در ایران، سیب به سبب نزدیکی به مرکز تنوع آن (آسیای صغیر) دارای تنوع ژنتیکی بالایی است. سیب گوشت قرمز ایرانی یک گونه وحشی است که دارای رنگیزه آنتوسیانین در کورتکس خود می باشد. آنتوسیانین موجود در این سیب نه تنها ظاهر بسیار جذابی به میوه می دهد بلکه دارای خواص دارویی زیادی است. با توجه به وجود این گونه در بسیاری مناطق ایران، بررسی تنوع ژنتیکی موجود در حائز اهمیت است. بدین منظور 8 ژنوتیپ گوشت قرمز (حاجی قرمز، گوشت قرمز، عروس گوشت قرمز، شاهرود-10،b.9 ، قزوین-1، قزوین-2و قزوین-3) و 12 رقم تجاری ایرانی و خارجی (شفیعی، گلاب کهنز، جاناتان، گلدن دلیشز، گرانی اسمیت، سلطانی شبستر، فوجی، رددلیشز، حیدرزاده، گلاب صحنه، گالا و شفیع آبادی) انتخاب شد. از آنجا که قابلیت استفاده از نشانگرهای ریزماهواره برای مطالعات ژنتیکی سیب مخصوصا بررسی تنوع ژنتیکی آن ثابت شده است، به منظور بررسی تنوع ژنتیکی این ژنوتیپ ها، تعداد 11 نشانگر ریزماهواره انتخاب شد که 7 تای آنها چندشکلی خوبی نشان دادند. پارامترهای مربوط به تنوع ژنتیکی به کمک نرم افزار popgene ver. 1.3 اندازه گیری شد و تجزیه خوشه ای داده ها به وسیله نرم افزار ntsys ver.2.02 انجام گرفت. براساس دندروگرام مربوط به نشانگرهای ریزماهواره، کل ژنوتیپ ها در 6 گروه جای گرفتند. گروه اول شامل حاجی قرمز، قزوین-1، قزوین-2 و قزوین-3، گروه دوم شامل گلاب کهنز و گلاب صحنه، گروه سوم شامل شاهرود-10، سلطانی شبستر و حیدرزاده، گروه چهارم شامل گوشت قرمز، شفیعی، b.9، گرانی اسمیت، گلدن دلیشز، گالا و شفیع آبادی، گروه پنجم شامل جاناتان، فوجی و رد دلیشز و در نهایت گروه ششم فقط شامل عروس گوشت قرمز بود. همچنین برای کل ژنوتیپ ها، 17 صفت مورفولوژیکی ارزیابی شد و گروه بندی مربوط به صفات مورفولوژیکی و تخمین فاصله ژنتیکی به کمک نرم افزار spss ver. 17 انجام گرفت. بر اساس دندروگرام حاصل از صفات مورفولوژیک، کل ژنوتیپ ها در 5 گروه، دسته بندی شدند. گروه اول شامل قزوین -1، قزوین-3، قزوین-2 و حاجی قرمز، گروه دوم شامل گلاب کهنز و سلطانی شبستر، گروه سوم شامل b.9، گروه چهارم شامل گالا، شفیع آبادی، گرانی اسمیت، گلدن دلیشز، شفیعی، حیدرزاده، گلاب صحنه، گوشت قرمز، شاهرود-10 و عروس گوشت قرمز وگروه پنجم فقط شامل جاناتان، فوجی و رد دلیشز بود. هر دو روش (نشانگرهای ریزماهواره و صفات مورفولوژیک) در ارزیابی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ های بررسی شده کارامد ارزیابی شدند و نتایج حاصل از آزمون مانتل مطابقت تقریبی این دو روش را نشان داد.