به منظور مقایسه روش های ارزیابی ژنتیکی گاوهای شیری هلشتاین استان خراسان رضوی برای صفت تولید شیر از مدل های روزآزمون با تابعیت ثابت و تابعیت تصادفی استفاده شد. داده های مورد بررسی در این تحقیق متعلق به 19217 رأس گاو هلشتاین سه بار دوشش در روز بود، که برای اولین بار طی سال های 1370تا 1387زایش داشتند. در مدل تابعیت ثابت، گروه همزمان گله- سال- ماه تولید و متغیرهای کمکی سن هنگام اولین زایش و درصد ژن هلشتاین و هم چنین اثرات تصادفی ژنتیکی افزایشی و محیط دائمی قرار داده شد. در مدل تابعیت تصادفی گروه همزمان گله- سال- ماه تولید و متغیرهای کمکی سن هنگام اولین زایش و درصد ژن هلشتاین به عنوان اثرات ثابت در نظر گرفته شدند. اثرات تصادفی ژنتیکی افزایشی و محیط دائمی گاوها برای شکل منحنی تولید شیر در طول دوره شیردهی توسط چند جمله ای متعامد لژاندر تا توان سوم برازش شدند. نتایج به دست آمده در این تحقیق نشان داد که ماه های نیمه دوم دوره شیردهی وراثت پذیری بیشتری نسبت به ماه های نیمه اول دوره شیردهی دارند. پایین ترین و بالاترین مقادیر وراثت پذیری به ترتیب متعلق به ماه های اول(0/102) و ششم شیردهی(0/235) بودند براساس نتایج حاصل در اکثر موارد همبستگی های ژنتیکی افزایشی محیط دائمی و فنوتیپی با افزایش فاصله بین مراحل شیردهی کاهش یافتند. در این پژوهش هم چنین پیش بینی ارزش ارثی حیوانات(پدران،دختران ) با استفاده از دو روش ارزیابی ژنتیکی بر مبنای مدل تابعیت ثابت و تصادفی مقایسه گردید. میانگین ارزش اصلاحی پیش بینی شده گاوها برای 305 روز شیردهی در مدل تابعیت تصادفی از لحاظ آماری کمتر از مدل تابعیت ثابت بود. ضریب همبستگی رتبه ای بین مقادیر ارزش اصلاحی پیش بینی شده گاوهای ماده در دو روش فوق برابر0/97080 بود

هدف از این تحقیق امکان بررسی تشخیص انساب در اسب اصیل ترکمن ایران با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره بود. تعداد 51 نمونه خون از اسب های اصیل ترکمن در منطقه راز و جرگلان در خراسان شمالی جمع آوری شده و dna ژنومی استخراج گردید. سپس واکنش زنجیره ای پلیمراز برای تکثیر قطعات چهار جایگاه نشانگر ریزماهواره (hms02، hms03، hms07و aht04) با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی به صورت استاندارد انجام شد. محصولات واکنش زنجیره ای پلیمراز بر روی ژل اکریل آمید 8 درصد الکتروفورز شدند. جهت بررسی پارامترهای جمعیتی از نرم افزارهای popgene 3.2 و f-stat 1.2 استفاده شد. نتایج این تحقیق نشان داد که تعداد آلل ها در چهار جایگاه مورد مطالعه از 9 تا 12 آلل متغیر بود. بیشترین مقدار هتروزیگوسیتی (8847/0) مربوط به جایگاه hms02 و کمترین مقدار آن (8039/0) در جایگاه hms03 مشاهده شد. بیشترین مقدار اطلاعات چند شکلی (86/0) به جایگاه hms07 و کمترین مقدار این معیار (77/0) به جایگاه hms03 مربوط می شد. بیشترین و کمترین مقدار شاخص شانون (2617/2 و 0532/2) نیز به ترتیب در جایگاه های ژنیhms07 و aht04 برآورد گردید. بیشترین و کمترین مقدار احتمال رد در جایگاه های hms03 و hms07 با مقادیر 1 و 535/0 مشاهده شد و میانگین این معیار برا ی این 4 جایگاه 8235/0 برآورد گردید. نتایج این تحقیق مشخص نمود که این 4 جایگاه با توجه به چند شکلی و احتمال رد بالای مشاهده شده، می توانند به عنوان یک نشانگر ملکولی مناسب در تست انساب در اسب های اصیل ترکمن مورد استفاده قرار گیرند.

هدف اصلی این تحقیق بهینه سازی روش relative quantitative real-time pcr مبتنی بر سایبرگرین جهت اندازه گیری نسبی بیان دو ژن گیرنده های پروژسترون در نمونه های مبتلا به سرطان پستان و طبیعی درانسان و سگ بود. 10 نمونه بافت طبیعی و 20 نمونه بافت سرطانی پستان انسان و همچنین 10 نمونه طبیعی و 10 نمونه سرطانی پستان سگ قبل از درمان و بدون آلودگی جمع آوری شدند.rna ی کل بافت های پستانی، استخراج و قطعات ژنی pr-a, pr-b,gapd و ? -actin توسط واکنش رونویسی معکوس cdna سنتز شد. پس از استخراج rnaکل از بافت های پستانی و سنتز cdnaژن های pr-a،pr-b ، gapdh و ? –actin برای اندازه گیری میزان بیان ژن در این بافت ها توسط واکنش real time pcr به صورت نسبی تکثیر شدند. داده های خام بصورت ct از دستگاه گرفته شد و با استفاده از نرم افزار sds v1.4 آنالیز شدند. ?ct های بدست آمده با استفاده از آزمون student t-test مورد تجزیه وتحلیل آماری قرار گرفتند. یافته های این مطالعه نشان دادند که هر چهار ژن در بافت های طبیعی و سرطانی بیان می شوند و بیان ژن های pr-b و pr-a در بافت های سرطانی نسبت به بافت های طبیعی به ترتیب بیشتر و کمتر بود. لذا آزمون بررسی تفاوت میزان بیان ژن های pr-a و pr-b در بافت های سرطانی نسبت به میانگین نمونه های طبیعی انجام شد و نتایج نشان دادند که بیان ژن pr-a در 30 درصد نمونه ها افزایش داشته است. بیان ژن pr-b میانگین نمونه های سرطانی نسبت به میانگین نمونه های طبیعی کاهش، داشت اما کاهش آن در سطح 5 درصد معنی دار نبود. نتایج نشان دادند که این ژن ها به خوبی می توانند به عنوان مرجعی به منظور شناسایی و غربالگری بیماران سرطانی از افراد سالم حتی در مراحل اولیه بیماری مورد استفاده قرار گیرند.

در این تحقیق به منظور تعیین بهترین تابع توصیف کننده منحنی شیردهی درگاو های هلشتاین از رکورد های روز آزمون تولید شیر مربوط به دوره شیردهی اول یکی از دامداری های استان خراسان که در بین سال های 1378تا 1387 توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور جمع آوری گردیده است استفاده شد. رکورد های استفاده شده بعد از ویرایش شامل2490رکورد روزآزمون مربوط به 287 گاو بود. در این تحقیق پنج تابع ریاضی ( تابع گامای ناقص خطی شده وغیر غطی، تابع رگرسیون چند جمله ای پیشنهاد شده توسط علی و شفر، تابع چند جمله ای معکو س،تابع نمائی ویلمینک) ارزیابی شدند. تمام توابع با استفاده از proc nlin و روش تکرارگاوس -نیوتن نرم افزارsas با رکورد های روز آزمون تولید شیر برازش داده شده و سپس بر اساس ضریب تعیین (r2) و ضریب تعیین تصحیح شده (r 2adj) توسط هر کدام با هم مقایسه شدند .نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که تابع پیشنهاد شده توسط گامای ناقص (وود) نسبت به سایر توابع، به نحو مطلوبتری جهت توصیف منحنی شیردهی عمل می کند. درادامه با استفاده از بهترین تابع شناخته شده در این تحقیق منحنی-های شیردهی به صورت انفرادی برای هر حیوان برازش داده شدند تا تعداد و نسبت منحنی های استاندارد و غیراستاندارد بررسی شوند.

چکیده در این تحقیق به منظور شناسایی چند شکلی ژن کراتین، سه جایگاه میکروساتلایتی درون یکی از توالی های این ژن (krt2-13) بر روی کروموزوم 3 انتخاب گردید. و پارامتر های ژنتیکی (هتروزیگوسیتی، شاخص شانون، تعداد آلل موثر، تعداد آلل واقعی و تعادل هاردی واینبرگ) در جمعیت گوسفند بلوچی ایستگاه عباس آباد مشهد مورد بررسی قرار گرفتند. و در پایان ارتباط بین ژنوتیپ ها و صفات تولیدی پشم مورد آزمون قرار گرفت. استخراج dna با استفاده از کیت دیاتوم انجام شد. کمیت و کیفیت dna با دو روش اسپکتروفتومتری و الکتروفورز روی ژل انجام شد، سپس قطعات pcr برای جایگاه های ژنتیکی مورد مطالعه با استفاده از واکنش زنجیره پلی مراز(pcr) تکثیر شدند. پس از الکتروفورز و رنگ آمیزی ژل آکریل آمید، باند ها قابل رویت بودند. تکثیر در هر سه جایگاه مورد مطالعه به خوبی انجام گرفت و هر سه جایگاه از چند شکلی مناسبی برخوردار بودند. تعداد آلل ها در جایگاه های bmc1009 ، krt2-13 و oarvh34 به ترتیب برابر با 4 ، 4 و 5 بودند. تنها در جایگاه oarvh34 تعادل هاردی واینبرگ برقرار بود. جایگاه oarvh34 بیشترین و جایگاه bmc1009 کمترین تعداد آلل موثر را داشتند. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار (nie) بر اساس کل جایگاه ها در این جمعیت 6053/0 برآورد گردید. در مجموع می توان نتیجه گرفت که جمعیت گوسفند بلوچی ایستگاه عباس آباد مشهد با توجه به جایگاه های مورد مطالعه از تنوع ژنتیکی نسبتا بالا برخوردار می باشد.

جهت بررسی ژنتیکی و فنوتیپی منحنی رشد و نیز استفاده از شبکه عصبی مصنوعی در پیش بینی رشد و برخی صفات لاشه در گوسفند بلوچی، شش آزمایش انجام شد. در آزمایش اول، رشد گوسفندان بلوچی در شرایط سیستم پرورش متمرکز مورد بررسی قرار گرفت. مدلهای اثرات ثابت خطی و غیر خطی با یکدیگر مقایسه و بهترین مدل برای تشریح رابطه وزن بدن – سن تعیین شد. در بین تمام مدلها، مدل چند جمله ای درجه سه و در بین مدلهای غیر خطی، تابع ون برتالانفی و سپس تابع گومپرتز بهترین برازش را برای هر دو جنس داشتند. در آزمایش دوم، رشد گوسفندان بلوچی ایستگاه اصلاح نژاد عباس آباد مشهد مورد بررسی قرار گرفت. بهترین مدل اثرات ثابت خطی و غیر خطی برای تشریح رابطه وزن بدن - سن تعیین و سپس بهترین مدل اثرات ثابت غیر خطی با مدل اثر مختلط متناظر مقایسه شد. در بین تمام مدلها، مدل چند جمله ای درجه سه و در بین مدلهای غیر خطی، تابع برودی بهترین برازش را برای هر دو جنس داشتند. مدل اثر مختلط برودی بهتر از مدل اثرات ثابت برودی قادر به برازش داده های وزن بود. در آزمایش سوم، مدلهای رگرسیون خطی، رگرسیون غیر خطی و شبکه عصبی در پیش بینی وزن بدن با هم مقایسه شد. نتایج نشان داد که مدلهای غیر خطی کارایی بیشتری از مدلهای خطی در پیش بینی وزن آینده دام دارند. همچنین شبکه عصبی نیز کارایی نسبتا قابل قبولی در پیش بینی رشد در سنین بالاتر را نشان داد و به عنوان جایگزینی برای مدلهای رشد غیر خطی و خطی در مدل سازی رشد و پیش بینی وزن در سنین بالاتر می تواند بطور کارآمد مورد استفاده قرار گیرد. در آزمایش چهارم، کارایی شبکه عصبی در پیش بینی برخی صفات لاشه از روی رکوردهای وزن بدن بررسی شد. نتایج نشان داد که با دقت نسبتا مناسب می توان برخی صفات لاشه مانند وزن بدن خالی و وزن لاشه گرم را با استفاده از اندازه گیریهای وزن بدن در سنین مختلف برآورد نمود. در آزمایش پنجم، پارامترهای ژنتیکی صفات وزن بدن با استفاده از مدل رگرسیون تصادفی با درجات برازش یکسان برآورد شد. افزایش درجه برازش رگرسیون تصادفی از 3 تا 5 موجب افزایش دقت برآورد پارامترهای ژنتیکی شد. لذا مدل با درجه برازش 5 به عنوان مدل مناسبتر انتخاب شد. بررسی اولین ویژه تابع نشان می دهد که برای افزایش وزن بدن در سنین بالاتر بهتر است تا انجام انتخاب بر اساس وزنهای بعد از شیرگیری باشد. در آزمایش ششم، پارامترهای ژنتیکی صفات وزن بدن با استفاده از 8 مدل رگرسیون تصادفی با درجات برازش غیر یکسان برآورد و نتایج بهترین مدل با روش مدل دام تک متغیره مقایسه شد. مولفه های واریانس ژنتیکی مستقیم، ژنتیکی مادری و فنوتیپی برآورد شده توسط روش رگرسیون تصادفی در اکثر سنین بالاتر از مقادیر برآورد شده از طریق مدل تک متغیره بودند. واریانس باقیمانده حاصل از روش رگرسیون تصادفی در تمام سنین کمتر از مقادیر حاصل از روش تک متغیره بود که می تواند دلیلی بر دقت بیشتر برآوردهای حاصل از این روش باشد. الگوی کلی تغییرات وراثت پذیری مستقیم و مادری با افزایش سن در هر دو روش تقریبا یکسان و به ترتیب روند افزایشی و کاهشی نشان داد. به طور کلی وراثت پذیری مستقیم و مادری برآورد شده از روش رگرسیون تصادفی به ترتیب بالاتر و کمتر از مقادیر حاصل از روش مدل دام تک متغیره بود. به نظر می رسد با توجه به مزایای بیشتر روش رگرسیون تصادفی نسبت به روش تک متغیره بهتر است که از این روش جهت رتبه بندی و انتخاب حیوانات در ایستگاه اصلاح نژاد عباس آباد مشهد استفاده شود.

این تحقیق به منظور معرفی خصوصیات گوسفند تازه سنتز شده با نام ایران بلک و مقایسه آن با نژادهای بلوچی و آرمان انجام شد. در مرحله اول صفت بره زایی مورد ارزیابی قرار گرفت و اثر عوامل محیطی موثر بر صفت ذکر شده با رویه genmod نرم افزار sas مطالعه شد. برآورد پارامترهای ژنتیکی و روند ژنتیکی صفات بره زایی و متوسط وزن تولد بره های هر میش (صفتی برای مادر) در نژاد ایران بلک به صورت دو صفتی (خطی- آستانه ای) تکرارپذیر با روش بیزین و نمونه گیری گیبس با نرم افزار thrgibbs 1 f 90 انجام شد. در مرحله بعد برای مقایسه صفات رشد در سه نژاد مذکور، برآورد اثر عوامل محیطی بر آنها با رویه glm انجام شد و برآورد پارامترهای ژنتیکی و روند ژنتیکی صفات رشد در نژاد ایران بلک با نرم افزار wombat انجام شد.نژادهای ایران بلک و آرمان نسبت به نژاد بلوچی به طور معنی داری بره زایی بیشتری نشان دادند (01/0>p). با افزایش سن میش ها نرخ چندقلوزایی آنها کاهش نشان داد. وراثت پذیری دو صفت متوسط وزن بره های هر میش و بره زایی به ترتیب 148/0 و 266/0 و تکرارپذیری صفات ذکر شده نیز به ترتیب 674/0 و 381/0 برآورد گردید. همبستگی های فنوتیپی، محیطی و ژنتیکی بین دو صفت ذکر شده منفی و بزرگ و به ترتیب 484/0-، 369/0- و 968/0- به دست آمد. نژادهای ایران بلک و آرمان تفاوت چندانی از نظر صفات مربوط به رشد با نژادهای بلوچی نداشتند و نژاد آرمان نسبت به سه نژاد دیگر در اواخر دوره رشد افزایش وزن بیشتری کسب کرد. با استفاده از مدل مناسب برای هر کدام از صفات، وراثت پذیری مستقیم برآورد شده برای شش صفت ذکر شده(اوزان تولد، یک ماهگی، دو ماهگی، سه ماهگی، چهار ماهگی، شش ماهگی، نه ماهگی و یک سالگی) به ترتیب، (044/0±066/0)، (063/0±115/0)، (090/0±17/0)، (079/0±263/0)، (071/0±171/0) و (084/0±224/0) به دست آمد. همبستگی ژنتیکی و فنوتیپی صفات ذکر شده با یکدیگر نیز به ترتیب در دامنه 53/0 تا 97/0 و 31/0 تا 70/0 بود. روند ژنتیکی مستقیم صفات نیز به ترتیب 2، صفر، 10، 20-، 30-، 37- و 20- گرم در سال برآورد شد که به غیر از روند ژنتیکی وزن شش ماهگی بقیه روندها معنی دار نبود.

متاسفانه در سالهای اخیر تقلبات در تولید مواد غذایی افزایش چشمگیری داشته است و شناسایی بقایای بافتهای دامی در مواد خوراکی اهمیت روزافزونی یافته است. لذا تشخیص اختصاصی گونه ها و شناسایی گروه های حیوانی مورد استفاده در مواد غذایی امری ضروری می باشد. به دلیل حضور dna در همه سلول ها، می توان جهت تشخیص گونه حیوانی از آن استفاده کرد. یکی از بهترین راه های تشخیص تقلب در مواد غذایی استفاده از روشهای مولکولی مبتنی بر pcr می باشد. در این تحقیق از توالی 12s rrna از mtdna برای تشخیص تقلب استفاده شد. آغازگرهای اختصاصی طراحی شده جایگاه ژنی 12s rrna طیور در واکنش زنجیره ای پلیمراز به منظور تشخیص تقلب در 13 نمونه سوسیس و کالباس به کار گرفته شد. قطعه ی 91 جفت بازی که با استفاده از آغازگر طیور تکثیر شد را در داخل ناقل ptz57r/t همسانه سازی شد. پلاسمید نوترکیب، استخراج گردید و پس از تعیین غلظت، رقت سازی شد و به عنوان dna استاندارد مورد استفاده قرار گرفت. نتایج با استفاده از منحنی استاندارد حاصل از پلاسمید حاوی قطعه ی 91 جفت بازی از جایگاه ژنی 12s rrna ) % 98= (r2 تعیین کمیت شدند. کمی سازی در دامنه ی وسیع خطی( 50 تا 5000000 کپی ) جهت ارزیابی تعداد کپی های قطعه ی هدف در نمونه های سوسیس و کالباس مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج نشان داد که 100% نمونه های سوسیس وکالباس بر پایه گوشت گاو دارای مقادیر متفاوتی از آلودگی بافت طیور بودند. بنابراین تکنیک real-time pcr می تواند به عنوان روشی مرجع برای تشخیص کمی دقیق تر تقلبات معرفی گردد.

تغذیه و امنیت غذایی بی شک یکی از مهمترین موضوع های مورد بحث دنیای امروز و سازمان تجارت جهانی است. با توجه به ارتباط مستقیم بین سلامت خوراک دام با سلامت غذای انسان، ضرورت دارد که تولید خوراک دام به عنوان حلقه ای از زنجیره ی تولید غذای انسان مورد توجه قرار گیرد. در این تحقیق پرایمر با طول bp 91 از منطقه 12s rrna میتوکندریایی طراحی و blast گردید و بررسی صحت آن با استفاده از نرم افزار clc انجام گرفت. قطعه ی 91 جفت بازی تکثیر شده از جایگاه ژنی 12s rrna در داخل ناقل ptz57r/t همسان سازی شد و در ادامه پلاسمید نوترکیب استخراج و به عنوان dna استاندارد مورد استفاده قرار گرفت. جهت کمی سازی نمونه ها بصورت درصد تقلب، ساخت استاندارد تقلب با استفاده از مخلوط پودر ماهی خالص و پودر بافت طیور در مقادیر 1، 10 و 20 درصد انجام گرفت. نتایج با استفاده از منحنی استاندارد حاصل از پلاسمید (99=% (r2 تعیین کمیت شدند. توانایی کمی سازی در این آزمایش در دامنه ی گسترده ی خطی ( 500 تا 105×6 کپی ) برای ارزیابی تعداد کپی های قطعه ی هدف از بافت طیور در نمونه های مثبت مورد ارزیابی قرار گرفت. معادله خطی رگرسیون با استفاده از استاندارد تقلب ترسیم گردید و درصد تقلب نمونه ها مشخص شد. نتایج کمیت سنجی نشان می دهد که روش real-time pcr می تواند به عنوان روشی دقیق و سریع بکار گرفته شود. کلید واژه ها: تشخیص کمی، پودر ماهی، بافت طیور، real-time pcr ، mtdna

این تحقیق در سه مرحله انجام شد. در مرحله ی اول تعداد 11 تابع برای برازش منحنی های تولید شیر و تولید چربی گاومیش های نژاد آذری و خوزستانی مورد استفاده قرار گرفت. بر اساس ضریب تبیین تصحیح شده، در نژاد خوزستانی، تابع دیفازیک بهترین و تابع رووک بدترین عملکرد را نسبت به توابع دیگر داشتند. با رتبه بندی توابع بر اساس aicc در نژاد خوزستانی، توابع دیفازیک و لژاندر به ترتیب در صفت تولید شیر و تولید چربی بهترین رتبه را داشتند و توابع رووک و کبی آخرین رتبه ها را به دست آوردند. در مرحله ی دوم منحنی های تولید شیر، تولید چربی و درصد چربی با استفاده از توابع تائید شده در مرحله ی اول برای سطوح مختلف سن زایش، دوره ی شیردهی و فصل زایش مورد برازش قرار گرفتند و اثر آنها بر تغییر شکل منحنی ها بررسی شد. گاومیش های جوان، در تمام منحنی ها دارای تداوم تولید بهتری نسبت به گاومیش های مسن تر بودند. با افزایش سن زایش تا 120 ماهگی، تولید شیر اولیه، اوج تولید و تولید کل دوره ی شیردهی افزایش نشان داد ولی بعد از آن کاهش در تولید مشاهده شد. گاومیش های زایش کرده در فصول تابستان و پاییز (زایش های داخل فصلی) نسبت به زایش های خارج فصلی تولید بیشتری داشتند و الگوی تولید بهتری را نیز نشان دادند. در نژاد خوزستانی تا دوره ی دهم و در نژاد آذری تا دوره ی پنجم شیردهی ، تولید شیر و تولید چربی افزایش یافت. ولی در نژاد آذری، تولید شیر و تولید چربی بعد از دوره ی شیردهی پنجم کاهش یافت.در مرحله ی سوم، اثر عوامل محیطی موثر بر صفات تولید شیر، تولید چربی و درصد چربی، در شروع تولید، نرخ افزایش تولید تا اوج تولید، نرخ کاهش تولید بعد از اوج تولید، اوج تولید، تداوم تولید، تولید شیر(240 روز)، تولید چربی (240 روز) و متوسط درصد چربی (240 روز)، مورد مطالعه قرار گرفت.

هدف اصلی این تحقیق بهینه سازی روش real time pcr نسبی مبتنی بر سایبرگرین جهت اندازه گیری نسبی بیان دو ژن tnf? و il-10 در خوکچه های هندی واکسینه شده با واکسن تب برفکی تیپ o بود. برای این کار نمونه ی خون از دو گروه خوکچه هندی واکسینه شده و شاهد در سه زمان متفاوت و مشخص گرفته شد. پس از انجام خونگیری ، استخراج rna و تبدیل آن به cdna صورت گرفت. برای اندازه گیری میزان بیان، ژن های tnf? و il-10 از واکنش real-time pcr به صورت نسبی استفاده شد. داده های خام به صورت ct از دستگاه مربوطه گرفته و با استفاده از فرمول لیواک داده ها آنالیز شدند. ?ctهای به دست آمده با استفاده از نرم افزار jmp و آزمون student t-test مورد تجزیه و تحلیل آماری قرار گرفتند.اختلاف معنی داری (p < .05) برای بیان ژن های tnf? و il-10 بین گروه تیمار و شاهد مشاهده نگردید. البته افزایش بیان در خونگیری سوم برای این دو ژن مشاهده شد.

هدف اصلی این تحقیق بهینه سازی روش real-time pcr نسبی مبتنی بر سایبرگرین جهت اندازه گیری بیان ژن های ifn-? و tgf?1 در خوکچه های هندی واکسینه شده با واکسن تب برفکی تیپ o بود. برای این مطالعه، نمونه های خون از دو گروه خوکچه هندی واکسینه شده و شاهد در سه زمان متفاوت و مشخص گرفته شد. پس از انجام خونگیری، استخراج rna و تبدیل آن به cdna صورت گرفت. به منظور اندازه-گیری میزان بیان ژن‏های ifn-? و tgf?1از روش real-time pcr به صورت نسبی استفاده شد. سپس داده های خام به صورت ct از دستگاه گرفته و برای تعیین بیان ژن ها از فرمول لیواک استفاده شد. بررسی آماری داده ‏ها توسط برنامه excel و آزمون t استیودنت در سطح 5% (p<0.05) انجام شد. نتایج نشان داد بیان ژن های ifn-? و tgf?1 در خونگیری های دوم و سوم نسبت به خونگیری اول، به طور معنی داری (p<0.05) افزایش یافت.

هدف از انجام این تحقیق بررسی تغییرات بیان ژن ctcf در طی مرحله ی پیش از لانه گزینی در گاو بود. برای این منظور نمونه های rna از اووسیت ها و رویان های تولید شده در شرایط آزمایشگاهی در طی مراحل قبل از بلوغ، بلوغ، 2، 4، 8 سلولی و بلاستوسیست در سه تکرار استخراج شد. پس از تبدیل rna به cdna، میزان بیان این ژن با استفاده از روش real time pcr نسبی مورد بررسی قرار گرفت. به منظور تعیین بیان ژن، داده های خام از دستگاه استخراج و سپس با استفاده از نرم افزار linreg، مقادیر ct و کارایی تکثیر هر واکنش مشخص شد. سپس این اعداد با استفاده از نرم افزار rest، بر پایه ی روش پی فافل تجزیه و تحلیل شد. نتایج نشان داد میزان بیان ژن ctcf در مرحله ی بلوغ نسبت به قبل از بلوغ به طور معنی داری (p<0.05) کاهش یافت. همچنین در مراحل 2، 4، 8 سلولی و بلاستوسیست میزان بیان این ژن نسبت به مرحله ی قبل بلوغ به طور معنی داری (p<0.05) افزایش نشان داد. بنابراین احتمالا بیان این ژن و چگونگی تغییرات بیان آن در مراحل ابتدای رویان می تواند نقش تعیین کننده ای در درست انجام شدن فرآیند نمو و کیفیت رویان داشته باشد.

در این تحقیق ساختار و تنوع ژنتیکی گله های اصلاح نژادی گوسفندان نژاد مغانی، بلوچی و ماکویی با استفاده از تجزیه و تحلیل شجره مورد بررسی قرار گرفت.میانگین فاصله نسلی در سه نژاد مغانی، بلوچی و ماکویی بترتیب 18/4، 30/3 و 95/3 برآورد گردید. تعداد نسل های معادل کامل جمعیت مرجع به عنوان معیاری جهت بررسی سطح تکامل شجره، در سه نژاد تحت بررسی بترتیب 28/4، 88/5 و 24/2 بود. میانگین همخونی جمعیت مرجع در سه نژاد مغانی، بلوچی و ماکویی بترتیب 82/0، 79/1 و 25/0 بود. . اندازه موثر جمعیت سه نژاد مغانی، بلوچی و ماکویی با استفاده از روش افزایش همخونی فردی بترتیب 5/179، 4/133 و 216 برآورد گردید. تعداد حیوانات بنیان گذار جمعیت مرجع در سه نژاد تحت بررسی بترتیب 460، 398 و 228 رأس بود. تعداد موثر حیوانات بنیان گذار جمعیت مرجع در سه نژاد مغانی، بلوچی و ماکویی بترتیب 110، 83 و 46 بود. تعداد موثر اجداد جمعیت مرجع در سه نژاد بترتیب 83، 49 و 44 بود. تعداد موثر ژنوم حیوانات بنیان گذار جمعیت مرجع در سه نژاد مغانی، بلوچی و ماکویی بترتیب 42، 71/19 و 93/35 بود.با توجه به نتایج این تحقیق میانگین همخونی و اندازه موثر جمعیت مرجع در هر سه گله نژاد مغانی، بلوچی و ماکویی در سطح پایین تری از مقادیر بحرانی قرار داشتند. ولی در هر سه نژاد با توجه به فراسنجه های بدست آمده از تجزیه و تحلیل احتمال منشأ ژن به علت اجرای برنامه انتخاب و وقوع گردنه ها در شجره و رانش ژنتیکی تصادفی، میزان مشارکت حیوانات بنیان گذار و اجداد اصلی در ایجاد جمعیت مرجع، نامتعادل گشته و باعث کاهش تنوع ژنتیکی جمعیت موجود در مقایسه با جمعیت حیوانات بنیان گذار گشته که این کاهش در نژاد بلوچی نسبت به دو نژاد دیگر بیشتر بوده است.

بیماری تب برفکی از مسری ترین بیماری دام ها بوده و از نظر اقتصادی مهم ترین بیماری گاو ، خوک و دیگر حیوانات زوج سم نشخوارکننده می باشد. این بیماری در تعداد زیادی کشورها به صورت بومی وجود دارد تحقیق پیش رو با هدف تعیین میزان بیان ژن های il-2 و il-12 در خوکچه هندی واکسینه شده با واکسن بیماری تب برفکی تیپ o صورت گرفت. با استفاده از آزمایش real time pcr میزان بیان این ژن ها سنجیده شد. برای آزمایش هشت خوکچه هندی به وزن 450 الی 500 گرم تهیه و در دو گروه تحت تیمار با واکسن و گروه شاهد قرار گرفتند. واکسن تب برفکی به مقدار 0.5 میلی لیتر در دو مرحله، روز صفر و واکسن یادآور چهارده روز بعد تزریق گردید. نمونه های خون در سه مرحله از تمام حیوانات گرفته شد و سپس استخراج rna انجام و cdna نمونه ها تهیه گردید. برای تعیین کمیت از rlative real time pcr برای هر سه ژن il-2، il-12 و –actin? انجام شد و نتایج به صورت ct از دستگاه دریافت گردید. آنالیز آماری با برنامه اکسل انجام شد. و نتایج نشان، که ژن il-2 افزایش معنی دار نداشته و اختلافات معنی داری نبود. ولی برای ژن il-12 میزان بیان افزایش داشته و اختلافات بین گروه واکسن خورده و گروه کنترل معنی دار می باشد.

فیتات منبع عمده تأمین فسفر در جیره حیوانات مزرعه ای می باشد. این ترکیب دسترسی زیستی به مواد معدنی، پروتئین ها و کربوهیدرات ها را کاهش می دهد. آنزیم فیتاز با تجزیه فیتات، باعث کاهش اثر ضد تغذیه ای آن می شود. میکروارگانیسم ها بهترین منبع تولید تجاری این آنزیم محسوب می شوند. فیتاز تولید شده توسط باسیلوس سابتیلیس برای استفاده در صنعت مناسب می باشد. در این مطالعه به منظور همسانه سازی و بررسی امکان تولید فیتاز نوترکیب، ژن فیتاز با استفاده از آغازگرهای لینکردار طراحی شده از باکتری باسیلوس سابتیلیس ptcc 1156، جداسازی شد. پس از انجام واکنش pcr، ژن فیتاز با روش همسانه سازی ta در وکتور ptz57r/t کلون شد و جهت تأیید صحت، مورد توالی یابی قرار گرفت. نتایج توالی یابی صحت انجام همسانه سازی را نشان داد. توالی به دست آمده پس از ویرایش با شماره دسترسی jn886002 در ncbi ثبت شد. به منظور استخراج ژن فیتاز و همسانه سازی در وکتور بیان pet-32a(+)، پلاسمید نوترکیب و وکتور با آنزیم های برشی (bamhi و hindiii) مورد هضم قرار گرفتند. در نهایت، پس از انجام واکنش اتصال، پلاسمید حاصل به باکتری اشرشیاکلی bl21(de3) منتقل و ساختاری حاصل شد که ممکن است پس از القای بیان با القاگر مناسب قادر به تولید آنزیم فیتاز نوترکیب باشد.

فیتازها(مایواینزیتول هگزا فسفات فسفوهیدرولاز) آنزیم های هستند که اسید فایتیک را هیدرولیز و فسفر معدنی را برای حیوانات قابل دسترس می کنند.تولید طبیعی و نوترکیب این آنزیم ازجمله مسائل مهم حوزه مهندسی ژنتیک محسوب می گردد. در این پروژه، ژن فیتاز خارج سلولی باکتری باسیلوس سابتیلیسatcc12711(phyc) با استفاده از پرایمرهای لینکردار حاوی سایت های برشی bamhi و hind iii جداسازی شد. به منظور انجام توالی یابی و بررسی خصوصیات، ژن تکثیر شده phyc به ناقل ptz57r/tمنتقل و سپس به باکتری اشرشیاکلیdh5? انتقال داده شد. غربالگری کلونی آبی و سفید با استفاده از iptg و x-galبه منظور انتخاب کلونی های نوترکیب انجام گردید و کلونی های حاوی ژن هدف با استفاده از پرایمرهای اختصاصی و روش کلونی pcr انتخاب شدند. آنالیز و بررسی همولوژی ژن هدف با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک صورت گرفت. هضم آنزیمی وکتور کلونینگ با استفاده از آنزیم های محدودکننده ذکر شده صورت گرفت. ژن هدف به ناقل بیانی pet32a(+) به منظور بیان ژن وارد شد. ناقل نوترکیب به سویه اشرشیاکلیbl21 (de3) انتقال و حضور ناقل نوترکیب با استفاده از کلونی pcr تایید گردید. سپس سویه بیانی حاوی ژن هدف با استفاده از iptg در غلظت نهایی 1 مولار در حضور cacl2 10 میلی مولار تحریک شد. نتایج استخراج پروتئین در sds-page الکتروفورز شده و اندازه پروتئین فیتاز تولید شدهkd 64 تخمین زده شد. همچنین نتیجه دات بلات صحت تولید پروتئین فیتاز را تایید می نماید. اندازه گیری فعالیت آنزیمی با استفاده از روش استاندارد فسفاتاز نشان داد که آنزیم نوترکیب تولید شده در این تحقیق، در 7ph= بیشترین فعالیت را دارا می باشد. فعالیت آنزیم اندازه گیری شده برابر با u/ml 44/7 بود که وابسته به حضور یون کلسیم می باشد. تحقیقات نشان می دهد که این آنزیم به جهت مقاومت حرارتی و هزینه تولید پایین،قابلیت بالای برای استفاده در صنعت مواد افزودنی و دارویی دارد.

هدف از این تحقیق، برآورد رابطه بین نمره سلول های بدنی و صفات تولیدی (تولید شیر، تولید چربی و تولید پروتئین) و همبستگی بین نمره سلول های بدنی و صفات تولیدی شیر در گاوهای هلشتاین ایران است. رکوردهای 305 روز صفات تولیدی شیر و شمار سلول های بدنی که توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور بین سالهای 1373 تا 1389 جمع آوری شده بود مورد استفاده قرار گرفت. برای نرمال کردن توزیع رکوردهای روز آزمون، شمار سلول های بدنی تبدیل لگاریتمی شده و به صورت نمره سلول های بدنی تغییر داده شدند. مدل حیوانی تک صفته که نمره سلول های بدنی به صورت متغییر کمکی در مدل وارد شده بود برای برآورد اثر نمره سلول های بدنی بر صفات تولیدی شیر در شکم های زایش مختلف مورد استفاده قرار گرفت. مدلهای دو صفته بین نمره سلول های بدنی و صفات تولیدی شیر در شکم های زایش متفاوت برای برآورد همبستگی های ژنتیکی، محیطی و فنوتیپی استفاده شد. میانگین شمار سلول های بدنی برای شکم اول و سوم در فصل زمستان بالاترین مقدار و برای شکم دوم، فصل بهار بالاترین مقدار را داشت. میانگین شمار سلول های بدنی برای تمامی شکم های زایش روند کاهشی را در سالهای اخیر داشت. اثر نمره سلول های بدنی بر تمام صفات در شکم های زایش اول، دوم و سوم منفی بود. دامنه اثر کاهشی نمره سلول های بدنی بر تولید شیر، تولید چربی و تولید پروتئین در شکم های اول، دوم و سوم به ترتیب 78/107- 41/220، 32/2- 08/7 و 1/2 – 19/5 کیلوگرم به ازای افزایش یک واحد نمره سلولهای بدنی برآورد شد. همبستگی های ژنتیکی، فنوتیپی و محیطی بین نمره سلول های بدنی و صفات تولیدی شیر منفی و مقدار آن پایین بود. وراثت پذیری نمره سلول های بدنی در دامنه 05/0- 08/0 برآورد شد و برای تمامی صفات با افزایش شکم های زایش، مقدار وراثت پذیری صفات پایین شد.

به دلیل پیچیدگی مکانیسم تاثیر عوامل ژنتیکی و غیر ژنتیکی مسئول بروز فنوتیپی صفت، منظور نمودن همه عوامل واقعی فوق در مدل کاربردی امکانپذیر نمی باشد. همچنین زمان بر و پر هزینه بودن تهیه جمعیت مناسب برای مطالعه، باعث گردیده است که از مطالعات شبیه سازی برای بررسی نحوه تاثیر برخی از شرایط بر روی نتایج مطالعات ژنومی استفاده شود. به دلیل زمان و هزینه بر بودن برخی از مطالعات شبیه سازی، مدلسازی و بسط مطالعه شبیه سازی با استفاده از شبکه عصبی مصنوعی (ann) از دیگر اهداف این تحقیق می باشد. در این تحقیق سه مطالعه شبیه سازی جهت بررسی تاثیر پارامترهای آزمایشی بر روی نتایج مطالعه ژنومی مورد بررسی قرار گرفت. در مطالعه شبیه سازی اول انحراف استاندارد qtl و اندازه جمعیت، فاصله مارکری میزان قدرت تشخیص qtl و صحت برآورد موقعیت و اثرات qtl را تحت تاثیر قرار داد. فواصل یک lod پشتیبان و بیزی کوچکتر بود و درصد بیشتری از آنها موقعیت qtl را در بر داشتند. در مطالعه شبیه سازی دوم مدل شبکه عصبی مصنوعی (ann) با r2 برابر 99/0 و rmse برابر 34/3 بهترین پیش بینی را نسبت به فرمولهای پیشنهاد شده ارائه داد. در مطالعه شبیه سازی سوم تاثیر برخی پارامترهای آزمایشی بر روی دقت ارزیابیهای ژنومی توسط روش glm و ann مدلسازی گردید. در کلیه مطالعات شبیه سازی نشان داده شد که مدلسازی ann بهتر از دیگر روشهای مدلسازی و فرمولهای پیشنهاد شده می باشد. کلیه مطالعات شبیه سازی با استفاده از بهترین مدل ann بسط یافته و مورد بررسی قرار گرفت. با مقایسه نتایج حاصل از مطالعات شبیه سازی اصلی و بسط یافته مشخص شد که در مطالعات بسط یافته روند تاثیر هر یک پارامترها مشابه با مطالعه اصلی می باشد و همچنین وضوح تاثیر سطوح مختلف پارامترهای آزمایشی و اثرات متقابل آنها در مطالعات بسط یافته بسیار بهتر می باشد.

پارامترهای رشد گوسفند بلوچی با استفاده از مدل رشد برودی برازش شد. داده ها، ازمجموعه 1243250رکوردهای جمع آوری شده از حیوانات، طی سال های 1360 تا 1387 بودند. با استفاده از نرم افزار sas پارامترهای مدل رشد برودی و نیز همبستگی فنوتیپی میان پارامترها تخمین زده شد. مقادیر هر یک از پارامترهای k ,b,a به ترتیب 025/0±17/0، 028/0±19/0و014/0±03/0 بوده و سال و جنس اثر معنی داری روی همه ی پارامترهای رشد داشتند(01/0p<). همبستگی فنوتیپی میان پارامترهای a، bوa، kو b ,k نیز به ترتیب0.018± 29/0- و 0.035 ± 88/0- و0.06±53/0 بودند. وراثت پذیری و همبستگی ژنتیکی میان پارامترهای منحنی رشد برودی با نرم افزار dmu تخمین زده شد. وراثت پذیری هر یک از پارامترهای aوb و kبه ترتیب برابر با 025/0±17/0، 028/0±19/0و014/0±03/0 بود. همبستگی ژنتیکی میان پارامترهای a، bوa، kو b,k به ترتیب 08/0±61/0و 148/0±59/0- و 187/0±61/0- محاسبه شد. به طور کلی وراثت پذیری پایین هر یک از پارامترهای منحنی رشد نشان می دهد که انتخاب برای هرکدام از پارامترها در گوسفند بلوچی، اثر اندکی برپیشرفت ژنتیکی داشته و شرایط محیطی بیشترین تاثیر را بر وزن بلوغ و نرخ بلوغ دارد.

در این تحقیق اثر همخونی بر پارامترهای ژنتیکی صفات وزن بدن و رشد دو نژاد گوسفند ایرانبلک و آرمان بررسی شد. شش مدل برای برآورد پارامترهای ژنتیکی مورد استفاده قرار گرفت و مناسبترین مدل برای هر صفت با استفاده از آزمون نسبت درستنمایی انتخاب شد. داده ها توسط مدل منتخب با و بدون همخونی در آن آنالیز شد تا اثر همخونی بر پارامترهای ژنتیکی بررسی گردد. چهار تابع ریاضی برای برازش متوسط منحنی رشد برهها استفاده شد و مناسبترین مدل برای برازش منحنیهای رشد انفرادی آنها انتخاب شد. بعد از برازش منحنیهای انفرادی، مولفه های منحنی به مثابه یک صفت کمی آنالیز و اثر همخونی بر پارامترهای ژنتیکی آن صفات نیز مورد بررسی قرار گرفت. وجود همخونی در مدل در اکثر مواقع منجر به افزایش وراثت پذیریهای صفات مورد مطالعه شد. در نژاد ایرانبلک وراثت پذیری مستقیم صفات وزن تولد، وزن دو ماهگی، وزن چهار ماهگی، وزن شش ماهگی و وزن یک سالگی در حالت وجود همخونی و بدون همخونی به ترتیب( 119/0 و 114/0)،( 228/0 و 221/0)،( 278/0 و 263/0)،( 189/0 و 171/0)،( 227/0 و 224/0 )و در نژاد آرمان به ترتیب (0001/0 و 0001/0)،( 054/0 و 053/0)،( 055/0 و 053/0)،( 0001/0 و 0001/0)،( 146/0 و 142/0) به دست آمد. تابع برودی برای برازش منحنیهای رشد انفرادی برگزیده شد. برآورد وراثت پذیری مولفه a، b و c منحنی در دو حالت با و بدون همخونی در نژاد ایرانبلک به ترتیب (114/0 و 111/0)،( 024/0 و 014/0) و ( 064/0 و 060/0) و در آرمان به ترتیب (213/0 و 216/0)،( 097/0 و 095/0)،( 003/0 و 003/0) به دست آمد. وجود همخونی در مدل بر پارامترهای ژنتیکی بره های نژاد ایرانبلک نسبت به آرمان تاثیر بیشتری گذاشت.

سالیان متمادی است که حیوانات جزئی از زندگی روزانه کشاورزی و دامپروری به شمار می آیند. اهلی کردن حیوانات مربوط به 6 هزار سال قبل از میلاد بر می گردد که بشر زندگی خود را تغییر داد، شکار حیوانات را کنار گذاشت و به زراعت و اهلی کردن حیوانات پرداخت. حیوانات به طور عام در زندگی بشر و به طور خاص در زندگی دامپروران اهمیت ویژه دارند. اولین هدف دامدار افزایش تولید و در نتیجه درآمد بیشتر است و برای افزایش تولید در حیوانات سه مقوله تغذیه، بهداشت و اصلاح دام را بکار گرفت. اصلاح دام عبارت است از تمامی اقدامات و فعالیت هایی که سبب می شود در نسل های بعد حیوانات تولید بیشتر و سود فراوانی داشته باشند. با توجه به محدودیت زمین های قابل کشت جهت تامین احتیاجات غذایی جمعیت در حال رشد، نمی توان زمین های زراعی را وسعت داده و غذای بیشتری را تولید کرد ولی با بکار بردن اصول و روشهایی می توان تولید را در واحد سطح افزایش داد. به همین ترتیب، برای تامین احتیاجات غذایی با منشا دامی نمی توان تعداد حیوانات موجود را افزایش داد لذا باید روشهایی که سبب افزایش تولید در واحد های دامی می شود، را جستجو کرد. در پرورش گاوهای شیری برای افزایش سود آوری گله که مهم ترین هدف اصلاح نژاد است تصمیمات لازمه در انتخاب گاو های نر خیلی مهم می باشد. یک اصلاحگر با انتخاب گاو های نر برخوردار از صفات تولیدی برجسته و جلوگیری از آمیزش میان خویشاوندان نزدیک، برای تغییر خصوصیات ژنتیکی جمعیت تلاش می کند تا به بازدهی بالا در این زمینه دست یابد .

آنزیم فیتاز به گروه خاصی از فسفاتازها اختصاص دارد که مسئول اولیه هیدرولیز اسید فیتیک می باشند. این آنزیم کاربردهای زیادی در صنعت برای قابل دسترس کردن، فسفر، مواد معدنی، انرژی و اسیدهای آمینه دارد. اسید فیتیک فرم اصلی اما غیر قابل استفاده فسفر در دستگاه گوارش طیور است که بدون افزودن آنزیم فیتاز در جیره غذایی از دستگاه گوارش دفع خواهد شد. هدف از این پروژه ارائه ساختار جدید فیتاز به منظور افزایش بیان و پایدار سازی گرمایی این آنزیم بر مبنای برنامه های بیوانفورماتیکی می باشد. با تجزیه و تحلیل نواحی بالادست ژن فیتاز گونه های قارچیِ مختلف به یک توالی جدید دست پیدا کردیم که نتایج مبین کارآمدی بیان سیستم ارائه شده در این تحقیق نسبت به مدل های پایه ای ژن فیتاز می باشد. از آنجایی که یک مشکل اصلی استفاده از فیتاز در جیره غذایی طیور عدم پایداری این آنزیم در دماهای بالایی است که طی فرآوری خواراک مورد استفاده قرار می گیرد، لذا دستیابی به فیتازی با مقاومت حرارتی بالا در کاربرد صنعتی تولید این آنزیم بسیار ضروری به نظر می رسد. مدل فیتاز مقاوم به حرارت با جایگزینی چند اسیدآمینه در توالی پروتئینی فیتاز طبیعی ساخته شد. ارزیابی ساختار سه بعدی پروتئین نشان داد پایداری حرارتی بدون اعمال تغییر معنی داری در شکل و ساختار فیتاز ایجاد شده است.

در این مطالعه پارامترهای ژنتیکی و فنوتیپی منحنی های رشد بببرررای نرخ رشد، وزن بلوغ و نرخ بلوغ با استفاده از سه مدل رگرسیون غیرخطی گومپرتز، لجستیک و برودی آنالیز شد. تعداد 2794 رکورد برای گوسفند کردی و 6345 رکورد برای گوسفند بلوچی استفاده شد. مدل های رشد با سه شاخص آکائیک، میانگین مربعات خطا و ضریب تبیین مورد مقایسه قرار گرفتند و از مدل برودی به علت داشتن بیشترین دقت و کمترین خطا برای ترسیم منحنی رشد، در هر دو نژاد کردی و بلوچی استفاده شد. عوامل ثابت مورد مطالعه شامل سال تولد، سن میش، تیپ تولد و جنس بره ها بودند. وراثت پذیری صفات وزن بلوغ، نرخ رشد و نرخ بلوغ در گوسفند کردی 04/0 ± 29/0، 03/0 ± 2/0و 04/0 ± 27/0 و در گوسفند بلوچی 02/0 ± 18/0، 027/0 ± 2/0و 016/0 ± 05/0 برآورد شدند. همبستگی ژنتیکی صفات در گوسفند کردی و بلوچی بین وزن بلوغ و نرخ بلوغ به ترتیب 04/0 ± 82/0- ، 12/0 ± 46/0- ، نرخ رشد و نرخ بلوغ به ترتیب 08/0 ± 68/0- ، 1/0 ± 67/0- و وزن بلوغ و نرخ رشد به ترتیب 02/0 ± 96/0 ، 06/0 ± 62/0 برآورد شدند.

اطلاعات طول عمر و زنده مانی 6426 بره قره گل (سال 70 تا 87)، 11321 بره بلوچی (سال 68 تا 90)، 2404 میش قره گل(سال 64 تا 87) و 2932 میش بلوچی (سال 57 تا 88) مراکز اصلاح نژاد قره گل سرخس و عباس آباد مشهد مورد استفاده قرار گرفت. داده بره ها با مدل های خطی و مخاطره نسبی ویبول تجزیه شد. مدل ها شامل عوامل ثابت سال، ماه، نوع تولد و جنس بره و سن میش هنگام تولد بره، و وزن تولد بره به صورت متغیر کمکی خطی و درجه دوم و اثرات تصادفی ژنتیکی افزایشی مستقیم، ژنتیک افزایشی مادری، محیط مشترک مادری و باقیمانده بود. پارامترهای ژنتیکی به روش حداکثر درست نمائی محدود شده با و بدون اثرات مادری و همچنین مدل پدری برآورد گردید. طول عمر تولیدی و بقاء میش در گله از 3 تا 7 سالگی و ارتباط آنها با یکدیگر و با صفات تولید مثلی توسط مدل حیوانی خطی بررسی شد. میانگین کل طول عمر و میزان زنده مانی تجمعی بره ها از زمان تولد تا یک سالگی در نژاد قره گل 7/117±3/274 روز و 35/0±85/0 درصد و در نژاد بلوچی 116±5/282 روز و 4/0±78/0 درصد بود. در هر دو نژاد سال، ماه، وزن تولد، نوع تولد و جنس بره بر صفات مورد بررسی تأثیر معنی داری داشت. طول عمر و زنده مانی بره های هر دو نژاد از ماه اول تا سوم زایش روند نزولی داشت. در گوسفند قره گل طول عمر و زنده مانی یک قلوها بیشتر از دو قلو ها و در گوسفند بلوچی طول عمر و میزان زنده مانی سه قلوها کمتر از یک و دوقلوها بود. طول عمر و زنده مانی بره های نر کمتر از ماده ها بود. با افزایش وزن تولد طول عمر و زنده مانی کاهش و مرگ و میر افزایش یافت. وراثت پذیری مستقیم طول عمر و میزان زنده مانی بره ها در مدل های مختلف خطی در حد پایین (01/0 تا 04/0 در قره گل و 007/0 تا 07/0 در بلوچی) برآورد شد. وراثت پذیری مادری در قره گل صفر تا 028/0 و در بلوچی از صفر تا 03/0 بود. برآورد وراثت پذیری های پدری در مقیاس های لگاریتمی، اولیه و موثر حاصل شده از مدل پدری دارای تابع ویبول در مقایسه با برآوردهای مدل های مختلف خطی بیشتر بودند. بنابراین، تجزیه زنده مانی با استفاده از مدل های خطی و تابع ویبول منجر به برآورد یکسان برای اثرات ثابت و متفاوت برای اثرات تصادفی شد. وراثت پذیری صفت طول عمر تولیدی در هر دو گله 01/0 برآورد شد. در هر دو گله همبستگی های ژنتیکی معیارهای بقا با یکدیگر مثبت و بزرگ هستند. همبستگی ژنتیکی معیارهای بقا با مجموع صفات تولید مثلی مطلوب بود. متوسط صفات تولید مثلی با طول عمر تولیدی در قره گل همبستگی کوچک و منفی و در بلوچی همبستگی مثبت و متوسط داشت. بطور کلی می توان نتیجه گرفت که با بهبود صفات تولید مثلی، طول عمر تولیدی میش کاهش نخواهد یافت.

مطالعات زیادی در زمینه اریبی کدون در موجودات مختلف صورت گرفته است، اما هنوز بحث های زیادی در مورد آن وجود دارد. در این مطالعه، با دید بیوانفورماتیکی به بررسی این پدیده در چرخه های متابولیکی مهم در گاو پرداخته شده است. اریبی کدون و پارامترهای مهمی مانند شاخص سازگاری کدون، میزان gc و غیره و نیز الگوهای کدونی بکار رفته در چرخه ها با نوشتن برنامه ای به زبان r مورد بررسی قرار گرفتند. با توجه به پیش فرض اولیه برای انتخاب ژن های با بیان بالا (انتخاب ژن هایی با gc مساوی و یا بیشتر از میانگینgc در چرخه مربوطه)، تجزیه و تحلیل های نمودارهای بدست آمده از برنامه r نشان داد که اکثریت ژن ها دارای بیان، محتوای gc3، enc و cai بالا بودند. کدون هایی که دارای فراوانی بیشتری نسبت به دیگرکدون های مترادف بودند، به gیا c ختم می شدند. میزان rscu نیز در کدون های منتهی به g یا c نیز دارای بیشترین میزان بودند. نتایج حاصله نشان داد که پیش فرض اولیه تا حدودی تایید می گردد ولی برای نتیجه گیری قاطع نیاز به آزمایشات میکروآرایه می باشد.

به منظور مطالعه پارامترهای ژنتیکی صفات طول عمر اقتصادی گوسفند کردی از رکوردهای 7469 حیوان حاصل از 187 پدر و 2258 مادر، استفاده گردید. اثرات ثابت شامل جنس و تیپ تولد بعد از تست معنی داری انتخاب و مورد استفاده قرار گرفتند. جداول طول عمر تولیدی هم با استفاده از رویه life table نرم افزار sas استخراج شد. طبق نتایج به دست آمده حدود 99 درصد از میش های پرورشی به دلایل دیگری به جز سنشان از گله حذف شده اند. همچنین بیشترین درصد حذف در میش ها مربوط به بیماری (1/33 درصد) و کمترین درصد حذف در جنس نر مربوط به مسمومیت (11/0 درصد) می باشد. در تیپ تولد نیز بیشترین درصد حذف در تیپ دوقلو مربوط به بیماری (5/33 درصد) برآورد گردید. . بیشترین درصد حذف های اجباری در میش های قصر (65/1%) مشاهده شد. در حذف اختیاری نیز بیشترین درصد حذف مربوط به فروش ترویجی (75/55%) بود. میانگین طول عمر تولیدی میش های مورد بررسی 76/1539 روز برآورد گردید. ضریب وراثت پذیری برای طول عمر تولیدی گوسفندان کردی نیز 03/0 ± 033/0 تخمین زده شد. این مقادیر بیانگر آنست که به طور متوسط حذف دام ها در سن 32/51 ماهگی (27/4 سال) بوده است. به عبارت دیگر هر گوسفند به طور تقریب 8/1 شکم زایمان نموده و سپس حذف گردیده است. سال و فصل تأثیر معنی داری بر طول عمر داشت (p<0.01). آزمون مقایسه میانگین ها نشان داد که بیشترین طول عمر مربوط به گوسفندانی است که در فصل زمستان زایمان نموده اند و کمترین مقدار مربوط به گوسفندانی است که در فصل بهار زایمان کرده اند (p<0.05). دامنه وراثت پذیری 19/0- 03/0 برای صفات ماندگاری شرطی در میش ها محاسبه شد.

تریپتوفان یک اسید آمینه آروماتیک ضروری است که کاربرد گسترده ای در زمینه های مختلف مثل مکمل های غذایی انسان و دام، مواد دارویی مثل داروهای خواب آور،آرام بخش یا محلول رینگر و مواد بهداشتی دارد. باکتری اشرشیاکلی میزبانی با استفاده گسترده که دارای زمینه ی ژنتیکی شفاف و معلوم ، ابزارهای مهندسی متابولیک مناسب و در دسترس و رشد سریع در محیط کشت ارزان است ، توجه زیادی را برای تولید تریپتوفان و دیگر ترکیبات آروماتیک به خود جلب کرده است. دراین پروژه با در نظر گرفتن عناصر تنظیم کننده نسخه برداری در ناحیه ی پروموتوری و نقش احتمالی این عناصر در افزایش بیان ،الگوهای جدیدی از اپرون تریپتوفان اشریشیا کلی با تمرکز بر یکی از مهمترین قسمتهای آن یعنی ناحیه ی پروموتور ارائه شد. بدین منظور از آنالیزهای بیوانفورماتیکی برای ارزیابی پروموتورهای ارائه شده از لحاظ خصوصیات ساختاری انحنا وانعطاف پذیری وخصوصیات ترمودینامیکی پایداری و انرژی انباشت و همچنین فاکتور ناپایداری ناشی از فشار داپلکس (sidd) استفاده شده و بر پایه ی این خصوصیات 10 هسته ی پروموتوری برتر و 5 ناحیه ی فرادست پروموتور جهت استفاده در پروسه های آزمایشگاهی پیشنهاد گردید.

هدف از این تحقیق، تعیین برنامه اصلاحی مناسب برای گاوهای هلشتاین ایران با استفاده از شبیه سازی تصادفی بود. شبیه سازی با استفاده از مولفه های (کو) واریانس بدست آمده توسط روش بیزین از طریق نمونه گیری گیبس انجام گرفت. میانگین پسین وراثت پذیری برای صفات تولید شیر، چربی و پروتئین، سن در اولین گوساله زایی، فاصله گوساله زایی و نمره سلول های بدنی به ترتیب 0001/0 ±26/0، 0001/ 0±21/0، 0002/0 ±21/0، 0001/0 ±27/0، 0001/0 ±07/0 و 0001/0 ±06/0 بود. همبستگی های ژنتیکی برآورد شده پیشنهاد می کنند که در صورت افزایش صفات تولید شیر در اهداف انتخابی، فاصله گوساله زایی می تواند تحت تاثیر قرار بگیرد. روند ژنتیکی بدست آمده برای صفات نشان دهنده بازده پایین برنامه اصلاحی اجرا شده در سالهای اخیر است. با استفاده از شبیه سازی تصادفی، دو سطح اهداف اصلاحی (محدود و وسیع)، سه سطح اندازه گله (100، 200 و 400 راسی)، دو سطح نوع اسپرم (معمولی، تعیین جنس شده)، چهار سطح هم پوشانی نسل (کم، متوسط 1و 2 و زیاد)، دو سطح نوع آمیزش (تصادفی و حداقل هم تباری)، دو سطح شدت انتخاب برای چهار مسیر انتخابی (بالا و پایین) با و بدون استفاده از انتقال جنین برای مادر نرها باهم ترکیب شده و در کل 384 راهبرد مورد مقایسه قرار گرفت. تعداد 5000 راس گاو ماده ثبت شده برای 6 صفت برای 30 سال شبیه سازی شد. تغییرات ژنتیکی کل، هم خونی، فاصله نسلی، تغییرات ژنتیکی صفات، شدت و صحت انتخاب برای میانگین تمامی راهبردها مورد بررسی قرار گرفت. نتایج این تحقیق پیشنهاد می کند که در برنامه های اصلاح نژادی استفاده از، اندازه بزرگ گله، هم پوشانی نسلی کم، آمیزش براساس حداقل هم تباری، استفاده از انتقال جنین و اسپرم تعیین جنس شده (درصد پایین) مناسب می تواند موثر باشد.

اهداف این رساله، بررسی میزان خطای امپیوت و تاثیر آن بر قابلیت اعتماد ارزش اصلاحی ژنومی برآورد شده (gebv) حیوانات جمعیت آزمون، زمانی که ژنوتیپ های 6000 نشانگر snp به الگوی 50000 نشانگر با استفاده از نرم افزار fimpute امپیوت می شوند و همچنین بررسی تاثیر توسعه جمعیت مرجع بوسیله تعداد متفاوت ماده-ها با الگوهای تراکم نشانگری مختلف در جمعیت شبیه سازی شده یک نژاد کوچک گاو شیری (جرسی) بر قابلیت اعتماد gebv بود. بر اساس جمعیت گاوهای جرسی دانمارک، جمعیتی از گاوهای شیری در ده تکرار، برای صفات تولیدی و عملکردی، شبیه سازی شد که هر تکرار شامل 20 سال رکوردبرداری از حیوانات موجود در هر تکرار بود. سالانه 60 گاو نر آزمون نتاج شده به هر تکرار (گله) افزوده گردید. تمام 900 راس گاو نر آزمون نتاج شده موجود در نسل یک تا هفده جمعیت با الگوی نشانگری k50 در تمام سناریوها در جمعیت مرجع استفاده شدند. حیوانات نسل های 18 تا 20 نیز به عنوان حیوانات جمعیت آزمون (3000 راس) انتخاب شدند. برای قرابت هرچه بیشتر به جمعیت آزمون، انتخاب ماده ها از نسل های 15 تا 17 صورت گرفت. سناریو انتخاب ماده ها و افزودن آنها به جمعیت مرجع به صورت 1000، 2000، 4000 و 8000 ماده k50 و 2000، 4000، 8000 و 16000 ماده امپیوت شده بود. در سناریو دیگری علاوه بر ماده های مرجع، حیوانات جمعیت آزمون هم به k50 امپیوت شدند. دقت امپیوت نشانگرهای ماده ها از k6 به k50 زمانی که 900 گاو نر به عنوان جمعیت معرف بودند با افزایش تعداد ماده ها، از 04/98 به 70/98 درصد افزایش یافت. کمترین دقت امپیوت به دست آمده برای جمعیت آزمون بود (9377/0) زمانی که جمعیت معرف تنها از 900 راس گاو نر k50 تشکیل شده بود و با افزایش ماده ها هم به جمعیت معرف و هم به جمعیت هدف، دقت امپیوت به ترتیب به 04/97 و 81/97 درصد افزایش یافت. نتایج نشان می دهد در تمام سناریوها، صرف نظر از صفت مورد مطالعه و تراکم نشانگرها اعم از k50 و امپیوت شده، با افزودن ماده ها به جمعیت مرجع، قابلیت اعتماد ارزش اصلاحی ژنومی حیوانات جمعیت آزمون افزایش می یابد و هرچه حیوانات جمعیت آزمون از جمعیت مرجع دورتر باشند، ارزش اصلاحی برآورد شده آنها از دقت و قابلیت اعتماد کمتری برخوردار خواهد بود. کمترین قابلیت اعتمادgebv زمانی که جمعیت مرجع تنها از نرها تشکیل شده بود به دست آمد و با افزودن 1000 ماده k50، gebv جمیت آزمون برای صفات تولیدی و عملکردی به ترتیب 13 و 11 درصد افزایش یافت. بالاترین میزان قابلیت اعتماد gebv برای صفات تولیدی و عملکردی به ترتیب 687/0 و 456/0 به دست آمد. این قابلیت اعتماد زمانی که حیوانات آزمون نیز امپیوت شده باشند تنها با اختلاف جزئی یک درصد به ترتیب 680/0 و 453/0 کاهش می یابند. بیشترین اختلاف قابلیت اعتماد متوسط سه نسل جمعیت آزمون زمانی حاصل می شود که برای صفات تولیدی به جای انتخاب 2000 ماده k50، 4000 راس گاو ماده امپیوت شده را به جمعیت مرجع افزود. با افزودن این تعداد، قابلیت اعتماد ارزش اصلاحی ژنومی 4/15 درصد (423/0 در برابر 500/0) افزایش خواهد یافت و برای صفات عملکردی بیشترین اختلاف قابلیت اعتماد متوسط سه نسل 5/17 درصد بود زمانی که قابلیت اعتماد gebv 8000 ماده k50، 349/0 و قابلیت اعتماد gebv 16000 ماده امپیوت شده 423/0 به دست آمد.

در انتخاب ژنومی ابتدا برآورد اثرات نشانگری از طریق مدل های مختلف آماری با استفاده از داده های ژنوتیپی و فنوتیپی دام ها در جمعیت مرجع صورت می گیرد و سپس ارزش های ارثی ژنومی دام-های بدون رکورد فنوتیپی فقط بر مبنای ژنوتیپ آن ها و اثرات برآورد شده پیش بینی می گردد. عوامل مختلفی مانند تراکم نشانگری، تعداد و نوع حیوانات جمعیت مرجع، معماری ژنتیکی صفت یا صفات مورد مطالعه و مدل آماری آنالیزها بر صحت پیش بینی ها موثرند. تشکیل جمعیت مرجع مناسب و انتخاب مدل آماری دو چالش مهم برای شروع انتخاب ژنومی در ایران خواهد بود. در این پژوهش برای بررسی انتخاب ژنومی و جنبه های مختلف آن در جمعیت هلشتاین ایران، این جمعیت با نرم افزار qmsim و بر اساس فرآیند پیشرو شبیه سازی شد. تعداد 3 کروموزوم در حالت های 1 و 5/7 کیلو بازی از نشانگرها و با تعداد 10، 30 و 75 qtl در نظر گرفته شد. در ابتدا برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی اولیه و تعادل موتاسیون-رانش، یک جمعیت پایه با دو نیروی موثر موتاسیون و رانش ایجاد و از این جمعیت پایه دو جمعیت هلشتاین اولیه ایران و خارجی مشتق شد. در نهایت برای شبیه سازی تلقیح مصنوعی از جمعیت خارجی تعدادی گاو نر به جمعیت اولیه ایران مهاجرت و جمعیت نهایی ایران تولید شد. با استفاده از مدل آماری بیزb تأثیر عوامل موثر بر تشکیل جمعیت مرجع مانند تعداد و نوع حیوانات جمعیت مرجع، میزان رابطه حیوانات با یکدیگر و با جمعیت تحت انتخاب و وارد کردن اطلاعات سایر جمعیت ها بررسی شد. همچنین مدل های مختلف آنالیز در انتخاب ژنومی جمعیت هلشتاین ایران بررسی شدند. مدل gblup و چهار مدل بیزی a، b، lasso و در حالت های مختلفی از جمعیت مرجع، تعداد جایگاه های صفت کمی (qtl) و تراکم نشانگری مقایسه شدند. صحت پیش بینی ها با افزایش تعداد حیوانات نر به طور معنی داری افزایش یافت که این افزایش با افزودن حیوانات ماده نیز به میزان کمتری مشاهده شد. نزدیکی روابط این حیوانات با جمعیت تحت انتخاب تأثیر مثبت بر افزایش صحت پیش بینی ها داشت و ترکیب اطلاعات سایر جمعیت ها صحت را به میزان زیادی بهبود بخشید. روش های بیزی نسبت به روش gblup صحت برآورد بالاتری داشتند و این برتری در حالت کم بودن تعداد ژن های بزرگ اثر و استفاده از اطلاعات جمعیت های دیگر در تشکیل جمعیت مرجع ایران افزایش یافت. برای انتخاب ژنومی در جمعیت گاوهای هلشتاین ایران، به کارگیری مدل بیز b در جمعیت مرجعی شامل گاوهای نر و ماده و بهره گیری از اطلاعات جمعیت های دیگر پیشنهاد می گردد. شرایط اقتصادی در حالت های مختلف می تواند از عوامل موثر بر اجرای عملی این برنامه در ایران باشد که نیازمند تحقیقات بیشتری می باشد.

هدف از انجام این تحقیق بررسی وضعیت موجود، تهیه برنامه حفاظت و تعیین هدف اصلاحی برای جمعیت بز مرخز بود. بررسی پراکنش، فراسنجه های زیستی، تهدیدها و مخاطره های جمعیتی، جغرافیایی و ژنتیکی جمعیت بز مرخز در زیستگاه آن به منظور بررسی وضعیت موجود صورت گرفت. دینامیک گذشته وآینده جمعیت با تداوم شرایط موجود و تحت سناریوهای مختلف مدیریتی نیز جهت تهیه اطلاعات مورد نیاز برنامه حفاظت شبیه سازی شدند. در یک دوره تولیدمثلی نیز تعدادی گله جهت جمع آوری اطلاعات دقیق از سیستم پرورش تحت پوشش و بررسی دوره ای قرار گرفتند. داده های جمع آوری شده جهت برآورد ضرایب اقتصادی، وزن اقتصادی و اهمیت نسبی صفات و تعیین هدف اصلاحی مورد استفاده قرار گرفتند.

دردهه اخیر حجم داده های ژنتیکی، رشد بسیار فزاینده ایی داشته است. مطالعات ارتباطی کل ژنومی (gwas) شامل استفاده از چند شکلی های تک نوکلئوتیدی ( snps ) که در سرتاسر ژنوم پراکنده هستند، می باشد تا همبستگی بین تنوع ژنتیکی با تنوع فنوتیپی صفات دارای مکانیسم وراثتی پیچیده بررسی شود. gwas کاربردهای متعددی از جمله شناسایی snp های مرتبط با صفات ، بیماریها، بررسی تنوع ژنتیکی صفات، همچنین بررسی اثرات متقابل ژنها دارد. تلفیق نتایج gwas در انتخاب ژنومی، یکی از کاربردهای دیگر می باشد. هدف از این تحقیق بررسی عوامل موثر روی مطالعات ارتباطی ژنومی در جوامع با ld بالا (گاو) و پایین (انسان) بود. با توجه به ابعاد مختلف سناریوهای این تحقیق ، snp های 200 امین و 600 امین روی کروموزم شماره یک در گاو و snp های 2000 امین و 6000 امین روی کروموزم شماره یک در انسان به عنوان snp های کاندید شبیه سازی شدند. اندازه نمونه، تعداد مارکرهای ژنتیکی، ld ناحیه ژنومی کاندیدا و اندازه اثر snp کاندید در حوزه مطالعات جوامع با ld بالا (گاو) و ld پایین (انسان) ارزیابی شد. ld در جوامع انسانی به مراتب کمتر از گاو می باشد. در این تحقیق مشخص شد، در مطالعات ارتباطی ناحیه ژنومی کاندیدا با ld نسبی بالا، مارکرهای با اندازه اثر 8/1 و 9/1 (نسبت بخت هتروزیگوت و هموزیگوت ، یه ترتیب) حتی با اندازه نمونه زیاد، قابل شناسایی نیست. همچنین مشخص شد در مطالعات نواحی ژنومی کوتاه کاندیدا در حوزه دامی ، احتمال رخداد لایه بندی جمعیتی زیاد است. ld ناحیه کاندیدای ژنومی، روی شناسایی مارکر مرتبط با صفت اثر گذار است، به طوریکه مشخص شد در نواحی ژنومی کاندیدا با ld متوسط، شناسایی snp کاندید با شدت بیشتری امکان پذیر است. در این تحقیق با مطالعه ارتباطی کل ژنومی 50138 snp گاو ، مشخص شد که اگر مارکر مدنظر در ناحیه با ld بالا مستقر باشد، در صورتیکه اندازه اثر آن، 8/1 و 9/1 (نسبت بخت هتروزیگوت و هموزیگوت ، به ترتیب) باشد، شناسایی آن با 2000 نمونه (1000 case و 1000 control ) امکان پذیر نیست. در این تحقیق مشخص شد، با افزایش اندازه موثر snp کاندید، در نواحی با ld نسبی بالا، احتمال تشکیل خوشه ایی از snp ها به عنوان مارکرهای مرتبط با صفت، زیاد می شود. با توجه به ld بالا در مطالعات جوامع دامی، شناسایی مارکر های مرتبط با صفات را نسبت به انسان دشوار تر ساخته است. اگر تعداد snp های مورد ارزیابی در مطالعات ارتباطی نواحی ژنومی برابر باشد، - log p value مارکر (snp) کاندید در جامعه انسانی بیشتر از جامعه دامی است چرا که ld بین مارکرها در جامعه دامی بیشتر است. ولی در مطالعات ارتباطی کل ژنومی، به دلیل تراکم snp های مورد مطالعه در جامعه با ld پایین ، مقادیر – log p value ی snp کاندید کمتر می باشد. در روش کنترل ژنومیک، آماره ? که نشان دهنده میزان اثر لایه بندی جمعیتی است، به نسبت case / control در بین زیرگروه های مختلف جوامع همخون، بستگی دارد بطوری که در این تحقیق مشخص شد، هر چه این نسبت بیشتر از عدد یک منحرف شود، اریبی نتایج مطالعات ارتباطی بیشتر می گردد. در این تحقیق مشخص شد با استفاده از پایگاه داده های ژنومی انسان مثل hap map و نرم افزارهای شبیه ساز همانند qmsim و gwasimulator، امکان شبیه سازی مطالعات ارتباطی ژنومی در جوامع با ld بالا و پایین به راحتی فراهم می گردد.

سالمونلا یک باکتری گرم منفی، بی هوازی اختیاری و تاژکدار است که در جنس سالمونلا و در خانواده انتروباکتریاسه قرار دارد که یکی از بیماریهای مهم عفونی و به عنوان یک بیماری مشترک در انسان و حیوانات شناخته شده است. در سالهای اخیر، انواع مختلفی از آنتی بیوتیک ها برای مقابله با سالمونلا استفاده شده است که با افزایش تعداد باکترهای مقاوم به آنتی بیوتیک، استفاده از روش های جایگزین ضروری به نظر می رسد. هدف از انجام این مطالعه تولید پروتئین نوترکیب invg به منظور استفاده از آن در ایجاد ایمنی بر علیه باکتری سالمونلا بود، این پروتئین یکی از عوامل آنتی ژنیک اصلی برای ایجاد بیماری سالمونلازیس است. این ویژگی invg ثابت می کند که استفاده از این ژن به عنوان یک زیر واحد برای تولید پروتئین نوترکیب جهت تحریک سیستم ایمنی مناسب می باشد. ژن invg از سالمونلا انتریکا با استفاده از واکنش زنجیره پلیمراز و آغازگرهای اختصاصی حاوی مکان های برشی bamhi و xhoi تکثیر و جداسازی شد. به منظور بررسی خصوصیات نوکلئوتیدی، ژن تکثیر شده به ناقل کلونینگ ptz57r/t انتقال و حضور ژن هدف در این ناقل با استفاده از روش های کلونی pcr، هضم آنزیمی و توالی یابی تایید شد. به منظور تولید آنتی ژن نوترکیب، ژن هدف به ناقل بیانی (+)pet32a وارد و سپس به باکتری اشریشیاکلی سویه (bl21(de3 به عنوان میزبان بیان منتقل شد. باکتری حاوی ناقل نوترکیب با استفاده از iptg در غلظت نهایی5/1 میلی مولار القاء شد. تولید پروتئین نوترکیب با وزن تقریبی 81 کیلو دالتون به روش آنالیز sds-page و وسترن بلاتینگ تایید شد. نتایج الایزا نشان داد که مرغ های ایمن شده با آنتی ژن invg واکنش ایمنی قابل توجهی به آن نشان دادن و سطح بالایی از igy اختصاصی علیه آن تولید کردند. در نهایت، نتایج نشان دهنده موفقیت تولید آنتی ژن نوترکیب و ایجاد مقدار مناسب آنتی بادی اختصاصی علیه این آنتی ژن در تخم مرغ مرغ های تخمگذار بود. کلید واژه ها: ایمونوگلوبینy، ایمنی زایی، پروتئین نوترکیب، ژن invg ، سالمونلا

رکوردهای تولید شیر وچربی 28 گله گاو هلشتاین خراسان رضوی مربوط به سالهای1368-1387 مورد بررسی قرار گرفت. صفات مورد مطالعه تولید شیر وچربی 305 روز و دو بار دوشش دوره شیردهی اول تا سوم بود. اثرات ثابت گله، سال زایش، فصل زایش و سن زایش(تابعیت درجه دوم) روی تولید شیر وچربی دوره شیردهی اول تا سوم، تولیدات هرسه دوره( تکراررکورد) و اثر دوره خشکی شیردهی قبلی (تابعیت درجه دوم) روی تولیدات دوره شیردهی دوم وسوم معنی دار بود(0/01> p). تخمین ارزش ارثی حیوانات با روش blup با استفاده از مدل های حیوانی مختلف صورت گرفت. همچنین برآورد مولفه های کو(واریانس) با روش حداکثردرست نمائی محدود شده (reml) با نرم افزار wombat صورت گرفت.وراثت پذیری دوره شیردهی اول تا سوم ( مدل تک صفته) برای صفت تولید شیر 0/27، 0/19 و0/13 وبرای تولید چربی 0/18، 0/15 و 0/14 بود. وراثت پذیری تولید شیر وچربی(مدل تکرار پذیری) 0/21 و 0/15 و تکرارپذیری این صفات 0/46 و 0/35به دست آمد. مقادیر وراثت پذیری تولید شیر وچربی(مدل دوصفته) 0/28و 0/18 به دست آمد. همبستگی های ژنتیکی، فنوتیپی و محیطی بین شیر و چربی 0/84، 0/79و 0/78 بود. وراثت پذیری دوره شیردهی اول تا سوم (مدل سه صفته) برای تولید شیر 0/28، 0/22و 0/16 بود، همبستگی های ژنتیکی، فنوتیپی و محیطی بین صفات تولید شیردوره شیردهی اول و دوم 0/92، 0/55، 0/43 و بین دوره های شیردهی اول و سوم 0/87، 0/46، 0/35، و بین دوره های شیردهی دوم وسوم 0/97، 0/57 و 0/48 بود. این نسبت ها برای تولید چربی برای وراثت پذیری 0/18، 0/18، 0/16، و برای همبستگی بین دوره های اول ودوم 0/94، 0/43، 0/31، و برای همبستگی بین دوره های اول وسوم 0/82، 0/34، 0/23، و برای همبستگی بین دوره های دوم وسوم 0/93، 0/43 و 0/32 بود.

بررسی و شناسایی بیماریهای ژنتیکی در جوامع انسانی و دامی از اهمیت ویژه ای برخوردار است و در این راستا استفاده از روش های نوین مولکولی در تشخیص ژن های مغلوب نهفته و اتوزومال در افراد هتروزیگوت ما را در جلوگیری از تشخیص ژن های مغلوب در اجتماع یاری می کند. چندین ژن مغلوب اتوزومال در نژاد های مختلف گاو شناسایی شده اند که باعث مرگ و میر گوساله های تازه متولد شده و یا جنین آنها می گردند. هدف از این تحقیق، بررسی و شناسایی حاملین بیمایهای ژنتیکی نقص در ژن تولید کننده آنزیم یوریدین منوفسفات سنتاز (dumps) و نقص در چسبندگی گلبولهای سفید (blad) در گاوهای بومی نژاد سرابی بود. بدین منظور تعداد 160 راس گاو نر و ماده سرابی واقع در مرکز تحقیقات گاو سرابی (شهرستان سراب، استان آذربایجان شرقی) به میزان 2 سی سی خونگیری صورت گرفت. استخراج dna با روش بوم مبتنی بر گوانیدین تیوسیونات سیلیکاژل انجام شد. در این تحقیق واکنش pcr-rflp برای شناسایی بیماریهای ژنتیکی dumps و blad بهینه شد. قطعات 108 و101 جفت بازی به ترتیب از ژن umps و cd18 با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز و جفت پرایمر های اختصاصی طراحی شده برای هر یک از ژن ها تکثیر شدند. پس از انجام واکنش زنجیره ای پلیمراز عمل هضم آنزیمی (rflp) برای بدست آوردن الگوی هضمی مناسب به منظور تشخیص و شناسایی حاملین انجام شد. محصولات واکنش زنجیره ای پلیمراز به ترتیب برای ژن umps با استفاده از آنزیم ava ? و برای ژن cd18 با استفاده از آنزیمtaq ? هضم گردیدند و برای تایید نتایج حاصله از هضم آنزیمیtaq ? ازآنزیم ???hae استفاده شد. نتایج حاصل از بررسی الگوهای هضمی برای دو بیماری blad و dumps نشان داد که هیچ یک از دام های موجود در ایستگاه تحقیقاتی گاو سرابی حامل ژن های جهش یافته نبودند. این موضوع عدم استفاده از اسپرم های خارجی و اصیل بودن دام های این ایستگاه را تایید می نماید. نتایج حاصل از این تحقیق نشان دادند که لزوم استفاده از تکنیک های مولکولی به منظور شناسایی ناقلین این بیماری ها چه در سطح گله و چه در سطح اسپرم های وارداتی و تولیدی مراکز اصلاحی داخل کشور امری غیر قابل انکار می باشند. همچنین این نتایج نشان دادند که این تکنیک ها می توانند به عنوان ابزاری مفید و قدرتمند به آسانی در مراکز اصلاحی کشور اجرائی شوند و اقتصادی سالم و شکوفا را برای صنعت دامی کشور رقم بزنند.