ویروس موزائیک یونجه alfalfa mosaic virus (amv)یکی از مهمترین ویروسهای گیاهی از نظر دامنه میزبانی و اهمیت اقتصادی در جهان و ایران می باشد. طی سالهای 1386 تا 1388از مزارع یونجه 18 استان کشور، تعداد 1066 نمونه گیاهی، همچنین به منظور بررسی و تعیین پراکنش میزبان های ثانویه amv، تعداد 219 نمونه از مزارع سیب زمینی استانهای(کرمان، همدان و اصفهان)، 273 نمونه از مزارع گوجه فرنگی و فلفل استانهای کرمان و هرمزگان و 127 نمونه از مزارع نخود و لوبیا استان کرمان بر مبنای علائم جمع آوری شد. جهت بررسی آلودگی نمونه ها، آزمون indirect elisa طبق روش موات و داوسون (1987) انجام گرفت. بر این اساس میزان آلودگی مزارع یونجه، سیب زمینی، گوجه فرنگی، فلفل، نخود و لوبیا نسبت به amv در مناطق نمونه برداری شده به ترتیب 77/33، 76/7، 63/1، 11/1، 4 و 0 درصد برآورد گردید. از بین 156 نمونه علف هرز از 13 گونه تنها 21 نمونه از 8 گونه شامل شیرتیغی (sonchus oleraceus) ، سلمه تره (chenopodium amaranticolor c. album )، آفتاب پرست (heliotropium europaeum)، کاهو وحشی (lactuca serriola)، بارهنگ (plantago ovate)، ترشک (rumex crispus)، شنگ (trogopogon pratensis)، شبدر((trifolium repense، پنیرک ((malva parviflora، anethum graveolens و هویج وحشی (dacus carota) که به ترتیب از مناطق حاجی آباد استان هرمزگان، سیرجان، سرآسیاب، شهربابک، کرمان، بردسیر، بافت، ماهان واقع در استان کرمان، منطقه فارسان در استان چهار محال بختیاری جمع آوری شده بودند، نسبت به amv آلوده بودند. پس از نمونه برداری و انجام آزمون الایزا، بر روی نمونه های مثبتی که بیشترین غلظت را نشان دادند، خالص سازی بیولوژیک انجام گرفت. جهت بررسی دامنه میزبانی amv، نمونه های مذکور برروی گیاهان خانواده های solanaceae، leguminosae، chenopodiaceae و cucurbitaceae مایه زنی شدند. براساس نتایج بدست آمده، جدایه های ایرانی amv براساس علائم ایجاد شده بر روی گیاهان آزمون به دو گروه (i و ii) تقسیم شدند به طوری که سه جدایه ایرانی si. ni. a، ke. ke. cp و kh. ah. a در گروه i و سایر جدایه ها در گروه ii قرار گرفتند. سپس براساس مناطق نمونه برداری و گیاهان میزبان، جدایه های که بیشترین اختلاف از نظر علائم با سایر جدایه ها را نشان دادند، جهت مطالعه مولکولی، همسانه سازی و بدنبال آن تعیین موقعیت تاکسونومیکی جدایه های این ویروس در ایران و جهان انتخاب و مورد بررسی بیشتر قرار گرفتند. تجزیه فیلوژنتیک و محاسبه فاصله ژنتیکی(genetic distance) و تنوع(diversity) نشان داد که جدایه های amv موجود در بانک ژن و جدایه های ایرانی بررسی شده در این تحقیق در سه گروه قرار می گیرند، به طوریکه اکثر جدایه ها(35 جدایه) همراه با چهار جدایه ایتالیا و صربستان و یک جدایه از انگلستان در گروه i، دو جدایه si. ni. a و kh. ah. a همراه با شش جدایه از انگلستان و فرانسه در گروه ii، جدایه ke. ba. po همراه با 27 جدایه دنیا در گروه iii و جدایه ke. ma. pl به تنهایی وکاملا مجزا از سایر جدایه های ایرانی و دنیا قرار می گیرند. فاصله ژنتیکی بین و داخل گروه ها نیز نتایج فوق را تائید می نمایند. محاسبه تنوع ژنتیکی(?) نشان داد که به رغم گسترش وسیع این ویروس در دنیا، میزان تنوع آن در یک منطقه مانند اروپا پائین می باشد. همچنین محاسبه تنوع و جمعیت های مختلف دنیا نشان دهنده افزایش میزان این تنوع در آسیا می باشد. بر این اساس شاید بتوان ذکر نمود که پیشگیری از این ویروس در مزارع یونجه به دلیل تنوع جدایه ها کار آسانی نباشد.