولانس ‏که بیشتر با آسیب چشمی همراه هستند عبارتند از: اگزوتوکسینs، اگزوتوکسینu, الاستاز, آلکالین پروتئاز و پروتئاز‏iv‏. برای کنترل بهتر عفونتهای چشمی ناشی از سودوموناس آئروژینوزا در این تحقیق ژنوتیپ(exou وexos ) و فنوتیپ (تشکیل بیوفیلم,پروفایل پروتئازی,الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی) سویه های چشمی سودوموناس آئروژینوزا ‏در نمونه های ایرانی بررسی شد و مقایسه بین ژنوتیپهای مختلف صورت گرفت. در این مطالعه همه نمونه ها حداقل به 4 آنتی بیوتیک مقاومت نشان دادند ولی به همه ی فلوروکینولونها حساس بودند. مقاومت چند دارویی در دو نمونه (%3.7) مشاهده شد. از54 نمونه 51 نمونه ژن ‏exou‏ و 34 نمونه ژن ‏exos‏ را در ‏pcr‏ نشان دادند. تشکیل بیوفیلم قوی با حضور ژنexou مرتبط بود . همه 54 نمونه قادر به تولید پروتئاز‏iv‏ بودند و بیشتر آنها الاستاز را تولید می کردند، اما فقط در دو نمونه فعالیت آلکالین پروتئاز توسط ژلاتین زیموگرافی مشاهده گردید. بررسی ژنتیکی نمونه های سودوموناس آئروژینوزا 50 الگوی باندی مختلف را نمایان ساخت. .در دندوگرام حاصل از الگوی pcr-eric، فقط 8 نمونه در 4 کلون حقیقی دسته بندی شدند و25 نمونه در 8 کلون با تشابه %85 دسته بندی شدند. نتایج حاکی از تنوع ژنتیکی نمونه های چشمی می باشد. یافته های ما تصدیق می کند که نمونه های سودوموناس آئروژینوزا با منشأ عفونی مختلف ممکن است خصوصیات متفاوتی داشته باشند. در نمونه های چشمی ما فنوتیپ سیتوتوکسیک متداولتر از فنوتیپ مهاجم می باشد که اهمیت این توکسین ها را در بیماری زایی تأیید می کند. هم چنین ما نشان دادیم eric-pcr یک ابزار کارآمد برای تعیین گونه نمونه های کلینیکی سودوموناس آئروژینوزا می باشد.

بیماری سل نوعی بیماری است که اغلب ریه ها را درگیر می کند اما این بیماری قسمت های دیگر بدن را نیز تحت تاثیر قرار می دهد این بیماری عفونی توسط سویه های مختلفی از مایکوباکتریاها از جمله مایکو بکتریوم توبرکلوزیس ایجاد می شود. پیرازین آمید یک داروی رده اول و مهم برای کوتاه سازی درمان عفونت سل به همراه ایزونیازید و ریفامپین است. از لحاظ ساختاری پیرازین آمید آنالوگ نیکوتین آمید است که یک پیش دارو محسوب می شود و برای فعالیت دارویی باید به پیرازینوئیک اسید تبدیل شود که این کار از طریق عملکرد آنزیم پیرازین آمیداز باکتریایی و فعالیت هیدرولازی آن انجام می گیرد. مهم ترین عامل بروز مقاومت به داروی پیرازین آمید بروز جهش در ژن رمز دهی کننده پروتئین پیرازین آمیداز است. ژن رمزدهی کننده پیرازین آمیدار دارای 561 جفت باز می باشد. این ژن پلی پپتید 186 آمینواسیدی را رمزدهی می نماید که دارای وزن مولکولی 5/20 کیلو دالتون می باشد. در این مطالعه ژن رمزدهی کننده آنزیم پیرازین آمیداز از مایکو بکتریوم توبرکلوزیس در وکتور بیانی pet 21a(+) کلون شد. جهت بیان آنزیم وکتور ساخته شده به باکتری escherichia coli bl21 منتقل شد. نتایج نشان داد که آنزیم بیان شده به لحاظ عملکردی فعال می باشد. از این آنزیم فعال می توان در تحقیقات بعدی همچون مطالعه مکانیسم مقاومت به دارو در آنزیم های جهش یافته استفاده کرد.

پیرازین آمید یک داروی رده اوّل در درمان بیماری سل است که به صورت پیش دارو مصرف شده وتوسط آنزیم پیرازین آمیداز باکتری مایکوباکتریوم توبرکلوزیس، هیدرولیز شده به داروی فعال تبدیل می شود و نهایتاٌ باعث مرگ این باکتریها می شود.در این مطالعه با توجه به اهمیّت ایجاد مقاومت در باکتری مایکربکتریرم توبرکلوسیس نسبت به داروی pza ، سعی شده تا با بیان پروتیین پیرازین آمیداز نوع وحشی و انواع جهش یافته کلینیکی مقاوم در سوش مناسب و استصحال آنزیم مذکور ، ارتباط ساختار- عملکرد این آنزیم و همچنین مکانیسمهای ایجاد مقاومت در این آنزیم،مورد مطالعه قرار گیرد.در جریان این مطالعه ژن مربوط به پیرازین آمیداز نوع وحشی و دو جهش یافته ی کلینیکی مقاوم ) d63g/w119c و a143t ( کلون و بیان شده و از لحاظ پارامتر های سینتیکی با هم مقایسه شدند. علاوه بر تکنیک های بیوشیمیایی ذکر شده تکنیک های محاسباتی داکینگ و شبیه سازی دینامیک ملکولی) برای مطالعه جهش یافته های مذکور ومقایسه آنها با نوع وحشی استفاده شد.