به منظور مطالعه ژنتیکی جمعیت های خیار دریاییholothuria atra در مناطق بستانه و خلیج نایبند با استفاده از روش مولکولی rapd، تعداد 60 نمونه خیار دریایی از گونه غالب موجود در منطقه (holothuria atra ) جمع آوری شد. مقداری از بافت ماهیچه جدا و پس از فیکس کردن در الکل اتانول 96 درصد به آزمایشگاه بیوتکنولوژی در دانشگاه علوم و فنون دریایی منتقل شد. dna ژنومی نمونه ها به روش استات آمونیوم استخراج گردید و کمیت و کیفیت dna استخراجی با استفاده از الکتروفورز ژل آگارز 1 درصد و رنگ آمیزی توسط اتیدیوم بروماید مورد بررسی قرار گرفت. واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) با استفاده از 9 پرایمر rapd صورت گرفت. محصولات تکثیر شده با استفاده از ژل پلی اکریل آمید 6% الکتروفورز و با نیترات نقره رنگ آمیزی شدند. و با استفاده از نرم افزار ژنتیکی genealex و popgene مقادیر مربوط به تنوع ژنتیکی، شاخص شانون، میزان شباهت، فاصله ژنتیکی بر اساس nei’s (1972, 1978)، جریان ژنی و تنوع ژنتیکی بر اساس تست amova در سطح خطای 01/0 مورد محاسبه قرار گرفت. نتایج بدست آمده از این بررسی نشان داد که تعداد کل باند های تولید شده 95 باند می باشد که دامنه تعداد باندها بین 6 تا 15 باند با میانگین 5/10 باند برای هر پرایمر بدست آمد. درصد باندهای پلی مورفیسمی محاسبه شده در جمعیت بستانه 53/70% بود در حالی که درصد باندهای پلی مورفیسم در منطقه نایبند 00/80 % بدست آمد. میانگین باندهای پلی مورفیسم در دو جمعیت 26/75 % می باشد. بر اساس داد های فراوانی اللی، مجموعا 17 الل اختصاصی یافت شد که 5 تا از آن در نمونه های منطقه بستانه و 12 تا از آن در منطقه نایبند مشاهده شد. نتایج نشان داد که میانگین تنوع ژنتیکی در جمعیت بستانه 187/0 با انحراف معیار 018/0 می باشد در حالی که میانگین میزان تنوع ژنتیکی در منطقه نایبند 275/0 با انحراف معیار 018/0 بدست آمد. با استفاده از نرم افزار popgene میانگین شاخص اطلاعات شانون برای جمعیت بستانه و نایبند محاسبه شد که به ترتیب 3406/0 و 4187/0 بود در حالی که میانگین شاخص شانون محاسبه شده برای این دو جمعیت برابر با 4550/0 بود. طی این بررسی میانگین میزانgst بدست آمده در 44 نمونه برابر با 1693/0 و میانگین جریان ژنی برابر با 4538/2 بود. ماتریس فواصل و شباهت ژنتیکی با استفاده از معیار فاصله ژنتیکی (1972) nei و بوسیله نرم افزارgene alex محاسبه شد که بر اساس این مشاهدات میزان شباهت ژنتیکی بین دو جمعیت 825/0 و میزان تفاوت ژنتیکی بین این دو منطقه 192/0 می باشد. بر اساس تست amova و در سطح احتمال خطای 01/0 میزان تنوع ژنتیکی بین جمعیت ها و در داخل جمعیت ها مورد بررسی قرار گرفت که میزان تنوع و اختلاف ژنتیکی در سطح معنی داری 01/0 بین دو جمعیت بستانه و نایبند برابر با 28% و میزان تنوع و اختلاف در داخل جمعیتها در سطح معنی داری01 /0 برابر با 72 % بود. نتایج نتایج این بررسی نشان داد که دو جمعیت مورد بررسی از هم جدا می باشند و در واقع دو جمعیت مجزا می باشند و متعلق به دو کلاستر می باشند.