کوکسیدیوز یک بیماری با اهمیت در صنعت طیور می باشد. عامل بیماری انگل تک یاخته ای از جنس آیمریا است که در روده تکثیر و موجب آسیب رساندن به بافت روده می شود که نتیجه ی آن اختلال در تغذیه، مراحل هضم و جذب مواد غذایی، از دست دادن آب بدن، خون ریزی و افزایش حساسیت به سایر عوامل بیماری زا می باشد. بررسی منابع نشان می دهد که تا کنون شناسایی گونه های آیمریانکاتریکس و آیمریا تنلا به دو روش میکروسکپی و pcr در مرغان بومی مورد مقایسه قرار نگرفته اند. به این منظور 50 نمونه مدفوع از مرغ های بومی مشکوک به بیماری کوکسیدیوز به طور تصادفی جمع آوری شدند . از هر کدام از مرغان 2 نمونه یکی جهت اندازه گیری اُاُسیست و دیگری جهت آزمایش pcr گرفته شد. نمونه ها بلافاصله به آزمایشگاه انگل شناسی دانشکده منتقل شدند و به 2 روش متداول اندازه گیری اُاُسیست ها(میکروسکپی) و روش تشخیص باpcr مورد آزمایش قرار گرفتند. اُاُسیست های هر نمونه مدفوع با استفاده از محلول شناور کننده جدا شدند و به کمک میکروسکپ نوری و با استفاده از شکل و اندازه اُاُسیست، شناسایی شدند. در روش تشخیصیpcr اُاُسیست های موجود درهر 50 نمونه مدفوع به روش شناورسازی و خالص سازی جدا شدند و شستشو گردیدند. پس از استخراج dna، آزمایش pcr انجام گرفت. نتایج حاصل از این بررسی نشان داد که میزان آلودگی در آزمایش میکروسکپی و pcr برای آیمریا تنلا به ترتیب 34 و 48 درصد و برای آیمریا نکاتریکس در آزمایش میکروسکپی و pcr به ترتیب 10 و 6 درصد است. این بررسی نشان داد روش pcr روش مطمئن و مناسب تر نسبت به روش تشخیص میکروسکپی انواع آیمریاها می باشد؛ میزان آلودگی مرغ های بومی به آیمریا تنلا بیشتر از آیمریا نکاتریکس است؛ آلودگی مرغ های بومی به آیمریا تنلا و آیمریا نکاتریکس بسیار بالا (57%) می باشد؛ مرغ های بومی نقش مهمی در اپیدمیولوژی و انتشار آلودگی کوکسیدیوز در مزارع مرغ های صنعتی دارند.؛ ضریب هم بستگی دو آزمایش pcr و روش متداول میکروسکپی برای آیمریا تنلا 24% و آیمریا نکاتریکس 47% است.