قارچ macrophomina phaseolina، عامل پوسیدگی ذغالی، یک پاتوژن خاکزاد، با پراکنش جهانی و دامنه میزبانی بیش از 500 گونه گیاهی می باشد. جهت بررسی تنوع مورفولوژیکی، بیماریزایی و ژنتیکی این قارچ در ایران، 144 جدایه ی این قارچ از 24 میزبان گیاهی و 14 استان کشور شامل تهران، قزوین، قم، گلستان، سمنان، خراسان، همدان، خوزستان، مرکزی، فارس، اصفهان، یزد، کرمان و هرمزگان جداسازی و52 جدایه قارچ عامل بیماری با توجه به نوع میزبان و پراکنش جغرافیایی انتخاب و مورد مطالعه قرار گرفت. این قارچ از میزبان های شاهدانه، شلغم، ماش، بامیه، گل جعفری و شیر تیغک برای اولین بار از ایران جداسازی شد. همه ی جدایه ها با استفاده از آغازگر اختصاصی مورد تایید قرار گرفتند. خصوصیات مورفولوژیکی هر جدایه شامل فنوتیپ کلرات، سرعت رشد نسبی، اندازه متوسط اسکلروت ثبت شد. مورفولوژی پرگنه پرمانند، فنوتیپ غالب در میان جدایه ها بود (7/63 درصد). شدت بیماری زایی جدایه ها روی لوبیای معمولی طی دو آزمایش جدا ارزیابی شد. بر اساس آزمون بیماری زایی جدایه های میزبان های مختلف دارای سطوح متفاوتی از بیماریزایی روی لوبیا بودند، به طوری که بیماریزاترین جدایه ها از بامیه و گوجه فرنگی بودند و جدایه هایی دارای کمترین بیماری زایی و یا غیر بیماری زا از کدوییان بودند. اغلب جدایه های بیماری زا حساس به کلرات بودند. تنوع ژنتیکی جدایه ها با استفاده از نشانگر issr بررسی شد. از میان 9 آغازگر مورد استفاده، 6 آغازگر داری وضوح، تکرار پذیری و تعداد باند های چندشکل بودند و در تجزیه های بعدی مورد استفاده قرار گرفتند. تجزیه و تحلیل خوشه ای داده های حاصل از الگوی باندی مربوط به آغازگرها با استفاده از ضریب تشابه جاکارد و روش upgma انجام گرفت. تعداد باند از 16 تا 26 بود که 84 تا 90 درصد چندشکل بودند. بهترین گروه بندی بر اساس میزبان با استفاده از آغازگرهای issr10 و pcms بدست آمد. بر اساس تجزیه خوشه ای حاصل از ترکیب داده های حاصل از همه ی آغازگرها همه ی جدایه های آفتابگردان و همچنین کیوی، گوجه فرنگی، کدو، سویا و زیتون در کنار هم قرار گرفتند. این مطالعه همچنین نشان داد که همانند دیگر جمعیت های این قارچ از دیگر کشورها، تنوع فیزیولوژیکی، فنوتیپی و ژنتیکی این قارچ در بین میزبان ها و مکان های مختلف جغرافیایی تا حدی زیاد است که در برخی میزبان ها این اختلاف یا تنوع منجر به ایجاد الگوهای یکسان مولکولی در این میزبان ها شده، که نشان دهنده ظهور روابط اختصاصی میزبانی در این قارچ می باشد. کلمات کلیدی: پوسیدگی زغالی، فنوتیپ کلرات، لوبیای معمولی