بیماری پوسیدگی ذغالی سویا که به وسیله قارچ macrophomina phaseolina ایجاد می شود، یکی از مخرب ترین بیماری های سویا در سطح جهان می باشد. در ایران نیز این بیماری در بسیاری از مناطق کشت سویا، خسارت قابل توجهی را به این محصول وارد می کند. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی و بیماریزایی در جمعیت این بیمارگر، در سال 1385 مناطق کشت سویا در استان های گلستان، مازندران، اردبیل و لرستان مورد بازدید قرار گرفت. نمونه های دارای علائم پژمردگی و وجود خال های سیاه رنگ در طوقه و ساقه گیاهان جمع آوری، و در مجموع 48 جدایه از بیمارگر جداسازی گردید. از این میان24 جدایه به عنوان نماینده بر اساس پراکنش جغرافیایی انتخاب گردیدند. به منظور اثبات تعلق این جدایه ها به گونه m. phaseolina از آغازگرهای اختصاصی گونه استفاده گردید. این آغازگرها یک قطعه 350 جفت بازی ویژه m. phaseolina را در جدایه های این قارچ تکثیر کردند که در سایر قارچ های مورد آزمایش مشاهده نگردید. در بررسی فنوتیپ کلرات در میان جدایه ها 5 جدایه (20%) حساس به کلرات و 19جدایه (80%) مقاوم به کلرات ارزیابی گردیدند. آزمون های بیماریزایی در شرایط گلخانه ای و درون شیشه ای، صورت گرفت. در هر دو آزمون تمامی جدایه های مورد بررسی روی رقم ویلیامز سویا بیماریزا بودند. نتایج حاصل از مقایسه میانگین داده ها نشان داد که در سطح یک درصد اختلاف معنی داری در بیماریزایی (ویرولانس) جدایه ها وجود دارد و در هر دو مورد جدایه های حساس به کلرات کم آزارترین جدایه ها روی بذر و ساقه سویا رقم حساس ویلیامز بودند. بررسی تنوع ژنتیکی جدایه ها با استفاده از سه نشانگر مولکولی مختلف rapd، issr و rep-pcr صورت گرفت. از مجموع 15 آغازگر rapd، هشت آغازگر و از مجموع 10 آغازگر issr، سه آغازگر که واجد چند شکلی و تکرار پذیری بیشتری بودند به همراه آغازگرهای eric1r ، eric2i ، box1a و rep2i انتخاب و برای تکثیر dna جدایه ها به کار رفتند. تجزیه و تحلیل خوشه ای داده ها با استفاده از نرم افزار mvsp، روش upgma و ضریب تشابه جاکارد صورت گرفت. دندروگرام حاصل از مجموع آغازگرهای rapd در سطح تشابه 42 درصد جدایه ها را به سه گروه تفکیک کرد. بر این مبنا به استثنای جدایه مازندران، جدایه های مربوط به سایر استان ها از جدایه های استان گلستان تفکیک گردیدند. دندروگرام حاصل از مجموع آغازگرهای issr جدایه ها را در سطح تشابه 58 درصد به سه گروه تقسیم نمود. به کمک این نشانگر به استثنای جدایه a-mo از استان اردبیل، سایرجدایه های غیر استان گلستان از جدایه های استان گلستان تفکیک گردیدند. دندروگرام حاصل از مجموع آغازگرهای rep-pcr نیز جدایه ها را در سطح تشابه 59 درصد به هفت گروه تقسیم نمود. گرچه این گروه ها به لحاظ جغرافیایی قابل توجیه نبودند. نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل 2053 باند الگوی باندی حاصل از تلفیق داده های سه نشانگر rapd, rep-pcr و issr، بر اساس ضریب جاکارد در سطح تشابه 47 درصد جدایه ها را به سه گروه تقسیم نمود. بر این مبنا به استثنای جدایه a-mo از استان اردبیل، سایر جدایه های غیر استان گلستان از جدایه های استان گلستان تفکیک گردیدند که با نتایج حاصل از نشانگر issr مطابقت داشت. در میان لوکوس های مورد بررسی، تعداد لوکوس-های پلی مورفیک به ازای هر آغازگرrapd (12لوکوس)، issr (14 لوکوس)، rep-pcr (12 لوکوس) مورد مقایسه قرار گرفت که نتیجه آن بیانگر مناسب تر بودن استفاده از نشانگر issr در مقایسه با rapd و rep-pcr در تعیین تنوع ژنتیکی m. phaseolina، بود. این نخستین مطالعه از بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت های ایرانی m. phaseolina، عامل پوسیدگی ذغالی سویا با استفاده از سه نشانگر مولکولی مختلف می باشد.