ویروس زردی نکروتیک باقلا faba bean necrotic yellows virus (fbnyv) باعث کاهش عملکرد شدید و فقدان محصول در گیاهان خانواده fabaceae در غرب آسیا و شمال آفریقا می شود. این ویروس از خانواده nanoviridae و دارای ده قطعه مولکول دی ان ای تک لای حلقوی متفاوت است. در ایران آلودگی به این ویروس از مزارع نخود و عدس در استان های قزوین، کرمانشاه، کردستان، آذربایجان شرقی و غربی با استفاده از روش tbia گزارش شده است. هدف اصلی تحقیق حاضر ردیابی و تعیین برخی خصوصیات مولکولی ویروس fbnyv در استان های غربی و مرکزی ایران می باشد. در سال های 1386و1387 از مزارع حبوبات استان های اصفهان، مرکزی، چهارمحال و بختیاری، کرمانشاه، کردستان و لرستان با علائم زردی، کوتولگی و پیچیدگی ساقه نمونه برداری انجام شد. نمونه های جمع آوری شده از استان های کرمانشاه، کردستان و لرستان در آزمون الیزای غیرمستقیم با استفاده از آنتی سرم چند همسانه ای fbnyv مورد بررسی قرار گرفتند. در این آزمایش از 53 نمونه باقلای استان لرستان هفت نمونه، از 56 نمونه نخود استان کرمانشاه شش نمونه، از 18 نمونه نخود استان کردستان سه نمونه و از 6 نمونه عدس استان کرمانشاه دو نمونه مثبت ارزیابی شدند. از نمونه های جمع آوری شده از استان های اصفهان، مرکزی و چهارمحال و بختیاری و نیز نمونه های مثبت در آزمون الیزا استخراج dna صورت گرفت. جهت تشخیص ویروس از روش nested-pcr استفاده شد. بدین منظور طراحی آغازگرها بر اساس توالی dna-1 جدایه مصری ویروس انجام شد. با استفاده از جفت آغازگرهای دور اول واکنش nested-pcr (dna1f2-dna1r2) باند قابل مشاهده ای تکثیر نشد ولی در دور دوم با استفاده از جفت آغازگرهای dna1f6-dna1r4 باند مورد انتظارbp 387 در تعدادی از نمونه ها مشاهده شد. از 48 نمونه نخود جمع آوری شده از اصفهان 17 نمونه و از 22 نمونه لوبیای این استان چهار نمونه آلوده به ویروس بودند. همچنین از 56 نمونه لوبیای جمع آوری شده از استان مرکزی در 13 نمونه و از 12 نمونه لوبیای استان چهارمحال و بختیاری در هفت نمونه باند مورد نظر تکثیرشد. تعدادی از جدایه ها که نماینده میزبان ها و مناطق جغرافیایی مختلف بودند شامل a5 و a13 (باقلا- استان لرستان)، d13 (نخود-استان کرمانشاه)، m28 (عدس-استان کرمانشاه)، g10 (نخود-استان کردستان)، sa4 ، sn9 و ln4 (نخود-استان اصفهان)، lg3 و lo4 (لوبیا- استان مرکزی) و sh5 (لوبیا-استان چهارمحال و بختیاری) توالی یابی شدند. مقایسه توالی این جدایه ها با ابزار جستجوی blast شباهت بالای آن ها را با توالی جدایه مصری fbnyv-dna1 موجود در genbank نشان داد. نتایج حاصل از همردیف سازی دو تایی نمونه ها با جدایه مصری fbnyv نشان داد که توالی نوکلئوتیدی نمونه های a5، a13k، d13، g10، m28، sa4، sh5 و sn9 به ترتیب دارای 68/98، 55/98، 55/98، 39/97، 10/97، 23/96، 55/98 و 39/97 درصد یکنواختی با جدایه مصری ویروس می باشند. همچنین درصد یکنواختی توالی نوکلئوتیدی این جدایه ها با جدایه سوری ویروس به ترتیب 68/74، 65/75، 65/75، 78/74، 49/74، 43/75، 65/75، 78/74 درصد بود که نشان دهنده شباهت بیشتر جدایه های ایرانی با جدایه مصری این ویروس است. همچنین رسم درخت تبارزایی با 1000 بار تکرار نشان دهنده ارتباط نزدیکتر جدایه های ایرانی با جدایه مصری ویروس بود. ولی هیچگونه همبستگی بر اساس نوع میزبان و موقعیت جغرافیایی بین آن ها مشاهده نشد. همردیف سازی توالی آمینواسیدی جدایه های ایرانی با جدایه های سوری و مصری fbnyv نشان داد که همگی دارای موتیف gxgks [g(ge)gks] می باشند. این تحقیق اولین گزارش از وجود ویروس fbnyv در استان های اصفهان، مرکزی و چهارمحال و بختیاری و نیز اولین گزارش از آلودگی مزارع لوبیا در ایران است

به منظور دسته بندی جدایه های ایرانی عامل بیماری سوختگی معمولی لوبیا xanthomonas axonopodis pv. phaseoli(xap) وx. axonopodis pv. phaseoli var. fuscans(xapf) از نظر مشخصات بیماری زایی و فوق حساسیت توتون و نیز ارزیابی تنوع ژنتیکی جدایه های ایرانی برای تعیین رابطه احتمالی میان خصوصیات بیولوژیکی و ژنتیکی آنها، از بوته های مبتلا به سوختگی معمولی انواع لوبیا در استان های لرستان، مرکزی، اصفهان، چهارمحال وبختیاری و زنجان که مناطق عمده لوبیاکاری کشور می باشند، نمونه برداری شد. پس از جداسازی و خالص سازی پرگنه های باکتری روی محیط کشت na، با توجه به خصوصیات مورفولوژیکی، بیوشیمیایی، سرلوژیکی و بیماری زایی روی بوته های لوبیا، 20 جدایه از استان های مرکزی، لرستان و اصفهان باکتری xap شناسایی شدند. آزمون واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) جدایه ها با جفت آغازگر اختصاصی x4c/x4e و تکثیر باند bp730 برای آنها، تشخیص وابستگی جدایه ها به xap را تأیید نمود. برای تعیین بیووار این جدایه ها از جفت آغازگر xf1/xf2 استفاده گردید که بر اساس توالی یابی یک منطقه اختصاصی از ژنوم xapf طراحی شده است و یک قطعه bp450 را برای جدایه xapf تکثیر می کند. با توجه به عدم تکثیر باند موردنظر در این جدایه ها در مقایسه با تکثیر باند 450 جفت بازی در جدایه شاهد xapf، تعلق جدایه ها به xap تأیید نهایی گردید. برای تعیین تنوع ژنتیکی درون جمعیتی جدایه های xap جمع آوری شده، از نشانگرهای box-pcr و eric-pcr (روش rep-pcr) که سطح وسیعی از ژنوم باکتری ها را پوشش می دهند استفاده شد. باجفت آغازگر box و eric به ترتیب 79/15% و 19% باند چند شکل در میان جدایه های xap مشاهده شد که ترکیب نتایج حاصل از به کارگیری این نشانگرها، 5/17% چند شکلی را در میان جدایه های xap مشخص کرد، در حالیکه میزان شباهت جدایه xapf با جدایه های xap بر اساس ترکیب نتایج دو نشانگر مزبور در دامنه ای از 38/. تا 46/. برآورد شد. با استفاده از روش rep-pcr مشخص شد که جدایه های xap در حد قابل توجهی با xapf اختلاف ژنتیکی دارند ولی تنوع ژنتیکی موجود در میان جدایه های xap جمع آوری شده از مناطق مختلف ایران محدود است. با توجه به اینکه امکان وجود تنوع ژنتیکی در جمعیت های xap مورد بحث محققین مختلف می باشد و هنوز ابهاماتی در مورد وجود یا عدم وجود تنوع در میان جدایه های عامل بیماری سوختگی معمولی لوبیا وجود دارد، برای تأیید نتایج حاصل از rep-pcr، از آزمون pcr-rflp استفاده شد. در این آزمون قطعه bp730 از dna جدایه های متنوعی از xap که با استفاده از جفت آغازگر x4c /x4e تکثیر یافته با آنزیم های محدودگر i rsa، taq i، hae iii و sau 96i برش یافت. نتایج حاصل از pcr-rflp نیز به لحاظ ژنتیکی تنوعی را در میان جدایه های xap مشخص نکرد. با توجه به نتایج این پژوهش به نظر می رسد جدایه های xap ایرانی از نظر ژنتیکی تنوع قابل توجهی ندارند. برای ارزیابی تفاوت جدایه ها در قدرت بیماری زایی و ایجاد واکنش فوق حساسیت در توتون، جدایه های عامل بیماری در دو تکرار روی بوته های لوبیا چیتی رقم cfo16 و در پارانشیم تحتانی برگ توتون (nicotinia tabacum cv. samsun) مایه زنی شدند. بر اساس نتایج بدست آمده جدایه-های xap از نظر قدرت بیماری زایی و واکنش فوق حساسیت در گروه های متفاوتی قرار گرفتند. تجزیه و تحلیل نتایج بدست آمده نشان داد که این تفاوت در بیماری زایی جدایه ها با تنوع ژنتیکی محدود آنها رابطه معنی داری ندارد. چون قدرت بیماری زایی جدایه ها می تواند در شدت بیماری سوختگی معمولی لوبیا اهمیت داشته باشد و نمی توان تفاوت جدایه های مورد مطالعه را از نظر بیماری زایی نادیده گرفت. لازم است بدون توجه به محدودیت تنوع ژنتیکی جدایه های xap واکنش بیماری زایی این جدایه ها در کولتیوارهای مختلف مورد کشت در کشور ارزیابی شود.